小智等人来到凸橙岛等待着定期前往真新镇的船只，可是意外的遇到顽皮弹造成的大爆炸影响了城镇的安全，港口的运行无人敢管理。最后协助一个名叫强哥的人利用地鼠挖地洞疏散了岛上大量的顽皮弹到一个草原上解决了危机，几天后终于顺利的离开了凸橙岛回到了真新镇。
“小智，要不我们先去大木博士那里吧”回到了真新镇，小建迫不及待的想见到大木博士，给他看一下自己写的报告。
“好啊，正好我也好久没看见我以前收服的精灵了”小智也是爽快的答应了，正好也可以第一时间把GS球给大木博士。
“小智你回来了”看见小智来到研究所，大木博士不可思议的看着小智，挑战橘子联盟速度这么快就回来了，原本以为还要几天的。
“嗯嗯，大木博士，这个是小建”
“大木博士，你好”本来小建准备好，以为不再紧张，可见到本人后还是很紧张。
“哈哈，不要那么紧张么”大木博士哈哈大笑“小智可是敢和我开玩笑，你有什么好紧张的”为了让小建放松，大木博士特地拍了拍小建的胳膊，这才放松了小建的心情。
“大木博士，连妙蛙种子在内，我现在已经有六只精灵了”小云像大木博士炫耀，一个旅行下来意外的收服了六只精灵。
“对了，这是GS球，抱歉拖了这么久”小智想起最重要的GS球还没有给大木博士。
“没事，这种东西本来就不着急”
“博士收藏的宝贝球好多啊”看到满架子的宝贝球小建说。
“这些都是从真新镇出发的训练家所寄放的”大木博士说。
“这里的神奇宝贝好多啊”小建看着研究所随处可见的神奇宝贝。
“这是神奇宝贝训练家的神奇宝贝，看起来很不错，一定要画下来”小建随后就拿出画板来。
就在小建认真的画画的时候，大木博士走过去了，小建见到大木博士走过来后有些紧张
“你画的不错”大木博士说
“我有些报告，想请博士看看，大木博士无论如何，你一定要看那些报告啊”小建说道。
“当然可以，我很乐意”大木博士笑着回道。
“以后时间那么多，你也不用急于一时吧”小霞吐槽道。
“是啊”小刚随后也说
“说的也对，你可以住在这里哦”大木博士也这样说。
“这真是太好了”小建听了后非常高兴。
“大木博士，我用一下你的电话”小智才想起旅行到现在还没打电话给瑟蕾娜。
“随便用”大木博士正认真看着小建的画“是三圣鸟和洛奇亚，没想到这你都画上了”
“哪里，这是上次画的”小建不好意思的说到。
“这一张有点意思”大木博士突然看到一张很有意思的画，然后看了看一旁在打电话的小智，突然露出了一个神秘的微笑，这让旁边的小建突然觉得鸡皮疙瘩都起了。
“瑟蕾娜，这是小智刚刚认识的旅行伙伴小建画的，现在给你看看”这时候大木博士不怀好意的出现在小智面前，还故意将两幅画翻给瑟蕾娜看。
瑟蕾娜看到这两幅画的时候先是一愣，然后眼眶里开始出现泪珠，指着小智大喊到“小智，我没想到你竟然花心大萝卜，我看错你了”然后抱脸哭泣起来。
“大木博士，你到底给瑟蕾娜看了什么”小智怒吼一声，一把将画抢了过来，小刚和小霞也好奇的凑过脑袋来。
只见画的是一个时髦的女孩亲吻小智的画，另一张是穿着传统衣服的女孩亲吻小智的画面。
“这不是芙萝拉吗？小建你什么时候画的？我记得上次看你的画时都没有的”小智怨恨的看着小建，而小建全身开始冒汗，干脆一副我什么都不知道的表情面对着墙，好像墙上有深奥的人生哲理一样。
经过很长时间的解释，瑟蕾娜终于有点相信小智，那是人家的传统，是瑟蕾娜误会了。
“大木博士”在小智挂断电话后，小智全身冒着黑气看着那边还在幸灾乐祸的大木博士。
“小智你们先带着小建四处看看吧，我的研究还没有做完呢”
“知道了，大木老头，就知道做实验”小智不满的再一次叫起了自己给大木博士的外号，大木博士听到踉跄的走了两步，现在还有小建这个外人，大木博士害怕再出丑，快速消失在小智的眼前。小智身边的两个人则是哈哈大笑起来。
小智回来的消息在后院的神奇宝贝中传开了，小智的神奇宝贝都跑过来围着小智。
看到神奇宝贝们围了过来，小智很高兴也放出了自己带着的神奇宝贝。他现在有关东御三家，皮卡丘，路卡利欧，大师鼬，美娜斯，火焰鸡，电击魔兽，比雕，巴大蝴，叉字蝠，暴鲤龙，巨钳蟹，火爆猴，臭臭泥，化石翼龙，耿鬼，肯泰罗，多刺菊石兽，镰刀盔，卡比兽，水晶大岩蛇和乘龙二十四只神奇宝贝，水晶大岩蛇表现的很随和。
小智和神奇宝贝们在一块，对它们进行检查和安排训练，大家渡过了愉快的一天
“妈！我回来了”回到了家中，小智第一的想法就是找花子赶紧做饭吃。
“小智你回来了，这是”花子看见小建，一副陌生的脸孔。
“这是我在橘子群岛的新同伴小建。因为他在所以整个旅途顺利了不少”小智开始介绍小建，小建也善意的和花子打了声招呼。
“小智，你猜猜谁来了”这一次回到家里，花子神神秘秘的让小智猜谁来自己的家中。
“小茂训练了这么久，回到家不想吃大木博士的泡面来蹭饭了吧”小智第一时间想到了小茂，小时候小茂因为不想吃大木博士的泡面来蹭小智家的饭吃。花子摇摇头表示不是。
“妈，别闹了，到底是谁？”小智实在想不出到底会有谁来自己的家。花子用手扶着脑袋，一脸不得不为自己的儿子的情商感到担忧。
“小智没想到你把我忘了”瑟雷娜随后也走了出来，幽怨的看着小智，这让小智很尴尬。
“对了，瑟雷娜你不是回家上课了吗，怎么又回来了”小智转移了话题，他可不想耽误瑟雷娜的学业，担心会对她以后会有什么影响。
“没事啦。只有一年的课我都上完了，所以我就过来了”瑟雷娜影藏了部分事实，的确是课上完了，完成了所有的学业。但是咲子想让瑟雷娜做一些其他的事，但是瑟雷娜一哭二闹就差三上吊了，没办法咲子只好放瑟雷娜过来继续和小智一起旅行。
“好了，到餐桌上聊吧，饭做好了”花子忙完一切，打招呼让小智等人赶快吃饭。
“没想到花子阿姨做饭这么好吃”小建刚吃了几口就开始夸花子做饭好吃，可是一边的小智回到家里面，再一次失去了形象，大口的刨饭，身边的皮卡丘也毫不逊色。小建最后不得不说一句“果然什么样的训练家就有什么样的精灵”大家顿时哈哈大笑。吃完饭小智把冠军奖杯给了花子保管起来，接着陪着瑟雷娜聊天。
当然小云回到家里面也和自己的妈妈讲起了自己和小智他们遇到的每一个故事和学到的知识。
“小云梦想是自己寻找的，知识也不能只依靠别人去教，也要尝试自己去探索。所以下一步我不管你打算去哪里去旅行，我的要求只有一个，你能够独立自主的旅行么”小云的妈妈不希望自己女儿一直依靠别人，所以也提出了自己的要求。
“知道了妈妈，我会努力的”小云肯定的点头。
