慈禧亲自拟旨，革去奕“议政王”号，并不许其干预政事。然而军机大臣个个反对，唯有倭仁表示支持慈禧。一时间朝廷里争吵不休，慈禧只好采取折中手段，革除“议政王”号，保留总理各国事务衙门大臣的职务。
这次争吵因为恭亲王任用曾国藩等汉员而起，曾国藩听了非常害怕，认为自己和一大批汉官肯定要受到慈禧的打压，这个时候派去剿捻，该不会是想借机杀了自己吧？后来，情势突然发生变化，僧格林沁被杀，捻军声威大震。慈禧斗心机行，治国能力平平，一看捻军转眼就可能打到北京，不得不几次催促曾国藩北上“剿捻”。曾国藩实在是推脱不过，抱着必死的心来到剿捻战场。
曾国藩奉命“剿捻”，先后征战两年，最后无功而回，成了这位“中兴名臣”一生羞于提及的滑铁卢。但是，这次失败的主要原因不在曾国藩，而在他指挥的淮军。
现在来看曾国藩的剿捻策略还是正确的，这是基于曾国藩对捻军的特点、僧格林沁的战略战术得失的认真研究。曾国藩认为，僧格林沁失败的主要原因是跟在赖文光的屁股后面转，因此根据其流动作战的特点，制定了一套“以静制动”的方略。他认为：剿捻一定要地方配合，各地督抚配合部队作战。其次，开展清查运动，割断捻军与百姓的联系。第三，也就是其河防大计的雏形，就是追缴和拦截相结合，临淮、周口、徐州、济宁四镇驻重兵，这是拦；另筹两支精锐游击捻军，这是剿。
这套策略既阻断了捻军和农民的联系，又从根本上打击了捻军的有生力量，以静制动，可谓好计。但是，好计也得执行到位，在具体实行时，曾国藩感到了自己作为一个光杆司令的尴尬。
要在黄、淮之间的广袤地区与流动作战的捻军周旋，军队至少要比捻军多上几倍。但是，曾国藩火急火燎地撤了湘军，现在自己手上只有刘松山、易开俊统带的两千余人。然而就是这点军队，听说要北上剿捻，也是个个摇头。刘松山杀了几个反对的士兵，才勉强带走军队。等到了黄河故道后，只剩了一半人马。
既然湘军已经成为历史，现在他能指挥的也就是淮军了。但是，这一调动，曾国藩尝到了自己那套军阀体制的苦头。淮军和湘军一样，属于军阀性质，只听李鸿章一个人的。曾国藩调集的淮军是刘铭传、张树声、周盛波、潘鼎新四支部队，共计两万两千人。可能曾国藩也是早有预感，他就让李鸿章之弟李鹤章管理营务，另一弟李昭庆协助军务。但是，淮军仍不买账，这也成了后来曾国藩剿捻失败的主要原因。
同治四年五月二十五日（1865年6月18日），曾国藩自江宁动身北上。这时候，捻军听说曾国藩来了，吃过曾国藩大亏的赖文光主动撤离雉河集，谨慎应对：一支由张宗禹率领，进入河南西部；一支由赖文光率领，转入湖北东部地区。曾国藩沉着应对，立即派刘铭传驻周口，刘松山驻临淮，张树声与周盛波驻徐州，调僧格林沁的部将陈国瑞去清江浦。曾国藩没想到，人还没出发，陈国瑞与刘铭传就上演了一出“窝里反”的好戏，大打出手，初来乍到的曾国藩不明就里，束手无策。
陈国瑞是僧格林沁麾下的著名悍将，湖北应城人，从小就是孤儿，十多岁参加太平军，后投降清军，被总兵黄开榜收为义子。陈国瑞打仗不怕死，往往身先士卒，所以升得很快。陈国瑞身材矮小，又经常穿着红盔红甲，人们戏称为“红孩儿”。
同治二年（1863），苗沛霖叛清，陈国瑞一马当先，领着队伍冲入苗的队伍里，万军之中取苗首级，一时声威大震。慈禧亲自给陈国瑞赏赐了各种珍品。
这一次僧格林沁追赶赖文光，陈国瑞在后面追不上。等他赶到时，僧格林沁已经被赖文光的乱军戳死，陈国瑞拍马大吼闯入捻军马队，抢回僧格林沁的尸体。山东巡抚阎敬铭、布政使丁宝桢以下文武皆以赴援不力获罪，只有陈国瑞的勇猛救主获得了清军上下的敬佩，慈禧也颇为欣赏。所以，陈国瑞领了僧格林沁的残部，仍然驻扎于济宁。
曾国藩受命出师以后，派刘铭传来到济宁。陈国瑞显然对刘铭传不甚友好，你来不来管我什么事。刘铭传无奈，就在城北的长沟集扎营。陈国瑞暴戾成性。手下兄弟这天来报告，城北的刘铭传手里有多支新式洋枪。陈国瑞一听，点起五百名兄弟突袭刘铭传营寨，杀死数十名淮军，抢走三百多条洋枪。
刘铭传当时不在营里，他的手下惧于陈国瑞的声威不敢动。刘铭传哪里吃过这亏。刘铭传是贩私盐出身，小时候因为聚党贩私盐与官兵打斗，吓死了母亲。刘铭传认为是清廷害死了他母亲，就举义旗，拉起了一队人马。李鸿章办团练以后，招安了刘铭传。刘铭传成为淮军的元老，淮军里人马最多、战斗力最强、武器装备最好的就是他的队伍。这陈国瑞吃了豹子胆，敢在刘铭传的头上动土。于是，刘铭传带领大队人马，大摇大摆地来到陈国瑞的军营，逢人便杀。陈国瑞身边的五百名卫兵被刘铭传的手下杀尽，自己也被俘虏了。刘铭传亲自审问陈国瑞，看他那身红盔红甲就来气，拿鞭子一顿揍，然后关在黑屋子里三天，直到求饶才放他回了济宁。
陈国瑞没了僧格林沁做靠山，只好找曾国藩告状。曾国藩听了，又气又恼，大军还没出动，自己人便火拼起来，要是换了湘军，曾国藩早就把这两个人吊起来打了。无奈自己手上无兵，无力对这两人怎么样。陈国瑞自讨苦吃，本该治罪，但他是清军倚重的人物，治了他，僧格林沁的残部谁带？刘铭传对陈国瑞大打出手，可谓够狠，但是刘铭传可是李鸿章给他的剿捻主力，他即使想治罪，那也得通过李鸿章。曾国藩从军以来，手下还没发生过这种互殴致死数百人的事件，足见作为大帅的曾国藩在这支队伍里毫无威信。
没办法，曾国藩只能苦口婆心地劝陈国瑞息事宁人。他还在陈国瑞的状纸上进行了一番评点，力图给他的人生找好方向。谁知这陈国瑞一根筋，给脸不要脸，一定要曾国藩给自己一个说法，否则就不去清江浦驻军。曾国藩心里比他火大还没地方发呢，索性参了陈国瑞一本。结果可想而知，陈国瑞被撤去帮办军务衔，暂留总兵实缺，若再不听军令，立即革去总兵衔，发往军台效力。陈国瑞戎马半生，方才弄得一个总兵之职，只得乖乖地跑到曾国藩面前低头认罪，把曾国藩的教诲记在了心里。可是，知易行难。至光绪年间，他因总兵詹启纶殴毙胡士礼一案受牵连而被革职，发配黑龙江，死于戍所。死前叹曰：“吾早从曾文正公之言，不及此夫！”
得了便宜的刘铭传成了剿捻淮军的榜样，从此，这些淮军就更难治了。往往是曾国藩有个什么命令，淮军要先请示李鸿章，李鸿章说可以才执行。这样的指挥机制，纵使曾国藩诸葛再世，也难有什么建树。
一次，曾国藩让刘铭传去守周口镇，这个地方是曾国藩计划中临淮、济宁、徐州、周口四镇中的要害之区，是捻军活动的中心地带，必须让刘铭传这样的将强兵精的部队驻守。但刘铭传心想这么危险的地方把我的人拼光了，李鸿章还不得扒了我的皮，于是拒不前往。因此，曾国藩、李鸿章、刘铭传开始了旷日持久的争论。李鸿章在其中表现得很中立：“小刘，曾公让你去你就去嘛”，“曾公，小刘不懂事，您多栽培”。但是，刘铭传咬定青山不放松，就是不去，明眼人谁不知道，这么做必然得到李鸿章的首肯。曾国藩发起狠来，跟李鸿章说，以后除了罢免官员这样的大事我需要跟你商量以外，其他的事你就不要管了。李鸿章虽然嘴上同意，但是暗中给手下书信说，不要管，什么事情都得我同意才行。
刘铭传在李鸿章的劝说下，磨磨叽叽地去了周口镇，可是李昭庆这边又开始尥起了蹶子。曾国藩当时想的是，既然赖文光自以为马队了不起，那我也建一支马队。他把僧格林沁的残余马队调到徐州，又把鲍超购买的口外八百匹战马解来，组成骑兵队。曾国藩左思右想，这支马队的首领必须要由骁勇善战的将领指挥方才镇得住，他想到了李鸿章的弟弟李昭庆。可是李昭庆想，这么点人如何能跟赖文光的马队对抗呢？只怕自己还没够着赖文光的马屁股就着了僧格林沁那样的道了。于是，李昭庆写信给大哥。李鸿章也怕弟弟献身剿匪这样的“小事”，就说，老师，你看能不能通融一下。曾国藩说，没有通融的余地。李鸿章无奈，只得告诉兄弟凡事先保命，别出头。这样，李昭庆每次行动，他的骑兵竟然比步兵还慢，弄得曾国藩哭笑不得。
曾国藩这次出师已经没了当年在湖南传檄出师的壮志，他唯求能善始善终，尽快完成任务。但是，大军未动，指挥就失灵；李鸿章还在旁边聒噪，深怕把他的宝贝淮军摔了弄疼了，曾国藩感到了深深的倦意。
3.防河计
曾国藩这时想念的就是自己的湘军，于是奏请调鲍超北上。鲍超对曾国藩十分敬畏，听到老首领召唤，欣然前往。曾国藩让鲍超招募了一些骑兵，最后编成了一支二十营一万五千人的队伍。
同治五年（1866）初，清政府起用在原籍养病的曾国荃为湖北巡抚。曾国藩正感到客军难带，就同意曾国荃出山，同时让曾国荃再招一批人。曾国荃召集彭毓橘、伍维寿、熊登武、郭松林等人，募得湘勇一万五千人，这支队伍被称为“新湘军”。
这样，我们来算一下曾国藩现在手里有多少人：由江宁出师时有湘、淮军三万余人，李昭庆新募马队九千人，陈国瑞统带的僧军旧部数千人，新调刘秉章淮军数千人，鲍超马步一万五千人，加上曾国荃的一万五千人，曾国藩现在手上有八万人左右。
手里有了一定的实力，曾国藩便开始寻找和捻军决战的机会。这时候曾国藩的策略还是原先制定的防守加追击相结合，为了和捻军决战，特别加强了追击的环节。但是这样，很容易犯僧格林沁的错误。
之后，曾国藩以游击制游击，同样组织四支游击之师进攻捻军。这四支军队分别是：潘鼎新、周盛波一支与刘松山、张诗日一支联合对付张宗禹、牛宏升部；刘秉章、杨鼎勋一支与刘铭传、李昭庆一支联合对付赖文光、任化邦部；鲍超驻守河南汝宁、南阳，随时准备出击；山东巡抚丁宝桢、河南巡抚李鹤年为一部。
这四支队伍一路穷追猛打，又犯了僧格林沁的老毛病。赖文光利用自己骑兵技术娴熟的优势，带着他们绕圈圈，等到四支队伍跑得人困马乏时，赖文光突然杀了回来，四队被杀得到处逃。赖文光觉得曾国藩的招数也不过如此，胆子越来越大，和曾国藩的队伍正面拼杀的次数也多了起来。
剿捻活动进行了一年多，捻军未被剿灭，曾国藩的人马倒是损耗不少。曾国藩哀叹，现在即使能追得上捻军，鲍超、刘铭传也未必是他们的对手。
曾国藩害怕再这样下去，哪天自己也会是僧格林沁那样的下场。这时，他想起了刘铭传防守沙河的建议。刘铭传曾建议，马队不利于水战，所以可以采取防守河道的办法，逐步缩小马队的作战空间，以达到最终歼灭捻军的效果。屡遭失败之后，曾国藩越来越觉得这是一个好计。
同治五年六月十四日（1866年7月25日），曾国藩来到徐州和刘铭传商量“防河大计”。曾国藩和刘铭传的意图是，利用自然河道，分段防堵，最终消灭捻军。曾国藩让部队分守黄河、运河、沙河与贾鲁河、淮河，把捻军困于黄、淮之间的狭窄地带，加以歼灭。各段的防务，曾国藩令各地的督抚管理，再派自己的手下分兵防守重点地段。
几天以后，湘军刘松山、张诗日部和张宗禹一部在河南西华、上蔡相遇。捻军觉得湘军好欺负，湘军则是一直在寻找决战机会，这下正好对上了眼。双方大战七天，大仗打了六次，捻军损失约六千人，这是自曾国藩率军北上以来的第一次大仗。十分高兴的曾国藩觉得利用防河之计，定能将捻军一举消灭在贾鲁河以西、沙河以南地区。由于防河工程刚刚开始，投入的兵力不够，捻军一看曾国藩要防河，立即于八月十六日（9月24日）夜间对河南抚标营河防发动攻击，很快突破防河进入了山东。
曾国藩没有坚持自己的防河计划，而是恼羞成怒地派刘铭传、潘鼎新、张树珊、刘秉章、杨鼎勋各部去山东追堵捻军，这一追，又走了僧格林沁的套路。
曾国藩要防河，可是捻军轻而易举就突破了防线，曾国藩又开始不停地追了，朝廷里立刻流言四起，说曾国藩的防河之策破产了。御史、言官则乘机对曾国藩大肆攻击。慈禧见曾国藩闹腾也快两年了，捻匪反而是越剿越嚣张，就多次来旨指责。
曾国藩回顾以前的剿贼方针，最高明的办法就是围堵。他坚信自己的判断，一次突破并不能说明防河计划堵不住捻军。但是，现在捻军确实突破了防河，窜到山东去了，曾国藩作为剿捻的首领，必须对这件事给一个交代。
曾国藩的交代很简单，好吧，既然都觉得我不行，我的身体也确实是不能胜任这份工作了，请求以“散员”身份留在营内，进一步落实“河防大计”。慈禧最终还是没让曾国藩留在军营里，也就是说，曾国藩的剿捻以全盘的失败而告终。
