在这两次访问的间隙，他还于1938年7月大学二年级毕业后到达伦敦，利用暑假时间在美国大使馆工作，并于假期结束后返回美国，参加哈佛大学三年级课程的学习。他的欧洲之行和课程学习的主要成果，是一篇论述英国绥靖政策根源的大学四年级优等生论文。他花费了两个月的时间写成了长达148页的论文：《慕尼黑的绥靖政策——英国民主从裁军政策缓慢转化为重整军备政策的必然后果》，《纽约时报》专栏作家阿瑟·克罗克帮助他进行了风格方面的修改，并根据温斯顿·丘吉尔的作品《英国沉睡的时候》推荐了一个标题：《英国为什么沉睡》。肯尼迪写成这篇论文之后，他的父亲鼓励他出版成书，这本书在美国和英国都得到了好评，销量巨大。
1940年6月他以优异的成绩从哈佛大学毕业，并获得了国际关系荣誉学位。同年9月，肯尼迪到斯坦福大学商学院学习，以便在加利福尼亚州恢复身体健康。他的研究生课程理应为商务和国际金融，但他仍然对政治学和国际关系十分感兴趣。健康问题再次导致他于1941年初回到美国东部，忙于找人撰写他父亲的回忆录。肯尼迪曾考虑申请进入耶鲁大学法学院学习，但他后来因陪同家人到南美洲旅行而放弃了这一打算。他游览了阿根廷、巴西、智利并且在乌拉圭、秘鲁、厄瓜多尔、哥伦比亚和巴拿马做了短暂停留。
1940年秋季，肯尼迪成为第一批被选定加入美国陆军的青年。由于他被斯坦福大学录取学习，因此二战时，他要到学年结束的时候才会被征召。但在1941年春季，他在体检时未能被陆军、然后是海军的军官预备役学校录取，这中间的主要原因就是他的背部、结肠和腹部的疾病问题。后来通过艾伦·柯克上校——柯克曾经是肯尼迪的父亲约瑟夫·帕特里克·肯尼迪在美国驻英国大使馆里的海军武官，当时负责华盛顿特区的海军情报局——的帮助，肯尼迪于1941年10月以海军少尉的身份到海军情报局外国情报处工作，成为一名情报资料传递人员。他的工作是核对并总结来自国外情报站的报告，用于海军情报局的资料汇编。由于12月7日日本偷袭了珍珠港（即珍珠港事件），肯尼迪所在的部门开始24小时不间断地工作，他的班次是夜班，从每日22：00到次日7：00，而且没有休息日。
也正是在这段时间里，他结识了英戈·阿瓦德并开始了一段充满浪漫的关系。但后来有情报显示，作为《先驱晨报》记者的英戈在德国的一次新闻活动中获得了可以接触到包括希特勒在内的纳粹高层的特权，所以英戈被怀疑是纳粹间谍。当他们的关系被披露后，肯尼迪被海军从情报局调往位于南卡罗来纳州查尔斯顿的海军造船厂干文职工作。后来，他与英戈的暧昧关系结束了，但仍保持了三年的通信和友情关系。
1942年7月海军批准了肯尼迪的出海请求，安排他到芝加哥西北大学一个分部的海军学校学习。肯尼迪的愿望是要指挥一艘鱼雷艇。这一愿望在1943年1月得以实现。他离开训练工作，受命带着4艘船前往佛罗里达州的杰克逊维尔，并在那里得到了新的任务，被安排到巴拿马运河执行巡逻任务，由于他不愿意“在战争结束前陷在巴拿马”，便请求调到南太平洋。
1943年3月，他踏上了前往美国和日本正值激烈交战的所罗门群岛的征程。成为PT-109艇的艇长。6月，肯尼迪的船被派往新乔治亚东南的拉塞尔群岛，7月被派往位于战区中部的新乔治亚西部的隆巴里岛。8月1日，他的船前往布莱克特海峡参与拦截一个躲过美国驱逐舰拦截的日本船队。
1943年8月2日，约翰·肯尼迪的船参加了拦截一个日本船队的夜间攻击任务。在战斗中，他的PT-109艇被一艘日本驱逐舰撞成两截后沉没，船上两人丧生，十一人落水，包括肯尼迪在内的六人抓住了漂在水面上的船壳，并将另外五名幸存者领回到漂浮的鱼雷艇残骸处。船上的工程师严重烧伤，因此肯尼迪不得不拽着他以抵御强劲的水流。当日下午2时，在漂浮了九个小时之后，鱼雷艇残骸开始下沉，肯尼迪用牙咬着受伤艇员的救生衣带子，在经过5个小时之后终于游到了一块60多米宽的小岛上。
由于该岛位于弗格森水道南部，是鱼雷艇的常用通道，因此，肯尼迪决定立即出发，以便打信号拦截船只等待救援。当时他已经36个小时没有休息。由于没有与任何船只相遇，他只能游回小岛。8月4日，肯尼迪与其他艇员一起游到附近的欧拉萨纳岛。8月5日，他与另外一名军官游到克罗斯岛。8月6日，艇员们被两名当地岛民发现，肯尼迪在椰壳上刻了一段话：“当地人知道位置，可以引路，十一人活着，需要小船。肯尼迪。”托岛民带到鱼雷艇基地所在地伦多瓦岛。
8月7日，岛民带回一封新西兰步兵中尉的回信，信中说：“我强烈建议你们跟这些当地人到我们这里来，同时，我将用电台联系你们在伦多瓦岛的上级，然后落实如何去接你们剩下的艇员。”8月8日，肯尼迪到达新西兰人的驻地。在经历了七天艰苦逃生后，所有艇员在不到24小时里都被送到了伦多瓦岛接受治疗。
肯尼迪在这一事件中表现出的勇气和决心使他成为了各大报纸的头条新闻人物，并先后获颁二战紫心勋章、亚洲-太平洋战役奖章、二战胜利纪念章、海军勋章以及海军陆战队勋章等诸多奖章。后由于身体上面的原因，他于1944年初回到美国就医，其间在迈阿密鱼雷艇基地当教官。
1945年3月1日，他的名字上了美国海军退役人员名单，仅仅几个月之后，日本就宣布投降，第二次世界大战结束。第二次世界大战之后，肯尼迪进入美国政坛。
1946年，他参加了众议院选举。在那一年的选举当中，民主党的形势不容乐观，自1930年以来首次失去了国会参众两院的控制权。但肯尼迪的表现却依然不错，由于马萨诸塞州的国会众议员詹姆士·柯利将出任波士顿市长，在国会中留出了一个空缺，经过努力，肯尼迪在竞选中获得了胜利。
1947年1月，约翰·肯尼迪到华盛顿特区上任。当时恰逢民主党经济状况发生重大变化、全国上下开始担心共产主义威胁的时候，而且哈里·杜鲁门总统当时也受到了猛烈的抨击。在众议院里，他反对塔夫托·哈特利劳工法（即哈特利提案），发起国家退伍军人住房会议。1948年11月他再次当选众议员。此间，他提出过低房租公共住房和援助公私立学校的议案，建议削减对非洲和近东地区的浪费性援助。
1952年他以“肯尼迪将为马萨诸塞做的更多”为口号参加了参议院席位的竞选，并战胜了势头强劲的对手亨利·洛奇赢得了一个马萨诸塞州参议员席位，在总计2353231票中领先洛奇70737票，两人的得票率为51.5%：48.5%。在成功当选参议员后，约翰·肯尼迪的首要考虑是要建立一个办公室，以满足他为之服务的马萨诸塞州的需要。而肯尼迪将进入参议院视为他获得更高权力的一个跳板是个不争的事实。
1955年9月，在德怀特·艾森豪威尔总统心脏病发作，传言他不可能竞选连任的情况下，肯尼迪计划获得1956年副总统候选人的提名，并成为他担任8年副总统的前奏，然后是1954年竞选入主白宫，而到那时，他刚刚37岁。但在民主党全国代表大会上，田纳西州的参议员埃斯蒂斯·基福弗获得了副总统候选人的党内提名。竞争提名失败后，肯尼迪于1956年到1957年间制订了一项战略，以照顾到民主党在民权问题上的各个派别，在1956年，围绕陪审团庭审修正案的争论引起了相当的关注，而肯尼迪投票表示支持陪审团庭审。
1953年9月12日，约翰·肯尼迪与杰奎琳·李·布维尔在罗德岛州结婚，他们的结合被描写为“年度名人婚姻”。从1953年7月开始，他的背部疾病开始严重，在1954年4月进行的一次X光检查中显示，他的第五节腰椎已经断裂。10月21日，他做了一个长达3个多小时的手术，将一个金属盘插进了腰椎里以固定脊椎骨，但由于插入的金属盘被感染，1954年2月的又一次手术将它取出。
肯尼迪一直休养到当年5月才返回参议院。在这段时间及其后的近两年时间里，肯尼迪数次面临生命危险，曾先后四次接受了天主教的临终祷告。1956年他发表了一篇有关自己脊背外科手术的文章《我的病中体会》，最后定名为《当仁不让》，书中讲述了美国历史上8位著名参议员的职业生涯，该书出版后成为全美畅销书，并在1957年获颁普利策传记文学奖。
自从1950年之后，约瑟夫·雷芒德·麦卡锡与肯尼迪家族的交往日渐频繁，麦卡锡在成为参议院的焦点人物之前就与肯尼迪的父亲老约瑟夫·帕特里克·肯尼迪结下了深厚的友谊。老约瑟夫·帕特里克·肯尼迪曾花费数千美元的资金支持麦卡锡，并在后来成为了他主要的支持者之一。
20世纪40年代之后，老约瑟夫·帕特里克·肯尼迪常常在自己位于海厄尼斯港的别墅里与麦卡锡共度周末。而且麦卡锡曾经追求过肯尼迪的四妹帕特·肯尼迪。在1952年的参议院竞选当中，老约瑟夫·帕特里克·肯尼迪与麦卡锡达成了一笔交易：麦卡锡在马萨诸塞州的投票中支持民主党候选人，而约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪则不会在国会关于谴责麦卡锡主义的表决时投票支持该决议。
1953年，肯尼迪的父亲又要求麦卡锡聘请约翰·肯尼迪的弟弟罗伯特·弗朗西斯·肯尼迪为自己的高级职员。1954年9月，在经过了9天的听证之后，国会的一个特别委员会建议“谴责”麦卡锡破坏参议院规则。当年12月2日，参议院以67：22的表决结果通过了这一谴责。而在民主党中，唯一一个没有投票反对麦卡锡的（更确切地说，没有就此问题投票的）是肯尼迪。
1960年，他在一次为自己的辩解中说：“我从来没有说过我是个十全十美的人。我见过大多数人犯过的错误。麦卡锡的事情？我当时处于一种非常尴尬的处境。我的弟弟在为麦卡锡工作。”但肯尼迪后来十分后悔自己的决定，因为他没有同民主党伙伴和参议院的大多数人一起谴责麦卡锡的这一不光彩行为成了此后一个长期的政治遗留问题。事实上，在1954年7月，在陆军听证会结束的时候，即参议院第一次考虑公开谴责麦卡锡的时候，肯尼迪准备通票反对他。
尽管由于年轻、天主教的信仰、来自民主党内领导人的有限支持以及自己身体方面的疑问，肯尼迪无法在1960年有把握地竞选总统，但他仍宣布自己有意在1960年大选中竞选美国总统。
事实上，肯尼迪觉得这件事本身就是一种前所未有的政治能力的表现。虽然在美国历史上曾有一小批候选人在不到50岁的时候会入主白宫，但还没有谁在43岁就登上总统宝座。在威廉·麦金莱总统遇刺后，西奥多·罗斯福继任了总统职务，但他在1904年竞选连任的时候已经46岁了。更重要的是，历史上只有一位天主教徒竞选过总统——1928年的阿尔·史密斯，并且他惨败在赫伯特·胡佛的手下。
从1957年开始，全美各地邀请他进行演讲的邀请函多达2500多份，而他同意在47个州做144场演说，平均两天一场。1958年初，他每星期收到的此类邀请函平均达100份。民主党在48个州的领导人大都表示肯尼迪是个很有可能参加竞选的人物。1956年民主党代表大会的1220名代表中有409人支持肯尼迪参加1960年总统竞选。在对肯尼迪有所认识的所有潜在选民里，有64%的人相信他具有当总统的背景和经验。
肯尼迪在马萨诸塞州成功连任参议员以及自1956年民主党代表大会以来在全国范围内越来越大的知名度，使他成了许多人心目中1960年总统竞选的有吸引力的候选人。他的活力被看做是应对苏联挑战、经济萧条、种族隔离和“杂乱无章的美国生活”的优势。
尽管肯尼迪取得了广泛的支持，但毕竟他太年轻，国会中的民主党人在总统候选人提名问题上将他排在第四位，列在林登·约翰逊、阿德莱·史蒂文森和密苏里州参议员斯图尔特·塞明顿之后。倾向于让他竞选副总统。肯尼迪并没有接受这一建议，他曾说过：“我没有兴趣竞争副总统，我的兴趣是竞选总统。如果我要当选总统，我就会在1960年成功。如果我这次不成功，那么我可能要等上8年时间，那时会出现一些新的面孔，而我就会靠边站。”
为了抵抗阻碍他的势力，肯尼迪在一开始便公开否认自己是个候选人。在民主党进行的初选中，他面临的主要挑战来自明尼苏达州的参议员休伯特·汉弗莱和德克萨斯州参议员林登·约翰逊。到1959年秋季，尽管肯尼迪还没有宣布参加竞选，但他已经启动了紧张而疲惫的日程安排，奔波于全国各地，在形形色色的场合向规模不等的人群发表演讲。提高肯尼迪的支持率是赢得胜利的关键，为此，他的弟弟罗伯特·肯尼迪放弃了在参议院的工作，担任了竞选运动的经理。并立刻于1959年10月底在海厄尼斯港别墅里召开了17位主要人员参加的会议。
