然而新教继续反对清朝的统治，并在19世纪60、70年代的回民大起义中起了重要作用。左宗棠遇到的最大的军事问题，如他自己所承认的，是新教信徒顽强而激烈的抵抗，最大的政治问题是在被蹂躏的新教根据地进行重建。
有一个叫马二的人，据清朝官方的材料说，他继承了新教领袖穆大阿浑阿訇的白帽子和红袍子。穆大阿浑在临终前命令他的儿子和信徒们拥护马二。后来，马二被清政府凌迟处死，而他的儿子马化龙则成为左宗棠最难对付的敌手。
一系列琐屑的事件导致了19世纪回民大起义。1858年，在陕西，几个回族儿童在汉人的镇子上卖水果，同汉人发生了争吵，清地方官不予排解，待到回民代表们进行第三次请愿时，他又失去了忍耐，命令打他们。回民被激怒了，几千人冲入一个汉族村庄，结果双方都死了人。清政府把这个地方官召回西安去，并派军队去恢复秩序。但是回民都认为清政府偏袒汉人。
在1861年和1862年间，回民起义者在陕西和甘肃到处采取激烈的行动。1862年，一支太平军通过西安附近时引起了骚扰，由此形成了陕南大规模回民起义。一支被河南巡抚遣散的600人的回民队伍，在返回甘肃路经陕西华州时，未经汉族主人的允许就砍了他家花园的一些竹子，这汉人召来了一群人和民兵。据回民方面宣布的消息说，冲突中有两个回民被打死，附近的回民家宅在当夜被烧毁。而官方的报告则说，这是回民阴谋策划大规模叛乱的第一个证据，因此派军队前去帮助民兵。
战斗沿着渭河迅速展开，回民大起义随后爆发。起义军杀死了民兵首领，包围了西安。白彦虎和其他几个人成为起义的首领。1862年秋天，他们同太平军建立了联系。
整个西北回民迅速响应起义，陕西巡抚瑛棨请求援助。他和朝廷首先考虑的是多隆阿，但多隆阿当时正在对付太平军，因此清廷改派胜保负责陕西军务。胜保未能取胜，于1863年初为能干的多隆阿所取代。多隆阿发动了一次猛烈的袭击，占领了许多叛乱据点。太平天国派去帮助回民的指挥官，有两个被杀死，其余的投降了。陕南回民起义失败了。据说，在白彦虎带领回军残部去甘肃时，200平方里的地区被清军扫荡一空。
然而，清军的胜利是暂时的。1864年，多隆阿兵败身亡，起义迅速发展。新教的主要领袖马化龙控制了从宁夏到秦安一带，其中包括平凉和他的出生地金积堡。往西，在河州有马占鳌，西宁有马桂源，肃州有马如龙。在几年中，回民占领了宁夏府、肃州、兰州和许多小城市。形势日益险恶。
到1866年，清政府的政策发生了明显、急剧、根本性的变化，但是，如同在1864年平息太平天国以前不可能全力对付捻军一样，在镇压捻军以前也不可能全力对付西北回民起义。在1866年晚些时候，清廷任命左宗棠为陕甘总督，负责镇压回民起义，但是左宗棠的计划直到1868年9月才被批准。11月，他抵达西安。
左宗棠和其他官员清楚地知道政治攻势必须建立在这个传统箴言的基础上：“不论汉回，只辨良莠。”新教信徒当然是刁民了。而当务之急是纠正不合理的税收，为受冤者申冤，惩处不法的军队——他们在居民中引起骚乱。他强调，平叛的基本方策不能仅仅依靠军事策略。
然而，左宗棠优先考虑的还是军事。他面临的是一个棘手问题：补给线太长，而且得通过人烟稀少的贫困的敌对地区。当地几乎没有可以动用的资源。他的对手不仅是老练的游击队领导人，而且是有着狂热信徒追随的宗教领袖，他们能够利用古老的种族、文化、地域之间的仇恨进行煽惑。从1864到1871年，他们一直在攻打历史上惟一的一条通往新疆的通道。激烈战斗就沿着这条经过蒙古和西藏间的沙漠和山脉的狭窄通道进行。
左宗棠计划在5年中平定陕甘，结果他成功了。他于1868年11月抵达西安后，即兵分三路：北路，由刘松山率领，从陕北跨过黄河奔向绥德，他的实际目标是马化龙的金积堡；南路，由周开锡率领，经泾州进入河州地区；中路，由左宗棠和刘典率领，从陕西沿大路奔向甘肃。
北路具有决定性。刘松山的第一个行动是清除由董福祥率领的在陕西、甘肃、绥远交界地区进行骚扰的“地方”回民土匪。董福祥后来在义和团运动中享有盛名。刘松山到达绥德时，发现董福祥的堡垒散布在延安和榆林间。他发起进攻，打垮了董福祥，并追击其残部直到鄂尔多斯南部。董福祥的父亲和董福祥先后投降了，此后一直忠于清朝。董的部队一直是流动而独立的。平叛胜利后，清廷鉴于董福祥的忠诚，把这一地区许多不屈服的回民家庭的财产赏赐给他。这奠定了董氏家族其后几十年的家产。陕西回民余部向西转移进入甘肃。到1869年秋天，陕西已大体平定，于是左宗棠转而全力对付甘肃和宁夏的回民起义。
1870年初，刘松山向回民义军的主要根据地金积堡——新教的发祥地、叛乱的堡垒、中国伊斯兰的麦地那、马化龙的大本营——发动首次进攻。在这一战役中，清军转败为胜并无情地屠杀对方幸存者。马化龙是一个顽强的对手，他的追随者比其他回民起义者更贫穷更愚昧，他们认为他们的领袖是圣灵的化身，等同或超过穆罕默德，他通过神启而无所不晓。
这是一场残酷的战斗。刘松山的第一次进攻失败了，伤亡惨重，刘本人也阵亡。马化龙巩固了他的阵地，而且能派兵去陕西袭击左宗棠的交通线。当白彦虎赶去援助马化龙时，感到极大震惊的清廷立即命令李鸿章前去拦截。然而，左宗棠设法恢复了他的阵地。他任命刘松山的侄子刘锦棠去金积堡前线指挥。残酷无情、决心报仇的刘锦棠迅速切断黄河堤坝，并紧紧包围金积堡。1871年初，金积堡陷落；马化龙投降了，他这样做是否为了拯救正在挨饿的居民，不很清楚。无论如何，大赦是没有疑问的。马化龙全家被凌迟处死，家宅被铲平，此后不许回民住在金积堡。马化龙的远亲都被发往黑龙江（实际是某种死刑），此前清政府已查明那里没有这可怕又可恨的新教的踪迹。
收复金积堡是西北战役的第一个大胜利。左宗棠生动而洋洋得意地报告了这个镇子完全毁坏的状况和匪首被处死的情景。左宗棠因此获得了许多崇高的荣誉和赞扬，所有这次战斗中有功人员都得到了奖赏。
收复金积堡之后，清军在西北已占有明显优势。左宗棠向清廷报告了先头侦察部队已到达甘肃通贵堡地区和他打算招降回匪残部的计划，而清廷正急切盼望着最后的胜利，因此一再谕令左宗棠不要用招降来浪费时间，不要只采用怀柔之策，而要抓住有利时机获取军事上的全胜。[14]
如果考虑到这一地区的地形，那么左宗棠是不应该被指责为闲混的。1871年4月22日，清廷在接到收复通贵堡的报告之后发出一道温和的上谕。尽管当时有许多回民起义首领都躲在设防的回民居住区内，但清军并没有肆行抢掠和屠杀，相反，发布了一个布告，敦促“良回”揭发他们隐藏起来的不肯改悔的叛乱者。
新的胜利接踵而来，下一个主要目标是攻取河州。几年来，河州的回民义军一直在议论谈判投降的问题。义军首领马占鳌虽然一直成功地顶住了周开锡所率清军的进攻，但是他不相信回民能够获得最后胜利。而在帝国一方，左宗棠也想避免再来一次像金积堡那样的围攻，他表示要大赦。于是，马占鳌投降了。这里也有些惩罚，但是避免了金积堡那样的死刑、流放和大规模迁移人口。一批河州回民的头面人物被授以政府的头衔和官职；马占鳌一家后来成为甘肃穆斯林社会中最有权势的一家。在西宁，马桂源甚至在刘锦棠的大军于1872年12月到达以前就失去了地盘。刘锦棠到达后，有些回民被处死，有些投降了。马桂源率残部逃到巴燕戎格城，不久被俘，此消息于1873年4月7日被公布。
平定西北各省战役的最后阶段是从向肃州发动大规模强攻开始的。从1865年以来，肃州一直被马文禄占据着。在好几年中，清廷多次谕令乌鲁木齐提督成禄进攻肃州，但是他毫无进展，最后被召回处死。1872年夏天，左宗棠发动了夺取肃州的新战役。1873年秋天，他亲临城下指挥。11月，城陷，清军大肆烧杀抢掠，甚至超过在金积堡所为。为数不多的肃州回民，其中包括白彦虎，逃往新疆，从那里进入俄罗斯境内，他们的后人一直生活在那里。
在这最引人注目的中兴战役中，清廷谢绝了俄国提供援助的建议。除了由左宗棠谈判的几笔私人贷款而外，也没有西方的援助。
清军收复肃州，不仅平定了西北，而且平定了全国。太平军、捻军、西南回民和各地方起义，都早已被镇压下去，这个中央帝国终于平静了。
平定云南
对于清政府来说，西南回民起义（所谓的班泰叛乱）似乎太遥远了。曾国藩曾说：虽然云南非常遥远，贵州非常贫穷，但皇上将保卫每一个臣民和每一寸土地。然而他提出的方案表明他无论对云南、贵州，还是对穆斯林，都是无知的。
在19世纪50年代杜文秀起义以前，云南的起义已如火如荼。在这一地区，村庄离县衙很远，就像县衙离省衙，省衙离北京一样遥远，因此官员们稀稀落落地分布在各处。这里一向土匪众多，特别是靠近边界地区，而且不怕官府。土地税和军赋非常重，而且回民比汉民更重。由于管辖的范围太大，吏治腐败，省抚大员臭名昭著的无能，法律不能公正地执行。回民最不满意的就是地方官在处理回汉争端时偏心。
云南大多数的骚乱是起因于各种地方矿厂的暴乱。在19世纪中叶，由于这个省人口的增加，汉人所开的矿已经枯竭，于是他们转向更远更富的地方去开矿，而那里的矿正由多年前被他们驱赶去的回民开采着。这就引起了冲突和回民暴动。1845年，一个银矿发生暴乱。1855至1856年冬天，一个金矿爆发了起义。有关的史料很少，准确的情况不得而知，但是可以肯定，在地方官采取行动以前，局势已失去了控制，而且在1856年2月，许多回民村庄被焚毁，死了许多人。在当地汉人呼吁昆明（云南府）给以援助时，回民已进行了报复，而且事后大多数回民头头都逃跑了。这使许多汉人相信，一场大规模的回民起义已迫在眉睫。因此，一些官员发出命令，定于1856年5月19日对回民进行预防性大屠杀。云贵总督因未能阻止他的下属所为而自杀了。他的继承人也没有更好的命运。汉人在地方官的支持下疯狂地滥杀，于是回民和其他少数民族大起义就爆发了。
回民义军发展迅速。马如龙于1857年攻打首府昆明，并切断其粮道。次年，杜文秀攻占大理，并在那里建都，长达15年。
19世纪50年代末，云南地方官都是平庸无能之辈，他们不但未能镇压叛乱，反而使之扩大了。在1856年回民起义以后，局势一片混乱，许多地方官弃职逃往昆明，昆明的官员更加胆怯无能，不负责任，并且彼此猜疑。史料中有一串惊人的刺杀、自杀、突然免职的人名单。在这一时期的督抚中，一个被刺杀，一个自杀，一个疯了，一个拒绝到这省就职，有几个因为十足无能而被召回。清廷命令黄琮仿照曾国藩组织新团练，他未能成功，也自杀了。
当时，马德新（字复初）和他的两个追随者马如龙和杜文秀掌握了整个起义。马如龙在滇南，杜文秀在滇西。云南和西北的回民义军首领有某些相似之处：杜文秀战斗到底，像金积堡的马化龙，马如龙像降清的董福祥。马德新是个著名的宗教领袖，他设法保持中立，在西北回民义军首领中没有与他相似的。他是大理地区一个商人的儿子，先后受过汉文化教育和伊斯兰教育。他曾去麦加朝圣，到过埃及，在君士坦丁堡逗留两年，于1846年返回云南。马如龙出生于一个颇有资望的穆斯林家庭。他曾跟从马德新学习阿拉伯文（他们可能是亲戚），考取过武秀才。在这次大起义爆发时，他是一个矿厂的管理人，他的胞兄在第一次大屠杀时被杀（译者注：马如龙的胞兄马云珍于1855年5月在与汉绅潘德争夺云南南安州〈今双柏〉属石羊银厂冲突中被杀）。有关史料说，他是一个勇敢善战的战士。杜文秀深受太平天国起义的影响。他有远大的理想。他在大理建立了平南国，使用精制的国玺，筑起了紫禁城，人人都穿着明朝的衣服。
同为回民的领袖，马德新、马如龙和杜文秀早就有联系，但是他们的学说有重要区别（以马德新、马如龙为一方，杜文秀为另一方）。饱学的、虔诚的马德新认为穆斯林的信仰必须保持纯洁，不能浸没在普通汉人的人生观中，但是他的信条与儒家教义并无不同。云南提督（兼管云南的教育，本人还是一名翰林）在1859年写道：马德新是一个优秀的人，他所提倡的生活方式与儒家的纲常和传统道德是一致的。云南巡抚也有类似的看法。马德新的信徒们说他不仅教穆斯林懂得其信仰的真正意义，而且通过指出伊斯兰教义与《易经》、孔子、孟子、理学和汉族著名诗人的相似之处，与墨子、杨朱和其他令人疑虑不安的学说的不同之处，向儒家学者说明伊斯兰教的真义。[15]马如龙紧紧跟随着马德新，并被中兴之臣视作可以招抚的“良回”的好榜样。
