一、常规的启蒙
科学与玄学论战之前，《努力周报》虽然主要精力放在论政上，但实际上并没有放弃思想和文学方面的启蒙工作，差不多每期都给非论政的文字留有一定量的版面。周报上的启蒙工作基本上是围绕着思想、文学这个大的方向，话题也都属于新文化运动时期曾经开展过的范围，作者写来的稿件符合要求，即予以刊登，随机性较强。属于启蒙性质的文章，主要有诗歌和小说等文学作品、文艺批评、学术考证、西方历史与文化的介绍与论说以及文风问题的讨论等。科学与玄学论战开展之后，启蒙的中心话题由常规性质变成了新形势下特定性质。与此同时，常规性的启蒙也没有中断，周报依然在开展着相关的讨论。
周报的创刊号和第2期连载了陈衡哲的《基督教在欧洲历史上的位置》。
作者不愧是中国留学美国的第一位女硕士，在她的笔下，一部枝枝蔓蔓、跨时两千余年的基督教演变历史，被梳理得清清楚楚、干净利落。作者当然不是无端地发思古之幽情，而是有着强烈的现实针对性的。文章一开头就说：自从传出世界基督教学生同盟要于1922年在清华大学开会的消息，中国国内就发生了一个声势很大的非宗教运动。作者认为，“宗教战争，或是和它相类的行为，是决计不会发生在中国的，除非大家希望那一类的事出现。”作者梗概而清晰地阐释了基督教的历史后，又一次把视角转向中国的现实中。她认为宗教改革后的基督教“已经成为一种不能为善不能为恶的物件了”，而当年基督教之所以能盛行于欧洲，是因为欧洲太黑暗了。如今世界基督教学生同盟要在清华开会，并不是什么可怕的事，因为“今日中国的社会固然黑暗”，但比中世纪的欧洲还是要光明些，中国总还有一些自己的固有的文化基础，想让中国人都变成基督徒肯定是幻想，为之惊慌失措也是完全没有必要的，“也未免对于自己太没信心了”。
说起来，世界基督教学生同盟要在中国开会，当时的确掀起了很大的声浪，中国出现了非宗教同盟和非基督教学生同盟。陈独秀这位新文化运动的领军人物，此时已经信仰了共产主义，他也就此事发表了相关的文章，较有代表性的为《基督教与基督教会》和《对于非宗教同盟的怀疑及非基督教学生同盟的警告》。在《基督教与基督教会》中，陈独秀以阶级分析的方法，对教会给予根本的否定，理由是：教会保佑本国资产阶级政府在杀人如麻的世界大战中取得胜利；各国教会均向资本家摇尾乞怜，没有财产的新教教会更甚，我们眼见青年会在中国恭维权贵、交欢财主、猎人敛钱等种种卑劣举动；在华教会学校重视外文轻视科学，甚至以介绍异性朋友为手段劝诱信教。“纵观基督教教会底历史，过去的横暴和现在的堕落，都足以令人悲愤而且战栗，实在没有什么庄严神圣之可言。”在这篇文章中，陈独秀对基督教教教义采取了“两分法”。他认为，上帝不会既全能又全善，否则的话，人类的万恶世界是谁创造出来的？基督降生、复活等说法也缺乏历史和科学的依据。“博爱、牺牲，自然是基督教教义中至可宝贵的成分；但是在现在帝国主义、资本主义的侵略之下，我们应该为什么人牺牲，应该爱什么人，都要有点限制才对，盲目的博爱、牺牲反而要造罪孽。”在《对于非宗教同盟的怀疑及非基督教学生同盟的警告》中，陈独秀表示：从个人信仰来说他反对一切宗教，甚至反对中国儒释道及民间多神信仰超过了反对基督教，所以“对于非宗教同盟并非根本反对”。
但他要辩驳的是，非宗教的界定有些混乱，不能以是否信神作为标准，因为信神只是宗教一个特征而非全部特征；若以凡是迷信或有信仰便是宗教，那岂不是把主义和学说都排斥了？基于此，陈独秀认为目标比较集中的“非基督教同盟”应该得到肯定，因为“可以使群众得着一个明了正确的观念”，“对于学生界非基督教运动，却十分赞同”。陈独秀接下来又重复了他对基督教教会全面否定和基督教教义本身自相矛盾的观点，以证明非基督教同盟的正当性。但陈独秀也“警告”学生们，在华的教会学校并非没有人同情，“因为教会学校的学生对于社会服务、接近社会及纪律的卫生的训练这两点，实在比较中国公私立学校的学生要好得多。”陈独秀说：“所以我敢警告非基督教的学生，若没有猛勇的觉悟与改革，在优胜劣败的原则上，我恐怕不但不能战胜教会学校，还要让他的势力蔓延全中国教育界，此事宁不痛心！”同为新文化运动积极参与者的周作人，站在思想自由的立场上对非宗教同盟和非基督同盟表示不赞成，他与钱玄同、沈兼士、沈士远、马裕藻等共五人于1922年3月31日在《晨报》上发表了《主张信教自由的宣言》，提出：我们不是任何宗教的信徒，我们不拥护任何宗教，也不赞成挑战的反对任何宗教。我们认为人们的信仰，应当有绝对的自由，不受任何人的干涉，除去法律的制裁以外。信教自由，载在约法，知识阶级的人应首先遵守，至少也不应首先破坏。我们因此对于现在非基督教非宗教同盟的运动表示反对，特此宣言。周作人在4月5日《晨报》上的《拥护宗教的嫌疑》文中进一步挑明发布宣言的立场：“冠冕的说，是为维持约法上的信教自由，老实的说一句，是要维持个人的思想自由。”当然，就个人的好恶来说，周作人对基督教还是有好感的。
1921年9月他在《晨报》上发表的《山中杂信》认为，基督教或许有助于中国人“人心”的建设：
我觉得要一新中国的人心，基督教实在是很适宜的。极少数的人能够以科学艺术或社会运动去替代他宗教的要求，但在大多数是不可能的。我想最好便以能容受科学的一神教把中国现在的野蛮残忍的多神——尤其是拜物——教打倒，民智的发达才有点希望。不过有两大条件，要紧紧的守住：其一是这宗教的神切不可与旧的神的观念去同化，以致变成一个西装的玉皇大帝；其二是且不可造成教阀，去妨碍自由思想的发达。周作人也不认为基督教在现代社会里能阻碍科学的进步，他在1922年4月19日发表在《晨报副镌》上的《小杂感》中感慨：“科学与宗教果然不并立么？
倘若答说YES，那么科学最发达的德国应该早已没有宗教，而‘一片干净土，算是无教之国’的我中国应该科学最是发达了。”周作人等人的宣言发表后，陈独秀于同年4月7日《民国日报》副刊《觉悟》上发表了致周作人等人的信，诘问为何强调信教自由，而对于反对宗教者自由不加允许？陈独秀认为指斥宗教在欧洲是极寻常的事情，中国的青年人刚刚萌动反宗教、破除迷信、趋于理性的这种好现象，不应该遭到反对。青年人的反对宗教，均为私人行为，不会对个人自由构成干涉和破坏，而上海等地非基督教学生开会已被禁止，已经没有了言论集会的自由了。陈独秀责问：“基督教有许多强有力的后盾，又何劳公等为之要求自由？公等真尊重自由么？请尊重弱者的自由，勿拿自由、人道主义许多礼物向强者献媚！”周作人读到陈独秀的信后，即于4月11日的《晨报》上发表复信，认为此番对于宗教的声讨，实际“即为日后取缔信仰以外的思想的第一步”，陈的信进一步验证了对压迫个人思想自由的担心不无道理。周认为，思想压迫有时并非仅仅来自于政府，“人民用了多数的力来干涉少数的异己者也即是压迫”，周请陈弄明白，实际上在中国主张思想自由的人恰恰是需要“尊重”的“少数”。
1922年4月23日的《民国日报》副刊《觉悟》上又发表了陈独秀回应周作人的信，陈在信中反问周：既然你主张一切思想皆有不许别人反对的自由，那么当年大家反对孔教等岂不是犯了反对思想自由的错误了吗？蔡元培有些反感基督教，更担心基督教玷污学生的心灵。在蔡元培的相关表态里，没有对基督教进行阶级分析，他强调尊重信教自由，同时也强调不信教的自由，信教与不信教二者同等重要。蔡是理性主义者，他与胡适一样，高度自律，执著追求，已经超越了靠宗教维系自信的层面，所以他明显地不喜欢包括基督教在内的各种宗教。蔡元培1922年4月9日在北京非宗教同盟讲演大会上的演说《非宗教运动》，认为“因为现今各种宗教，都是拘泥着陈腐主义，用诡诞的仪式，夸张的宣传，引起无知识人盲从的信仰，来维系传教人的生活。我所尤反对的，是那些教会的学校同青年会，用种种暗示，来诱惑未成年的学生，去信仰他们的基督教。”蔡元培主张学校里不开设宣传教义的课，但可以开设宗教史等课程，不得举行祈祷仪式，以传教为业的人不得参与教育事业。蔡元培认为既然信教自由，有了“宗教同盟运动”，那么自由地开展“非宗教”运动“用不着什么顾忌呵！”蔡元培的演说发布后，陈衡哲果然从思想宽容的角度提出质疑。
7月3日陈衡哲写信给蔡元培，认为非宗教运动自有其某些合理性，但存在偏颇，对蔡元培态度的导向作用表示忧虑：
兹有陈者，近来学界非宗教运动之声，甚高甚烈，此近年来差强人意之事，凡稍知传教主义之祸害者，当莫不与之表同情，哲亦其中之一人也。
然窃有虑焉：以为此类运动，最易走出轨道以外，往往因之忘其本来之目的。哲观各处反对宗教之文电，几无一能持平心静气之态读者；而且所持之理由，又大率肤浅，不从历史及学理上立论，但专事谩骂，此岂足以服敌方之心哉？方以为学界领袖如先生者，将从而指导之，纠正之，俾泛滥之水，得归河道，以为社会之用。不意近报又载先生已为非宗教同盟会干事之一人。意者，先生因不胜其疾恶之念，遂以为凡能反对此恶者，皆在赞成之列耶？抑有人借大名以自重耶？哲以为先生之赞成非宗教同盟，实与此运动之前途有绝大之裨益；不特肤浅之学子，因此得承教诲训导之方，且以先生之人格为表率，则其间之空气，亦自能日趋清明高尚之境。故先生之赞成非宗教运动，非哲之所惑也；哲之所惑者，先生之无条件之赞成耳。……蔡元培接陈衡哲信后，即于29日回函：承示弟对于非宗教运动，不当为无条件的赞成，诚然诚然。但弟不甚爱惜羽毛，凡大体可取之集会，有拉弟加入者辙应之。“非宗教”，本为弟近年所提倡之一端，不过弟之本意，以自由选择的随时进步的哲学主义之信仰，代彼有仪式有作用而固然不变的宗教信仰耳。此次“非宗教”同盟发布各电，诚有不合论理之言。然矫枉终不免过正，我等不能不宽容之，不忍骤以折中派挫其锐气。弟在大会之演词，仍是平情之论，此文弟可负责，其他通电弟不负责也。作为周报的负责人，胡适的立场是什么呢？他连续两期刊发了陈衡哲的相关文章，但没有就这些文章展开讨论，说明他是赞成或起码不反对陈衡哲观点的，也就是说他是从担心思想自由受到限制才选登陈衡哲文章的。
胡适对信仰基督教是没有兴趣的，对礼节性参与教会的活动也保持着警惕和距离，1922年4月7日他的一则日记可以提供有力证明——有些基督教徒真可恶！今天的Edwards（爱德华兹）来说，下星期二穆德在青年会演说，他们要请我去做主席。我起初以天津的演说来推托，后来一想，我还是老实告诉他们罢，因此我写了一封信给Edwards（信为英文，日记附译文，此处英文略——引者注）：
……让我来主持星期二的会议，是不合适的。我想您是知道我对于基督教组织的态度的。两年前，在那次卧佛寺会议上，我就当着在场的许多基督徒的面，宣称过我是一个无神论者，从来无法接受基督教的上帝和灵魂不死的观念。我过去，而且现在，仍然反对一切宗教劝诱行为。因此，特来信请您原谅：我不能主持星期二的会议。我知道，您作为一名好的基督徒，把坦诚看得比礼貌更珍贵，故而，我开诚布公。我确信您会谅解的。看来，《努力周报》在非宗教问题上的立场是与周作人等人有很多相同的地方的，而与陈独秀完全不同。
陈衡哲在基督教问题上采取的是宽容的态度，强调的是基督教近代以来的“不善”也“不恶”，提醒国人没必要如临大敌，以免铸出恶果。如同她在1922年8月13日第15期《努力周报》“讨论”栏目上撰文所说，“社会上有些问题，初看似乎没有什么价值，仔细研究起来，却是和大局极有关系的。比如国内数月以来，非宗教的声浪叫得也狠高了，我们难道能不睬他吗？难道应该袖手旁观，不去引导一班的青年们，使他们不致误用他们的热心，靡费他们的脑力心力吗？”周作人担心的是思想自由的无保障，既担心思想自由被政府压迫，也担心被多数民众尤其青年人所压迫。陈独秀从唯物史观出发，当然不相信宗教，因而赞成非宗教运动，他尤其反对教会的虚伪和贪婪，但同时又能辨证地指出基督教教义的某些合理之处。陈独秀是从阶级分析出发，从是否有利于反帝反封建革命的需要考虑问题的。
