恺撒与托勒密十三世的这场战争前后持续了三个多月。由于恺撒带的兵不多，开始完全处于守势，一度很危险，直到大批援军从行省赶来，恺撒才在尼罗河三角洲之南击溃了埃及敌军，攻占了亚历山大里亚全城，托勒密十三世也溺水而死。恺撒扶立克列奥帕特拉为埃及女王，他成了她的保护人，她的国家成了罗马的被保护国。克列奥帕特拉也就公然成了恺撒的情妇。
恺撒在亚历山大里亚暴露了他作为一个伟人的严重弱点，英雄难过美人关，迷恋女色。他和克列奥帕特拉在这里风流快活了大半年（公元前48年10月到公元前47年6月），“从此君王不早朝”。面对克列奥帕特拉这位美人，恺撒似乎忘记了一切，忘了罗马。克列奥帕特拉后来还给恺撒生了个取名为恺撒里昂的儿子。
3.祖国之父：没有王冠的君主
公元前47年6月，恺撒才终于从温柔乡中清醒过来，率兵出征叙利亚，击溃了曾与庞培结盟的本都国王、罗马的老对手米特拉达特斯六世之子。全部战斗只用了5天时间，便征服了小亚细亚。关于这次征战，恺撒在给罗马元老院的战报上只用了三句话来概括：“我来了，我看到了，我征服了。”短短三句话十分生动地显示了恺撒这个征服者不可一世的心态。在恺撒看来，现在已没有可以和他一决的对手了，只要他大军一到，就一切都解决了。公元前46年严冬，恺撒率军在北非扫除了他征服地中海世界和成为罗马独裁者的最后障碍，在塔普苏斯地峡，和庞培的岳父梅特卢斯·斯奇比奥率领的一支大军进行了一场艰苦的激烈战斗，恺撒大获全胜。梅特卢斯·斯奇比奥8万大军全军覆灭，本人也兵败自杀。战后，恺撒回到罗马，罗马为他举行了大规模的凯旋式。
随后，在公元前45年春天，他又率兵去了西班牙。庞培的儿子格涅乌斯和塞克斯杜斯在这里集结军队，准备和恺撒作最后一搏。双方在蒙达进行了一场残酷的激烈战斗，恺撒又一次获得胜利。庞培的两个儿子一死一逃。格涅乌斯在战斗中被擒并被处死了，塞克斯杜斯逃脱了。恺撒打赢这场战斗很不容易，十分艰苦，他自己也不无感慨地说：“过去我常常为争取胜利而战，这次我是为生存而战。”
长达四年的罗马人打罗马人的内战终于随着小庞培兄弟在西班牙的失败而结束了。公元前45年，恺撒返回罗马。这一次返回罗马的恺撒不同以往，环顾整个罗马世界已没有和他争雄的人物了，他是唯一的最后胜利者，罗马全部领土，包括所有的行省全都在他的控制之下。元老院在他的军队面前，除了屈服听命于恺撒，没有别的选择。元老院和罗马人民为他举行了空前盛大的凯旋式。据说，凯旋式的游行队伍抬着2822个金冠、6.05万银塔伦钱（相当于1450万英镑），押着大批的战俘。凯旋式后举行了盛大的步兵战斗、骑兵战斗和战象战斗表演，还举行了海战表演。罗马广场和街道上摆上成千上万桌宴席，让公民们大吃大喝。每个士兵都得到了巨额的犒赏钱，每个公民也都得到一份丰厚的礼物，全城沉浸在欢庆之中，人人兴高采烈。这种情况和苏拉战胜马略派时的情况正好相反，当时，罗马全城都处于惊恐之中。苏拉用恐怖手段使人人害怕他，恺撒用对罗马公民的仁慈来赢得罗马人的心。
恺撒的权力和荣誉都成为空前的。他被推举为终身独裁官、为期10年的执政官、终身保民官和罗马大祭司，集军、政、司法大权于一身。罗马历史上还没有一个人享有如此大的权力。不过，恺撒并没创立什么新的官职，也没有取消原有的什么组织，有趣的是，恺撒就是在这种情况下，实际上终止了共和制，而代之以没有国王的君主制。他担任的官职无一不是原有的官职，却又都不是原来意义上的原有官职。他是独裁官，但不是原来的任期只有6个月的独裁官，而是终身独裁官；他是执政官，但不是原来只有一年任期的执政官，而是10年任期的执政官；他是保民官，也不是原来意义的保民官，而是终身保民官。这些官职原来是不能兼任的，如执政官决不能同时兼任保民官，恺撒却把许多官职集于一身，这些官职本来都是由公民大会选举（有的由元老院推荐）产生的，恺撒形式上还保留公民大会选举，或元老院提名，实际是随心所欲，公民大会、元老院都听命于他。罗马共和制政治机构的一个非常重要的特点，就是各种权力机构、官职互相制衡。恺撒把权力集于一身，完全终止了权力的制衡。他完全像国王一样行事，只是没有国王的头衔罢了。恺撒就是这样在共和制的形式上实行没有国王的君主制。
恺撒在他的众多职务中，钟情于大将军或凯旋将军（Imperator）这一头衔，这一称号表示他是军队的最高统帅。恺撒爱用这一职务做自己的代称，表明他的独裁统治是军事独裁。后来的历史学家称恺撒为大帝，就源于最高统帅（Imperator），这词后来表示皇帝，但当时没有这个含义，恺撒实际上从来没有称皇帝。恺撒享有“祖国之父”的荣誉称号。这不仅意味着他的人身在全国各地都是神圣不可侵犯的（和保民官只在罗马城人身才是神圣不可侵犯的不同），也意味着，他是所有罗马公民的保护者，是祖国的救星。
他开始被神化了，这是君主制的一个特征。在所有的神庙中和公共场所都竖立起他的塑像。有的塑像，头戴着橡树的冠冕，这是祖国之父的象征，法令规定，他应当坐在黄金象牙的宝座上处理公务，他本人应当永远穿着凯旋的服装致祭。罗马城市每年都应在他历次取得胜利的日期举行庆祝，每5年僧侣们和维斯塔女祭司们应为他的安全、健康举行公开的祈祷活动，最高行政长官就职时要宣誓不反对恺撒的任何命令。为了对恺撒的门第表示敬意，把昆提利斯月改为朱赖月（July，7月。“朱赖”一词源于恺撒的氏族名称朱理亚，这个月名沿用至今）。许多神庙被宣布贡献给他，就像贡献给神一样。加在恺撒身上的荣誉和权力，已使他和国王没什么两样。他除了拒绝10年执政官外，其他的职务都乐意地接受了。有人建议给他以国王的尊号，他拒绝了，因为他十分清楚，长期处于共和制下的人民并不真的希望有位国王来统治他们。当他从外地回来，有人在城门前把他作为一位国王欢迎时，他高兴地并颇为幽默地说：“我不是国王，我是恺撒。”恺撒的这句话有两层意思：一是他不是一般的国王，二是他高于国王。实际上，对于他来说，恺撒和国王只是称呼的不同。恺撒死后，“恺撒”一词后来真的成了高于国王的皇帝的另一称呼，俄国和德国的皇帝称谓都源于“恺撒”一词。“恺撒”成了和皇帝一样的称号。
4.革故鼎新：大刀阔斧的改革
恺撒是个多才多艺、亦文亦武的伟大人物，过去，由于繁忙的军务，他的才能和成就主要表现在军事方面。现在，内战结束，他获得了空前的独裁权力，他所要解决的问题，主要的、最迫切的是行政方面的，而不是军事的，这为他展示他行政管理方面的才能提供了机会。他进行了一系列改革，来解决公民权、行省地位、土地、财政和债务问题。
他没有取消元老院，但对元老院进行了彻底的改组。他把元老院的元老由500人增至900人。增加进去的主要是效忠于他的老军官、行省人士，甚至有被释放的奴隶。这样，既使元老院的代表面扩大了，又使它失去了往昔的高贵色彩。它实际上成了恺撒控制下的咨询机构。
恺撒改组了行政机构，却没有取消已有的官职，也没有增加新的官职，而是大大增加原有的高级官吏的人数，财务官由20人增加到40人，市政官由4人增至6人，行政长官由8人增至16人。这不仅使更多的人有担任高级官吏的机会，为骑士和行省人员参与政权管理提供了条件，也适应了建立帝国官僚机构的需要，强化了他的独裁统治。其实，庞大的官僚机构正是他独裁的官僚机构，但无可怀疑的是，他正在向建立一个庞大的官僚机构迈进。
