罗马元老院没有想到恺撒会来得如此之快。元老们的高傲，既使他们对庞培心存疑忌，并没能将统帅所需的全部权力及时交给他，又使他们完全低估了恺撒和他的士兵侵入意大利的能力。恺撒的军队，经历了高卢战争的锻炼，具有丰富的作战经验和很强的作战能力，更重要的，这支军队依恋恺撒，忠于恺撒，唯恺撒之命是从，他们已不关心政治，也没什么公民的责任感，他们为恺撒而战，而庞培的老兵，虽也忠于他，但已有12年没打仗了，并且庞培最好的军团还在西班牙，远水救不了近火。
面对以势不可挡之势向罗马扑来的恺撒军队，罗马陷入一片惊慌中，除了争吵、埋怨，拿不出一点办法。西塞罗提议派人去向恺撒议和，遭到执政官的坚决反对。罗马无兵可守，庞培也不愿死守这无兵之城，他率领了一批元老，急忙撤离罗马，向南逃跑。恺撒跟踪追击。在罗马东边的科尔菲尼乌姆，庞培的部将、被委派接替恺撒担任高卢总督的琉喜阿斯·多密提阿斯率军进行了抵抗，但经不起恺撒的一击，投降了。恺撒对投降者显示了他仁慈的一面和政治家的风度，他没有像苏拉那样，对伤害过他的人加倍奉还。他将多密提阿斯以及和他一起的50个元老和骑士都释放了，并让他们带上自己的钱财，随意到自己愿意去的地方。这种仁慈态度和他对高卢人的态度完全不同，缓和了一些罗马人对恺撒的恐惧和仇视。
庞培无力在意大利本土和恺撒对抗，在恺撒的追击下，他只能一退再退，3月，他好不容易摆脱了恺撒的阻截，和一批元老（包括两个执政官）在布隆迪西渡海去了希腊。西塞罗不同意庞培不在意大利本土和恺撒决战的决定，他和恺撒进行了一次会谈，毫无结果。随后，他听从庞培的意见去马其顿和庞培会合。
庞培放弃意大利是迫不得已，他寄希望于他的海上部队和隶属于罗马的东方各国国王、各部落显贵。他在这里有恺撒无法企及的威信，这里是他的力量所在，他期望在这里筹集到足够的金钱和兵员，以便和恺撒作最后的较量。
恺撒把庞培赶出意大利后，回到罗马城，当时罗马城里笼罩着一股恐怖气氛。那些反对过恺撒的人，惶惶不可终日，害怕恺撒会和当年苏拉那样，大肆屠杀和迫害他昔日的政敌。但是，恺撒在罗马的行动举措出人意料而又令人宽慰。他一反过去苏拉和马略互相仇杀的做法，对政敌采取宽大怀柔政策，他没有实行公敌宣告，尽管元老院宣告他是公敌。他以他对琉喜阿斯·多密提阿斯的态度来证明自己的宽厚仁慈。他的这种态度显示他不只是个争权夺利的军事统帅，他要做全罗马人的保护人。他的这种胸怀赢得了不少人的好感。但是，他也显示了他强硬的一面。虽然有人反对，他仍果断地夺取了国库，取去了过去从来没有动用过的金钱。在夺占国库上，恺撒有点像一个国王行事，只要需要，他什么都可以干。他任命伊密利阿斯·雷必达管理罗马城，任命马可·安东尼管理意大利和统率保卫意大利的军队。他还下令迅速建造两个舰队，以适应战争的需要。
恺撒在作了这样一些稳定罗马和意大利局势的举措后，开始集中精力对付虽退出意大利却仍有巨大势力的劲敌庞培。他没有直接向已在希腊集中了相当大一支军队的庞培进攻，而是在这一年的秋天率兵进攻庞培势力的重要基地西班牙，通过在战场显示实力、切断敌人的给养和仁慈地对待俘虏瓦解敌军斗志等手段，经40天的战斗，最终迫使庞培两员部将率部投降。恺撒接管了西班牙，但却允许那些想去投奔庞培的士兵到庞培那里去。
这时，恺撒在山南高卢的4个军团发生了兵变。士兵们对无尽头的战争产生了厌战情绪，对于恺撒实行仁慈政策，使他们无法得到本应得到的掠夺物、战利品也心存怨气。恺撒迅速赶到兵变地区，向兵变士兵发表了一次演说，责备他们违背了自己的誓言。他们在高卢战争中，在他的率领下，获得了许多利益，曾宣誓要永远为他服务，现在，在他困难时却叛离他。他过去对他们宽宏大量，现在要对他们实行军纪惩罚。恺撒演说后，处死了12个带头者，平息了叛乱。这次兵变的顺利平息说明恺撒在他的军团中具有无法替代的巨大威信。
公元前49年11月，恺撒在平息兵变后，回到罗马，罗马人拥戴他为独裁官。他的这个独裁官职务，任期甚短，只当了11天，就主动辞职了，和另一个人共同任执政官。他这样做的原因，可能不止一个而是出于多种考虑：也许是他考虑到这时任独裁官，而且是没经元老院推选的独裁官，会遭到许多人的憎恨，会把他和苏拉任独裁官连在一起；也许是他感到这个独裁官名不副实，他并不能独行其是，他的主要竞争对手庞培还在希腊集合大军准备打回来。他现在的任务不是实行独裁，而是要彻底打败和消灭庞培的势力，辞去名不副实而又可能引起人们憎恨的独裁官，改任执政官，可以获得更多人的支持。然而，他并未等到他的公元前48年执政官任期开始，便在公元前49年12月率兵离开罗马，准备和庞培进行最后决战。那些希望维持共和制的人在欢送恺撒时，劝说他和庞培议和，因为他们心里明白，不管谁胜利了，谁就会成为至高无上的权力拥有者，都标志共和制的结束。
这时，庞培在希腊也做好了迎击恺撒、决一死战的准备。他聚集了大量士兵和金钱，拥有11个军团的步兵，7000名骑兵和6000艘装备完善的战舰，还有马其顿和伯罗奔尼撒的辅助军队，可里特的弓箭手、色雷斯的投石手和本都的投枪手。恺撒的兵力在数量上少于庞培，只有10个军团的步兵，1万名骑兵和少量战船。
12月底，恺撒率部到达布隆迪西。在他准备渡海时，海上突起风暴，风暴一直刮到公元前48年1月1日才停息。恺撒身边虽只有5个军团，后续部队还未赶到，又无战船，却仍命令部队立即冒险乘商船渡海。他侥幸避开了庞培的战舰，横越亚得里亚海，顺利地在伊庇鲁斯海岸登陆。恺撒这一招又完全出乎庞培的意料，庞培没有想到没有海军的恺撒会这么快地冒着被敌方优秀海军在海上阻截的危险渡海而来。他没能发挥自己海军的优势，在海上阻截，又没能派兵在亚得里亚海岸阻击，是很大的失策。两军尚未交锋，庞培就输了一招。恺撒的部队不费一兵一卒就抢占了两座城市，收缴了大量军用物资。接着，恺撒率兵日夜兼程直扑希腊重镇、庞培的军需要地提累基乌姆。
这时，庞培方如梦初醒，急忙率军赶赴救援，并派出少数部队在恺撒必经之地沿途砍伐树林，破坏桥梁，设置路障，延缓恺撒军队前进的速度。这一次，庞培抢先一步，在恺撒大军未到时赶到了提累基乌姆。两军先后在提累基乌姆附近扎营设防，双方的小股部队不断交火。在这样的阵地战中，庞培的优势显示出来了。庞培兵多粮足，并占据了有利地形。而恺撒则显得兵力不足，又远离后方，海上运转被庞培切断，给养困难，士气开始下降。最初的接战，庞培连战连胜。恺撒为改变这不利处境，果断地率军撤退到巴尔干中部的帖撒利亚平原，欲在这里另觅战机。恺撒在帖撒利亚会合了已先期到达这里的一支部队，增强了兵力，军需粮秣也得到了补充。恺撒的撤退不是败逃，而是要选择一个更合适的作战环境和时机，把战争的主动权掌握在自己手里。庞培不知恺撒是在诱他离开对他有利的作战环境，不顾一切地离开自己的军需要地，穷追不舍，落入恺撒的算计中。两军在帖撒利亚的法萨卢斯形成互相对峙局面。
公元前48年6月6日，罗马人之间的最大一次战斗、闻名史册的法萨卢斯战役打响了。这是一个国家的东西两部分的一次战斗，今后还会有这样的内战。从兵力数量上看，庞培仍占优势，他有4.7万名步兵和2000名骑兵，恺撒只有2.2万名步兵和1000名骑兵。但在排兵布阵和临阵指挥上，恺撒却显示了其高出庞培一头的军事才能。庞培将他的步兵排成三列横队，列于右翼，因为右翼有一条小河可以作为屏障，而将骑兵集中在左翼，想用骑兵突破恺撒的骑兵，然后绕过恺撒的右端，攻击恺撒军团的后部。庞培的这一布置不能说不周密、不高明，但恺撒显然比庞培更高明，他识破了庞培的计划，针对庞培的布阵，将最精锐的三千多人的步兵大队调遣到右端，由于有骑兵作掩护，这支作为奇兵用的步兵大队隐蔽着不易被敌人发现，同时恺撒命令主要由高卢人和日耳曼人组成的骑兵，一见庞培骑兵攻来，便向后撤。
双方一接战，庞培骑兵攻了过来，恺撒骑兵立即后撤，庞培骑兵不知这是恺撒设计的陷阱，毫不犹疑随后紧追，越过了恺撒布置在右端的步兵大队。恺撒的骑兵立即拨转马头，迎面反击，恺撒的步兵大队则在庞培骑兵后面突然发动攻击。庞培的骑兵腹背受敌，很快被切成块块，惊慌逃散了，恺撒的骑兵随即快速绕过敌人未加防护的左端，攻击庞培军团的尾部。庞培的中路和右翼看到左翼被打散，便转身后逃，还没有参战的从各邦和各部落征集的辅助兵，见势不妙，惊慌失措，不听指挥，边逃跑边呐喊：“我们被打败了。”结果，风声鹤唳，全线崩溃。到次日早晨，庞培余部全部投降。这一仗，恺撒打得太漂亮了，只损失200人，却使庞培丧失了2.5万人，几乎全军覆没，庞培仅以身免。
这场战斗是古代战争的一个最光辉的典范。恺撒由于这一战斗而奠定了他在古代战争史上崇高的无人超越的地位。庞培在这场战前提出“为自由，为祖国而战”的口号来激励士气，而恺撒却并没提出什么响亮的崇高的战斗理由，他只要求他的战士“不取胜，决不离开战场。”结果，只要胜利，不要其他的恺撒战胜了“为自由，为祖国而战”的庞培。其实，这个时候的罗马军队，祖国、自由已激不起他们的战斗激情了，他们是为统帅而战，为战利品而战。而且，罗马人的这场窝里斗，并不是谁有理、谁是正义一方的问题。自认代表祖国和自由的庞培一方，主要是代表元老、元老院，而恺撒则是骑士、平民的代表。保民官在恺撒这一边，而大多数元老都在庞培一边。庞培的失败，也可以说是元老贵族的失败。庞培本来是和恺撒一起反元老贵族的，但最后却变成了元老贵族的保护者，这也是这位军事统帅的悲剧所在，他不是政治家，他保护的是腐朽的势力，他的失败，从政治角度看，是必然的。寡头政治正在终结，新的人物、新的制度正在出现。
庞培逃到了埃及，他可能认为，他会得到埃及政府的保护，因为以年仅13岁的托勒密十三世为国王的埃及曾支持他反对恺撒。可是，失败了的庞培一登上埃及海岸，就被埃及人刺杀了。“伟大的庞培”死得就像一条丧家犬。
2.控制托勒密：恺撒的埃及艳遇
埃及人迫不及待地杀了庞培也许是想讨好恺撒，不让恺撒得到一个入侵的借口，但是，庞培的死亡，并没能阻止恺撒踏上这块已归顺罗马而在形式上仍是独立的富裕国家的国土。
这时，埃及托勒密十三世正和他姐姐克列奥帕特拉七世争夺王位。老国王去世时，留下遗嘱让姐弟俩共同执政，这就留下了内乱的祸根。天无二日，像埃及这样的东方君主国，是不可能同时有两个国王的。当然，托勒密十三世一派得势，克列奥帕特拉被逐出亚历山大里亚。恺撒正好利用埃及王室两继承人的不和，控制埃及。
恺撒是以中立的调解者身份进入亚历山大里亚的。托勒密十三世一见恺撒，立即向他献上庞培的头，想用此举取悦恺撒，使恺撒站在自己这一边。但这血腥的场面却引来了恺撒的不快。惺惺惜惺惺。庞培虽是他的死敌，却也是个英雄人物，而且曾是他的盟友和女婿，落得如此下场，恺撒心里也不是滋味，他颇有感慨地说：“假如在法萨卢斯胜的不是我，而是庞培，那么，现在你们献上的不是庞培的头，而是我的。”
恺撒要求托勒密姐弟俩解散军队，在他参与下，以法律来解决争端。但恺撒的这一建议，双方都不愿接受。恺撒提出这样一个双方不可能接受的方案，也是为了争取时间，好了解情况，审时度势，决定下一步行动。恺撒的中立态度很快便由于和克列奥帕特拉的会面而改变了。克列奥帕特拉是位倾城倾国的美人，机智聪明。她一得知恺撒来到亚历山大里亚，便立即从叙利亚赶回来，秘密地会见了恺撒。关于这次会面的详情，史书上并无多少记述。但无可怀疑的事实是，年过50岁的恺撒确实被这位小自己30岁的绝色女子迷住了，神魂颠倒，竟心甘情愿地、不顾后果地把她带到宫中，做了她的情人，沉溺于温柔乡中。有人根据这一戏剧性的变化评说：“克列奥帕特拉的鼻子如果短那么一点，世界历史可能就是另一个样子。”
当然，恺撒不只是做了克列奥帕特拉的情人，而是和她结成了同盟，决心扶助她重新登上埃及的王位。托勒密十三世一方得知恺撒倒向克列奥帕特拉，立即调集军队包围了恺撒的住地。
