退守镇江后，冯子材很快就奉命督办镇江军务，从而开始独当一面独树一帜，这是冯子材仕途和命运的一大转折。不过，正应了好事多磨的俗话，这件好事他却是经过一波三折才得到。
镇江古称润州，又称京口，与南京相邻，陆路相距不到100公里；与扬州隔运河相对，地理位置十分重要。镇江在西周初期为宜侯封地，三国孙刘联姻抗曹、《白蛇传》里的“水漫金山”故事即发生在这里。北宋时更名为镇江，岳飞、韩世忠抗金等历史故事和民间传说在这里流传。清时是个府城，领丹徒（附郭）、丹阳、金坛、溧阳等四县。除设镇江府知府外，也是常镇道的驻地，又设正二品的京口副都统率几百旗兵驻守，但没有派大部队护卫。太平军在进军南京过程中，于咸丰三年二月十一日几乎不经过战斗就攻取镇江。当向荣率江南大营围攻天京时，就夹在南京和镇江之间，所以咸丰帝十分重视镇江的战略位置，称之为“南北江口咽喉”。指出清军要“设法肃清并将镇江克期收复，则江宁、扬州大股贼匪南北隔绝，彼此不能相顾，两路大兵进剿更易得力。”向荣则要时时抽兵进攻太平军占据的镇江，以免腹背受敌，于咸丰三年六月十五日奏称：“窃臣等因镇江为水陆要冲，苏常屏蔽，宜先将镇城攻克，而后金陵、扬州次第克复。”反之，清军占领镇江后，各地的太平军要援救天京，就受到镇江清军的牵制。《镇江剿平粤匪记》记清政府对镇江重要性的看法称：“以镇江一府孤悬江岸，必须竭力保全，为进窥苏常之地。”又记曾国藩的看法称：“镇江东可联络淮扬，南可规复苏常，西可俯瞰金陵，北可屏蔽里下河，最据形胜，亦拟踞之图进取。”冯子材曾形容其重要性称：“镇江一城，西连句容，南接丹阳，东邻江阴，贼巢环匝，皆在咫尺之间，惟北枕大江，为一线江南命脉。”
《镇江剿平粤匪记》描述镇江城的军事形势称：镇江府城周历十三里，东、南、西三面群山环绕，北面滨临运河，又有北固山峙于近城，形如釜底。太平军攻占镇江后，即以土石堵塞东、南、西三门，又在城外挖有二丈余宽，二、三丈深的壕沟，城圈内用双木搭头撑架如千斤闸之类，以防攻击；又北依江岸，西旁运河，沿东南环筑新城，围北固山于其中，以收南蔽旧城，北扼江道之效，使镇江城变成一个易守难攻的堡垒。清军多次来攻，都被太平军击退，1856年，镇江太平军还击毙了江苏巡抚吉尔杭阿、京口副都统绷阔等。只是在发生天京事变，太平天国开始走下坡路后，驻守镇江的太平军吴如孝部粮尽援绝，才在优势清军的水陆夹攻下，弃城而去。清军重新夺占镇江后，由常镇道乔松年聚集民资银20余万两，重新加固拓宽太平军所筑新城，自北固山沿江筑城，西至江口包瓦子山，循运河而南薄于西门外，长6里余，上筑6个炮垒，形成高低交叉火力构成的立体防御阵地，从而使镇江防务更形牢固。
重新夺占镇江后，也许是由于没有足够的兵力派驻，所以开始时清军并没有把它当成防守重点。《镇江剿平粤匪记》称：咸丰十年春，清军江南大营溃围后，镇江“道府禀大吏，拨兵千五百名，以向都督（应为副将）奎统带来镇，又拨马占魁老弱兵丁五百名扎于西城外云台山。加以在城旗兵二三百名，与向军分守各城，城大兵单，不敷布置。适冯军门子材率领部下自上游九洑洲突围而出，至镇养息，遂留之以为协防。”等到形势紧急时，又陆续招募七千多人助防，“时镇江防军一万四千六百余众，新募者过半，无军械，”又未训练，战斗力有限。协防的水军则分成几支防守各口，“水师守江者总兵黄彬以红单船十四防瓜州，游击赖镇海以艇船三十六防金山甘露港，参将李明新以红单船十四防东码头、谏壁口，都司张瀚以拖罾六、龙快五防丹徒口，副将鞠耀乾以艇船十四防大港。”相互之间既无统属，又不协调，不能形成集中的打击力量。而冯子材所率兵力仅有本部三千人及和春、张国梁留下的三千溃军，新败之余，犹如惊弓之鸟，士气也很低落。后来，还有江北扬州来的援军和改编的投降义军等。《镇江剿平粤匪记》曾记在太平军来攻时，斗志衰退的镇江守军大批出逃的情形：（咸丰十年）闰三月，金陵大军退守京口，贼渠黄飞虎屡破官军营垒，总兵马占魁、都司张得龙皆遁。向（奎）公奋然起，提所部兵三百余人，出城与贼战于宝盖山下，贼败而还。四月初二日，贼围东南门，而丹阳以下县城相继失守，人心益惶惧，夜漏三下，官弁开北门出，浮江而遁。时天微雨，向（奎）公闻之，引步军急趋北门，令曰：斩官弁一人逃者首级予白银百两，斩守兵一人逃者首级予银五两。令下，众皆股栗。时公掌北门之管，麾军垒土塞门，督放枪炮如雨，贼至晓而走，人心乃定。
关于冯子材留守镇江的经过，《镇江剿平粤匪记》记载得过于简单了，实际情况是：冯子材在咸丰十年闰三月江南大营溃败后，跟随主将和春、张国梁等一起撤到镇江。根据他后来的报称：“所部各营枪炮锅帐十乏七八”，显然是十分狼狈的。后来，和春继续逃往距离镇江百余里的丹阳，并把张国梁也叫去。《东南纪略》载：国梁十六日率偏师亦退至镇江，招集溃散，两日后，始统兵一万三千抵丹阳，令子材以兵一万二千留防镇江。张国梁原来已奏明留守镇江，这时因和春召唤才离开镇江，临走时，他将冯子材留下，“属冯子材协同将军巴栋阿守镇江”。巴栋阿于四月初八日奏称：“自金陵大营全军退守，尤无日不昼夜严防。嗣因大股贼窜丹阳，钦差大臣和春、帮办军务、江南提臣张国梁先后驰往，承中调度，留派甘肃西宁镇总兵冯子材收集兵勇万余，在于城外驻扎。”而和春、张国梁不久就先后死去，从此开始了冯子材独立率军镇守一个战略要地的时期。《清史稿.冯子材传》称冯子材在“同治初，将三千人守镇江。”将冯子材守镇江的时间推后，统领军队人数减少，这就不符合事实了。
但清政府显然对不断战败的绿营将帅没有什么信心，更没有把官衔还只是正二品的甘肃西宁镇总兵，在咸丰十年七月内，才“于镇江初次解围案内，奉旨赏给提督衔”的冯子材放在眼里，因为对于当时由于战死的将帅太多，因而活下来的人升迁很快的绿营诸将来说，冯子材实在只算是个籍籍无名的小角色。
开始，镇江军务的指挥权落在兼署江宁将军的京口副都统巴栋阿身上，这除了因为守镇江是京口副都统职务范围内的事外，还因为虽然副都统的职衔与实缺总兵的职衔相当，但满官应比汉官高一等，巴栋阿并兼署正一品江宁将军的缘故。巴栋阿在开始时似乎对冯子材不很友善，在最初奏报守卫镇江的战斗时就没有特别强调冯子材的作用。如他于咸丰十年四月初八日奏称：“果于初二日卯刻见城外东南火起，逆贼蜂拥而来，约计数千，围攻镇城。奴才即会督冯子材暨常镇道英喜、镇江府知府师荣光、同知富奎、丹徒县知县田祚、副将向奎、参将苏如松、协领鹿鸣、万松营总昆山、都司王玉林、守备彭占鳌、张汗等登陴固守，督率兵勇，开炮轰击，毙贼不少。初六日五更时分，大雾迷漫，该逆乘势四面攻扑，冯子材督饬副将吴世斌、冯日坤、熊兆周、滕嗣林、田宗扬，参将陈超宗、田祖德、周伯云、陈昌逵，游击朱永发、霍名升等扼守新城……贼众披靡。”又奏：本（四）月初一至初六等日，逆贼马步数千至丹徒镇焚掳，旋即围攻镇江府城。虽经在事文武登陴固守，并副将向奎等屡出奇兵，将西来贼匪击退，而东、东南两路尚有屯匪，其毗连镇江之金陵、句容、丹阳，以及东坝、溧阳等处，数百里之间，遍地皆贼。孤城僻处江滨，粮援隔绝，文报不通，实属万分危急。这两份奏折虽然提到冯子材参加了指挥作战，但却没有具体的战果。按理，以冯子材当时的身份，打仗应该身先士卒，冲锋在前才对，现在并未提及，其贬低冯子材作用的言外之意，就不言自喻了。其实，据《镇江剿平粤匪记》记载，冯子材是亲自上阵作战的：咸丰十年四月已已，太平军三道进攻镇江城，被城中开炮抵抗，太平军中炮走匿山谷。庚午，太平军乘夜雾环攻城，子材督军扼新城，与诸将迎击，太平军败退。可见巴栋阿是在有意抹杀冯子材的战功。
四月二十二日，巴栋阿上奏，请求清政府“派重臣带兵来镇并拨粮饷”，并“探明署江宁将军江宁副都统魁玉现在江北泰州，当经恭录谕旨，咨会钦遵，收集满洲官兵刻日来镇，协力防剿。”却不特别看重同在镇江的实缺总兵冯子材，直当冯子材不存在一样。但清政府却没法另派重臣到镇江，也知道在镇江军中，这时除巴栋阿外还有冯子材是可以率领和指挥军队的提镇大员，要守住镇江，还需要依靠冯子材等将，因而并未因巴栋阿之奏而责怪冯子材，反而在批复的上谕中指示巴栋阿要依靠冯子材等将：镇江为南北咽喉，……惟江南无兵可调，着巴栋阿会同冯子材、向奎等协力守御。确认冯子材在镇江军务中的副帅地位。
在接下来的五、六月间，冯子材协助巴栋阿多次击退进攻镇江的太平军。《镇江剿平粤匪记》记称：五月，江宁太平军西聚桥头。庚戌，冯子材与副将冯日坤自高资进攻，战五时，克其垒，夺炭渚太平军阵地三座。六月，癸亥朔，太平军自丹阳循运河窥镇江，子材迎击至越河，太平军先遁。巴栋阿则奏称：“六月初一、二日，该逆果来辛丰、越河一带，意图攻犯镇城，臣即商由冯子材亲督队伍，前往迎击，讵料该逆闻信遁逃。”
但在七月，因苏常太平军主帅李侍贤部攻破久被围困的金坛城，清军守将总兵肖知音等率溃军数千败退至镇江。冯子材率兵驰援不及，还屯越河，为江苏巡抚薛焕论劾。清政府批复薛焕的奏折《参总兵屯兵不进，以致县城溃陷，请革职带罪图功折》称：“金坛县被围已久，该县文武婴城固守，禀请总兵冯子材拨兵救援。该总兵大书断难往援等词，露封送往，兵民共见，遂至人心涣散。迫经巴栋阿派令援剿，兵已逾万，不难间道驰往，内外夹击，力解城围。仍复驻扎邻境，迁延观望，一闻城陷，随即撤兵而回。似此种种乖谬，畏缩不前，仅予革职尚不足以蔽辜。冯子材着先行革职，暂留军营，仍着巴栋阿确切查明，如实系有心规避，即行严参惩办。”这是冯子材第二次被撤去甘肃西宁镇总兵一职了，虽比前次的“暂行革职”稍重，但也为将来复职留有余地。
其实，当时冯子材不能率军往援，主要是因为这时他率领的部队情况很糟糕。巴栋阿曾奏称：其冯子材部下皆系金陵溃散兵勇，军械不全，力难远顾。当巴栋阿催促他驰援金坛时，冯子材就咨称所部各营枪炮锅帐十乏七八，急需设法筹备，以应军行。曾经派员赴江北就近请领，而各台局亦难筹措，均无可拨，无米为炊，万分棘手。同时，冯子材还提出，此去必先攻打丹阳，始抵坛境，孤军一旅深入贼丛，必得有接应之军，以防贼断我后路。但巴栋阿都无法满足这些要求，因此，冯子材不能不考虑自己所部溃败之余，还是散沙一团，依城而守也许还能作战，出城攻敌，能不能遵依将令作战？特别是太平军新胜之余，人多势众，冯军万一战败还能不能收拢返回镇江，还是个问题。这种顾虑后来清政府也有，所以长期都不主张镇江守军出击。
在清政府和上司的多次催促下，冯子材仍于七月十一日率军出发驰援金坛，但途经丹阳时，遭到太平军倚天候陈时永部的抵抗。巴栋阿曾奏报其过程称：“兹据冯子材函称：十一日由镇拔队起身之后，是日驻扎辛丰休养士马，筹划进攻阳邑。大队进发之际，因多派侦探，报称该逆沿途设卡，防范极严，纵使孤军闯透重围，其粮药万难继进。是以决计先取丹阳，随即调派各营六成队伍，于十二日四鼓自辛丰分为两路进攻丹阳。冯子材亲督各起官兵进攻北门，副将冯日坤、陶茂森从湖西进攻西门，均皆衔枚急走，奋勇直前，夺阳邑西门外逆卡三道、逆垒一座。逆匪抵死抗拒，守备黄英彪腿受矛伤，裹创血战，夺获伪印一颗、伪照一张，乘胜亟图攻拔阳城。而西南二门各出援贼千余，亦分马步抄袭我军之后。都司黄才贵带勇扑入贼丛，立斩黄衣贼目一名，夺获大红旗一面。城上之贼开放枪炮，子如雨注，黄英彪左臂及手复受重伤，兵勇受伤者不少，时已昏暮，只得收队回营。
次日五鼓，仍派六成队伍进攻。忽据探马报称，丹阳之逆已由常州调来大股逆匪，现已出巢至潘家庄、夫子庙一带排列。冯子材即派副将滕嗣林、游击李兆霖各部兵勇，冯子材亲督游击关松志等分三路迎剿，复派副将梁克勋督队接应，陶茂森队于辛丰桥扼守要隘，兼扼湖西之匪。维时该逆分股来迎，我军勇气百倍，直捣贼丛。黄才贵怒马陷阵，手刃黄衣贼目二名。该逆死拒不退，冯子材另派一军抄击其后，冯子材督率亲军从斜抄击，将贼队截为两断，首尾不能相应。是以逆势不支，夺路败逃，我军乘胜跟追，沿途剿杀，落水溺毙者不计其数。追至丹阳北门，该逆鼠伏不出。时已日暮，兵勇等亦各疲乏，查点官兵，间有受伤。是日之战，割献长发左耳一百七只，短发耳级二十四只，生擒四名，夺获大旗一百六十面、枪炮军械二百余件。
十四日二鼓调派副将陶茂森乘夜攻打西门，以为疑兵。十五日调派大队分为三路，力攻西、北两门，冯子材亲督各营员弁兵勇同时并进，直抵城下，该逆伏匿不出，仅于城上开炮回拒。冯子材督饬关松志、杨青山等于矢石交攻之际竖梯爬城，均为该逆枪炮所阻，滕嗣林、梁克勋冒烟架梯，努力齐攻。无如城上连环枪炮子如雨密，并各处炮台横开大炮，群子飞腾，向我队中轰击，我军受伤甚多，势难攻入。副将滕嗣林首先爬城，被贼搬石击伤右腿，皮肉开裂，血流满衣，受伤甚重，举动维艰，当即撤队回营。查点兵勇，连日受伤、阵亡者共九十四名外，并阵亡五品蓝翎尽先外委蒋文举一名。”当冯子材正在挥军苦战之时，而金坛已子十六日为太平军攻克，冯子材的援救行动失败了。《清史稿.文宗本纪》载：薛焕奏劾冯子材赴援金坛，拥兵不进，致令城陷，诏薄谴之。
受薛焕的这道参折影响，清政府以为冯子材不可依靠，又因为要从镇江军中抽调向奎一军4000人赴援上海，于是一度准备从安徽军营调甘肃宁夏镇总兵郑魁士赴镇江办理军务。据《清史稿》载：郑魁士，直隶万年人。早在道光三十年已任都司，原来也是向荣的部下，但很早就因镇压太平军有功，于咸丰四年署寿春镇总兵。并于咸丰六年与安徽巡抚福济共同督办安徽军务，实授寿春镇总兵。咸丰八年授浙江提督，督办宁国军务。只不过是由于屡战屡败，职务升了又降，降了又升，直到咸丰十年时还只是个总兵罢了。不过，与冯子材相比，他仍算是老前辈了。清政府显然是要由资格较老的郑魁士来取代冯子材的副帅地位，所幸郑魁士这时伤病已重，没有成行，冯子材的地位才没有受到影响。
冯子材却不计较这些名分，因而与巴栋阿能够真诚合作防守镇江。七月下旬，太平军进攻镇江，巴栋阿奏报冯子材与他协同指挥击退太平军的情形称：“奴才商同冯子材督同在防文武妥为部署防城事宜，……二十三日黎明，冯子材亲督副将滕嗣林、熊兆周、田宗扬，参将周伯云，守备郑启贵、戴锦芳、王德泰等带领马步队出南门进攻，楚兵惊闹盐街一带贼营。该逆出巢迎敌，郑启贵等带领忠义勇不避矢石，奋勇攻打，直冲贼队。冯子材督饬马步各军相继策应，毙贼多名。逆势披靡，遂即遁入，枪炮回拒，坚匿不出。是日官军斩获长短发耳记十余只，生擒长发逆匪十二名，并获伪印、伪照等件。是日辰刻并有马步贼队先锋由丹徒镇直抵江边，经水师都司张瀚饬令艇师各船弁兵勇丁开放大炮，旋即击退，除饬令添派得力侦探昼夜严防外。
二十四日五鼓，冯子材复亲督副将陶茂森，游击朱永发、文汉章、关松志，都司杨青山、王大伦、萧明智，守备郑启贵等，仍带马步队分路前往马陵、辛丰剿捕逆匪。该两路贼党暸望我兵渐近，各分数股来迎，均经官军奋勇击退，该逆未敢回穴拒守，即行逃窜。冯子材督饬各队沿途追杀，除落水溺毙之外颇有斩获。直追至黄泥塘、将军渡等处，贼踪遁远，始行收队回防，并救出难民数百名。
二十五日黎明，亦亲督副将滕嗣林、熊兆周，游击关松志、杨青山、张汉、黄英彪、黎敬复、吴大生，守备郑启贵、戴锦芳、吴天兴等带马步队抄袭上塘盘踞之逆。冯子材密饬滕嗣林带领精锐绕出贼后，并令关松志、杨青山、张汉各带官军分中左右三路进攻。该逆鸣角摇旗，放枪回拒，我军对放枪炮，直逼贼丛，马步横冲往来蹴突，毙贼甚众。正相持间，滕嗣林一军从山后突出，该逆腹背被击，始犹且拒且却，继经马队兜剿，大队接冲，复毙多贼。该逆势难抵御，相并附近村庄打馆之匪落荒狂奔，全股逃遁如鸟兽散。我军追至四十里外，均无贼踪，维时人马疲乏，收队回防。”在这一仗中，冯子材使用了分兵合围的战术，使对手“腹背被击”，从而开始了他指挥大部队作战的新战术。
八月，巴栋阿奏报他与冯子材等击退大股太平军的进攻的经过：“窃据探报，贼酋李世贤抽调苏常悍贼四万余众复犯镇江。二十六日贼由辛丰、丹徒而至京岘山、雩山等处，蚁聚蜂屯，横排二十余里，贼旗林立，势甚猖狂。维时日暮，未便出战，当饬各营加意严防，奴才即与冯子材会商预派队伍，以备次日迎击。
二十七日贼分三路围城，奴才等督带各军登陴守御，遍张旗帜，以壮声威。乃该逆愈聚愈多，仰攻不退，当由冯子材督队出城，从甘露寺包抄贼后，并攻雩山股匪。我军枪炮齐施，毙贼不少，贼以马队往来冲突，步队相继，股多匪众，拼死抗拒，复经添调炮队左右夹击，并经奴才挥令各炮台连开大炮，对准轰击，逆势不支，始行回窜。其北门临江之贼亦经艇师开炮击退，因官军接仗时久，不便穷追。
二十八日卯刻，贼由原路而来，西南门外之黄山、摩旗、虎头等山密排贼队，并于东北之十三门、永栅门各处合力环攻，势极凶猛。奴才亲督副将冯日坤、周伯云，参将苏如松、文汉章等各率所部，在于西南二城实力固守。冯子材亲督副将梁克勋等带同各起兵勇，守御东北十三等门，均各开炮轰击。该逆冒烟冲突，蜂拥力攻，贼围数重，更翻轮替，城上大炮加以群子，该逆死不退走。遂经冯子材督派副将滕嗣林、田宗杨，游击关松志、王大伦、杨青山，都司吴大生、守备张遂清各带所部出城，分左右两翼包抄夹击。游击向心照、李兆林，都司屈占元等带队从中截剿。冯子材亲督小队往来策应，屈占元身先士卒，扑入贼丛，立刺悍匪多名，被贼抬炮打中头颅，受伤甚重。直至戌刻，贼始败退，我军亦收队回城。是日毙贼颇众，斩获长发首级十四颗，割取耳记八只，夺获枪炮、旗帜数十件，我军亦有伤亡。
乃该逆并未远退，仍伏于附近山下，黑夜之间，虑其必生诡计。该逆果来城下施放火箭，或出或没，以恐军心。奴才激励将士通夜严防，枪炮之声互相不绝，直至天明，该逆仍复环围轮番攻扑。我军已竭力三昼夜，刻无休息，奴才相度情形，与冯子材会商，宜守而不宜战，我军不出，则该逆伎俩无可复施。是日我军惟以登城守御，枪炮连环，夜以继日，该逆并不出队。此二十六、七、八、九等日围城接仗之实在情形也。”
又奏：“九月初一日卯刻，逆股愈多，各山头遍列旗帜，一望无际，复有马贼千余骑往来冲突，又以大股环城，愈攻愈急。奴才亲督京口驻防八旗官员暨副将朱承先，参将周伯云、苏如松、朱永发、文汉章、黄武贤，游击梁成华，都司黄才贵、杜日新、谢廷安、刘启富、张汉等登陴守御西南二门；提督衔甘肃西宁镇总兵冯子材督率参将梁克勋，游击范永福，都司苟三超等扼守东北两门。复派参将钱朝举等防守十三门；参将汪占魁、文龙得，都司田新贵、杨再申、谭正武堵守水栅；副将田宗扬，参将田祖德，游击滕代伦、田庆和、林从太，都司向宗海、鲁开元等堵御甘露寺等处。又派记名总兵富升，副将黄朝恩、熊兆周，参将张克慎，游击张俊、方智、谢潜、唐元安，都司苟扬威、张喜春、田镇武、萧明智、黎敬馥、王万年、魏荣、杨安明、李占春等防守西门、新城一带；记名总兵赖镇海督饬艇师兵勇，力扼大江西关暨金山等处；参将李逢率领师船驻守甘露寺一带江面，参将李新明所部舟师泊扎谏壁、丹徒各口，遏贼窜扰长江。添派记名副将冯日坤、陶茂森，参将陈昌达，游击王大伦、李兆霖，都司黄英彪、吴大生、黄国汉、杨廷福、刘士奇、杨安龙等各带所部出城，协同派在东北门外扎营之副将滕嗣林，游击向心照、关松志，都司杨青山等各军奋力攻打，以遏凶锋。奴才与冯子材仍不时周历巡察，挥令兵勇近以枪击，远以炮轰，火器频施，毙贼甚众。该逆至晚不退，而金陵派来贼匪，据探已至石埠桥、高资一带，该处距镇较近，料必并股围攻。
次日黎明，果见逆添死党，势愈鸱张，自京岘、虎头、摩旗、银台等山，雩山、黄山以及东、西、南、北、十三栅各门城下逐处排列，贼队蚁聚蜂屯，蔽野逆旗，轮番环扑。复有悍贼负梯直前，冒烟而进，枪弹火箭纷纷抛过城上。我军镇静固守，各城头齐开大炮，加以群子，并放台炮、鸟枪及火弹、喷筒，水师亦枪炮环击，轰打竟日。该逆应声而毙者约计千数名，内有黄衣、红衣贼目数十名，余逆纷纷抬尸，贼始稍却。记名道镇江府知府师荣光复督丹徒县田祚等，分头搜拿奸细，安谕商民，以清内讧，俾免惊乱。滕嗣林等亦即乘势率队追杀，大获全胜，生擒长发贼匪数十名，割取首级、耳记甚多，夺获旗帜、器械、马匹不计其数，并得云梯二百数十架。逆势不支，退伏山后，时已昏暮，未便远追，查点兵勇，闻有伤亡。是夜该逆仍潜至城根，希图爬上，因官军彻夜防守，无衅可乘，遂于四鼓遁回。
初三日早，贼旗遍插山头，遥列阵势，未敢进前，但于山后层层屯伏。奴才登高瞥见，知有奸谋，并未出仗，乃至午后，该逆陆续退窜丹阳。奴才商由冯子材亲督大队，含枚疾趋，追过丹徒镇、包家岗一带，斩擒甚众，至晚收队回城。计获贼船二百余只，并夺得骤马、辎重颇多。是日李新明督勇登岸攻剿丹徒贼众，亦获胜仗，逆匪落水淹毙暨砍死者无算，夺获贼划七十二只，粮米药铅数千余角，旗帜器械五十余件。初四、初五等日出队分头搜捕，各乡一律肃清。此八月二十九日以后至九月初五日昼夜登城击贼，及接仗获胜解围追捕之实在情形。”
巴栋阿并特别提到冯子材在此战的功劳称：“所有此次守城击贼，实为冯子材尤其出力，谋勇兼备，调度有方，且与士卒艰苦共尝；又复短衣执锐，亲点大炮，以及启关出剿，派队指挥，战守悉合事宜，洵属功勋懋著。惟系专阃大员，奴才未敢擅请，应如何特予奖擢之处，伏候圣裁。”
我们注意到，巴栋阿在此奏中已称冯子材为“提督衔西宁镇总兵”，可能是在此奏的附件中已提出要为冯子材复职的要求才如此称呼。清政府纳奏，九月十九日内阁奉上谕：巴栋阿奏贼扑镇江府城，官军屡获胜仗，立解城围一折。此次逆首李世贤由苏率党四万余人，攻扑镇城，势甚凶悍，巴栋阿等率同文武严密防守，经七昼夜之久，同心戮力，得保危城，殊堪嘉尚。提督衔西宁镇总兵冯子材前经薛焕以赴援金坛不力，奏参革职留营，此次调度有方，尤为出力，著加恩开复原官，并免其查办。
这次七、八、九月的恶战，可能是太平军攻打镇江最猛烈的一次战斗。时隔40年后，冯子材在庚子事变时上奏清政府主战时，还举此战作例子：“回忆发逆之变，蹂躏几遍十八行省，奴才时以孤军扼守镇江，逆酋李秀成有众百万，环攻十八昼夜，诸军死守于风狂雨骤中，无懈可击，卒致力保危城。其时虽有金陵贼垒限于前，苏杭悍酋陷于后，不足畏已！”以后太平军虽然还不断攻打镇江，但进攻的势头可能都不如这次了。关于这次战斗的报告可能不是由冯子材而是巴栋阿主稿的，所以拉拉杂杂地没有说到点子上。我怀疑，冯子材就是在这次激烈的战斗中，省悟到利用镇江山水相依的独特地形，建立由高低交叉火力组成的立体防御阵地的威力，可以以弱敌强，并成为他军事心得的重要组成部分。
《镇江剿平粤匪记》也记载了这些情况：十年八月，李侍贤复纠四万余众来攻，戊子，分道攻城，子材自甘露寺抄敌背，败走雩山太平军。踰日，太平军复至，巴栋阿婴城守，副将滕嗣林、向心照出击，子材以小队策应，太平军败之。九月辛卯朔，太平军复来围攻，子材追至包家岗而还。时句容太平军走屯汤岗，谋寇镇江，副将富升与相距。滕嗣林分道进攻，子材督军往应，游击关松志陷阵奋击，（水师）赖镇海复自高资港夹攻，再战克其垒。
由于冯子材在这些战斗中表现突出，确实起到一个主将的领头作用，所以在九月二十六日，当巴栋阿上奏告病时，就举荐冯子材代他主持镇江军务：“惟奴才自夏间染受暑湿，兼之泄泻，虽于医治，总未就痊。交秋以后腹胀更甚，泄泻愈多，体弱气虚，而精神渐觉委顿，谨以军务事重，易敢以区区病疾上渎圣聪，是以勉（力）从公，支持理事。乃近来肚泻未止，又兼风湿下行，两腿旧疾复发，麻木肿痛，步履维艰，行动需人扶掖。每当筹商公事，辄觉头晕神昏，勉强扎挣，不能自主，心神恍惚，夜不成眠。询据医云，皆由劳心过度，以致气血两亏，若不静心医调，久则更恐难愈。惟有吁恳天恩，俯准赏假一个月，奴才得以安心调理，以冀速痊。
……至镇江一切军务事件，全局攸关，最为紧要，若无督办大员，未免无所专责。……因查提督衔甘肃西宁镇总兵冯子材，部下兵勇万余防守镇江，号令严肃，三解重围，厥功甚伟，实属赤心报国，谋勇兼优，于军务事件颇为练达。奴才因精神恍惚，现将军务日行寻常事件均交冯子材接管办理，凡遇有紧要事务，奴才仍与之商酌办理，俾免误公而昭慎重。合无仰恳皇上天恩，将镇江军务敕派冯子材督办，以专责成而期军务有裨。”
在未得清政府批复之前，巴栋阿仍须打点精神，与冯子材一起指挥抵御太平军的进攻：“与冯子材熟商退贼之计。十月初四日臣督饬兵勇严守内外二城，冯子材率师出城，攻剿汤岗贼垒，调派副将滕嗣林等分路进剿。复令总兵赖镇海等带领水师，由高资水路夹攻，冯子材亲督副将熊兆周等往来策应。官军用命，踊跃直前，该逆开炮回拒，我军奋不顾身，愈攻愈力。正得手间，忽由垒后出贼一股横抄官军之后，关松志等怒马陷阵，枪毙黄衣贼目一名。赖镇海等督饬水师登岸兜剿，毙贼甚众，逆势不支，鼠窜回穴。次日另派各营队伍悉力进攻，该逆伏匿不出，我军急切不能得手，惟有再图扫垒之谋，断不令其滋蔓。”
这次作战一直延至十四日。“直至十三日天色始霁，会商决战，调队进攻。奴才督率旗营官军并在防文武防守内外两城，冯子材亲督副将滕嗣林、田宗扬、熊兆周、黄朝恩，参将张克慎、周伯云、田祖德、陈昌达、文汉章，游击关松志、王大伦、朱永发，都司德成、苏如松、杨青山、霍名升、杨安明、吴大生、黄国汉、吴彪、萧明智、苟扬威、刘士奇、杨安龙，三品花翎秦礼国、袁复清，守备邓全胜、张金全、汪柱元等，于十四日黎明，各带所部，出五成队伍，分三路进攻汤岗贼垒。我兵大队至彼，该逆闻风惊慑，遂弃穴逃遁。维时匪逸未远，冯子材督同将弁，带领马步队跟踪追杀，沿途剿洗，颇有斩获。追至东西堰岗一带，毙贼尤众，余趋向句容，如乌兽散。时届未刻，人马疲乏，且距郡城数十里之遥，收队回防。”
由于当时镇江军情严重，而镇江军队派系众多，除巴栋阿外，其他人没有清政府的特别命令，很难统一指挥这些军队，所以清政府才于十月初有旨：“命甘肃西宁镇总兵官冯子材督办镇江军务”。可能考虑到这道旨意比较简洁，有许多问题一下子没有说清楚，所以十月初五日，清政府又再有旨：“惟镇江郡城三面皆贼，防剿一切万分吃紧，既据巴栋阿奏称，冯子材谋勇兼优，所有镇江军务即著冯子材督办，以专责成，遇有紧要事件，仍著与巴栋阿和衷商办，以期日有起色。”从这道旨意可以看出：冯子材这次督办镇江军务，是在巴栋阿病重时的临时措施，所谓“遇有紧要事件，仍著与巴栋阿和衷商办”，实际上就是遇有紧要事件，冯子材需要请示巴栋阿然后才可以决定。所以，这时的冯子材还只是临时代替巴栋阿指挥，并非统揽大权的真正督办。《镇江剿平粤匪记》记称：“时向奎等将四千人援上海，镇防军军饷又不时至，卒多无衣。巴栋阿、冯子材亲历拊循，严守七昼夜，驱军搏战，寇剧缘间不能得，相率敛退，镇江至此三次解围矣。巴栋阿乞病，请以冯子材督办镇江军务，诏俞允。十六日，冯子材接巴栋阿咨，始就督办镇江职务。”
《镇江剿平粤匪记》记载了从咸丰十一年（1861）二月到十月的作战情况：二月，句容太平军走九华山，子材潜军出山后，败之。四月，江皖太平军犯扬州，分党水陆袭镇江，势颇张。子材乘城不与战，谋待其衰击之。太平军粮尽，乘雨逃潜四面山后，阻我追军，太平军大奔。踰日，我军驰攻严街太平军，太平军自横山分道抄我，毙太平军七百余众。八月，驰奏常郡团董汪本钊、苏属团董徐佩瑗等，密约苏常等处贼目乘机内应，并约各处民团会合夹攻。九月，先败丹阳太平军主将袁酋于严街、杨村太平军据点。太平军骇走，短兵踪之，太平军多死，袁酋驰援，不虞我军出其后，不战自溃。癸丑，三道败来攻新丰太平军。
这时巴栋阿虽然病重，但人还在，只不过是不能再亲自上阵主持指挥战事了；而完全由冯子材来指挥，朝廷似乎又有点不放心，于是，就出现了这种情况：本来既然是“督办”，就意味着应该主持战事，但实际上在巴栋阿未死之前，镇江守军向朝廷所作的军务报告，却仍以巴栋阿领衔，而冯子材则屈居次席。如咸丰十一年七月有旨谓：“前因巴栋阿、冯子材迭奏……归巴栋阿等调遣，……与巴栋阿、冯子材……”即是明显一例。这其中，是否透露着清政府对冯子材还不够信任？不过，得任“督办”后，冯子材的地位提高，也许从此就只在后面运筹帷幄，而不再用亲自带兵冲锋陷阵了。
于是，当这种情况延续了一年，心知自己的“副帅”身份的冯子材，在咸丰十一年十月向清政府报告巴栋阿于九月病死的消息时，就同时要求清政府颁旨明确谁来主持镇江军务：“署江宁将军、京口副都统巴栋阿，办理镇江军务，筹防筹剿，不遗余力，旋以积劳成疾，于九月二十日因病出缺。现当军务吃紧之时，相应请旨简放熟悉东南情形之大员星夜来镇，以重职守。并恳恩饬部将巴栋阿照军营病故例，从优议恤。又奏丹阳、句容等处贼党日增，逆首陈玉成由金陵率贼四五万，会合各股聚集宝堰、白兔地方；逆目满天义又带有宜兴、溧阳、金坛贼众二万，意图合扑镇城，亟应乘机剿办。惟一经进兵，则根本之地必赖大员镇守，臣查前署大名镇总兵官马德昭，现在清淮就医，病已痊愈。该总兵练达戎机，威望素著，与臣共事多年，知之最深，见当防剿吃紧之时，合无仰恳俯准，以总兵马德昭帮办镇江军务，俾臣得资臂助，实于军务大有裨益。如蒙俞允，臣即知照该总兵速赴镇防。”清政府有旨批复：“寄谕督办镇江军务冯子材，现在丹阳、句容等处贼数日增，逆首陈玉成等大股麇集宝堰、白兔地方，意图合扑镇城，自宜乘机进剿，为先发制人之计。该总兵督办军务，责无旁贷，着即激励兵勇，分路进攻，一面固守镇城，勿得稍有疏失。并知照马德昭，令其速赴镇城，帮同办理，会商战守机宜。镇江与扬州两城相距甚近，该总兵务宜与江北军营联络一气，以期互相援应，毋误事机。”也许是怕人误会冯子材仍像以前那样只是虚担一个“督办”头衔的副帅，所以又于十月十四日有旨，郑重其事再次明确冯子材的“镇江主帅”的身份：命甘肃西宁镇总兵官冯子材督办江苏镇江军务；陕西陕安镇总兵官马德昭帮办军务。这才是正式任命，以后镇江奏报军情，就由冯子材领衔了。《冯子材传》记称：“曾、李诸将以子材谋勇兼全，请加提督衔，督办镇江军务。”这个记载可能有误，因为李鸿章当时还不过是一个道员，还未有这么大的权力，在请为冯子材“加提督衔，督办镇江军务”一事上，还不到让他置喙插嘴的时候。李鸿章的飞黄腾达，要迟至他到上海并得任署理江苏巡抚以后的事。
但事情到此并未结束。尽管冯子材在得到重新任命之后立即打了一个胜仗，“马陵逆匪经官军击败后遁回宝堰，复合群贼麇集马陵，意图扑犯镇城。经冯子材派令副将文龙德等直捣马陵，参将田庆和等钞出贼后，先击花村之贼，阻其接应。文龙德等将及贼巢，该逆列阵迎拒，我军枪炮齐施，毙贼不计其数。参将田庆和等亦在花村与贼接仗，该逆恃众分股包裹，我军奋力冲击，枪炮并发，贼始惊溃。马陵之贼亦被文龙德、田庆和等合军追袭，共斩获长发首级七十余颗。”可能是还不够信任冯子材的原因，再加马德昭实际上并未能到镇江助防，于是在十一月，清政府又派刚刚在咸丰十年五月因“剿贼惬怯”被革职留营的江宁副都统魁玉到镇江署理京口副都统，并有旨：江南地方被贼横踞，惟京口一城孤立江滨，贼氛四逼，与江北本相依唇齿，而为江南之咽喉。现在宝堰、白兔等处贼党麇集数万，闻该城一载以来得以固守无虞者，皆由巴栋阿与冯子材调度合宜，旗绿两营联为一体，所以防剿无误。现在魁玉已到镇城，虽系专辖旗营，而与冯子材所带绿营官兵必得相联指臂，方能所向有功。着魁玉、冯子材嗣后军务紧要，务须遇事和衷会商办理，使旗绿两营仍联一体，不得彼此心存畛域，致误事机。将来海全到任后，亦必应查照巴栋阿一切旧章办理。该副都统、总兵等同办一事，当此军务万紧，必当同矢公忠，同心戮力，克保危城。这里所提到的魁玉，字时若，满洲旗人，由荫生起家。后来因于同治八年（1869）在江宁将军任上主审张汶祥刺杀马新贻案而出名。海全，即是巴栋阿京口副都统一职的继任者。我们注意到，在这道朝旨中，将魁玉排名在冯子材之前，显然地位和权力也在他之上。至于“将来海全到任后，亦必应查照巴栋阿一切旧章办理。”即暗示将来海全和冯子材的关系也与巴栋阿和冯子材的关系一样，地位要高于冯子材，所以谕旨行文称“该副都统、总兵”，将副都统摆在总兵的前面，则副都统仍是主帅，冯子材还是副帅。
但由于镇江敌情严重，而刚到任的魁玉又是个病人，“向有肝气之疾，时发时愈。自从军楚北，调任江南，屡次剿贼受伤，精力益形疲惫。”庚申大营溃散，遇贼力战，受伤过重，至今尚未复原。后来更发展到“肝症加剧，几至寝食俱废，重以风寒外袭，引动伤痕并发，手足麻木，步履维艰。据医云此因劳伤久积，气血两亏所致，必须安心调治，方能向愈。”能力有限，显然无法胜任主持镇江军务这一重责，这才有十二月的上谕：命江宁副都统魁玉帮同甘肃西宁镇总兵官冯子材办理镇江军务，明确了魁玉为冯子材副手“帮办”的上下级关系。这才开始了冯子材在军事上独当一面独树一帜的时代。
这里，我们要谈谈冯子材获得“专折奏事”权的经过。“专折奏事”是清代奏事制度之一，清初，无论是满、蒙、汉军等八旗官员或汉人官员，京官如尚书、侍郎、翰林、詹事、六科给事中、各道御史；出任地方的外官，如总督、巡抚、盐政、学政、织造、船政、关差总管；武官如八旗城守尉以上，绿营提督以上，皆准单独专折向皇帝奏事，就某事提出个人的报告，供皇帝作出决断。这种专折完全表达的是个人看法，而无须顾及其他官员的意见。这样，当不同的官员对事情的看法出现分歧时，具有专折权的官员就可以不受他人影响和制约地反映自己的意见，这在参劾他人和受人参劾而为自己辩解时会发生很大的作用。到了后来，这就成为某些官员的特权，因此，那些官员可以专折奏事，有时需要清政府作特别的授权，如继冯子材为广西提督的黄桂兰、甲午战争时的直隶提督叶志超就没有专折奏事权，四川提督宋庆则是在甲午战争时得任帮办军务后，才获得专折奏事权。而现在我们无法查到批准冯子材获得“专折奏事”权的朝旨，但按照奏报军情的需要，冯子材获得“专折奏事”权应该是在咸丰十一年十月第二次被任命为督办镇江军务的时候，而不必等到同治元年正月被任为广西提督时。否则他奏报镇江的军情时就需要交由远在上海的江苏巡抚代为转奏，无法及时送达清政府，而清政府也无法及时了解镇江军情了。但这种专折奏事权是临时的，随着镇江战事的结束和督办镇江军务一职的取消，这种专折奏事权也会被取消。只有当了广西提督后，这种专折奏事权才会成为长期的特权。
谈到冯子材的专折奏事权，我们还要谈一点困惑事情，即冯子材在上奏时自称语是什么？据说，按照清朝的制度，一般是出身满族的文武官员在上奏时，都自称为“奴才”，不这样，就会受到指责甚至处分。反过来，出身汉族的文武官员在上奏时，都自称为“臣”，而没有称为“奴才”的。但在乾隆三十八年，凉州镇总兵乔照于奏谢折内称臣，为严旨申饬：“武员即官至提督，亦称奴才，此乃向来定例，乔照岂容不知？虽臣仆本属一体，称谓原无重轻，但乔照甫加总兵，即如此妄行无忌，足见其器小易盈，着传旨严行申饬。”而在前引冯子材报告巴栋阿死讯的奏折上，就多次自称为“臣”，不知是否像凉州镇总兵乔照在奏谢折内称臣那样遭到严旨申饬，以致后来凡是冯子材的上奏，也自称为“奴才”，这不知是常规抑或特例？
到了同治元年正月，事情又有了变化。上海原是江苏省的一个县城，第一次鸦片战争以后被开辟为通商口岸。太平天国起义爆发并进军江南后，上海也爆发了小刀会起义，并于咸丰三年八月占领了上海城，直到在咸丰五年正月才为江南大营派军攻克。后来，即使在江南大营溃败逃到镇江后，上海一旦情况危急，镇江仍要不断地派出将领率军队驰援上海。如咸丰十年七月，曾从镇江抽调副将向奎率军4000往援，而向奎却不愿去，结果以“带兵迁延”被革职留营，这才赴沪，十月才以在青浦剿贼出力复职。十月又从镇江抽调副将冯日坤率军往援，而冯日坤也不愿去，结果以“抗违军令，延不赴援”被革职留营，这才赴沪。到了同治元年，江浙太平军准备进攻上海，而上海虽然有几万清军，但由于缺乏有威望的大员统率，派系混杂，纪律紊乱，将领很不得力，其中还有人如副将冯日坤等暗通太平军的，情势十分危急。曾国藩曾有奏指出：“上海陆续募勇四万余人，每月糜饷二十余万，不能专办一路之贼。……而该抚（江苏巡抚薛焕）之信任曾秉忠、冯日坤等，所部多系广勇，曾秉忠之勇抢劫洋船，酿成巨案；冯日坤之勇在金山团杀绅首团勇多名，目无法纪，薛焕莫可如何。沪城绅民既畏贼踪之环逼，又虞兵勇之肆掠，日夕惊惶不获安处。”清政府则形容它是：“淞沪兵勇众多，而纪律不明，于剿匪未能出力。”而清政府一时却又无法抽调更高级的提镇大员到上海，情急之下，考虑到上海各军多为当日向荣、和春的旧部下，就采纳正想排挤冯子材出镇江的督办江北军务、江宁将军都兴阿的意见：“请将冯子材调赴上海，但去上海无带兵之将，而于冯子材有褒语无贬词。”想将冯子材调赴上海，镇江军务则改由都兴阿的部下、新任京口副都统海全接办。于是清政府有旨：“前因上海吃紧，据都兴阿奏，请饬冯子材赴沪。”清政府作出这样的决定，除了上海确实需要派大员前往的表面原因外，骨子里是否仍有对冯子材能否守住镇江缺乏信心，而想将保卫镇江的任务交由他人负责的内在原因呢？而都兴阿这样积极插手此事，让自己的部将海全取代冯子材主持镇江军务，是否有想包揽大江南北防剿事宜的企图呢？同月还有旨：“前因镇城吃紧，迭谕曾国藩饬令李鸿章赴镇以资防剿。冯子材前谕驰赴上海，是否业已起程，海全接办后，都兴阿自当妥筹兼顾，会合扬防援应之兵认真堵御。”海全于咸丰六年初，以截剿扬州太平军功由总管赏副都统衔，八年初因克复瓜州功以副都统用，正是节节上升的时候，如能督办镇江军务，对他以后的发展自然有很大的帮助。
为了让冯子材将来有足够的权力和威信，来统辖上海有提督衔的曾秉忠（后升任署江南提督、福建陆路提督）等将以及数目众多的军队，这时，恰好广西提督空缺，原由广西巡抚刘长佑兼署，现在刘长佑又升任直隶总督而去，清政府才于正月十七日有旨，将冯子材进阶为实缺提督：以甘肃西宁镇总兵官冯子材为广西提督。《清史稿.冯子材传》称：“事宁，擢广西提督。”则将冯子材任广西提督的时间推迟了镇江战事结束以后，这不符合事实。接着有旨命冯子材赴上海：江浙逆匪纠众数十万，并力东趋上海，情形危急。该处兵众四万有余，无镇将大员亲督统率，以致未能得力。薛焕有应办地方公事及各国通商事务，不能专意防剿，深恐贻误。冯子材久历戎行，朴诚勇敢，朕所深知，着即前赴上海，统率各军。上海为饷源所出，关系东南大局，该提督到沪后，务当力加整顿，以战为守，严扼要隘，以保危城，镇江军务即交海全会同魁玉接办。
但冯子材可能对于这种调动表示了不同的意见，刘体智曾记称：当年曾国藩、李鸿章等人筹组淮军之初，对于淮军应驻上海或是镇江，就曾经受到冯子材意见的影响：援苏之师，早有动议。是时镇江、上海两处，一省中较为完善之区，未决何途之从，主将人选亦不能定。先是益阳胡文忠为曾文正谋曰：“用李氏兄弟中一人为两淮盐运使，以揽盐利。”益阳意中，犹惑于冯子材之言，重在镇江也。即冯子材看重镇江甚于上海，虽然冯子材是如何表达自己的这种看法，现在已查不到资料。因此一来，尽管这时海全已到镇江，但由于出现了大股太平军进攻镇江的情况，上司们又考虑要仍留冯子材守镇江。节制江南四省军务的两江总督曾国藩遂在二月初上奏：“惟镇江现有冯子材、黄彬等军，如果扼守得力，不须添换。”于是清政府又有旨改变以前的安排：“冯子材仍留镇江，藉资熟手。”二十二日再有旨：镇江防剿最关紧要，冯子材在镇日久，熟悉地方情形，且逆匪屡次扑城，尚能抵御，是以令其暂缓赴沪，仍留镇江督办军务。而这时冯子材已派副将黄武贤先往上海布置，并拟自己亲自带常胜勇2000余名赴沪了。《镇江剿平粤匪记》记称：“先是诏子材援上海，子材方拟将二千人东下，至是，复命留镇江。”
清政府的这番空折腾，却成全了冯子材进阶广西提督这一大步。《清代野记.意外总兵》称：“清同治间，湘淮军兴，削平发、捻、回诸大乱，各路军功所保记名提督，部册所载近八千人，总兵则近二万人，副将以下汗牛充栋矣。故提镇大员欲得实缺，非督抚密保不可。”而冯子材以败军之将退守镇江，虽然守住了这个战略要地，但毕竟还未建立赫赫战功，要再升上实缺提督这关键的一级并无过硬的理由。如果没有清政府的这番空折腾，冯子材还不知何时才能到达这一级官职呢！
成为实缺提督后，冯子材也就顺理成章地取得了长期的专折奏事权力，不必经过上级官员即可向清政府直接汇报军情，接受清政府的指示，权限大大增强了。现在我们看到的《军牍汇存》一书，就是冯子材任广西提督后，向清政府汇报军情的文稿汇编。后来他之所以敢于和妨碍他治理边疆危机的贪官污吏及其后台作斗争，而包庇贪官污吏的上级官员既不敢压制他的意见，也不敢随便诬奏加害于他，与他有这个权限有很大关系。两广总督刘坤一于光绪二年（1876）七月二十一日复广西巡抚涂朗軒（宗瀛）函中提到，冯子材有勇气参劾包括广西巡抚在内的官员，“亦由专折奏事一节有以启之”。
但事情并没有结束，冯子材复留镇江，不去上海，企图趁此机会包揽大江南北军权的都兴阿的如意算盘破产了。据《清史稿》本传可知：都兴阿，字直夫，郭贝尔氏，满洲正白旗人。由荫生授三等侍卫，咸丰五年，因镇压太平军有功，授京口副都统。六年，擢江宁将军，八年，改荆州将军。十年，命赴扬州督办江北军务，调江宁将军，文武悉听调度。将军是正一品，都兴阿的官职资格都比冯子材要高，欲统一大江南北军权是可以想象的事情。为了向冯子材夺取督办镇江军务大权，于是，趁着二月发生镇江饥军闹饷的事件，都兴阿与海全内外合作，狠狠上奏参劾冯子材。《镇江剿平粤匪记》关于此事记称：“是时镇江旗、绿、扬防员兵一万七八千名，食米军火以外，内需饷银九万余两。兵勇每月所关或二三成，子材故有都天庙厘捐于正税外加收货捐，以四卡所入赡军。咸丰十一年十月归江北筹饷局，仅以货捐归子材，入益微。部卒不知，谓屯厘钱且数万，顾饥我，大哗。二月贳米掠于市，扬言劫子材公署，江北军乘之交哄，子材捕之。（帮办江北军务的）海全担所部，尽归罪于南军，飞章上闻。久之汹汹始息。”后来，冯子材调兵入城保护，并于二月十二日每兵勇发钱482文，暂安军心。
镇江多佛教、道教寺庙：有建院近2000年的茅山道院，建寺1500多年的金山寺、宝华山隆昌寺，建寺1400多年的焦山定慧寺，建院近300年的焦山都天庙等。镇江都天庙位于宝塔山右边，大殿中供奉的“都天大帝”，是唐朝时的睢阳守将真源令张巡，相传是明朝崇祯年间僧人若味和尚所建，有近三百年的历史。咸丰皇帝御赐“都天大帝”大理石匾额，加封张巡为“都天大帝”。都天庙规模曾很大，有房屋九十九间半，农历三月十五是“都天大帝”张巡诞辰，县郊各乡拜香会众纷纷向都天庙进发，宝塔山下的运河河畔里停满香船，形成都天庙会，镇江流动人口骤增，高峰时可达二十万人以上，镇江城中万人空巷，旅馆饭店人满为患，商家大发其财。1839年4月，47岁的龚自珍辞官回家，经过镇江，正赶上都天庙会。都天庙道士没有放过这次机会，盛情邀请龚自珍为都天庙会作一首道士们在举行斋醮时献给上天的奏章祝文，又名青词。龚自珍挥毫写下那首著名的诗篇：“九州生气恃风雷，万马齐暗究可哀。我劝天公重抖擞，不拘一格降人才。”冯子材可能就是利用都天庙这一特点，设卡收厘。
镇江守军闹事后，海全先发制人向清政府诬奏：“镇城兵勇，据海全奏称，内多饥疲不堪，并器械不齐，队伍不整。”这件事的影响果然很坏，清政府想起当年和春所统江南大营就是因为扣饷不发，以致全军崩溃的情形，于是下了一道措词严厉的谕旨给两江总督曾国藩，要他严查镇江兵勇滋闹情形及冯子材有无存钱不放情事：“若如海全所奏：冯子材于所存捐项并不随时支放口粮，以致兵勇哗然，扬言抢掠公署，尚复成何事体？……若果如海全所奏，冯子材抚绥兵勇未能帖服，即着据实指参，毋庸有所顾忌，知而不言，致滋贻误。”
五月十七日，曾国藩复奏查办情况称：臣咨由署江苏抚臣李鸿章，派常州府知府薛书常驰抵镇江。遍访商民，佥称赊米抢掠实系镇营兵勇滋事，惟群起争夺之时，众口哗噪，亦难保无江北兵勇在内。迨冯子材派兵查拿，海全袒护部下，派队抵御，彼此生隙，尽归罪于江南兵勇，系属实情。至都天庙厘金一项，经前后各委员收放，均属有案可稽。该卡自上年十月起全归筹饷局抽收，至十二月仅将货捐一项改归冯子材派员经收，为数寥寥，远不逮总局全收之多。该兵勇未知底细，以为同此一卡，前盈后绌，妄生猜疑，谓冯子材存钱不放，系属臆度之词。臣复加察访，自二月以后，镇江饷缺如故，而兵勇亦未闻续有滋扰情事，则前此谓统帅存钱不放，由于妄生狐疑，理尚可信。清政府才不追究此事了。可见，为了解决镇江守军缺饷的情况，冯子材曾派员经收都天庙厘金。《清史稿.冯子材传》称：“时江北诸将多自置卡榷厘税，子材曰：此何与武人事？请曾国藩遣官司之。”所记并不符合事实。
都兴阿和海全的诬奏差点毁了冯子材，后来因清政府将海全及其所率江北军调回扬州，事情才渐渐缓解下来。事情虽然有惊无险，但对冯子材应该是有一定的警醒意义，即当官涉贪的日子不好过，对他以后自己不贪和坚决反贪应该有很大的启示意义。
当发生在冯子材身上的麻烦还未搞清之前，清政府于是就把守卫镇江这个战略要点的希望寄托在正迅速崛起的曾国藩及湘淮军身上。《镇江剿平粤匪记》称：咸丰十一年，朝旨屡谕曾国藩派兵援镇江，时曾国藩驻军祁门，皖南北战事正急，“至十月奏，以镇江尚可为数月之守，请以今腊明正”率军驰援。其后，“率未至”。至时，曾国藩改令正在筹建淮军的道员李鸿章驰援，“疏言：自古江南用兵，以镇江为险要，目前局势，镇江尤属必争之地。若图金陵则俟克宁国后，自东坝、溧阳进，而镇江即出兵会之；若图苏常，则俟肃清江北后，由靖江、泰兴进，而镇江亦出兵会之。但巢、和、含攻克一城，即可令鸿章驻军镇江，与扬防联络声势，以图进剿。”到十二月，曾国藩就向清政府提出：将李鸿章擢任江苏巡抚，驻扎镇江：“至巡抚驻扎之地，上海僻在东隅，不足以资控制，臣愚以为宜驻扎镇江，北可联络淮扬，南可规复苏常，近拊金陵之背，远制洋面。”清政府对此表示完全赞成：“苏抚应于镇江驻扎之处，于地势、军情极得要领。”于是，在同治元年正月有旨：镇江一城为江南北枢纽，至关重要，冯子材等堵剿未能得手。业经都兴阿派委总兵詹启纶督带兵勇前往援救，即着催令星速渡江，相机助剿。现在贼势趋重镇江，而金陵苏常各匪复图窜扰江北。李鸿章所统水陆各军六七千人，如能早行赶到，不独镇城可资保卫，亦可壮江北声势。着曾国藩催令该员迅速起程，无稍迟缓。从曾国藩这些奏折及清政府的批复可知，清政府仍不放心让冯子材督办镇江军务。
二月，清政府在决定将冯子材调赴上海，镇江防务改为海全主持后，又有旨给曾国藩，怕李鸿章募集淮勇迟缓，要曾国藩拨部分湘军兵勇给李鸿章带往：李鸿章若俟二月间赴镇江，为日较迟。现在镇江情形吃紧，海全驻守镇江，恐不能得力。若非李鸿章迅往，则水陆各军无人整理，甚为可虞。即着该大臣另筹拨给兵勇交李鸿章带赴，俟新募之勇齐集，再行抽换，方合机宜。三月又有旨：现在沪上并无带兵大员足资倚任，松沪门户在在可虞，着曾国藩迅催臬司陈士杰赶紧率领所部驰赴上海，并迅催李鸿章赴镇。又谕李鸿章：镇江地居冲要，见在贼势趋重，李鸿章自应仍遵前旨，赴镇江驻扎，以便整顿江南水陆各军，为规取金陵之计，最为要着。
曾国藩的复奏也认为，李鸿章一军前去的目的地应是镇江而非上海：“上海僻处东隅，论筹饷为要区，论用兵则为绝地，再四思维，拟暂资洋人协同保护，将来果派何军前往防守之处，应俟李鸿章到镇……再行察看奏明办理。”在致浙江巡抚左宗棠函中，曾国藩也谈到自己的计划：少荃（李鸿章字）赴上海，拟先驻镇江，徐图上海也。并在给已被清政府授予署理江苏巡抚的李鸿章去函多次谈到：（淮军在沪训练数月后），阁下带三四千人赴镇。阁下秋间出江驻扎闰城。李鸿章也多次有函与曾国藩商量赴镇江事。在这些议论中，大家都不提冯子材，似乎冯子材已与镇江防务没有关系了一样。
但李鸿章在动身时，因上海官绅之邀，改往上海。他很快就认识到驻军上海的重要意义，并通过与太平军的作战取胜，从而在上海站住了脚，就不愿舍弃上海这个财富之区而去缺粮少饷的镇江了。他于五月二十七日上奏《权衡沪镇缓急片》，明确表示不能执行清政府要他赴援镇江的频频寄谕，而认为：冯子材等催臣前往，实欲臣到镇为该军筹饷，未必为进剿起见。……冯子材在镇江尚能战守。得诏缓李鸿章镇江之行。
在李鸿章反复要求下，曾国藩也改变主意，不让李鸿章和淮军离开上海赴镇江了。他函告李鸿章称：寄谕饬阁下迅赴镇江，敝处奏明目下台驾断不能移动。并上奏清政府，据他所得情报，“冯子材尚能打仗”，让他守镇江应该没问题。清政府原来十分担心镇江的安危，曾频频有旨要李鸿章赴镇江，现在也看到李鸿章留在上海比去镇江更重要，所以也改变了态度，五月有旨：镇江防守情形最为吃重，李鸿章驻军上海，近因嘉定等县城复被贼踞，沪城军情又紧，该署抚能否抽身赴镇，着曾国藩、李鸿章会商，酌度办理。冯子材、魁玉驻守镇城，责无旁贷，李鸿章恐未能即到，即着激励将士，战守兼资，毋令该匪乘间阑入。六月，因李鸿章奏请留沪，有旨：李鸿章现在未能离沪，镇城兵单饷绌，该抚迅即知照冯子材，激励兵勇固守。八月，曾国藩奏：至于李鸿章，久有移扎镇江之意，无如松沪一带战争不休，观忠逆之志，似欲甘心于沪上，李鸿章有万不可离沪之势。……镇江防剿，应始终责成冯子材，耐苦坚守，不作出剿之计。李鸿章赴镇江主持防务一事才最后告一段落。
如果李鸿章真的到镇江的话，由于他已是冯子材的上司，冯子材又将居于下属的地位，没了军事自主权，以后的事情就难以预料了。谁知李鸿章已铁了心不愿离开上海，经过这样的一系列波折之后，清政府才死心塌地放手让冯子材督办镇江军务。
围绕着冯子材督办镇江军务一事发生了这样多的事情，归根到底是反映了由于冯子材在前段时间与太平军作战的功劳不够显著，因而清政府对冯子材能否守住镇江信心不足的结果。
说起来，督办军务并不是什么实职，只是相当于临时前敌总指挥的虚职，如冯子材后来就曾督办东江、罗镜、高雷廉琼、钦廉、琼州等地的军务。而且担任督办的时间一般不会太长，像冯子材督办镇江军务5年的情况几乎是绝无仅有的事情。清政府设立这种职务的原因，固然有为完成某种特殊的军事任务起见，但多是因为某个战场上军队的派系众多，指挥系统各不相同，以致即使是职务再高的官员也无法指挥。为了完成这一战场的军事任务，所以要临时设立这一职务，以便于统一指挥。但担任这一职务的官员如果措置不当，仍不一定能顺利指挥，如曾任直隶提督的淮军大将刘铭传就曾被清政府任命为督办陕西军务，但由于被陕甘总督左宗棠的抵制和掣肘，终于无功而返，辞职而去。冯子材的前任巴栋阿主持镇江军务就没有取得什么成绩，以致要主动推荐让冯子材来代劳。不过，冯子材最终能够督办镇江军务，说明他的军事才能已为清政府肯定，并已取得了各方面的信任，可以独当一面了。当然，这也为冯子材创造了能够充分贯彻自己的军事主张，提供发挥军事才能的更高一层的平台，使他能够在更高的军事领导的层次上锻炼自己处理各种事务的能力，提高自己的军事素质和领导能力，从而奠定以后事业的基础。而且，有一个很巧合的事情，就是如果说冯子材在以前曾打过几次大败仗，以至两次被革掉甘肃西宁镇总兵职，但自从当上了督办镇江军务这种主帅职务后，虽然仍经历了百十次战斗，但他就不再打过败仗了。
