冯子材担任督办镇江军务后，首先需要整顿驻扎镇江城内包括江南大营溃军、镇江旗营、地方军队、江北援军、新募勇营、投降义军以及杂七杂八的多支水师船队组成的杂牌军队，这支军队来自不同系统，因而互不服从协调。而在江南大营溃军中，则除了广东和广西两省的军队外，还有湖南、甘肃、四川、贵州等省的军队。咸丰十年六月十七日，巴栋阿曾奏《复查各省原调兵数折》称：湖南省各营现存一千十一名，贵州各营现存四百三十一名，四川各营现存八百二十一名，广东各营现存二百八十名，陕西各营现存一百九十四名，甘肃各营现存五十五名，现实存兵仅二千八百余名。所谓“冯子材将三千人守镇江”的说法即指此。以后，随着金坛失守，和春和张国梁在丹阳战死，他们部下相当数量的溃军也会逃到镇江依附冯子材，所以，冯子材手下的江南大营溃军兵力增加到一万三千多人。冯子材要花大力气将这样的一支军队整顿成能够完全听从他的指挥，并有战斗力的军队，才能对付太平军对镇江的不断进攻。
当时，清朝的绿营军队除常饷每月银四两外，如有战事，“征兵每名日支口粮米八合三勺，月支盐菜银九钱，并于出边口之日加给盐菜银四钱，凯旋之日即行停止。”这里的“合勺”是古代的容积称量单位，古语有“合勺成升，分厘成钱”的说法，可见是相当于升以下的两、钱等重量，即出征作战的将士另有一份包括钱粮在内的行俸，从一些资料来看，这种征米一般由作战波及的地区捐助而得。而镇江守军由于偏处一城，因此，根本无法解决严重缺粮少饷的问题，所以，冯子材任督办后的当务之急是要解决缺饷问题。但这个问题并不好解决，主要原因在于镇江守军自己并无筹饷的权力和地盘，而镇江海关由于战乱，收入受到严重的影响，所以只得完全要依靠清政府饬令各地的协饷拨济。在当时全国一片动乱，清政府的中央领导权威极大削弱的情况下，一方面各地确实有自己筹饷的困难，另一方面也是对籍籍无名毫无奥援的冯子材能否守得住镇江缺乏信心：遵旨拨饷给冯子材，会不会像拨饷给其他绿营军队一样，是白白浪费徒劳无功的行为。所以，各地对拨饷给镇江守军一事能拖则拖，能赖则赖，量冯子材也无奈他何。冯子材在同治元年十月的上奏就谈到：“镇江大营饷需久缺，历奉恩旨敕部指拨山东、河南、山西等省协饷解济饥军。无如各省藩司总以筹措维艰，有催无解。本年正月又蒙天恩高厚，饬令广东月济银三万两，旋于五月十六日钦奉上谕，广东协饷着（两广总督）劳将应解镇营银三万两，添拨水师银二万两，按月如数赶紧筹解。”“此项银两为镇营协饷第一大宗，计自正月至今积欠已五十余万两之多。”山东应解镇营协饬五万两，迄未报解。同治二年正月奏：广东核计上年十三个月应解银六十五万两，仅领到二千多两，多寡悬殊，奚止天渊。同年八月奏：广东省应解镇江陆营协饷每月三万两，自元年正月至今共应解银六十余万两，但积欠两年，有催无解，只得七千两。“多寡过于悬殊，奚啻杯水车薪。”镇江守军“自上年闰八月整顿清理之后，按月尽摊尽放，权宜敷衍，又已历欠新饷四十余万两。”
协饷省份的督抚这种毫不协作的态度，给冯子材凭空增添了极大的压力，因此，缺饷问题就成了冯子材在督办镇江军务期间挥之不去的噩梦。从同治元年初起，不断地向清政府奏报镇江守军缺饷的情况，几乎就成了冯子材奏折中的一个不可或缺的内容。如他在同治元年二、三月先后奏称：统核镇防旗绿各营官兵勇壮一万七八千名，月需大饷九万余两。尚有水师额饷每月六万余两，加以军火月米等项，统计水陆两军每月需用不下十七万余两之多，还需“请添拨水师银三万两”。清政府虽然有旨，“饬将江北新增现办一切捐项，先尽镇营之用，并由上海关库按月拨给银五万两，广东省按月协济三万两。”但即使全额领得也只是每月八万两左右，何况还从来没有领到全额的情况。所以，“镇江一军，……兵勇每月所关三四五成不等，从未放足全关。……自上年设立筹饷局以后，按月始稍有接挤，然亦十不及五。”“南台按月照解亦不过数千金，其上海应拨之款（月五万两），虽经先后奉旨饬催，甫于本月十四日解到银一万五千两，此后有无补解，以及每月究能筹拨若干，……尚无把握。”
此外，镇江海关官员的贪污也是镇江守军缺饷的重要原因。庚子年间，冯子材回忆称：“忆咸丰年间，奴才在镇江督办军务，随人拾得一手折，系镇江关报数折，内开镇江关饷每年抽厘税百余万，缴饷者仅二十万，其余各官瓜分。”
《冯宫保事绩纪实》载：在饷需十分困难的时候，冯子材曾想出哄士兵到北固山挖宝的办法，来避开士兵因索饷哗变闹事之险。（咸丰十一年）十二月，各饷未到，而厘金所得无几，又值岁暮，点金乏术，情势最为岌岌。公筹思一策，镇江府署后有一土山，密令心腹人埋巨金一锭于山上，又授计金山寺老僧，佯告上年发匪踞镇城时，所掳各处金银均藏此山，惟我一人知之。贼退，我与世外人不屑有此，今大军饷缺，何不挖取，较之候饷便捷之至。公闻之，遂迎此僧供养幕府，即刻出令：每营准挖一日，周而复始。众军得令大喜，踊跃往挖，果获巨金一绽，众以为实系金穴无疑，群情益奋，转忘索饷。嗣后虽无得，而希冀之心不衰；积十余日，土山已空，而各饷亦到，方免滋事之虞，然后送僧回寺。此公运筹奇策，出人意表，方知檀道济之唱筹量沙，似不足专美於前矣。迄今部下将士，称道如绘。但《镇江剿平粤匪记》则称此事为镇江知府师荣光的智计：“咸丰十年十一月，知府师荣光乃从民讹言，扬于众，谓府堂下有贼窖，出犒赏钱四百緡集军掘之，亦或得碎银及诸食物。卒岁，士卒各发饷银二两。旋师荣光躬赴上海乞饷银十万两归，乃停窖工。尝谓人曰：此古人唱筹量沙之法，昔以御敌，今以定我军心者也。（荣光乞饷银归为咸丰十一年正月事，此据光绪丹徒县志及冯公彼时幕中陈秀钟说。光绪二十一年，冯公又驻军镇江筹办江南防务。幕中都启模著冯公事迹纪实，述此事云：咸丰十一年十二月，各饷未到，公筹思一策：镇江府署后有一土山，密令心腹人埋巨金一于山上，又授计金山寺老僧佯告发匪踞城时，金银均归此山。公遂迎此僧供养幕府，令每营掘一日，周而复始，果获巨金一锭。众以为实系金穴无疑，群情益奋，转忘索饷。嗣后虽无所得，而希冀之心不衰。积十余日，土山已空，而各饷亦到，方免滋事之虞。然后送僧回寺。）人皆服其智焉。”
当然，事隔多年，记忆可能会有错误，但也可能是双方所记为同一事，只是谁是主持人有出入罢了。
由于饷项来源没有把握，所以镇江军缺饷情形十分严重。同治元年二月，冯子材有奏称：“惟是入春以来，待饷四十余日，除前办粮台道员江清骥解到伤赏银三千两，此外未有丝毫接济，各营饥寒交迫，典质皆空，困苦情形，目不忍睹。……正月既已逾期，二月又将过半，不独各营正饷粮台未解分文，且食米一项，亦以新旧交替，运解不前，同时缺乏。”三月上奏《饷绌兵饥设法整顿折》中，汇报了镇江军缺饷所造成的悲惨局面：自前年四月以迄上年五月，牵算所关一二成不等，兵勇食不充肠，衣不蔽体，哀鸿载道，日有死亡。上年饷局既开，较前稍有起色，然亦不过五成上下。本年正二两月，每人仅领得银一两有奇，困苦饥疲，尤难言喻。正饷如此，杂项可知，一切帐房、夫价、赏恤等用，皆军中必有之需，粮台库藏一空，益复无从过问。前经臣等奏明于焦山都天庙地方设卡抽厘，随时津贴，收数微薄，遍给为难。每当临敌犒师，辄觉左支右绌，此兵力饥困之实在情形也。又奏：南台饷章未定，军心惶迫，骤难枵腹荷戈，一切军行锅帐等需，屡经文催粮台筹款赶办，总以饷源支绌为词。种种掣肘情形，倍深焦灼。
四月又奏《镇城军情紧迫，饷需不继，措置两难折》称：自庚申四月以后，积欠（军饷）至一百数十万之多，（新的拨饷计划）阅今将近半载，协饷既无消息，粮台迄未定章。上海税饷先后催解五万四千余两，其新增各款，以沿江厘卡为大宗，均由水营随时提用，陆营无从摊给。请将口岸盐厘径充镇饷，通计三四两月，征存盐厘二万七八千两，分解陆营尚未及其半。其余应由粮台转解之款，更属有名无实。现届端节，……勉强并凑银数千两，按名摊给不及三钱。但得每月放饷六七成，即可就现在兵力黾勉战守，保此危城。“镇营饷项，溯自咸丰十年闰三月起，至本年六月分止，共积欠饷银十八个月零，计各路军营欠款，未有如镇营之多者。”因而一度“饥军断饷五旬，现在凑放二成，暂免决裂。”冯子材奏称：这段时间“日夜焦思，寝食俱废”。正月分应关饷银，守候五旬，军饥欲溃。幸抚臣薛先行筹拨一万五千两到镇，再加上各局卡厘金暂行挪借，各营计每人摊银一两三钱。
到五月，江苏筹饷总局在新增各捐内，增加有出江米厘捐项下每石150文，盐厘项下每票300文，专为镇江陆军筹饷而设；李鸿章则奏称由上海月解镇江三万两充饷。六月有旨：镇江饷需虽近支绌，前据李鸿章奏称由上海月解三万两充饷，兹又划解泰坝盐厘，合之外江各百货捐并新增花布等项捐款，每月有着之款殊不为少。当此各营同形支绌之际，冯子材、魁玉务当撙节支放，勿得借口军饷不充，防剿稍形松懈也。七月，李鸿章上奏《厘定镇江水陆饷章片》，提到他负责解决镇江陆营每月如下饷需：沪饷二万余两，口岸盐厘每月约收一二万两，按月分解水陆两营，泰坝盐厘每月约得银三四千两，专济镇营等等。但李鸿章所报数字多有夸大，冯子材奏报这几项饷需的具体数额：“伏查上海拨饷三万两，系连同向有之米价合计，一经扣算，实解二万余两。李奏定后，五月分饷银昨准解到一万两。新增款内，（盐厘）每月镇营可得数千两，至外江各厘捐，向由江防水师尽数提用，从未分给镇营。统核镇营目前有着之款，如果各路定期拨解，上海每月可得二万两，口岸盐厘每月可得五六千两。……泰坝盐厘……每月不过数千两，（总计三万两上下）共计抵放月饷照额仅止三分之一，所缺正多。”
镇江守军缺饷少粮的情况，在巴栋阿主持战事时已经存在了，但巴栋阿却无法解决，把这个烂摊子留给了冯子材。而冯子材在接手之初，由于地位还不稳固，去向未明，所以也无心处理。直到最后得知不调上海了，督办军务一事也已最后定局，并升任广西提督，才发挥自己的才干积极设法解决问题。他于同治元年三月向清政府上奏《饷绌兵饥设法整顿折》，提出解决镇江守军缺饷情况的设想：臣等目击时艰，不能不因时制宜，从容利导。凡清厘册籍，严核虚粮，申饬营规，止齐步伐，一切应行整顿之处，臣等皆以身先之，不使有所借口。而大要尤在信赏必罚，甘苦同尝。用能两载之中，仰赖国家威福，屡却城围，即饷需中断，士卒枵腹忍饥，从未敢哗燥粮台，因而滋事。并已初步提出改编营制的想法。《冯宫保事绩纪实》则称：十月内，奉旨督镇江军务。公既奉命，因镇城旗绿各营卒伍不整，户口萧条，城郭残缺，四郊多垒，军无固志，民有惧心，兼以粮饷军装无一可恃。不得已，立派所部分投扼扎，晓谕兵民协力固守。距城四十里外，城卡林立，几无完土，公相度布置，修缮城隍，整备军械。贼至，即出奇兵以胜之；贼退，则出偏师以挠之。镇为江左名城，古称铁瓮，一旦不守，则下游数省，贼不难长驱直进。公竭力经营，俭於自奉，与士卒共甘苦，或往来监视，或临阵指挥，屡破大敌，城赖以安。
到七月又奏上已考虑成熟的《并军撤饷大概情形折》，向清政府汇报自己对镇江守军采取并军减饷的措施：将由金陵大营归伍的军队约一万三千余名，拟令各管带官认真简阅，另编卒伍，以一万人为率，分立五军，以镇协大员廉明公正谋勇兼优者统之。内外二十营，每营五百人，营各有将，层层节制，专其责成，改照楚军支应章程，按关放足。似此因地制宜，变通成法，约计兵饷两额可减十分之三，裁撤兵勇共三千二十五名。裁并军额后，每月约需银七万两，一律截清界限，从闰八月初一日为始，照成摊放。幸抚臣李深明大局，拨解如期，合之江北各捐，每月勉资凑放。加上后来江北拨给的士兵及新成立的马队，可以查知这20营的部分番号的有奇、精、严、健、定、壮、树、烈、成、功、劲、锐、制、胜、复、宣、义、整、雄、果胜、凯胜、威、肃、策等。这项措施不但精简了军队，节省了饷需，并且重新组成20个营，另外配备得力将领，如总兵田宗扬、张文德、黄武贤、陶茂森，副将杨青山、关松志等，据不完全统计：田宗扬任副将时曾统带奇字一营，升为总兵后改统雄、整二营。总兵张文德率定、制、胜、复四营。副将杨青山开始统带精、严二营，后来改率严、整、宣、烈四营。参将杜日新管带健字营，副将陈步高管带功字营，副将林从太率奇、胜、义三营。游击张春喜管带宣字营，副将陈昌达统带胜、功两营。从这些情况来看，将领既有固定统带某营的，也有视情况变化而改统他营的。
至于将士的历年欠饷的处理，冯子材于同治元年九月奏称：此项欠饷约一百数十万两之多，现值经费万分支绌，断不能筹款补苴。惟有仿照安徽大营成案，准照筹饷事例，减成银数以饷票报捐请奖。如本身不愿邀奖者，准其移奖亲戚子弟，各听其便。相应请旨饬下户部印发五、六、七、八、九等品职衔暨封典、加级、记录、花翎、蓝翎各项空白部照，以及监生执照到营，以凭随时填给。即允许士兵将欠饷改为请奖五、六、七、八、九等品职衔暨封典、加级、记录、花翎、蓝翎等各项所需捐银扣销。在同治二年二月的《遵旨妥筹防范折》中又奏：此次报捐饷票，前准部复以实银一成，饷票九成上兑，所收实银凑放新饷。旋因报捐各项内，从九职衔及贡、监生三项人数较多，据该局议，请将此项捐生量为区别，除照例减成外，饬令以二成实银八成饷票上兑，于新饷不无小补。才算彻底解决了历年欠饷的问题。
镇江守军裁军节饷后，清政府又指示各地保证其饷源，虽然不免有些地方官府仍不肯竭力为镇江守军筹饷。以至在同治元年八月间，陆营进款每月不过三万。只得要求“江北各州县劝捐镇营兵米”，实于镇防军务大有裨益。困难情形仍持续了相当长的一段时期，但由于军队人数减少了，又得到李鸿章的大力支持，整体上情形毕竟有了好转。冯子材于十月奏：“各营兵勇每届冬令例给棉衣银两，以资卒岁，当此正饷万分支绌，每月勉力摊放尚不过四五成，此项经费，粮台断无款可筹。在防士卒食既未能尽饱，衣复无以御寒，困苦情形，万难坐视。”后来从镇江关借银一万两才解决了。十一月奏：南台水陆饷项，业经署抚臣李分款厘定，现经裁减划一定章，所有每月进款，由各司道委员迳解。同治二年正月又奏《遵旨另派委员守提粤饷折》：上年五月以后，幸经抚臣李厘定水陆饷章，尽收尽放。又经臣等裁军节饷，竭力敷衍，尚无哗溃之虞。惟进款本少，按月摊放四五成内外。四月上奏《截剿窜逆蹋平贼垒附近一律肃清拆》称：“抚臣李、漕臣昊等督同司道设法接济，按月得饷四五成内外，地方府县各委员筹饷集团，协防招抚，不遗余力，用是军心鼓舞，众志成城。”这比以前只发一二成饷时好多了。战后，冯子材更总结称：“查镇营进款，向以沪饷盐厘为大宗。”
总的说来，在督办镇江军务期间，饷项不足一直是制约冯子材发挥其军事才能的主要因素，使他不能扩大镇江军队，不能购买优良武器装备军队，不能提出赏格以鼓励士气等等，更制约他最终不能发展成为像湘淮军那样的新军阀。不过，在如此困难的情况下，冯子材不但出色地完成了保守镇江的任务，后来还夺取了丹阳，却又为他忠于清政府的形象增添了许多光彩，以致成了清政府始终信任他的一个重要因素。
即使在军费如此困难的情况下，为了提高军队的作战能力，重视使用热兵器的冯子材还千方百计挤出经费来购买新式武器装备。他曾在同治元年三月奏称：“镇城军械枪炮已于十一年二月后抽厘筹款添置”。在四月的奏报中又称：“军火枪械饬局次第添办，务在一律整齐。”同治二年八月又奏：“简阅劲旅，购备精利火器，力图战守，用固要防。”清政府也从扬州军队中调热兵器给冯子材：扬营所制开花炮子，系攻坚利器，并着赶紧运赴镇防，以资得手。在以后的作战中，冯子材都注意发挥热兵器的作用，如同治三年三月进攻丹阳时，即已有“劈山洋庄炮队”。《冯宫保事绩纪实》则载：公虑日后饷或不继，遂将所部兵勇裁汰三千有奇，仅留一万，分为二十营，派委将弁统领管带，朝夕训练。又捐廉制造六尺余长手枪多枝，给弁勇随时演习，中靶多者酌给奖赏。以是军心奋勉，争自用心，未及三月，每靶五枪全中者，一营约二分之一，具有百步能中茶盅底。此外，又选身长之勇，每日限定里数，朝往暮回，使探贼情。每一日，除歇息不计外，可走二百六十里。所以每遇战阵，枪炮既多命中，各军均无畏心，战胜追逐，镇军在前，各军无不落后。是以部卒虽少，实能以少胜众，镇城以安，皆由于此。《冯子材传》则称：（冯子材）积廉俸所入，先后制备六尺长枪分营演习，多能命中百步外小茶碗，声威益振。
但我们同时又应该承认，由于受当时主客观条件的限制，我们对于冯子材对现代热兵器的认识和使用的情况，还不能估计过高，因为在他报告同治三年四月初八日进攻丹阳的战斗中，就有清军“施放喷筒火箭，将城上（太平军）更楼哨台轰毁”的描述，可见其所买热兵器即包括喷筒、火箭等低效率的东西。结合他在20年后的中法战争中仍使用诸如“先锋煲”、“锁头枪”之类的落后武器，以及在庚子事变中提议清政府自己制造抬枪等武器的情况来看，冯子材对现代热兵器的认识是否高明，给镇江守军购买和使用的是否先进的热兵器还是一个疑问。
早在向荣主持与太平军的战事时，便曾奏调战马来江南助剿。因此，冯子材还重视骑兵在作战中的作用，即使在经费万分困难的情况下，仍“与各带兵官陆续捐购战马，教练成伍。平时哨探游巡，临阵包抄荡击，且战且守，马队之功居多，奈为数畸零，尚未足支持大敌。”同治元年十一月，冯子材上奏清政府，要求赏发战马五百匹，以资攻剿：“分屯扼险利用步，冲锋陷阵利用骑，两军转战之顷，精骑数百足当劲旅数千。镇营兵勇一万内，能得马队一成，庶战守兼收实效。”清政府满足了冯子材的要求，加上在作战中注意缴获太平军的战马以补充自己，从此，镇江守军就逐渐有了自己的骑兵部队。以后每次与太平军作战，冯子材都注意充分发挥这些骑兵的作用。如奏报同治二年正月二十一日的战斗称：“当派总兵田宗扬、副将杨青山为前部，总兵张文德、陶茂森为后继，各带马队两路进攻。”二月初五日，“当派总兵张文德、副将杨青山，各率精骑相机迎剿，总兵陶茂森马步应之。”整个作战报告充满“飞骑陷敌”、“跃马先登”、“精骑如墙直进”、“分列马队”等字眼。三月初五日，“当派总兵张文德率定、复、制三营马队，由南门甘棠桥进发。”至于以后进攻丹阳等役，马队更起了重要的作用，如同治三月二十六日进攻丹阳时，“杨青山先以精骑冲突，后以步队分抄。”
在整顿士兵的同时，冯子材还重视整顿将领，对于不称职的将领也及时惩处，据不完全统计就有：于同治元年三月请旨将“精力疲软，才具平庸”的贵州镇远镇总兵朱承先勒令休致。五月有《特参镇将大员折》称：“诚以将率得人，为今日整顿军务第一要义。”将不能约束士兵的参将苏如松革职，文汉章拔去翎顶。七月，以玩忽军务革守备李士喜职。与裁军同时，撤回副将秦礼国等伤疾将领十七员。闰八月，还将在出击汤岗太平军时临阵失机、目无军令的都司田镇武军前正法，摘去管束不严的游击滕代伦、都司李占春的顶戴。同时上奏，要求清政府给予惩处各级将弁的权力。清政府予以同意，有旨批复：都司田镇武畏葸不前，实属愍不畏法。冯子材等将该都司即在军前正法，办理尚属认真。……镇营将弁兵勇动以饷需缺乏，借口饥疲，不战而遁，必须严加整顿，以挽积习。嗣后如有临阵退缩、未战先溃之员，着照冯子材等所拟，其都司以下员弁即在军前处决，其副将、参、游各员一面锁禁，一面请旨遵行，以振颓靡而肃纪律。即着冯子材宣示各营，俾知儆惕。十一月，批准因伤病而难以乘骑打仗的甘肃西宁镇总兵黄朝恩休致，又将无可差遣的游击方智、屈占元、参将苏如松、范永福遣撤。同治二年六月，将未能约束兵丁的游击朱得保革职。八月，将胡作非为的游击童富掌革职，并重责军棍，插耳游示。又将年力就衰的都司于绥昌原品休致，及并无差使的副将曾玉龙，参将潘胜章，都司张鹏程、赵全，千总胡庆荣，外委柯玉雄遣撤回营回籍。十一月，将恇怯无能的副将陈昌达，久病软弱、未能振作的游击黎敬久，营务颓废、约束无方的游击张喜春等勒令休致。在这些受到惩罚的将领中，有的后来由于改过立功，冯子材又及时奏报朝廷，取消对他们的处分，并给予适当的奖赏。
在惩处将领的过程中，冯子材还能做到铁面无私，大义灭亲。如他有个当年投军伊始便已在一起作战的广东钦廉老乡冯日坤，后来又一起改隶向荣部下，转战各地，共同守卫镇江。到同治元年，冯日坤已升任副将并被派往上海。冯日坤到上海后不久，就有詹事殷兆镛参劾冯日坤纵兵通贼等罪状，清政府要曾国藩、李鸿章等查处。李鸿章查明后奏报清政府：冯日坤确有卖军火给太平军、纵兵扰民、侵吞军饷等情节，“案证确凿，情罪重大，且心术奸险，变诈莫测，”要处以军前正法。而李鸿章在调查冯日坤的同时，还提到另一个“通贼”的已革副将张威邦，“据云与冯子材同乡素识，欲往投依。”可能害怕受到牵连，冯子材对这些“通贼”的战友、同乡都不敢包庇，而是一律“大义灭亲”。据同治元年九月初三日李鸿章《复冯萃亭督办》一函可知：当冯子材得知冯日坤上述情况，曾支持李鸿章处置冯日坤：“冯日坤罪案众著，非处于极刑不足以仰塞明诏，餍服人心。弟早知尊处与巴将军欲劾未果，但不便以风闻之事入告耳。兹承密示一一，仰见麾下刚明沈毅，度越时流，其嫉邪崇正之深心，真不愧干城御侮之名将。”
同治二年七月，冯子材又奏报惩处另一名也是广东老乡，长期跟随他转战各地的老战友杨青山称：“镇城地方军民杂处，近以贼氛较缓，流亡渐复，商贾日繁，臣等屡饬在营将领不得与本地商民往来交涉。兹访问提督衔记名总兵、广东肇庆协副将杨青山，与西城同泰米铺民人戴生林熟识，不时前往起坐。虽查无前项情弊，惟以统领大员，有表率将弁之责，乃率与地方商贾往来，实属不知远嫌，咎有应得，并恐各营将士相率效尤，相应请旨将该员摘去翎顶，以示惩儆。”
与惩罚失职将领的同时，冯子材还注意在各次战斗中及时奖赏立功的将士。冯子材根据部下各军来自不同省份的特点，提拔将士除了依据战功外，还要考虑省份的特点，基本上做到每个省的军队都有将领得到破格的拔擢，从而由这个将领带动这一省籍的士兵作战。如湖南的张文德、田宗扬，贵州的汪柱元，广东的黄武贤等。而且在提拔这些将领时，冯子材也能做到先公后私，即先提拔关系疏远的将领如湖南的张文德，后提拔关系较近的将领如广东的黄武贤；在提拔广东的将领时，又注意先提拔与自己关系稍为疏远的黄武贤，再提拔与自己同出钦廉的老乡杨青山、关松志等，致使两人的功名比黄武贤低了一等。黄武贤后来做到云南提督，杨青山只做到潮州镇总兵，关松志则只做到记名总兵、实缺副将而已。
湖北咸宁人、尽先直隶州知州雷凤翥，是创造推行厘金制度的咸丰时刑部侍郎、江北大营帮办军务大臣雷以缄的儿子。雷凤翥因事遭到革职，在巴栋阿时到镇江军营效力，后来成为冯子材的部下。冯子材一有机会，就为雷凤翥开复原官，曾奏称：“查办理营务处、知州顶戴、已革尽先直隶州知州雷凤翥，前因挪移公款银三百两，旋即归还，奉准部议从重发往新疆。嗣于咸丰十年报效镇营军械，奉旨留营，十年五月以提饷出力，钦奉上谕免其发遣，上年四月，蒙恩赏还知州顶戴各在案。该员随营效力已阅四年之久，委办营务处事件，整饬军律，赞划戎机，在事始终勤奋，实为得力之员。合无仰恳天恩，俯准开复原官！”冯子材这样做，就比较容易鼓舞非粤省的将士的士气。而在《冯子材传》中，则把此事记为：冯子材在镇江惩治不得力的将弁时执法如山，故令行如水称：“营务处雷凤翥以挪移公款三百，虽旋归还而发遣穷边。”这段记载是根据前面所引冯子材同治二年四月的《查明防剿在事文武择尤保奖折》而作，但由于作者披阅资料粗糙，行文草率，结果就颠倒了事实，出现了许多错误：首先，雷凤翥以挪移公款三百，虽旋归还而遭发遣穷边，是在冯子材守镇江以前发生的事情，并不是在为冯子材办理营务处时所为，所以雷凤翥遭惩治与冯子材无关。后来，雷凤翥因为报效镇营军械，奉旨留营，才得到冯子材的重用委办营务处。而冯子材对雷凤翥的工作还是十分满意的，“委办营务处事件，整饬军律，赞划戎机，在事始终勤奋，实为得力之员。”因此，一有机会，就要为雷凤翥开复原官。但《冯子材传》却将冯子材说成是惩治雷凤翥的人，却不提冯子材欣赏和提携雷凤翥的情况，则与事实不知相差有多远了。
据不完全统计，冯子材奖赏和提拔过的将士就有：在同治元年三月，推荐副将张文德接任贵州镇远镇总兵。十一月三战三胜句容太平军后，向清政府呈奖参将田庆和、游击汪任柱、守备刘绍富，开复已被革职的游击霍名升、杨廷福、守备李士喜及摘去顶戴的游击滕代伦、都司李占春的处分。将游击关松志、都司湛恩荣、守备郑鱼、把总褚得隆升职。十一月，推荐四川懋功协副将田宗扬为甘肃西宁镇总兵。同治二年二月，因在进攻丹阳的作战中表现出色，呈请提升千总龚大兴为都司。四月，开复被参参将文汉章、游击梁成华、知州雷凤翥的处分，提拔游击敬杨威、都司吴天兴、守备古龙光、外委文振高的职务，又请奖将弁297名。八月，提拔李耀光、杨有鋆、陈得贵、黄国汉、陶世洪、张得元等将弁。十一月，推荐贵州松桃协副将黄武贤为甘肃西宁镇总兵。提拔林从太、邓全胜、徐清远、郑鱼、田国珍、孙玉操、蒋名标、陈明久、钟有维、凌作仁等将。同治三年正月，准游击汪柱元补黄武贤所遗贵州松桃协副将，提拔奎秀等将。三月提拔区得亮、张兴嗣、关旗新等将。四月，因攻克丹阳，奏请给张文德、杨青山、霍名升、杜日新四将赏加勇号，开复已革副将陈步高的处分，赏给投降勇目黄先知、杜玉成三品顶戴花翎。八月，除提升周土得、王耀临外，还呈请拟保蓝翎105名，拟保千、把、外委78名，拟保功牌顶戴293名。在这些经冯子材赏识和提拔的将弁中，后来做到一省实缺提督的就有云南提督黄武贤、贵州提督张文德，做到实缺总兵的有甘肃凉州镇总兵汪柱元、广东潮州镇总兵杨青山、陕西延绥镇总兵陶茂森等人。
熟练地运用奖惩手段来驾驭麾下将士，是一个高级将帅成熟的标志，冯子材就是在守镇江期间完成了这一过程，以至于后来他在赴任广西提督和治理边疆以至指挥抗法战争时已会灵活运用这一手段，并逐渐形成他选拔将弁的原则。
由于指挥出色，冯子材甚至还取得了镇江旗营将领的信服，“初巴栋阿以京口副都统署江宁将军，辖旗营，与冯子材绿营不相隶，遇警同乘城守，巴栋阿任西南，冯子材任东北。”巴栋阿死后，清政府于十一年十月调江宁副都统署京口副都统魁玉帮办镇江军务。魁玉因身体不好，需要调养，遂请“敕子材不分旗、绿，联为一体，从之，”取得指挥旗营的权力。
经过冯子材这一系列的大力整顿，使得镇江守军的整体面貌大为改观，军事素质迅速提高，为以后和太平军作战时能够以弱敌强、以少胜多打下了基础。
