从这段记载可以看出，慧远与当时其他一些高僧一样，开始时也是服膺儒道思想，有很深的儒学六典修养。慧远生在汉魏以来的动乱年间，当时的佛教乘虚而入，填补了人们的精神空白。于是慧远与其他高僧一般，为了寻找更高的人生解脱与人生胜境，而皈依佛学。值得注意的是，他们原来所受的儒道教育早已深入灵魂，即使后来皈依佛学，早先所受的儒道修养，也逐渐成为他们沟通佛老与佛孔的思想方法。这一点是尤其要指出的。如果没有早期的儒道教育，他们就无法完成思想对话与沟通。因此，他们说过的“儒道九流皆糠秕耳”只是从相对意义上去说的，不足为信。
当时，东晋权臣桓玄受身边人物的影响，以为佛教不敬王者，与中土文化水火不相容。佛教面临着一触即发的危机。此时慧远并未采用激烈的对抗方式，而是冷静应对，与之进行诚恳的对话，通过阐释来说明佛教与儒家的礼义并不矛盾，可以互相包含。据《高僧传·慧远传》记载：“及（桓）玄在姑熟欲令尽敬，乃与远书曰：‘沙门不敬王者既是情所未了，于理又是所未喻。一代大事不可令其体不允。近八座书，今以呈君。君可述所以不敬意也。此便当行之，事一二令详。尽想必有以释其所疑耳。’”桓玄当时措辞强硬地向慧远提出，沙门不敬王者于情于理都闻所未闻，如此大事不能等闲视之，要求慧远对于沙门不敬王者的问题作出解释，如果没有说法，则不速之祸旋踵而至。这是非常难的问题。而慧远则沉着冷静地应对，对桓玄耐心地作出说明：“夫称沙门者何耶？谓能发蒙俗之幽昏，启化表之玄路，方将以兼忘之道与天下同往，使希高者挹其遗风漱流者味其余津。若然虽大业未就，观其超步之迹，所悟固已弘矣。又袈裟非朝宗之服，钵盂非廊庙之器，沙门尘外之人，不应致敬王者。”慧远大概地说了这些意思之后，桓玄原先的想法有所动摇。等到桓玄篡位后，“即下书曰：佛法宏大所不能测，推奉主之情故兴其敬。今事既在己，宜尽谦光，诸道人勿复致礼也。远乃著沙门不敬王者论，凡有五篇”（《高僧传·慧远传》。）。慧远详细地对沙门何以不敬王者的问题作了说明，提出五条理由。这五条理由旨在对话与调和。《高僧传·慧远传》记载这五条理由为：
一曰在家。谓在家奉法则是顺化之民，情未变俗迹同方内。故有天属之爱奉主之礼，礼敬有本，遂因之以成教。
二曰出家。谓出家者，能遁世以求其志。变俗以达其道，变俗则服章不得与世典同礼，遁世则宜高尚其迹，大德故能拯溺俗于沉流拔玄根于重劫，远通三乘之津，近开人天之路。如令一夫全德，则道洽六亲泽流天下。虽不处王侯之位，固已协契皇极在宥生民矣。是故内乖天属之重，而不逆其孝，外阙奉主之恭，而不失其敬也。
三曰求宗不顺化谓反本。求宗者不以生累其神，超落尘封者不以情累其生。不以情累其生则其生可灭，不以生累其神则其神可冥。冥神绝境故谓之泥洹。故沙门虽抗礼万乘高尚其事不爵王侯，而沾其惠者也。
四曰体极不兼应。谓如来之与周孔，发致虽殊潜相影响，出处咸异终期必同。故虽曰道殊所归一也。不兼应者，物不能兼受也。
五曰形尽神不灭。谓识神驰骛随行东西也。此是论之大意，自是沙门得全方外之迹矣。
慧远指出的这五条也是当时佛教与中土文化发生冲突的主要表现。慧远的对话，善于运用深湛的儒道与佛学修养，找出其间最相同的地方加以调和与阐发，尽最大的可能取消其间的差异，也就是将差异最小化，而将相同最大化，求同存异，莫此为大。这其实不正是中国古代中庸之道的体现吗？《中庸》上说：“万物并育而不相害，道并行而不相悖。”慧远对此可谓深有体悟。比如他提出的第四条是“体极不兼应。谓如来之与周孔，发致虽殊潜相影响，出处咸异终期必同。故虽曰道殊所归一也”。也就是说，如来佛与周孔最内在的精神是一致的，而最高的精神境界相同，则外在的形式必然不兼应，也就是外形不相同。这也是魏晋人常论的得意忘形与得意忘言。经过他的诠释，魏晋佛教与儒道思想可以两不相妨，相得益彰。难怪桓玄看了这些答辞后不再说什么。慧远是那种“内通佛理外善群书，夫预学徒莫不依拟”的领袖人物，通过他的对话，佛教与当时汉文化的一些最难对应的问题至少在理论上得到了调和，从而避免了宗教冲突那样的悲剧发生，为佛学在东晋南朝的生长与发展奠定了思想对话的基础。
南朝刘宋时著名佛教人物与画论家宗炳（375—443），则从更高的思想维度会通中土文化与佛教精神。南朝刘宋时期，佛教与东汉末年相比，有了很大的发展，佛理的意蕴已为相当一部分的士大夫所接受。他们依恃自己的文化修养，去会通佛学。但前提有两个，其一是要有较深的儒道修养，其二是要有较高的佛学知识，这样才能会通二者。如刘勰写作《文心雕龙》才算是真正的会通。而佛教通过与儒学的对话与会通确实能够进入新的境地，弥补原有的中土文化的不足。宗炳正是在这一点上，阐扬佛学，调和儒佛，深得宋明帝的赏识。他写有《明佛论》。这是一篇在当时及后代很有影响的佛教论文，其中说道：
夫道之至妙，固风化宜尊；而世多诞佛，咸以我躬不阅，遑恤于后。万里之事，百年以外，皆不以为然，况复须弥之大，佛国之伟，精神不灭，人可成佛，心作万有，诸法皆空，宿缘绵邈，亿劫乃报乎！此皆英奇超洞，理信事实。黄华之听，岂纳云门之调哉？
宗炳赞美佛教的浩博厚重、精神不灭、人可成佛、心作万有、诸法皆空。这些佛教的基本价值观念与精神理念，已经超越了中国传统的道德文化，使世人受到启发，而世人往往一叶障目，不见泰山：
世人又贵周孔书典，自尧至汉，九州华夏曾所不暨，殊域何感汉明？何德而独昭灵彩？凡若此情，又皆牵附，先习不能旷以玄览，故至理匪遐，而疑以自没。悲夫中国君子明于礼义，而暗于知人之心，宁知佛之心乎？今世业近，事谋之不臧，犹兴丧及之，况精神作哉！得焉则清升无穷，失矣则永坠无极，可不临深而求，履薄而虑乎？
本来，在先秦时产生的《庄子·田子方》中就有“中国之君子，明乎礼义而陋于知人心”的慨叹，庄子及其后学指责儒家明乎礼义，而在心灵与精神方面关注不够。宗炳借用庄子此语来批评中国士大夫明于礼义而暗于知人心。精神的缺失使人难以自救，而佛教正可弥补这种心灵与精神上的缺失。宗炳对中国传统的儒道文化在人生精神方面缺弊的批评是意味深长的。
宗炳进而强调，佛经的精神意蕴实际上远远大于孔孟的经典。它包含着儒道的重要内容而又超越其蕴涵，不能以传统的狭隘目光来臆测：
夫一局之奕，形算之浅，而奕秋之心，何尝有得。而乃欲率井蛙之见，妄抑大猷，至独陷神于天阱之下，不以甚乎？今以茫昧之识，烛幽冥之故，既不能自览，监于所失，何能独明于所得？唯当明精暗向推夫善道居，然宜修以佛经为指南耳。彼佛经也，包五典之德，深加远大之实；含老庄之虚，而重增皆空之尽。高言实理，肃焉感神，其映如日，其清如风。非圣谁说乎？谨推世之所见，而会佛之理为明。
宗炳指责那些曲解佛教的人是井底之蛙，他们以茫昧之识来烛幽冥之故，既不能自明，更何暇圆照？我们应当承认，宗炳从弘法的角度出发，对中国传统文化的缺点看得很清楚。中华文化本来并没有多少宗教情结，其民族精神是世俗化的，所谓“乐天知命而不忧”便是这种世俗心理的写照。但是中华民族以生命作为本体的伦理价值观，决定了中华文化具有及时应变的能力，不致在强力冲击面前失去自我。汤用彤先生在分析汉末佛教兴起的原因时指出：“当民生涂炭、天下扰乱，佛法诚对治之良药，安心之良术。佛教始盛于汉末，迨亦因此欤？”（汤用彤：《汉魏两晋南北朝佛教史》，上册，52页。）魏晋南北朝是一个社会动荡、民族融合、文化变迁的年代。作为社会文化主体的人类，在当时动荡不安的年代，为了寻求精神解脱与人生逍遥，开始对传统文化进行重新认识。
宗炳在《明佛论》中也承认，佛教与孔老并不矛盾。他深知在中国这块土地上，孔老的权威与地位是佛教无法撼动的，因此，对话的最后落脚点并非论证它们的水火不容，而是强调它们的融合，将佛教改造成中国人容易接受的事物：
或问曰：孔氏之训，无求生以害仁；有杀身以成仁，仁之至也，亦佛经说菩萨之行矣；老子明无为之至也，即泥洹之极矣，而曾不称其神通成佛。岂孔、老有所不尽与？明道欲以扇物，而掩其致道之实乎？无实之疑，安得不生？答曰：
教化之发，各指所应，世蕲乎乱，洙泗所弘，应治道也。纯风弥凋，二篇乃作，以息动也。若使颜、冉、宰、赐、尹喜、庄周，外赞儒玄之迹，以导世情所极；内禀无生之学，以精神理之求，世孰识哉？至若冉季、子游、子夏、子思、孟轲、林宗、康成、盖公、严平、班嗣、杨王之流，或分尽于礼教，或自毕于任逸，而无欣于佛法，皆其寡缘所穷，终无僣滥。故孔、老发音指导，自斯之伦，感向所暨，故不复越叩过应。儒以弘仁，道在抑动，皆已抚教得崖，莫匪尔极矣。虽慈良无为，与佛说通流，而法身泥洹，无与尽言，故不明耳。且凡称无为而无不为者，与夫法身无形，普入一切者，岂不同致哉？是以孔、老、如来，虽三训殊路，而习善共辙也。
宗炳在这里强调，孔子、老子与释迦在仁义无为等方面都是可以共通的，不存在根本性的分歧，所不同的只是人生超越的途径而已，而佛教面对人生的解脱更胜于儒学与道教。面对精神的危机与文化的挑战，儒学的世俗精神在当时显得有些无能为力。生死大化，人生无常，希望何在？这些问题都是孔子的“未知生，焉知死”、“不语怪力乱神”的人生观无法回答的。在这种情况下，佛教作为一种柔性的东方宗教，在人生解脱与超我精神的建构上，便显出其适应性来。《弘明集》卷一一引《何令尚之答宋文皇帝赞扬佛教事》云：“范泰、谢灵运每云：六经典文本在济俗为治耳。必求性灵真奥。岂得不以佛经为指南耶。”这是当时谢灵运等士族文士对佛教与孔孟学说不同的看法，也是宗炳等人的看法。
就人的生死问题而言，佛教与道家思想有着不同的价值观念。庄子曾慨叹死生亦大矣，但并没有将人的生死置于宗教的厌生观念之上，而是力主看穿死生，将精神之道作为人生的归宿，认为人之生乃气之聚，气聚则生，气散则死，剔除了其中的宗教沉迷成分。庄子认为人的形神不可分离，精神不可脱离肉身而存在。这种观念在魏晋南北朝这样动荡不安的年代，使人的灵魂无法找到归宿，精神无法实体化与轮转。这是士大夫无法接受的残酷现实。当时的人们面对人生的无望与世事的难测，希望在来世得到人生的补偿，将人生幸福建立在非理性的精神修炼之上。于是佛教作为一种宗教，便可替代老庄学说而成为新的精神世界的支点。比如东晋名僧慧远在《与隐士刘遗民等书》中，曾谈到他皈依佛教的思想演变历程：
每寻畴昔，游心世典，以为当年之华苑也。及见《老》、《庄》，便悟名教是应变之虚谈耳。以今而视，则知沉冥之趣，岂得不以佛理为先？
慧远认为，六经和老庄都无法与佛教义理相比。这位东晋高僧早年也曾沉迷世典即各种儒家经典，追寻修齐治平的人生道路，后来接触到了老庄，深为其中的精神之道所叹服，然而遇到佛典时，便感受到了另一种精神旨趣，升华到更高的精神维度。慧远作为东晋佛学精神领袖，他的这番表白应该说是当时文化重新组合与选择的典型。从他的精神成长过程中，我们可以看到，佛教在精神境界的提升方面，确实有中国传统的儒道学说力所弗及的一面。其中所说“沉冥之趣”，殆指人的精神归宿范畴。晋代另一高僧僧肇的精神成长之路更能说明这一点。《高僧传·僧肇传》云僧肇：“志好玄微，每以庄、老为心要。尝读老子《道德章》，乃叹曰：‘美则美矣。然期栖神冥累之方，犹未尽善。’后见《旧维摩经》，欢喜顶受，披寻玩味，乃言始知所归矣。”僧肇早年追求精神玄微之学。老子的《道德经》曾使他为之兴奋。然而老子学说毕竟不是以安顿灵魂为旨归的宗教学说它以清虚无为、任从自然作为宗旨，追求理想人格的塑造，同佛教的思想判然有别。老子学说还有着鲜明的实用性，可以作为帝王统治之术，更与佛教学说不相容。所以对于当时以营造精神家园为希望的人们来说，佛学当然要优于老庄之说了。
道教是从老庄学说衍化出来的宗教，它将肉体不灭作为人生最大的目标。在佛教人士看来，佛教所尚的精神境界，使人的精神超越肉身而得到永恒，但道教却将形体不灭作为其术的最高旨趣，对比之下，其境界实在不高。观刘勰《灭惑论》，可见其对道教炼形、希冀长生不死心态的不屑。当时的佛教针对道教攻击佛教破家、破身、破国的三破论，进行了辨析，促成了尖锐的交锋与对话。刘勰《灭惑论》中批评道教对于佛教精神的曲解时提出：
《三破论》云：道以气为宗，名为得一。寻中原人士莫不奉道，今中国有奉佛者，必是羌胡之种。若言非耶，何以奉佛？
《灭惑论》曰：至道宗极，理归乎一；妙法真境，本固无二。佛之至也，则空玄无形而万象并应，寂灭无心而玄智弥照。幽数潜会，莫见其极；冥功日用，靡识其然。但言万象既生假名，遂立胡言。菩提，汉语曰道。其显迹也，则金容以表圣；应俗也，则王宫以现生。拔愚以四禅为始，进慧以十地为阶，总龙鬼而均诱涵蠢动而等慈。权教无方，不以道俗乖应；妙化无外，岂以华戎阻情？是以一音演法，殊译共解；一乘敷教，异经同归。经典由权，故孔释教殊而道契，解同由妙，故胡汉语隔而化通。但感有精粗，故教分道俗；地有东西，故国限内外。其弥纶神化，陶铸群生，无异也。用能振拔六趣，总摄大千，道惟至极，法惟最尊。然至道虽一，歧路生迷，九十六种，俱号为道。听名则邪正莫辩，验法则真伪自分。
刘勰强调佛教与儒学精神内在相通，可以互补。正因为二者之间追求精神的融会而不求外在的相似，所以，不必区分胡汉与内外，他的《文心雕龙》理论体系的建构就是典范。其中儒学与佛学互相补充，共同构造成一个和谐有序的文学理论体系。这一点得力于刘勰重在对话与沟通的精神理念与方法。
