三线建设采取了中央、西南三线建设委员会和各建设项目现场指挥部三级管理的形式。中央制定三线建设的方针、政策，决定三线建设的布局、项目和投资计划，审批三线建设委员会的实施计划。西南三线建设委员会是中央设在西南，具体领导和指挥三线建设的权力机构，它由中央有关部委、中共中央西南局和四川、贵州、云南三省的负责同志组成，主要职责是：贯彻执行中央关于三线建设的方针政策和建设计划；审定各建设项目的设计方案、厂址选择、施工计划；组织中央各部门和各省、各地方的协作配合，协调各方面的工作；确定各建设项目现场指挥部的负责人选；对中央方针政策的执行和建设计划的实施进行督促检查。现场指挥部由建设单位、设计单位、施工单位、所在地方党委及物资、银行等有关部门的代表组成，实行党委领导下的指挥部首长负责制，一般以建设单位的负责人为“班长”，主要职责是具体实施中央和西南三线建设委员会批准的项目建设计划，统一指挥设计、施工、物资与资金的供应、地方支援等方面的工作，保证建设项目按部就班，按进度完成。（林凌、顾宗枨：《四川经济体制改革的历程》，《中国社会科学》1984年第4期。）在上述管理体制下，四川省建立了三线建设支援委员会，由省委书记负责，省人委有关厅局负责人组成，根据西南局三线建委的部署，负责搞好四川三线建设的后勤支援工作。
（二）坚持对三线建设的领导，保障重点项目顺利开展
1966年以后的几年间，“文化大革命”对三线建设产生了较大的影响和冲击，一些基层单位的建设者做了很大努力，但工程的进展仍十分艰难，许多建设工地处于半停工状态。对此，四川省党政机构及时向党中央进行汇报，千方百计采取措施，积极维护建设局面，确保三线建设重点项目向前推进。
1967年12月31日，四川省革命委员会、成都军区决定成立中国人民解放军国防工业办公室，作为四川省革命委员会的军工组和成都军区的工作部门，在四川省革命委员会和成都军区直接领导下贯彻执行中共中央、国务院的指示，执行军区的具体安排，配合中央有关部门搞好四川地区国防工业的建设和生产。在四川省革命委员会生产指挥组内设国防工业和重点建设两个办公室，在四川省革命委员会和成都军区统一领导下，与生产指挥组各有关部门密切配合开展工作，贯彻执行中共中央、国务院关于三线建设的方针、政策，根据四川省革命委员会、成都军区的具体安排，配合中央有关部门，搞好四川地区重点建设单位的政治思想工作，支援并搞好重点建设工作。同时由军区国防工业办公室、重点建设办公室的负责人共同组成联席办公会议，负责处理这两个办公室的协调问题。
1969年9月，四川省革命委员会、成都军区召开四川省三线建设座谈会，要求加强对三线建设的领导，各市、地、州革命委员会和军分区要派专人分工抓这件事，健全办事机构，配齐办事人员。12月，四川省革命委员会、成都军区在《关于加速四川地区三线建设的请示报告》中再次提出要加强对三线建设的领导。随后四川省成立三线建设领导小组，对省内的三线建设实行统一领导，并在成都、重庆、自贡、攀枝花地区建立领导分组，负责一个地区范围的工作，改变了过去多头领导和无人负责的状态。四川省革命委员会和成都军区还请求中央调给成都军区3000名军队干部，以便派到基层单位加强政治思想工作的领导。
1970年4月，四川省革命委员会、成都军区召开了研究四川经济建设问题的“七四”会议。按照会议精神，四川省各级进一步加强了三线建设的组织领导工作。4月20日，四川省革命委员会三线建设办公室成立，统一领导全省三线建设。四川省革命委员会还决定，进一步加强各地、市、州革命委员会原有的重点建设办公室，集中优势兵力首先保证完成120个项目中的46个重点项目，狠抓260多个续建工程的投产。这次会议是我省三线建设由停顿到恢复的转折点，这年6月29日，攀枝花钢铁基地出铁；7月1日，成昆铁路接轨通车。
（三）做好人员与物资保障工作，支援三线建设
三线建设所需的物资供应和生活保障对三线项目的顺利推进起着至关重要的作用。国家在三线建设物资供应上采取按建设布局和经济合理的物资流向设置物资供应机构，就地组织物资供应的方法，在西南地区设置了物资部下属的指挥部。1965年，省委决定在重庆、成都、自贡、渡口等中心城市和重点建设地区设立物资局，统一负责所辖地区内建设项目所需的物资供应。四川省以及相关地市县的支援重点建设领导小组也随后成立，配合三线建设单位的工作，提供劳动力和物资保障。
1965年2月，中共四川省委书记处书记赵苍璧在成都主持召开了四川省支援重点建设工作会议，专门研究支援成昆铁路建设的问题。会议要求各地积极采取措施，从地方建筑材料、三类物资、市场物资、生活供应、劳动力调配以及地方交通运输等方面认真做好支援重点建设的工作。同时，中共四川省委还派出一个工作组到凉山州等地，实地调查研究有关支援重点建设方面的问题。
为了方便成昆铁路施工，四川公路部门职工提前一年新建和修复公路干线780多公里，地方公路1900公里，开辟引入便线、支线和环线约1100公里；为了保证筑路物资的运输，四川和一些兄弟省还专门派出车队承担运输任务。电力部门在四川境内的三个供电区段，仅用1年零8个月时间，就建起内燃电站27座，火力、水力电站各1座，沿线架设输电线900多公里，加上地方电力，使总电量达到11万千瓦。邮电通信部门在沿线架设通信线路14449对公里，保证每个新开工点都能立即通上电话。沿线各地还有各种“支铁”服务部，沿途人民组织了许多“支铁”义务队伍到工地义务服务。在工程紧张的时刻，四川地方党政机构还组织机关干部和工、青、妇各界人士前往重点工程参观慰问。
同时，四川省革命委员会、成都军区也采取措施保证施工队伍和人员的相对稳定。1969年9月1日，四川省革命委员会、成都军区召开国防工业战备工作会议，会议要求国防工业战线上的一切人员都要坚守岗位，任何人不得以任何借口擅离工作或生产岗位，否则视情节予以处分，对煽动威胁职工擅离职守的人必须依法惩办，以此来进一步稳定局势。
1969年12月，四川省革命委员会、成都军区《关于加速四川地区三线建设的请示报告》再次强调要狠抓交通运输、原料、材料、燃料的供应等三线建设的薄弱环节，大力改进三线建设的物资供应。这个报告是四川省三线建设由停顿到恢复的转折点。
四、三线建设存在的主要问题以及调整改造
（一）三线建设存在的主要问题
三线建设在取得巨大成就的同时，由于特殊历史原因，也存在一些比较严重的问题。
1.投资建设规模盲目扩大，战线拉得太长
1965—1975年（也是三线集中建设的11年），我国累计完成基本建设投资2919.6亿元，三线地区共完成基本建设投资1269.67亿，占同期全国基本建设投资总额的43.5%。（李彩华，姜大云：《我国大三线建设的历史经验和教训》，《东北师大学报》2005年第4期，第89页。）也就是说，这11年中国家投资于基本建设的资金有接近一半是用在了三线项目的建设上。1964年和1965年，三线建设项目第一次集中安排，这时候计划安排的规模还是比较合适的。但1969年庞大的军工体系建设计划使建设规模急剧膨胀，需要投入的资金越来越多，大大超过了国家财力、物力的承受范围。兵器工业在一年多的时间里要新建项目95个、改扩建项目93个，船舶工业也相继在三线地区开工12个项目。由于各个系统齐头并进、战线过长，建设中又任意扩大规模、脱离实际，导致不少项目中途下马，真正建成的项目不多，造成了很大的损失和浪费。
2.选点过于分散，布局不够合理
三线建设期间，几乎所有项目在厂址的选定上都执行了“分散、靠山、隐蔽”的方针。对于一些国防尖端工程采取这种方针是有一定合理性的，但是片面强调“山、散、洞”，盲目钻山进洞，布局过于分散，导致一大批现代化企业孤立地建在大山沟里，隔断了企业与企业、车间与车间之间的联系，造成大量人力物力的浪费。中国工程物理研究院所属厂、所分布在省内6个县（市）的崇山峻岭中，厂、所内部各单位之间最近相距6公里，远的达14公里。三线兵器工厂为了适应生产、生活需要，平均每50个人就要配备一辆汽车，每年耗油近万吨，仅运输一项就使成本提高15%。还有不少不该进洞的项目也进了洞，带来很多问题。
3.配套建设不够，综合生产能力很弱
三线建设从总体安排上看，综合平衡不够，重工业投入较多，轻工业投入较少；加工工业比重较大，原材料等基础工业比重较小。从国防科技工业来看，由于时间紧迫或资金不足等原因，不配套的状况是明显存在的。有的主机厂建成了，配套厂没有相应做出安排，或者刚开始建设就下马停建。有的主机厂在三线，配套厂却在一、二线，或者与此相反，如船舶工业，舰艇总装厂在三线，配套厂大部分在沿海；大型运输船舶总装厂建在沿海，而所需的大功率柴油机生产企业又建在三线。这种状况，造成长距离运输，生产时断时续。在不少三线企业中，生产车间建起来了，而辅助设施和动力系统却很薄弱；有的生产系统虽然已初具规模，但外部运输条件却没有相应地改善。这样，许多加工工业的工厂没有形成综合生产能力，不能很好地发挥作用。从沿海地区搬迁的企业大多采用调人、调设备的办法，使原厂一分为二。由于仓促搬迁、建厂，沿海地区原有的协作配套设施无法搬迁，企业有骨无肉，燃料、电力跟不上，生活设施、副食基地几乎没有兴建，给企业生产和职工生活带来很大困难。
（二）三线建设的调整改造
20世纪70年代后期，国际形势发生了重大变化，中央审时度势，做出了以经济建设为中心的战略决策。与此同时，我国经济重心由内地逐步向经济发达的东部特别是沿海地区转移。随着国家工作中心、政策及财政资金的转移，原本效益不佳的三线企业的困难更加凸显出来。为适应国家战略的转变，同时帮助三线企业走出困境，中央决定采取一系列的措施调整和改造三线企业。
1983年11月，国务院领导约见原四川省省长鲁大东、电子工业部部长、原西南三线建设委员会副主任钱敏和国务院国防工办副主任郑汉涛，就三线建设调整改造问题进行了一次谈话，指出三线建设总的方针和规划就是调整改造、发挥作用，要通过调查、规划，扎实工作，使三线企业的作用很好地发挥出来。1983年12月，国务院三线建设调整改造规划办公室在成都成立，三线地区的主要省份也先后成立了各自的三线调整办公室。1984年，四川省委、省政府决定组建四川省三线建设调整改造规划办公室，在国务院三线建设调整改造规划办公室领导下开展工作。
1984年8月，在对三线企业生产经营状况调查分析的基础上，国务院三线调整办公室决定把布局调整放在首位，对企业分别采取关、停、并、转、迁的办法进行调整。11月，国务院三线办公室在成都召开会议，讨论通过了《“七五”三线地区企事业单位调整方案》，确定调整121个单位，其中关停9个、迁建和部分迁建49个、迁并48个、全部转产15个。调整的范围主要是四川、贵州、云南、陕西、甘肃、河南、湖北、湖南和重庆，简称八省一市。
1985年，国家计委正式批准了四川省三线企事业第一批调整方案，共涉及39个三线企事业单位，四川三线建设的调整改造至此全面展开。
到1990年底，《三线地区企事业单位调整方案》确定的“七五”规划项目，大多数已经完成或基本完成，累计迁出职工11万余人，竣工建筑面积500万平方米，完成投资总额约46亿元。“七五”项目基本完成后，国务院三线办又同有关方面一起制定了“八五”期间三线企事业单位调整方案。到1996年底，已有84个项目建成和基本建成，累计完成基建投资80亿元。（陈东林：《20世纪80年代后的三线建设大调整》，《党史博览》2004年第5期。）经过上述两个五年计划，三线建设尤其是四川三线建设在布局上存在的遗留问题和突出矛盾均得到不同程度的解决和缓解。
四川三线建设的调整改造主要有以下几方面：
