在正德十四年嘉靖的父亲兴献王死去，小嘉靖以世子的身份继理王府的事宜。虽然王府事务繁杂，但他在母亲和府中官僚的辅助之下处理得也是井井有条。在两年之后，他正式继承了父亲的王位。如果按照他现在的生活方式继续生活下去的话，小嘉靖可能会是一个不错的王位继续人。但就在这一年的三月十四日，远在北京里发生了一件大事，这件事的出现改变了小嘉靖的后半生的命运。就在这一天，荒嬉怠政十六年的明武宗朱厚照，死于他的豹房之中。尽管他一生玩弄女性，后宫里妃嫔成千，却没有为他留下一个子女。而武宗临终之前，也没有对由谁来继承帝位作出安排，只是告诉他身边的内侍，一切由他的母亲慈寿太后与辅政大臣商议决定。对此，许多大臣主张从皇族的子侄辈中选择一人过继到武宗的名下，成为皇太子，然后再行帝位，而当时秉政的内阁首辅杨廷和力排众议，他从袖中摸出早已准备好的《明皇祖训》提出：兄终弟及，是大明的一贯制度，并提出应仿英宗被俘，景泰帝继统的故事，将兴献王长子迎放宫中入嗣帝统。慈寿后太后对杨廷和的意见没有表示反对，其他大臣也不便争执下去，于是迎立兴献王长子便成为了定议。
明武宗生前虽然没有留下遗诏，但杨廷和与慈寿皇太后所商议的结果，必须以遗诏的名义颁布，其中有这样一段话是：皇考孝宗敬皇帝亲弟、兴献王长子厚熜，聪明仁孝，德器宿成，伦序当立，已遵奉祖训兄终弟及之文告于宗庙，请于慈寿皇太后与内外文武群臣，合谋同词，即日遣官迎取来京，嗣皇帝位。四月二十二日，十五岁的小嘉靖告别了母亲，在大学士梁储和太监谷大用一行的陪同之下，风尘仆仆地由安陆赶到了京郊，内阁为他安排了庄严和气派的入都仪式，礼部官员也将登极的仪注呈给了小嘉靖。小嘉靖打开仔细的观看了一番，仪注上写明让他由东华门而非由大明门入居文华殿，凭他掌握的皇家礼仪知识，他知道这意味着什么。
当即他的脸上就表现了一种非常不满的表情，并命手下人打道回府，不进京去了。他的这一举动，使得本来喜气洋洋的欢迎仪式出现了尴尬的场面，把各位大臣也吓住了。左长史袁宗臬赶忙上前叩问拒入的理由，嘉靖不由得朗声说道：“遗诏上明明写着我是根据兄终弟及的祖训来继承皇位的，而你们却按照太子的嗣礼来迎接本王，本王来这里并不是要来做太子的。”这时在一旁的杨廷和眼见出了岔子，赶忙上前亲自解释，企图说服年小的喜靖按照原来的计划入城，然而嘉靖对自己的身份问题是毫不让步。正在双方僵持不下的时候，皇太后亲自出面，决定尊重嘉靖的意见，率文武百官三次上表劝进，嘉靖才于中午时分动身入宫，并于当天在奉天殿举行的即位大典。嘉靖就是他为自己选取的年号，希望平乱求治，光大自己的大明帝国。
嘉靖在刚即皇帝位的时候，一切朝政大事主要是由杨廷和等辅政大臣处理，武宗遗留下来的许多弊政，如设置的豹房、宣府等，以及用于玩耍的珍禽异兽，或者革除，或者放逐，一些奸佞小人也受到了惩罚，使得政局焕然一新，一时天下之人无不称颂天子之德。但这种新的景象仅仅维持了一年的光景就因为大礼仪之争而终止了。嘉靖虽然做为孝宗朱佑堂的继承人，但是他是以藩王的身份入登帝位的，按照惯例，每当新帝即位，都要推尊自己的父母，他应该推尊孝宗为皇父，还是应该推尊自己的生父献王为皇父呢？从血缘关系上面看，嘉靖当然希望自己的父亲能够被追尊为明朝的正宗皇帝。
他虽然拥有号令天下，为所欲为的权力，但在这个问题上，他却并没有敢贸然的行事，而是下旨令群臣来商议决定。针对这个问题，朝臣中出现了两大派，以杨廷和为首的多数人认为，嘉靖应该尊孝宗为皇考，以保证大明帝王的统嗣不致于中断。而以张璁为首的少数人则迎合嘉靖的意图，认为应该追尊生父，称孝宗为皇伯考，只继大统而不做子嗣。两派先后急诊了长达三年半之久，双方是各执一理，互不相让，最终以有嘉靖支持的那一方取胜。而张璁本人也因甚合圣意而倍受宠信，做到了内阁首辅的高官；杨廷和和毛澄则被迫辞官，杨派在一次激烈的抗争当中，有一百三十多人被廷杖，其中因为十六人伤势过重而身死，另有一大批的官员被贬被夺俸禄。嘉靖帝也如愿以偿的将他的父亲追封为皇帝，并将其附祭于明朝的太庙，牌位居于武宗之上。
嘉靖在这场争论当中明白了许多的道理，他虽然没有得到群臣的支持，但却凭借着手中的权力达到了自己的根本目的，这使他感到朝臣们也不过是他手中可以任意玩耍的棋子，一切全都由他任意摆布，他可以为所欲为，群臣的谏诤根本就伤不了他的一根毫毛。这次争论还使得他变得更加的刚愎自用，同时，这次棒杖加高压的方法，让他使用得那么得心应手，以后还怕有谁敢反对吗？在他看来，朝臣的廷议是形同虚设，一切皆由他一人决断，于是他对朝政是越来越不关心，只是随意下令处理各种朝政，到了后来连早朝也不上了，大臣们有的甚至几年也见不到皇帝的一面了，久而久之，便形成了奸臣专权，朝政混乱的局面。其实他的那位皇伯父孝宗皇帝能够当上皇帝也是相当的不容易的，孝宗的父亲宪宗皇帝在大婚之后，并不贪恋吴皇后的青春美色，而是常常宿在嫔妃万氏的宫中，这使得吴皇后是又气又羞，她不明白，自己是哪一点儿比不上徐娘半老的万妃，无论是姿色才学还是门第修养？她更不明白的是，比皇帝年龄大十九岁之多的万妃是用什么手段把皇帝的心死死栓住的呢？
