到于诸王，国婿所在，贵族们作威作福，胆大妄为，所造成的扰民不便之事，更是难以尽数。这种局面很显然是不利于中央集团制的巩固的。忽必烈为了防范和约束辽东诸王的专擅割据行径，曾采取过一些旨在削藩的措施，如在东北地区设立山北、辽东、开元等路宣慰司，但是因为派去的人威望太轻，根本就没有能力控制那里的形势，于是他不得不在公元1286年撤销三路宣慰司，正式将东北地区升格为行省的建制，立东京等处行中书省以治之。随即又将省治从辽阳徙至咸平。他这一措施还真的切中了割据势力的要害，一时之间东道诸王多有不安。于是这些人们便更快的加快了反叛朝廷的步伐。这个时候正是海都和笃哇称兵西北的时候，乃颜以为这正是朝廷兵力疲惫之时，根本就没有能力顾及到他们，这是最适合他在东北边境发难的好时机了，于是他就在第二年的四月，正式举起了反叛大旗。乃颜的叛乱使得元朝的局势更加复杂化了。
一方面，由于这次叛乱得到了守旧蒙古势力的支持和默契，不仅东道诸王都被卷入到了里面，而且乃颜还利用了女真人、水达达人征造船只，甚至他还利用了基督教的宗教信仰来煸惑人心，借以把他们驱敢向反叛的战场。因此，在这次叛乱当中，女真、水达达官民全都与乃颜相连结，活动的范围相当广泛，东起水达达的居地直指辽河流域，西面一度远达克鲁伦河、土拉河。另一方面，这次叛乱不仅得到以海都、笃哇为头子的叛乱势力的支持，而且西北的诸王也都暗地里支持，不过后来因为忽必烈派阿沙不花北说纳牙，采取了先安抚诸王的策略，才将他给分化了出来。而随北安王那木罕再出镇于北边，驻军塔密儿河上的诸王也不干，则未听朝廷的安抚，公然在和林以东地区起兵响应。这样，由于乃颜叛乱所造成的政治和军事态势便十分严峻地摆在了忽必烈的面前，使他感到忧虑和不安。如果不忙把乃颜叛乱消灭在始发的阶段，任由其蔓延开来的话，就很可能同海都叛乱相汇合，开成东西两面三刀面夹攻漠北的态势，再进而连兵南下，那后果将会恶化到无法估量的地步。鉴于情势的危急，忽必烈当机立断，作出了两项具有战略意义的决策，一是由他亲自率军征讨乃颜，二是派伯颜镇守和林，以切断东西叛王联络之势。
公元1287年的五月，忽必烈从上都出发讨伐叛贼，经应昌北进，连续行军十余天之后，于六月到达了撒儿都鲁之地，两军的主力在此遭遇并展开了激战。决战的时候双方投入的总兵力不过十万左右。乃颜的部下塔不台、金家奴率叛军拒战，贼众号称十万，在敌众我寡不占地利的情况之下，忽必烈采纳了铁哥的建议，决计设疑以退之，到开战的时候，自己乘着大象，头顶九曲黄罗散盖，身坐胡床，从容不迫的饮酒督战。
官军看到皇帝如此轻松迎战，无不慷慨激昂，经过了一番血战，终于击败了叛军，直捣乃颜的老巢，乃颜被擒获之后，当即按照处死蒙古宗室贵族的传统刑典，被裹在了张毯子里摔死。乃颜的叛乱从出师到被擒身死，前后历时不过月余，真是多行不义必自毙呀。不过乃颜虽然被擒身亡，但叛乱还没有结束，在同年的六月，乃颜党诸王失都儿，率所部铁哥、抄儿赤等欲袭皇子爱也赤，以其军犯咸平府，欲渡辽水，以取豪、懿州。其后，又有乃颜党羽哈丹率领残余的叛军与元朝周旋。但在玉昔帖木儿等所领官军的追击之下，这支叛军只得到处流窜，辗转窜扰于松嫩平原，兴安岭内外、呼伦贝尔草原和辽河流域之间。在公元1290年，势穷力竭的哈丹又南窜于高丽，塔出与博罗欢出兵征讨，哈丹兵败身死。直到公元1292年的时候，这伙叛军才最后被元军消灭。
在把这些事情处理完毕之后，又过了两年，忽必烈在公元1294年病逝，不过在他死后并不骨指定谁继位为汗，所以他的后辈们又陷入了一场权力的争夺之中。
门轻声一响，一阵脚步声响传了进来，惊动了正在伏案疾书的夜慕非，他回头一看，原来正是彩云仙子，只见彩云仙子手里端着一杯茶走了进来，轻轻放到了夜慕非的桌上笑道：“怎么，下世这几天刚回来，就开始写上了？”夜慕非双眼一眯说道：“看我现在的样子是不是很像一个老夫子？”一阵银铃般的笑音响过之后彩云仙子笑道：“嗯，还别说，还真的有些像，只不过缺了两撇小胡子！”话一说完，两个人全都笑了起来。夜慕非笑罢说道：“行了，这一卷我写完了，我该写下一卷了，也就是说我又该下界了。喝完这杯茶就又有得忙喽！”
蒙古族入主中原，从世祖忽必烈定都于北京，到顺帝妥欢帖睦尔弃大都北逃，历时不过才百余年，共传了十一帝，而在这十一帝当中，元朝的开国之主忽必烈和末代皇帝妥欢帖睦尔两位就占去了近七十年，超过了整个元朝统治中原时间的三分之二。其中顺帝先后用了元统、至元、至正三个年号，共统治了三十六年，在位时间又超过了蒙古族人主主中原的三分之一多，成为元朝十一帝中，君临天下时间最长的一位。蒙古族自从出了成吉思汗，历经拖雷、窝阔台、贵由和蒙哥一直到忽必烈，可谓一代胜过一代，他们不仅摆脱了辽和西夏的统治压迫，统一了蒙古族，而且战败金和南宋，扫除了西藏和云贵等地方的割据势力，统一了中国，扬威于四边。然而元朝自忽必烈之后，滑坡之势是越来越猛，成宗、武宗、仁宗、英宗乃至文宗，不到四十年的时间已经换了九位皇帝，结果经济是越来越衰竭，政治是越来越黑暗，民生是越来越凄楚，统治者是越来越腐朽，可谓是一代不如一代。
