建立了一个道教神谱，把道教神谱发展到比较完备的程度，是陶弘景的另一个重大贡献。在此之前，道教已有一些神谱。例如，葛洪《枕中书》所首倡的以“元始天王”为道教最高神的初步的神谱体系，《灵宝略记》记载的灵宝一派的神仙谱是：梵气天尊——元始天尊——太上大道君——葛玄；《三宝大有金书》的神谱是：天宝君一一灵宝君——神宝君；《老子中经》的神谱则是：上上太一——太上元君——东王父、西王母——皇天上帝——老君。从这几个例子可以看出，这些道教宗派各自信奉的神谱互不相同，而且覆盖面太窄，没有把道教劝人修仙的目的凸显出来。此外，晋末上清派、灵宝派造作了一大批新的神灵。这些新神名号变化不定，互不统属，缺乏阶次品级，混乱无序。如何把它们归入神谱中，也是一个急待解决的问题。这种情况必然削弱了神灵对人们的吸引力，不利于道教的传播。陶弘景在《真灵位业图》中，以图谱的形式，把道教所信奉的近七百名神仙按照从天上到地下的顺序，排列成秩序井然、有条不紊的七个层次。这七个层次中，每一个层次各有一名主神位于中间，其余诸神分别排列在左位、右位、散仙位、女仙位。这七个层次分别是：以元始天尊为首的玉清境诸天帝道君（29名）、以大道君为首的上清境诸神（104名）、以太极金阙帝君李弘为首的上清太极阙诸神（84名）、以太清太上老君为首的太清境诸神（174名）、以“九官尚书张奉”为首的诸天曹仙官（36名），以中茅君为首的诸位地上仙真（173名）、以酆都北阴大帝为首的阴曹地狱诸鬼官（88名）。这是一个统属分明、秩序井然的庞大的道教神仙谱系。其中前面三个层次代表道生天、地、人，第四层次代表道教的形成，第五、第六层次的主神则是两个实际的道教创始人。前面六个层次代表生，第七层次则代表死，充斥里面的都是一批死去的帝王将相和思想家等历史人物。
可以看出，陶弘景的这个神谱是对此前的神谱的综合。首先，涵盖面广阔多了。与此前的神仙榜相比，这个神谱多出了以道士为原型的仙人，这是为了证明道教的伟大与灵验；又多出了许多历史名人，这不过是招兵买马壮大声势，攀附很多阔亲戚来显示自家的显赫和财大气粗。其次，神仙榜的骨架更鲜明了，组织这个神仙榜的骨架所反映出来的思想也更深刻了。这表现在：
第一，太无、太初、太素等由道化生万物的宇宙生成图式。这集中表现在第一、二、三这三个层次中。不过，每一个层次中首领左右两旁的众神，基本上也与宇宙生成图式中每一个阶段生成的日月、星辰、四时、五行有对应关系，例如五方道君、太清五帝自然之神。
第二，人世间的等级制度，即魏晋门阀世族等级制度。这是他自己坦率说出来的：“搜访人纲，究朝班之品序，研综天经，测真灵之阶业。
……今正当比类经正，雠校仪服，埒其高卑，区其宫域”（《真灵位业图序》）。
第三，生与死的对立。趣生恶死成为贯彻这个神仙谱的价值观念。
陶弘景的这个神谱中的七百多名神，从其来源看可分为四类：自然神，如名山大川等。氏族神，由祖先崇拜转化而来，如宗教领袖、英雄、历史名人等。职能神，如司命神、三尸神、灶神、门神等。至上神，如三清尊神。这些神仙分布在天宫、三岛、十洲、十大洞天、三十六小洞天、七十二福地，那里长满了奇花异草，芬芳益人，金碧辉煌，人世间的一切奢侈、豪华的东西无所不有，人世间没有的、凡人想不到的东西也多得出奇。神仙们没有烦恼，没有愁苦，自由自在，逍遥自得，无所不可，无所不能，长生不死，快乐无比。这是神仙世界，是道教得道成仙的目标所在。这是陶弘景希望人们向往、追求的目标，是道教理论的价值观指向。
与神仙世界形成鲜明对比的是第七层次。北阴大帝及其属下的十殿冥王、地府七十二司圣位、判官、五岳神、力士、煞鬼，组成了一个庞大的监察系统，从生死、瘟疫、盗贼、欺瞒、忠孝、奸逆等等无所不管，而且有考掠、棒打、枝解、剥皮、破腹、火烧、汤煎、挑眼、拔舌、刀锯、锥刺等等残忍的手段无所不用其极。这个监察系统的威力不可谓不大。第七层次的存在，明白无误地告诉人们，每一个人处处时时都受第七层次的鬼官的监察，只能行善去恶，求生厌死。死是痛苦的，恶是不可做的，否则就要到阴间去受无比痛苦的惩罚。
第四，老子的地位降低了。把老子作为最高神，是东晋中期之前的五斗米道和太平道的主张，而东晋中后期，上清派和灵宝派的神的观念就发生了变化。因为老子不过是周天子的臣下，不太好凌驾一切之上；史书上也记载了他生活的年代，距离现时太近，不太好冒充创世之神。再则，他的书人所共知，其中没有涉及鬼神，让他领导道教不足以信人。
第五，这个神仙榜体现了陶弘景对道教不同宗派的评价标准。陶弘景把三个不同宗派的创始人分别纳入不同阶梯的三个等级中，表明了他自己对这三个宗派地位的高低的评判。除了第一等级没有地祗、人鬼外，第二等级纳入了魏华存、许穆、许：翔等上清派创始人。第三等级纳人了徐来勒、葛玄等灵宝派所尊奉的创始人。第四阶梯纳入了以张陵为代表的天师道创始人。这说明上清派的地位最高，灵宝派其次，天师道最低。这既是陶弘景对这三个宗派的理论、法术的总体评价，也是当时这三个宗派的实际社会地位的近似反映。
陶弘景所建立的这个神谱，已经具备了后来道教以三清尊神（元始天尊、灵宝天尊、道德天尊）为首的神灵谱系的轮廓。在陶弘景的时候，作为天师道的一个支派的楼观道，以及北方道教，还多把老子作为最高神来看待。成书于天和五年（570年）之前的《九天生神章经》已经出现了三清神的比较完整的记述。楼观道在隋唐曾经盛行一时，老子的地位在唐代曾经因与李唐王朝同姓同宗而至高无上。在这种背景下，隋唐之后道教各个宗派相互交融，加之一些社会政治因素，吸收佛教的欲界、色界、无色界三界说和释迦牟尼佛的法身、报身、应身三身说，以及道教的三洞经书分类法，最后形成了三位一体的三清尊神说，分别代表道教的三大宗派，即以玉清元始天尊（天宝君）代表上清派，以上清灵宝天尊（灵宝君，或称太上大道君）代表灵宝派，以太清道德天尊（神宝君，即太上老君）代表天师道。这是就神仙榜而论。三清尊神的“三”，道教认为是由“道”，即“一”派生出来的“玄”、“元”、“始”三？，这就又合三为一了。不过这已经是从义理方面来给三清进行解释了。一分为三，合三为一，是道教的核心思想之一。就教义方面来说，道教各派对老子都没有轻视，通常都把老子作为演说教义的祖师和实际掌管宇宙间日常事务的教主。但陶弘景建立这个神谱的主导思想仍然是多元的。这个神谱中，七大阶层的主神虽然有等级高低的不同，但互相之间没有统属与被统属的关系。元始天尊虽然是最高神，但并不主宰一切。这显然与一神教还有很大的距离。不过，道教直至现在，也没有形成一神教。或许对道教，本来就不应该用西方宗教学中由多神教发展到一神教的模式来框架它。
陶弘景对符篆祈禳的法术的程式化和体系化也作出了贡献。
陶弘景奉承梁武帝的“梁”字在他看来也是“应运之符”。“符”当然不是陶弘景首创，他追随孙游岳时就学过符。符的产生很早，《太平经》中已经有三四百个“符”，书中称为“复文”，即几个隶体字的合体，分为“兴上除害”、“令尊者无忧”、“德行吉昌”、“神佑”四类，其含义也大体上清楚。如“令尊者无忧”一类复文中，有“言事”、“分职”、“于事先##等，是请神为位尊者、位上者言事分职，使位尊者、位上者可以在事情发生之前有先知之明。这样位尊者、位上者当然“无忧”了。受《太平经》影响，这种“复文”在东晋之后变得越来越复杂，内容也越来越繁杂琐碎，字体也越来越晦涩难认，形式变得越来越神秘莫测，材料的范围也越来越广，不只是丝、缯，还有石、木、纸等，而且分出了“符”和“篆##两类。“箓”就是写有拟请神柢“天曹官属佐吏之名”和祈请的话的单子，好比一张朋友通讯录，有了它，上面所写的神柢就会在冥冥之中对“箓##的持有者多加关照。但这种关照又不同于一般朋友，因为“箓”的持有者可以对神柢召之即来，挥之即去，不召不得来打扰，正所谓“应有召问立至，不得妄有干犯，急急如律令”（《太上三五正一盟威箓》卷三“太上正一上仙百鬼召篆”）。有“策”威力还不够，在佩箓的同时，道士们还要画符。画符可不简单，其中很有诀窍，“画符不知窍，反惹鬼神笑，画符若知窍，惊得鬼神叫”。为什么呢？符就是人与神相互沟通、信任的媒介。
“符者合也，信也，以我之神，合彼之神”，只有高明的道士才能使符“此作而彼应，此感而彼灵”（《道法会元》卷一，《道藏》正一部）。“符”与“篆”在后世往往被混杂在一起，差异也就不太大。“符”虽然多种多样，但其功能不外乎通神、致真、招灵、保命、劾鬼等。符按照其使用的目的来分，有除灾、解罪、招福、治病、延年、护身、役使鬼神、驱魔类等等；根据使用的方式，则可分为吞服、佩戴于身上、贴挂于室内、贴挂于门户、埋入地中、用于斋戒祈禳活动中等等。“符”虽然法力巨大，但却不是无边的，当鬼怪妖魔的力量超过符的神力时，符就失灵了。符的法力大小，取决于画符、持符者的德性和信仰的程度。在民间信仰中，桃符即仙桃的影响比较突出一些。吞服的符，所用的纸往往是预先用虎骨、朱砂、姜黄等中草约煮或浸过，画符用的颜料多为朱砂，具有让人兴奋和一定的解除疫疾的作用，这使得不明真相的吞符者以为符真的有神妙能功能。
道士驱鬼避邪的法器，除了符、箓外还有印、镜子、宝剑，都具有神旨的威力，是表征道教义理的符号。印代表权力和神旨。镜代表自见与鉴物，因而明镜法也成了一种独立的道法，功能众多，法力无边。宝剑的主要功能是催鬼斩邪，但由于被赋予了道的符号，其威力就不可限量了。
斋醮符箓还是治病的手段之一。大概成书于西晋末年至东晋末年的《太上洞渊神咒经》就已经描述了用斋醮符箓治病的程序。对“救疗久疖困疾，医所不能疗者”，三洞道士依次为病人建斋、行道、转经、设醮诵咒、呈章、烧香，就可以收到效果。陆修静的《陆先生道门科略》中畦认为，对“不胜汤药针炙”的病人，吞符水还是有效的。陶弘景的《登真隐诀》卷下“汉中人治朝静法”实际上也是这种方法。这种方法作为医疗的辅助性手段，实际上是现代医学心理学中的巫术性心理治疗法，在特定的条件下还是有一定效果的。
咒语往往与符箓结合在一起使用，都具有驱逐鬼怪的功能。《太平经》中已经说到：“天上有常神圣要语，时下授人以言，用使神吏应气而往来也。人民得之，谓为神咒。”由此看来，咒语就是神秘密授予人，有神力，对鬼神、自然事物、社会现象有神秘感应或禁令性质的语句。陶弘景的《登真隐诀》中也谈到了咒语的使用。有一则留行于南北朝时的咒语：“天道毕，三五成，日月俱。出窈窈，入冥冥，气布道，气通神，气行奸邪鬼贼皆消亡。视我者盲，听我者聋。敢有图谋我者反受其殃，——我吉而彼凶。”咒语本是巫师的专利，其目的很明确，巫婆相信其灵验，所以句子也很简单。可是这则道教的咒语却有了理论：天道毕到气通神是宇宙发生论的一个简要概括，根据宇宙图式，气是生命的本源，既然我占有了这个本源，所以邪魔鬼怪偷看我一眼就会瞎眼，偷听我的一句话就会变成聋子，想谋害我，他自己反而倒霉，我吉详，他遭殃。
