首先，儒学是封建专制统治的思想基础。中国历史的发展既遵循人类历史发展的客观规律，又有着自身发展的特点。由于中国封建社会形态特别完备，封建历史特别漫长，而资本主义社会形态则没有得到充分发育，这使得中国传统伦理思想形成了一种以封建社会的各种伦理思想为主干的特色。特别是儒家学说，在西汉大儒董仲舒的全力包装之下，“罢黜百家，独尊儒术”，最终成为地主阶级的官方道德哲学，并对中国文化及其社会心理产生了深远的影响。对此，陈独秀认为：“伦理思想，影响于政治，各国皆然，吾华尤甚。儒者三纲之说，为吾伦理政治之大原，共贯同条，莫可偏废。三纲之根本义，阶级制度是也。所谓名教，所谓礼教，皆以拥护此别尊卑明贵贱制度者也。” [78]陈独秀提醒人们：“孔教之为国粹之一，而影响于数千年来之社会心理及政治者最大，且为当时社会之名产，此均吾人所应绝对承认者。” [79]这种别尊卑明贵贱的儒家思想，是封建专制制度的思想基础，也是宗法社会奴隶道德的思想源泉。其在道德领域里的诉求，不过是维护少数封建统治者的利益而已，但为祸甚烈，使社会发展受到严重阻碍。对此，陈独秀评论道：“儒者作伪干禄，实为吾华民德堕落之源泉。宗法社会之奴隶道德，病在分别尊卑，课卑者以片面之义务，于是君虐臣，父虐子，姑虐媳，夫虐妻，长虐幼。社会上种种之不道德，种种罪恶，施之者以为当然之权利，受之者皆服从于奴隶道德下而莫之能违弱者多衔怨以疫世，强者则激而倒行逆施矣。以此种道德，支配今日之社会，维系今日之人心，欲其不浇漓堕落也，是扬汤止沸耳，岂但南辕北辙而已哉！” [80]对这种儒家学说，陈独秀是深恶痛绝、决计要抛弃的。因为旧文学、旧政治、旧伦理之间是紧密相连的，欲谋改革，就不能畏惧阻力而只进行局部的改造，必须从根本上铲除其赖以存在的基础。否则，就会重蹈改革数十年而毫无进步之覆辙。 [81] 在这种指导思想下，文化改造以反儒学为中心入手，就不难理解了。
其次，儒学思想是依附性人格的思想根源。陈独秀认为，作为封建宗法社会显学的孔子伦理学说早已不适合于当世，然而却顽固地盘踞在人们的思想深处，成为文明发展的巨大障碍。且其与现代社会生活格格不入的学说，在经过历代儒者的完善后，已经非常系统和完整，绝不可能以局部的改良而继续加以保留，故不得不从根本上予以排斥。 [82] 在陈独秀看来，儒家思想中支配人心、与现代社会生活根本对立的部分，就是束缚人自由与全面发展的、导致依附性人格产生的三纲五常思想。在作为一切道德政治根本出发点的三纲五常思想的压制下，臣于君、子于父、妻于夫都只能是依附性的存在，没有独立自主的人格。而忠、孝、节思想，则是对三纲五常思想的强化，使以己属人之奴隶道德更加普遍化。“人间百行，皆以我为中心，此而丧失，他何足言？奴隶道德者，即丧失此中心，一切操行，悉非义由己起，附属他人为功过者也。” [83]陈独秀认为这种以己属人的奴隶道德给人带来的最大危害主要表现在四个方面，一是损坏个人独立自尊之人格，二是窒碍个人意思之自由，三是剥夺个人法律上的平等权利，四是养成依赖性戕贼个人之生产力。“东洋民族社会中种种卑劣不法惨酷衰微之象，皆以此四者为之因。欲转善因，是在以个人本位主义易家族本位主义。” [84]显然，以个人本位主义易家族本位主义的基点，就在于彻底否定儒学所推崇的三纲五常思想，打破宗法社会的等级制度，提倡个人的人格独立，让依附性人格失去生长的土壤。
再次，独尊儒学不利于学术发展。陈独秀非常看重思想和言论的自由，并把这种自由视为学术发展的动力。独尊儒学使思想定于一尊，限制了人们思想的自由，压抑了人们的创造精神，给学术带来的不是繁荣，而是一派死气沉沉的气象。陈独秀以法律与自由的关系为例指出：“法律是为了保守现在的文明，言论自由是为创造将来的文明；现在的文明现在的法律，也都是从前的言论自由，对于他同时的法律文明批评反抗创造出来的；言论自由是父母，法律文明是儿子，历代相传，好象祖孙父子一样……法律只应拘束人民的行为，不应拘束人民的言论；因为言论要有逾越现行法律以外的绝对自由，才能发现现在文明的弊端，现在法律的缺点。言论若是不自由，言论若是没有‘违背法律的自由’，那便只有保守现在的文明，现在的法律，决不能创造比现在更好的文明，比现在更好的法律。” [85]显然，威严的法律尚需要言论自由来推动其更加完善，学术的发展当然就更需要有言论的自由来进行争鸣，促进其更加富有活力。然而，独尊儒学，搞一言堂，压制百家争鸣，就只能窒息学术的发展。陈独秀客观地评价：“孔学优点，仆未尝不服膺，惟自汉武以来，学尚一尊，百家废黜，吾族聪明，因之锢蔽，流毒至今，未之能解；又孔子祖述儒说阶级纲常之伦理，封锁神州：斯二者，于近世自由平等之新思潮，显相背驰，不于报章上辟之，则人智不张，国力浸削，吾恐其敝将只有孔子而无中国也。即以国粹论，旧说九流并美，倘尚一尊，不独神州学术，不放光辉，即孔学亦以独尊之故，而日形衰落也。” [86]陈独秀认为，任何学术流派，均不能定于一尊，否则就将阻碍思想文化的自由发展。尽管不能够否认儒术孔道曾经发挥过的积极作用，然而，若不攻破其与文明社会绝不相容的、一以贯之的伦理政治之纲常阶级学说，国家的政治、法律、社会道德，就没有从黑暗走向光明的可能。 [87]
最后，孔子之道不适于现代生活。陈独秀认为宇宙间精神物质，无时不在变迁进化之途。历史上的各种学说，皆以社会组织生活状态之变迁为兴废。“道与世更”的原理古今中外概莫能外。所以，世界上绝没有“空间上人人必由之道，时间上万代不易之宗。文明进化之社会，其学说之兴废，恒时时视其社会之生活状态为变迁。” [88]因此，把任何一种学说当万古不变的教条均是十分荒谬的。由于生长于封建时代的孔子，所提倡的道德、礼教、政治，不可避免地要打上封建时代的烙印，这样的孔子之道，当然不能行于数千年后的共和时代。且现代生活以经济为命脉，而个人的人格独立，乃为经济发展的前提，其影响已波及伦理学。故在西方学术领域，伦理学论证的个人人格独立，与经济学上的个人财产独立是互相证明的。这一学术思想已给西方社会带来了社会风纪和物质文明的巨大发展。以纲常立教的儒学伦理思想，既使个人失去独立人格，又使个人不能合法拥有独立财产，与现代社会生活的要求背道而驰，因而必须予以抛弃。尊孔论者认为，“散孔教是无中国”。陈独秀则针锋相对地指出不批孔，将无中国，因为孔子学说，“于近世自由平等之新思潮，显相背弛，不于根本上词而辟之，则人智不张，国力浸削，吾恐其敝将只有孔子而无中国也。” [89]
二、以西方文化为标准
陈独秀的文化改造思想以西方文化为标准的原因，在于他认为在传统文化基础上已生发不出新时代精神，以儒家学说为根基的传统文化中的许多因素，已成为社会发展的障碍。而西方文化在西方社会的发展中，在很大程度上已被证明为一种值得中国文化仿效的先进文化，特别是其倡扬的民主理想和科学精神，更应成为中国文化改造的指针。因此，他认为中国文化改造必须全盘西化才会重获生命力，成为推动社会发展的积极力量。
首先，陈独秀认为西方文明优于东方文明。他认为文明是异于蒙昧未开化者之指称，而文明自身是处于不断进化的过程中的。“人类文明之进化，新陈代谢，如水之逝，如矢之行，时时相续，时时变易。” [90]而近世文明在东西方之间又存在着根本的差异，可以被指称为“近世文明”的，实际上只不过是欧罗巴人所独有的西洋文明而已。这种欧罗巴文明，欧洲各国人民对之皆有贡献，而法兰西人则有着开风气之先的特殊贡献。“法兰西革命以前，欧洲国家与社会，无不建设于君主与贵族特权之上，视人类之有独立人格者，唯少数之君主与贵族而已；其余大多数之人民，皆附属于特权者之奴隶，无自由权利之可言也。自千七百八十九年，法兰西拉飞耶特之人权宣言刊布中外，欧罗巴之人心，若梦之觉，若醉之醒，晓然于人权之可贵，群起而抗其君主，仆其贵族，列国宪章，赖以成立。” [91]陈独秀认为，近世文明的兴起，将欧洲旧社会的制度，破坏无余；而欧洲文明则在输入我国的过程中，与我国的传统文化产生了十分激烈的冲突。“凡经一次冲突，国民即受一次觉悟。自西洋文明输入吾国，最初促吾人之觉悟者为学术，相形见绌，举国所知矣；其次为政治，年来政象所证明已有不克守缺抱残之势。继今以往，国人所怀疑莫决者，当为伦理问题。此而不能觉悟，则前之所谓觉悟者，非彻底之觉悟，盖犹在惝晃迷离之境。” [92]产生这种冲突的原因，在于东西方民族思想之间存在着根本的差异。西方文化正是凭借率先形成的法律面前人人平等、道德关系中人格独立、学术研究上思想自由的风气，才大大领先于东方文化。 [93] 可见，在陈独秀看来，向西方先进文化学习，就是要在中国文化中揉进西方社会自文艺复兴和启蒙运动以来的资产阶级的自由、平等和人权思想，这是陈独秀解决中国文化弊端的根本出发点。
其次，文化改造以西方文化中的科学与民主思想为指针。陈独秀认为，不进则退既是中国人的常言，也是宇宙进化的规律。宇宙间万事万物，无日不在演进之途，绝无保守现状之理。中国传统的伦理、法律、学术、礼俗，无一不是封建制度所遗，与西方现代思想相比较，几乎有上千年的差距。如果抱残守缺，对旧文化不作改良，中国人民就会被继续排斥于20世纪的世界以外，成为被帝国主义奴役的对象。陈独秀认为欧洲文明进化得以加速推进的根本原因来自于法律上之平等人权，伦理上之独立人格，学术上之破除迷信后带来的思想自由等几个方面。为此，中国文化要继续进化，适应现代社会的发展，就要毫不迟疑地引进西方文化，尤其是要引进给西方文明带来巨大进步的民主与科学思想。因为中国文化在与西方文化的每一次碰撞中，陈独秀认为均带来了中国文化的进步，而西方文化的精髓，就在于将科学与民主思想植入其文化的内核。所以，要根除具有浓厚专制思想的中国传统文化的痼疾，就要在全社会倡导科学与民主思想，用科学与民主思想统领传统文化。只有这样，中国人才能摆脱蒙昧与浅化，才有希望置身于先进民族之林。 [94] 陈独秀坚信，代表民主与科学的德、赛两先生，在过去已将西方人带出黑暗世界，在未来也可以救治中国一切政治上道德上学术上思想上的黑暗。因此，要顶住一切压力，在文化上坚定不移地贯彻民主与科学观念，即便有政府的压迫，社会的攻击笑骂，甚至断头流血也决不能后退。 [95]
再次，文化改造以促进独立自主人格的形成为目的。陈独秀既然要以近代西方文化中的民主与科学思想来改造中国文化，以德、赛两先生来救治中国政治上道德上学术上的一切黑暗，把这一思想落实到人，就是要通过在全社会对民主与科学精神的弘扬，使社会中人的权利都得到尊重，使每个人都拥有一个独立自主的人格，使他们获得发挥其创造性的空间。唯其如此，个人才有自由而全面发展的可能，经济发展才具备必要的条件，社会进步才能实现。“若以一人而附属一人，即丧失自由自尊之人格，立沦于被征服之女子奴隶捕掳家畜之地位。此白皙人种所以兢兢业业于独立自主之人格，平等自主之人权也。” [96]在陈独秀看来，西方人如此看重个人的独立自主人格，是因为其对社会进步的促进是全方位的；其形成与否，与社会能否取得进步也是息息相关的。因此，在文化上必须消除依附性人格产生的土壤，促进独立性人格的发展。
三、与政治改造相关联
陈独秀所要进行的文化改造并非仅仅为了改造文化本身，而是为了避免未来的政治革命重蹈辛亥革命的覆辙而进行的思想文化准备，他试图以文化改造开风气之先，为政治革命扫清前进的道路。因此，其文化改造的最终目的乃是为了取得政治革命的彻底胜利。
