一、外戚摄政与“院政”
外戚专权在日本叫“摄关政治”（858—1086年），指的是外戚任摄政、关白，代替天皇发号施令，行使国家大权。外戚专政持续了两百多年，期间的争斗基本都是天皇的祖父与外祖父的斗争。
摄政在圣德太子时就已经存在了，当时天智天皇以皇太子身份摄政，但一般都是皇族摄政。人臣摄政始于藤原良房，他因妹妹顺子成为天皇女御而青云直上。藤原氏利用祖先藤原镰足、藤原不比等的荫庇，取得绝对优势，窃据摄关职位达一百多年。他们利用权力，迫使天皇接纳他们一族的女儿为皇后或嫔妃，从而独占外戚地位，以便行使大权。
从醍醐天皇（898年）到后冷泉天皇（1053年）的十一代，都是藤原氏的皇后或嫔妃所生的皇子当天皇。而藤原氏的女儿入宫一般也比天皇的岁数大，如清和天皇的皇后高子、一条天皇的皇后定子等。
藤原道长（966—1028年）把持朝政时曾经“一家立三后”，女儿彰子、妍子和威子皆为皇后。他的女儿也争气，连续为天皇生下男孩，后一条、后朱雀、后冷泉天皇都是他的外孙，于是一家三后，风光无限。而他女儿生的皇子坐上天皇宝座的时候，道长这个外祖父的位子就更是稳如泰山。在把自己的四女威子嫁给第68代后一条天皇时，道长得意地说：“皓月当空，巍然独对。”外戚专政时代，朝中三公几乎全是藤原氏，五位以上的大夫（卿）也大半归藤原氏担任。
宇多天皇时代发生过一件著名的事件——阿衡事件。宇多天皇在诏书中称关白为阿衡，但藤原基经认为阿衡指的是前关白，于是认为天皇对自己不满，拒不接受诏书。天皇无奈，只好罢免了起草诏书的橘广相，撤回了之前的诏书，又重新拟写诏书，基经这才重新上朝。可见当时基经的权势，连天皇也畏惧三分。
藤原基经死后，天皇实行亲政，不再设立摄关。宇多天皇提拔重用一批中下级贵族，其中就有闻名于世的菅原道真（845—903年）。菅原家是文章博士之家，历代都是作为实务官僚立身出仕。道真在当时才名很高，享誉内外。宇多天皇欲借道真抑制藤原氏，于是在宇多天皇退位成为太上天皇的时候，任命藤原时平为左大臣，菅原道真为右大臣，负责辅佐醍醐天皇。时平是基经的嫡子，出身名门，自然没人反对这一任命。而菅原道真的右大臣遭到了贵族层的排斥，认为地位低下的菅原家怎么有资格做大臣？
不久就发生了昌泰之变。时平等人陷害道真，说道真要废黜天皇，立自己的女婿齐世亲王为天皇。于是菅原道真被流配大宰府，并且病死在那里。虽然宇多上皇听说此事之后要赶去相救，可惜被门卫挡住，无法与天皇见面，于是束手无策。
道真死后，京都陆续出现多种异相。先是909年，年富力强的藤原时平在39岁时病死，接着藤原时平的妹妹稳子所生的保明亲王夭折，当藤原时平的外孙庆赖亲王被立为皇太子后，年仅5岁又病死。这下子，朝野上下一片恐慌，整个京城都笼罩在不安的气氛中。正在这个节骨眼上，930年，本是耕种季节，却久旱不雨。当群臣在宫中议论祈雨时，从西方的爱岩山上飘过来一片黑云，瞬间雷声大作，火光一闪，炸雷击中了清凉殿的房柱，一名大臣被击身亡，数人重伤。史称“清凉殿落雷事件”。朝廷对此相当惊恐，认为是道真的怨灵作祟，因此赦免道真并追赠官位，道真之子也被解除流放之刑召回京都。923年阴历四月二十日，又将其从二位太宰权帅回复为正二位右大臣之官位、993年追赠正一位左大臣、同年追赠为太政大臣。据传当时陷害道真的藤原时平之后断了子嗣，但对道真友好的时平之弟藤原忠平一枝独秀，其子孙则成了现在藤原氏的源流。
清凉殿落雷事件以后，因为害怕雷神是道真的怨灵，为了祭拜火雷天神而在京都的北野兴建了北野天满宫。之后道真成了天神信仰的一部分，并逐渐普及日本全国。因为道真生前是杰出的学者和诗人，因此被当成学问之神来敬拜。
宇多天皇宽平六年（894年）八月，菅原道真曾被任命为遣唐正使，组成第十一次遣唐使。
翌月，菅原道真上表天皇道：
请令诸公卿议定遣唐使进止状右臣谨案，在唐僧中瓘去年三月，附商客王讷等送到之录记，大唐凋敝之情，载之具矣。更告勿需入朝，应停唐之使。
臣等伏检旧记，历次使员，或有渡海而丧生者，或有遭贼遂亡身者。唯未见至唐，有难阻饥寒之悲。入中瓘所申报，未然之事推而可知。臣等伏愿以中瓘录记之状，遍下公卿博士，详议定其可否。国之大事，不独为身，且陈诚款，伏请处分。
根据菅原的建议，日本停止派遣遣唐使，由此大规模的中国文学学习时代暂告结束。
藤原氏虽然一度极度荣华，然而“功名千古谁长保，百岁光阴自有涯”，皇室也不会永远喜欢被架空的。1086年，第72代天皇白河天皇让位给自己的儿子8岁的善仁亲王（堀河天皇）后，自己退位，以上皇的身份掌握朝廷大权，藤原氏的势力被大大削弱了。堀河天皇爱好音乐，并酷爱吹笛子，常常为此通宵达旦，对于公务则常言“依白河上皇谕旨”。这样，白河上皇以后的一个时期，在日本历史上被称为“院政时代”。12世纪时，随着武家势力的崛起，京城里的藤原氏已逐渐不能左右政局了。
二、武家兴起与昙花一现的“建武中兴”
《苏报》曾在1898年的论说中提出：“复君权者，日本自强之本也。”
其实国之强弱，本与君权无关，势之使然而已。日本天皇的君权自平安时代，日本武家兴起而不振。起初最有名的武家就是“武神”——坂上田村麻吕，而这位大将军据传出身于中国。
应神天皇二十九年（289年），汉人阿知使主（刘阿知）自称汉灵帝四世孙，因曹魏篡汉，率领17县人口计2040人途经朝鲜归化日本。天皇赐给大和国高市郡桧前邑地方。有名的“倭五王”中的雄略天皇曾命阿知使主从高丽求得四名织工（兄媛、弟媛、吴织、穴织）到日本，日本因此得传纺织技术。履中天皇即位之前，曾靠阿知使主的消息而躲过住吉仲皇子的谋杀，于是阿知使主后来得到很多赏赐，族人繁盛，分布在摄津、播磨、三河、阿波等国。后被天皇赐姓“汉直”，又称“东文氏”，其族人繁衍愈众，遂成为今天日本的原田、高桥、大藏、江上、秋月、波多江等家族的共同祖先。“坂上”的姓，是在仁德天皇六十年（372年）被赐予阿知的后裔的。8世纪后半叶，坂上田村麻吕（758—811年）因追讨东北虾夷族有功，被封为第二任征夷大将军，因第一任大将军并无功绩，坂上田村麻吕一举平定奥羽地区，一战成名，遂成为日本的武神，其墓地被称为“将军冢”，传闻每逢日本国内动乱，其冢便有异响。
清和天皇（850—881年）是与武家渊源较深的天皇，是被称为武门栋梁的清和源氏的始祖。作为第56代天皇，清和天皇在位时间是858年至876年。战国时，很多武将都自称出自清和源氏，指的就是清和天皇。
清和天皇9岁即位，外祖父藤原良房作为外戚掌握实权。27岁时，清和天皇突然让位于第一皇子贞明亲王（阳成天皇），两年半后出家。
清和天皇的第六皇子是贞纯亲王，贞纯亲王的儿子经基王降为臣并被赐姓“源”，即源经基。继承其后的源满仲以摄津国川边郡多田（今兵库县川西市多田）为根据地形成源氏武士团。
酒吞童子在日本的妖怪中排名仅次于九尾狐，也是众多戏剧、传奇、文学中的著名题材。作为鬼怪头目，酒吞童子据传为日本最强的鬼。一条天皇的时候，曾下令源赖光前往讨伐，源赖光用计杀掉了酒吞童子。源赖光是源满仲的长子，他以摄津国为根据地形成摄津源氏。摄津源氏中固守多田的系统称为“多田源氏”，而居于美浓的称为“美浓源氏”。同时，源满仲的次子源赖亲的一系以大和国宇野（现在的奈良县）为根据地形成了“大和源氏”，源满仲的三子源赖信一系在河内国形成河内源氏。
这三支源氏最初都服务于藤原摄政、关白家而不断扩大自己的势力，后来形成主流的是源赖信的嫡传的东国武士团，终于在源赖朝的市带开创了镰仓幕府。
10世纪末，像藤原氏这样的大家族势力扩张，并占据了很多独立于政府之外的庄园。高级官员可以凭借其占有土地上的农民的贡献获得大量财富而不向政府交税，政府对庄园束手无策，结果造成皇室的经济来源和法律权力都被大大削弱了。
在农村，为了避免土匪的骚扰，小户人家向大地主寻求庇护，将自家田地委托于豪强以换取平安及免税地位。
庄园势力的增大，也促使庄园主必须雇佣武装人员保卫生命和财产。
这样，作为侍者的武士阶层逐渐形成了。武士的荣誉，在于他们对领主的忠诚。12世纪末，贵族逐渐失去对政权的控制，武士团队不断结盟后逐渐兴起了强有力的军事家族——平氏和源氏，这两个家族都是皇族的分支。1156年，皇太子与藤原氏支持的皇子争夺皇位时向平氏和源氏求援并获胜，藤原时代终结。同时，介入朝争的过程也使得源平两家都看到武力控制朝政的好处，于是开始互相攻击，1160年的短暂激烈战争后，源义朝败退，不久由于部下出卖而被害。
获胜的平清盛据说爱上了源义朝的漂亮妃子而放过了源赖朝的两个儿子：源义经、源赖朝。平清盛和藤原氏一样，把天皇视为傀儡，甚至将自己的一个女儿嫁给天皇，后来迫使天皇退位，让位给自己的外孙安德天皇。牢牢掌控京都之后的平家开始变得自大傲慢，并沉湎于京都的生活。源氏的力量在京城以外重新聚集在源赖朝的周围。1181年，平清盛年迈去世。两年后，源氏军队在源赖朝及其堂弟源义仲带领下攻占京都。经过争斗，最终源氏的领头人源赖朝在镰仓建立了一个军事政权——镰仓幕府，源赖朝本人于1192年就任“征夷大将军”，简称“将军”，并从天皇那里得到了任命地方守护的权力。通过地方守护，镰仓幕府控制了各地的政务。
源赖朝的镰仓武家政权与此前京都的贵族政权相比显得简约朴素，与武士的风格颇有类似。但1199年源赖朝意外堕马而死，他18岁的儿子继位后很快被推翻，政权落到了他母亲一方的北条氏手中。
披挂长短刀、弯弓和铁甲的武士向将军和大名宣誓效忠。1274年，忽必烈大帝发动了入侵日本的战争，以900艘战船、1.5万名士兵远征日本。日本的武士们在九州的博多湾迎战蒙古战船，假以台风相助，日本人击退了入侵者。1281年6月，由朝鲜而来的蒙古舰队以10万兵力再次登陆博多湾，日本守军以少御多，坚持50余日。8月15日夜，台风突起，蒙古东路军损失三分之一，江南军损失一半，日本人乘势攻击，大获全胜。从此，1274年和1281年的台风就被称为“神风”，“神风”被当做天佑日本的一个佐证。但是，土地匮乏加上有战功的武士不能得到相应的褒奖，严重威胁到了幕府的稳定。
14世纪早期，将军府的权威开始衰退，京都贵族和皇室诸派开始结成各自的同盟。1318年，后醍醐天皇登基后，开始利用将军府的弱点巩固自己的统治。到了14世纪30年代，后醍醐天皇控制了政权，祈望建立天皇专政。然而1324年遭幕府打败，史称“正中之变”。后醍醐天皇被流放到隐岐岛。
镰仓幕府灭亡后，1333年后醍醐天皇重新即位，翌年改元“建武”，强化天皇的权力，设置中央最高机关记录所、杂诉决断所，重整天皇亲政的机构。战前的日本史称之为“建武中兴”。后醍醐天皇首先废除光严天皇的即位和“正庆”的年号，并宣布其发布的诏书和赐下的官位也无效。接着任命足立高氏为镇守府将军，并将天皇的讳“尊治”中的“尊”赐与足立高氏，足立高氏改名足立尊氏。同时为了牵制足立氏的势力，后醍醐天皇任命护良亲王为“征夷大将军”。
后醍醐天皇的强化皇权努力，在土地支配和武士支配等各个方面很快破绽百出，足立尊氏利用这些矛盾很快击败了后醍醐天皇的支持者，天皇本人也被迫逃离京都，在南方建立朝廷。期间内战不断，形成日本的“南北朝”，直到1392年南方天皇宣布退位。
