然而后代天皇又皆是北朝子孙，成王败寇，自然以北朝为正朔。德川幕府时期，也以北朝为正统，但承认两朝并立。但到了德川光国（德川家康之孙）编纂《大日本史》时，却将南朝推为正统，为南朝天皇立本纪，将北朝天皇降级为“列传”，只为后小松天皇立本纪，将北朝视为“闰统”。这也可见朱子学对德川幕府的影响。
明治维新后，争论愈来愈烈，最终迫使明治天皇在1911年作出“否定祖上”的裁决：南朝为正统，北朝历代天皇不列入历代天皇代数，但天皇地位不变。从此教科书中把南朝列为正统，把南北朝时期称为“吉野朝”（南朝定都吉野）时代。
明治天皇的裁决背后，是对1910年幸德秋水“大逆事件”血腥的镇压，同时还殃及京都帝国大学教授西田贞吉被解职。西田教授在国定教科书《寻常小学日本历史》中对南北朝对等记述，幸德秋水的一句“当今天皇难道不是从南朝天皇手中抢夺三种神器的篡夺者吗？”在社会上引起轩然大波，尽管明治天皇的地位在日本如日中天，但整个日本社会都不得不面对北朝一系未遵守诺言这一事实。
在明治天皇亲自裁决以后，南朝正统论一时成为主流。但明治天皇绝不会想到，这个裁决给他的孙子裕仁带来了更严重的麻烦。二战结束以后，美军占领日本，裕仁被迫发表“人格宣言”，声明天皇并不是“神”。但是刚过二周，美军机关报《星条报》的头版赫然刊登了自称“南朝后裔”要求裕仁让位的熊泽宽道的照片。
熊泽宽道是名古屋市的杂货商，他的先辈在大正时期就上书政府申诉正统性，当时日本已有严厉的不敬罪法律，如果无根据上奏将遭到严惩，足见这位熊泽“天皇”也是证据充分，底气十足。特别在战后天皇制和裕仁因战争责任陷入困境时，他的“裕仁不过是伪天子，发动侵略战争，篡夺正统的皇位，是北朝的残暴本性”，更使裕仁的合法地位岌岌可危。因为麦克阿瑟只是利用南朝正统给裕仁施加压力，迫使他彻底俯首帖耳，而无意改朝换代，北朝子孙才勉强保住了皇位。
熊泽宽道自称后醍醐天皇直系，皇统第123代正照王熊泽天皇。
1951年，熊泽向东京地方法院提出“现天皇不适格”即不称其位的诉讼，东京地方法院驳回了他的诉讼请求。该事件引起很大反响，并有相关书籍问世，在日本被称作“熊泽天皇事件”。此后，日本自称天皇的人有十多人。
三、宫家——天皇后裔
南北朝统一后，北朝天皇不守信用而将南朝皇子赶走。为了使自己一脉延续大统，遂创设“宫家”制度。
所谓“宫家”，就是指日本皇室的一种分家制度，它起源于12世纪的镰仓时代。天皇皇子、宫家当家人的所有男性后裔（除未来继承当家人的长子外）在成年、婚后都可以创设宫家，并由天皇赐下宫号。根据宫家当家人和天皇关系分为：直宫家、一般宫家。
镰仓时代以后，日本出现“亲王宣下”制度。也就是说，内亲王、亲王的封位必须要由天皇本人宣下才能获得。未获封位，就只能称皇女、皇子。皇子、皇女的子女，称某某王或某某女王。镰仓时代中期的顺德天皇的两个皇子岩仓宫忠成王、四辻宫善统亲王的宫号就被其子孙承袭。而普遍被看作世袭亲王的开端的，是室町时代龟山天皇的皇子——恒明亲王所创设的常盘井宫，以及后二条天皇的皇子邦良亲王创设的木寺宫，但是这两宫家都因为没有后嗣而断绝了。此后唯一绵延不绝的是伏见宫。
伏见宫是北朝第三代天皇崇光天皇的第一皇子荣仁皇子创设。在伏见宫第三代当家人贞成亲王时，在位的称光天皇没有后人，于是立伏见宫贞成亲王的儿子彦仁为天皇——后花园天皇。
伏见宫从荣仁亲王开始到脱离皇籍为止，500多年间一共延续了24代。
后来又增加正亲町天皇之孙智仁（秀吉养子）为桂宫，后阳成天皇之子好仁为有栖川宫，东山天皇之子直仁为闲院宫，这四个世袭亲王家被称为“四大宫家”或“四亲王家”。但其他三家都不争气，在明治前后都绝后了，只有伏见宫一家子孙满堂。
邦家亲王有17个儿子和15个女儿，他的后代至今有100多人。民间戏称“伏见宫的种马，藤原氏的母猪”，盛赞其超强的生育能力。出于迷信，邦家亲王的第6、7、8、9个孙子分别娶明治天皇第6、7、8、9个女儿为妻，这4个男子被封为竹田宫、北白川宫、朝香宫、东久迩宫，世袭王称号，也被称为“新四大宫家”。北白川宫能久亲王（1847—1895年）就是在中日甲午战争时登陆台湾的北白川家的当家人，1895年11月在台湾人民的抵抗中战死。东久迩宫稔彦为二战后第一任首相，是日本历任唯一担任首相的皇室成员。退休后东久迩宫稔彦尝试创立新兴宗教，102岁高龄时去世，他也是日本寿命最长的皇族成员。其子东久迩宫盛厚娶昭和天皇之女成子，生下第三代当家人信彦，信彦任职三井住友银行，信彦子征彦在三井生命会社工作，最近征彦生下一子，与皇太子唯一的女儿爱子内亲王年纪相仿，如果皇室的婚姻习惯保持传统不变的话，将来可能会成为爱子女天皇的丈夫，以保证皇室血统千年不变。
德川幕府末期到明治时代，日本经历了近代化的巨大变化。这期间创设的宫家如下：文久三年（1863年）创设中川宫，元治元年（1864年）创设山阶宫，明治三年（1870年）创设梨本宫、圣护院宫、北白川宫、华顶宫、东伏见宫，明治二十五年（1892年）创设贺阳宫，东伏见宫在明治三十九年（1906年）作为明治天皇的皇子，又创设朝香宫、竹田宫、东久迩宫三个宫家。
1889年日本颁布《大日本帝国宪法》，根据《皇室典范》实行永世皇族制度，同时世袭亲王家制度便被废止，但大正天皇的三个皇子分别创设了秩父宫、高松宫和三笠宫。
明治天皇共有子女15人，但大多夭折。五名健康的子女中，嘉仁亲王即后来的大正天皇；常宫昌子内亲王在1908年嫁给竹田宫恒久王；周宫房子内亲王1909年嫁给北白川宫成久王；富美宫允子内亲王1910嫁朝香宫鸠彦王；泰宫聪子内亲王1915年嫁给东久迩宫稔彦王。
二战后，皇室无法维持昔日的庞大规模，许多宫家都依照《皇室典范》第九条脱离皇籍。1946年1月裕仁天皇《人格宣言》发表后，天皇降格为人。同年，日本新宪法施行，皇族的特权被大大限制。到了1947年10月14日，根据占领军总司令部（GHQ）的指令，皇室财产全部归属国库，大规模的皇室一下子失去了经济支持。最先提出脱离皇籍的是战后第一任皇族内阁总理大臣的东久迩宫稔彦王，1945年，东久迩宫稔彦王在辞职后就主动向裕仁天皇要求降为臣籍，贺阳宫恒宪王也做出了申请。到了1947年，形势大变，根据新的《皇室典范》，众多宫家中，除去大正天皇的三个直宫家——秩父宫、高松宫、三笠宫外，共有11个宫家、51位皇族成员脱离了皇籍。这11个宫家是：伏见家、闲院家、久迩家、山阶家、北白川家、梨本家、贺阳家、东伏见家、朝香家、竹田家、东久迩家。上述11个宫家都出身于伏见宫系。
脱离皇族以后的元宫家，将宫号称呼为名字，开始了各自的民间生活。其中有因为财产税失去大部资产生活困苦者，也有善于经营而维持住原来生活者。现在的外交官贺阳正宪、竹田恒治就是原来的宫家出身。而旧皇族的宫邸中，除了涩谷的东伏见宫邸现在作为常陆宫邸现存外，其他大都成为公共设施的一部分了。
日本现存五个宫号如下：
1.秋筱宫（当家人：文仁亲王），现任天皇唯一的直宫家。
2.常陆宫（当家人：正仁亲王）。
3.三笠宫（当家人：崇仁亲王），三笠宫崇仁亲王的长子宽仁亲王，因身为长子及下任三笠宫家的当家人之缘故，故在成年后没有创设宫家，而是依附在三笠宫家之下。
4.桂宫（当家人：宜仁亲王）。
5.高圆宫（当家人：已故宪仁亲王妃久子）。
四、多灾多难的天皇
与武家颇有渊源的清和天皇（850—880年）是日本第56代天皇，被后世称为清和源氏的始祖。清和天皇的即位是由当时的藤原氏强迫的，因为清和天皇别号水尾帝，后来的后水尾天皇就给自己留下“后水尾”的遗谥，来显示对德川幕府的强烈不满。
清和天皇的外祖父是藤原良房，在文德天皇驾崩后，年仅9岁就登上皇位。藤原良房以外戚身份掌握政治实权。864年，尽管清和天皇已经举行过成年冠礼“元服”，还是正式任命藤原良房为摄政。876年，在藤原基经的逼迫下，清和天皇让位给9岁的贞明亲王（阳成天皇）。两年半后清和上皇出家，879年10月开始畿内巡游，翌年到达丹波国水尾地方。清和天皇一心研究佛理，但是绝食等过度的苦行生活损害了他的身体健康。880年，刚刚30岁的清和天皇就离开了人世。
面对幕府的跋扈统治，皇室也一再筹思振作。第112代天皇灵元天皇（1654—1732年）是后水尾天皇的第16皇子，其意志坚定，作风豪迈。灵元天皇继续父亲后水尾法皇实行的振兴皇室的政策，疏远亲幕府的朝中公卿，与当时的幕府保持距离。1687年让位于东山天皇，实行院政，恢复中断已久的大尝祭。由于院政是朝廷之外的机构，为幕府势力所不及，德川幕府立刻表示不认可院政。同时，朝廷内部也有左大臣近卫基熙等强力的反对派存在，在位的东山天皇也对自己没有实权深为不满。灵元上皇后来不得不改变反幕府的态度，将皇女八十宫吉子内亲王嫁给将军德川家继，希望通过与幕府婚约来掣肘中御门天皇。然而由于德川家继的去世，上皇的愿望遂化为泡影。1713年，厌世已久的灵元上皇出家成为法皇，法名素净。
德川幕府对皇室的控制也不亚于以前的武家政权。天皇的废立如同儿戏，后水尾天皇就曾遗谥“后水尾”，来表达自己对幕府的强烈不满。从1663年灵元天皇到1747年桃园天皇的70多年中，竟更换了5代天皇。这些天皇在很小的年纪继承皇位，稍有独立于幕府的思想和行动即会被废除。
桃园天皇是第116代天皇，在位时间为1747年到1762年。宝历年间，氏学和神道学者竹内式部在京都设立私塾。竹内尊崇山崎暗斋的学说，当时是德大寺家的家臣，主要向德大寺公城、久我敏通等朝廷公卿讲授“大义名分”的朱子学。朱子学是江户幕府时期的官学，本来事情极平常。然而对幕府专制和摄关的朝廷支配深怀不满的公卿们向天皇推荐竹内式部的学说，1756年，竹内式部向桃园天皇进讲。16岁的桃园天皇听讲后思想起了变化，对自己的处境很是不满，也对幕府抱有反感。然而担心恶化朝廷和幕府关系的关白一条道香将德大寺公城等7名桃园天皇的近侍放逐，并以公卿擅自学习武艺为理由在宝历八年（1758年）将竹内式部告发到幕府的京都所司代，竹内在被流放到八丈岛的途中病死。朝廷内主张尊王论的年轻公卿被幕府大量处罚。这就是日本历史上有名的“宝历事件”。失去近侍的年轻的桃园天皇开始对摄关家的跋扈作风非常反感，加剧了天皇和摄关家的政治对立。桃园天皇在22岁时就去世了，也有另一种说法是被幕府所毒杀的。此后，又发生了类似的山县大贰事件，山县也因为主张大义名分，要求幕府还政于天皇，结果被幕府处死。虽然朱子学是江户时代的官学，但也不过是幕府利用的工具，牢牢掌握政权的幕府自然不允许有异议出现。
