1942年1月25日—1944年2月
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金梅尔在1月25日得知肖特将军提交了退役申请时，他跟妻子已在加利福尼亚的长滩。直到此时，这位上将对于退役连想也没想过，但他把肖特的申请看做他应该采取类似行动的一种“建议”，第二天，作为一种爱国行为，他提出了辞呈，同时宣称愿意“履行可能指派的任何职责”。数天后，他接到斯塔克的一封私人来信。“我让部长和总统看了你那封非常好的信，你表示不要考虑你，只应该考虑国家。”斯塔克还说，华盛顿的普遍情绪是，在对金梅尔的前程未做出明确决定前，“你最好别再担任任何临时职务”。
金梅尔大惑不解，斯塔克后面写的话也未消除他的疑云。
我想让你知道，我们将努力按你信中的意思解决这一问题，也就是只要对国家有利便行。我能说的就是这些。
我们了解你希望尽早明确解决，我可以保证，我们会尽可能考虑你的。
即使这样，金梅尔也随即在28日告知诺克斯部长：“我坚持退役的请求，但只服从于海军部的决断，以对国家、对军队有利的原则来确定何时退休。”
那天下午，总统在与史汀生私下商议时，面授了处理金梅尔和肖特退役请求的办法。他命令陆军和海军采取相同行动，指示说：“等一周左右，然后宣布这两位军官已申请立即退役，对他们的请求正在考虑中。”再过约一周之后，宣布申请已批准，但并不妨碍今后的军法诉讼。
当然，军法审判金梅尔和肖特会暴露出罗伯茨报告的不公正，应不惜一切来避免，所以，这种诉讼是不可能被说成是“不泄露军事机密”的。
史汀生完全同意罗斯福的行动计划，以至把它当成是自己的，并且是他将这一计划付诸实施。他让诺克斯了解这一做法。“我告诉他我跟总统商定了怎样处理金梅尔和肖特，他表示同意。”
虽然每个人都认为不能搞军法审判，但当局不想让公众批评不让审判。另外，它不想刺激公众或金梅尔和肖特，使他们指望或要求进行审判。接受退役请求的条件如何措词最为棘手。所有有关人士在用词上绞尽脑汁，最后同意这样写：同意退役“并不表明宽恕犯罪或对今后惩处措施有何限制”。
金梅尔和肖特的退役都是通过信件通知的。给肖特的信于2月18日在俄克拉何马城交给了他本人。金梅尔在第二天上午11时5分收到了给他的信。他不知所措，甚至斯塔克在三天后发来的生日贺词也无所帮助。斯塔克说：“我希望你在莫测的形势下鼓足勇气，这样能使你勇敢地思考，明智地行动和忍耐……你要保重，让勇气来说话。上帝会给你力量、智慧、镇静、勇气和希望的。”当天晚些时候，斯塔克又劝他：“在事情明朗之前，你应该退隐，让时光老人帮助解决问题。我认为他会的。哪怕没什么别的理由，就凭他总是如此这一点就够了。”
金梅尔的答复表明，他还不打算隐居。他对批准他退役的措词很有意见：
我随时准备接受自己行为造成的种种后果。在战争进行之时我不想为难政府。然而，我确实感到，在公众面前对我的处罚已差不多到了极限。全国各地不负责任的人天天写信斥责我，甚至扬言要杀死我……我一直保持缄默，只要能忍就打算这样做下去……但我确实认为，为了伸张正义，海军部不应再做任何会激起公众对我攻击的事情。即使你认为我已犯了大错，我也有资格受到某种尊重。
斯塔克在收到此信前写了另一封信，用金梅尔的绰号“穆斯塔法”称呼他。信中说，来年将是艰难的一年，需要气魄以进行勇敢思考和采取明智行动。“我不必告诉你，我对叫赫斯本德·金梅尔的人及构成其心灵的坚强材料有充分的信心，不管道路多么崎岖，他也能渡过难关。”
金梅尔的请求被弃之一旁，退役申请将公之于众。就在此时，因支气管炎卧床数日的总统在2月25日召史汀生和诺克斯到白宫，对他们说，在斟酌形势后，他认为“人民的情绪”要求对金梅尔和肖特进行军法审判，他希望他们俩主动提出要求。这样军法审判能被延迟到“符合公众利益”时再进行。为什么要严惩这两个夏威夷的司令官？仅仅为了平众怒，他们就该受到惩处。
总统完全改变立场使史汀生目瞪口呆，但除了执行命令外无计可施。他召见同样震惊不已的马歇尔。这位参谋长向他的军法署署长请教，后者反对发布金梅尔和肖特将受到军法审讯的声明。并无任何法律允许这两个官员请求军法审判；这种审判必须先有宣过誓的指控和具体内容。史汀生在掌握了情况后，想法儿在总统那里达成一种妥协：在公布退役的同时也宣布，已决定指控金梅尔和肖特因玩忽职守而应进行的军法审判，“要到公众利益与安全允许时”才进行。
2月的最后一天，陆军和海军同时宣布了这一决定。但是，罗斯福和史汀生之间旨在平息关于珍珠港事件争论的妥协，激发起了全国各地对金梅尔和肖特的阵阵义愤和憎恨。一个新泽西州人问总统：“恕我直言，但也是无数可能不善表达的国人的意见，金梅尔和肖特先生无疑完全应被处死和遗臭万年。然而你为什么要保护他们免遭罪有应得的惩处，哪怕是晚一分钟呢？”有好几千人抗议给这两个犯有玩忽职守罪的司令官每年600美元的退休金。众议院军事委员会主席安德鲁·梅在肯塔基州派克斯维尔演讲时，不也曾敦促枪决这两个人吗？一个叫米克斯的耶鲁大学毕业生和前巡回法官劝告金梅尔“用手枪结束生命”，以表明自己是一个真正的男子汉，“因为你无疑对自己和美国人民都已毫无用处”。
这两个军官的家庭不断收到辱骂信件。金梅尔的三个儿子在父亲成为声名狼藉的卖国贼之后竟敢还在海军服役！惩处罪人的要求与日俱增。与此同时，也有越来越多的少数人把这两人视为当局掩盖自己失职而抛出的替罪羊。
虽然如此，就全国而言，太平洋上发生的事件使关于珍珠港的争执黯然失色。2月下旬，日本海军在爪哇海域大败英、美、荷联合舰队。数日后，爪哇岛失陷。除了在菲律宾的两个防区巴丹和科雷希多之外，西南太平洋地区现已尽落日本手中。
到了4月初，日军把巴丹半岛的美菲守军赶到半岛之端，迫使76000名守军投降，其中有12000名美国人，这是美军军事史上投降人数最多的一次。在蒙受这一羞辱之前，麦克阿瑟被迫从科雷希多飞往澳大利亚，接着就发生了战俘从巴丹向拘留营的悲惨的死亡行军。5月6日，科雷希多也告陷落。
不到一个月之后，从绝望中突然传来令人振奋的胜利消息。靠着一批珍珠港的密码分析家，尼米兹上将得知日本下一个主要海上进攻目标是中途岛。6月4日，在历史上最大的海战之一的战斗中，勇猛的海军和海军陆战队飞行员击沉了四艘日本航空母舰。它标志着太平洋形势的转折。
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那年6月，肖特将军去西点军校参加儿子的毕业典礼。在校长举行的游园会上，马歇尔将军穿过草坪来跟肖特一家谈话。他们聊了5分钟早期一起服役的情况，但对珍珠港或肖特退役只字未提。
这时，金梅尔住在纽约城布朗克斯维尔，在老友弗雷德里克·R.哈里斯将军负责的造船厂工作。金梅尔的工作是为从未听说过船坞的太平洋地区绘制干船坞的蓝图。业余时间，他开始为终将到来的军法审判作准备。他请求海军部长允许他查看有关袭击珍珠港的档案，诺克斯允许他研究档案，并可得到他所需要的任何复制件。
他的两个儿子曼宁和汤姆是在太平洋服役的潜艇军官。汤姆是个上尉，此时在澳大利亚。他的潜艇S-40号在历经艰险后逃到了珀斯，当它正在港内机动时，一艘荷兰客轮开进来了，这是从爪哇开出经长途跋涉后幸存的几艘船只之一。南希·库克森在这艘船上，她是多年前在开往中国的“亚当斯总统”号上认识年轻的金梅尔的。她是一家马来亚橡胶种植园顾问的女儿，陪同四个孩子逃出战区。她对一位朋友说：“我认识潜艇上的那个人，他是汤姆·金梅尔。”
