30000年前
当神河文明的造神计划即将有巨大突破的时候，突然间一切都变了，原来被确定在宇宙中通用的法则原理突然间都是错的一切都改变了，不适用了，神河文明受到了一种仿佛跨越纬度的攻击，正当着一切突如其来的改变将神河文明的科学破坏的面目全非的时候，所有神河文明旗下的恒星开始以一种难以想象的速度开始飞速聚变。
终极恐惧，丁格黑说出了这个词。最终神河文明在史上最大量级的超新星爆炸中化为灰烬。基兰用自己的力量的救了很多人，大时钟也保存了所有神河文明的研究成果当然也包括所有超级战士的基因数据。
但丁格黑却选择留下与很多不幸的民众一起灭亡，基兰决定将神河的科技传丁格黑的理念播到宇宙其他的文明，于是超神学院的构想在基兰脑中成型。
25000年前---20000年前
基兰选择建立超神学院的第一个文明——德诺文明。当时的德诺是一个国家，正处在一个科技、文化高速发展的黄金时期，德星和诺星之间存在着不小的理念和文化的冲突，德诺创造的议会委员会制度，保证了国家的统一，因而这些差异反倒是进一步激起了两个星球的良性竞争。
那个时候仿佛每天都有新的东西问世，每天都像是圣星节（德诺的春节)，不得不说这是一个让人向往的文明，一个充满魅力的文明，一个优秀的文明，基兰从这个文明的身上看到了神河文明的影子，也让基兰看到了属于超神学院的曙光。
基兰是一个科学家，从25岁那年加入神河第一科学院那天开始他就是科学家，因此相较于同政客打交到，他显然更希望同科学家交流，更希望通过科学为民众所带来的无限幸福，让整个文明从民众到议会都发自内心的希望超神学院的出现。
基兰通过读取暗数据筛选出了数位顶级科学家，他要从这些科学家中选择出一个科学家成为他在这个文明的代言人，让来自神河文明的科技通过他的手展示无法抗拒的魅力，为超神学院铺平道路。
他开始通过伪装成学生，学者，研究人员，出现在他预选的数位科学家的课堂，演讲和实验室里，基兰始终认为，数据是冰冷的，只有现实的接触才能让他明白谁才是他寻找的那个最合适的人。
伊吾.亚措是德星首都大学，第二科学院的生命工程学教授，他的理论让基兰关注有加，很快，他就被基兰确定为德诺超神工程的代言人。
一次伊吾教授的演讲，基兰伪装成了一名来自德星的学者，到后台对伊吾教授进行拜访，基兰来自未来的渊博知识和他谈吐间的风度让伊吾深深的折服，也让伊吾激动万分，因为基兰的话像是黑夜里海中的灯塔，给一直无法找到正确方向的伊吾指明了研究方向。
第二天伊吾向学院申请了基因工程发展项目，不久资金发放了下来，计划正式实行，伊吾像是一台不知疲倦的工作机器，疯狂的开始进行计算、取证、和实验。
在基兰的默默引导下，伊吾的计划取得了飞快的进展。数数年的时间，基因技术的第一部分基延（通过改进基因延长寿命的技术）技术取得了成果，实验体的成功率高达90%。
消息让德诺当局非常震惊，很快委员会召见了伊吾，在伊吾步入委员会大厅的时候，基兰的展现神力突然打开微虫洞进入大厅。
基兰告诉了他们自己的身份，并表达了自己建立超神学院的意向，并像委员会陈述了超神学院可以为他们所带来的巨大利益，很显然基兰所展示出来的能力大大超越了委员会的认知，委员会并没有立刻答应基兰，因为基兰所带来的认知冲击足以让他们消化相当一段时间，并且基兰外星人的身份和他所展示出来的强大的实力也让他们深深地忌惮。
数天后，委员会真实向下级人民议会提出和神河遗民建立超神学院的议案，16日后议案批准，超神学院在正式在政府内部挂名成为一个独特的组织，但基兰并没有选择立刻将超神学院面向大众，而是希望在向他一开始设想的那样，当科学为民众所带来的无限福祉，让整个文明从民众到议会都发自内心的希望超神学院的出现，同时伊吾的基因工程发展计划正式成为国家工程，来自整个文明两大主要星球的顶级基因生物学家汇集在这个工程中，政府也注入了大量资金。
19年后基延技术正式开启民用进程，全民基延计划用了300年，整个德诺的平均年龄提高到了500岁以上，在民众的欢呼声达到最高点的时候，超神学院出现在了公众的视线里，超神学院正式建立对外后，那些原本住在殖民卫星上的神河自然科学家和社会科学家，开始进驻超神学院成为导师。
他们开始对德诺科技和思想产生了巨大的影响，大大的促进德诺的发展速度，但是基兰对他们有一个要求，就是只做老师，不干预研究，超神学院带领他们向前发展，帮助他们进步，但每个文明有属于自己的成长道路，超神学院绝不揠苗助长，在他们开展第二代超神计划之前，神河文明绝不会直接参与研究与计算。在德诺文明的基研计划成功后的一百多年后，烈阳星成为基兰选中的第三个文明，是成功建立超神学院的第二个文明，期间还有一个异常排外的文明像是排斥疾病一样排斥外来的基兰。
烈阳星的政治体制与德诺不一样，相对而言烈阳更偏向于精英政治，烈阳有自己的王室，德诺也有自己的皇室，但是是他们之间不同的是，德诺的皇室更加像是国家的象征，本身并没有什么实质性的权利，他们的权利更多的是表现在对委员会的建议和质询。
烈阳星的皇帝则与二十人左右的内阁总府掌握了国家的行政，军事，经济大权，但这并不是说烈阳星像是封建社会一样的专制。
烈阳星拥有一套非常完善的人才选拔和人才培养以及阶级流动的制度，同时公民大会的存在掌握了立法权，同时也有着对内阁总府的监督权……这套完善的制度让烈阳星拥有比德诺更加强大的的凝聚力和执行力。
但这套集权的制度所带来的思想也限制束缚了烈阳未来的发展，同样也限制了他们科学的进，基兰选择了一种简单直接的方法来让烈阳星参与到超神学院的计划，基兰直接找到烈阳星内阁总府首辅甫铭仕，用神力和科技以及德诺文明的成功说服了他，在他的带领下基兰参与了内阁会议并且说服了内阁通过了超神学院的建立计划。
不久超神学院烈阳分院出现，在烈阳星的超神学院建立后不久，德诺当局与神河遗民达成协定，批准神河人到德诺文明下属所有星球移民（神河教授在超神学院建立之初就被批准）。而向来对自身文明充满自信的烈阳星则是在学院建立数年后就与神河人达成了移民协定。
神河，德诺，烈阳是三个完全不同的文明，在基兰出现之前他们彼此之间完全是独立的，期间最明显的表现为他们的外形不同，虽然都是双足直立，使用双臂……神河人与我们地球人几乎没有区别，除了基因要更加强势一些外，德诺的外形与地球人差距最大。
一次意外将他们变成了我们现在所见到的样子，德诺文明在全民基延计划成功后数年的时间里正式批准了准备多时的第一代超级战士计划，年过350岁的伊吾教授担任了项目的负责人，伊吾教授由于对于基因计划的巨大贡献，以及在科学领域得到的巨大成果，让他成为了第一位超神学院的非神河文明的正式教授，也被德诺人民尊称为伊吾先生。
然而第一代超级战士计划在实行最初就遇到了无数的问题，甚至出现多起实验体死亡的事件，连续五十多年的研究，大量的资金和人力的投入，让超级战士计划面临了来自政府和民间舆论的巨大压力。
于此同时，超级战士计划的一再失败也越发激起政客间，民间超级战士计划支持者与反对者之间的矛盾。
随着又一起实验事故的出现，超级战士计划一瞬间处在风口浪尖，岌岌可危，在烈阳星，情况也不容乐观，由于烈阳星的文明等级更加高，在基因技术上已经有了相当的基础，烈阳星的基延计划完成的非常之快，同时由于相对集权的政治体制所带来的极为快速的执行率，所以起步比德诺晚一百余年的烈阳星在德诺全民基延计划完成后二十年左右烈阳星的的基延计划也全面完成，并且在3年后正式提出第一代超级战士计划。然而烈阳星的进程却慢的惊人，前文也提到从烈阳星的政治制度不难看出烈阳星的思想也相对死板，从而导致了明明科技实力更为强大的烈阳星研究的缓慢程度甚至低于德诺。
不过团结的烈阳并没有出现德诺的矛盾，计划也从没人质疑他存在的意义。总的来说，情况要比德诺好上些许，但也只是些许。德诺和烈阳超级战士计划的一再碰壁让基兰陷入了深深地思考中，基兰开始怀疑是不是文明等级的不足，这两个文明根本没有进行超级战士培育的资格？不久基兰正式向两个文明的政府提出-----两大文明联合研究，参与研究的科学家中的精英将被选拔出来，加入超神学院，超级战士计划提交给超神学院进行研发，神河的科学家依旧不直接参与研究和计算，但他们将提供神河第一代超级战士的基因进行参考。
第一代超级战士计划转变为破译并复制神河第一代超级战士基因数据，并植入德诺和烈阳两大文明的战士体内。
较为先进烈阳星为德诺提供了更好的设备更科学的研究方法以及更为准确的理论和数据，但德诺确为烈阳的科学家提供了一种他们最最缺少的东西-----无处不在的质疑精神，无时不在的创新思维。
两大文明强强联合让计划开始步入稳步前进的光明大道，39年时间，神河第一代超级基因（超级战士的基因）的原始数据被全部破译。
