袁宗第的兵败，夔东十三家军受到很大打击，加之前的谭氏三兄弟的内讧，围攻重庆之战的失利，“夔东十三家”实际上大西军的四部己去了三部。[夔东十三家军，由大西军谭氏三雄，谭诣，谭弘，谭文，王光兴四部。余下九支人马皆大顺军旧部。谭诣，谭弘杀谭文降清，只剩王光兴一部。]各有其势力范围，成为相对稳定的根据地。贺珍驻大宁县(今重庆巫溪县)，袁宗第驻大昌县(今重庆巫山县大昌镇)，郝摇旗驻房县羊角寨，李来亨驻兴山县七连坪，党守素驻巴东县，刘体纯、马腾云驻巴县陈家坡，塔天宝驻巴东县平阳坝，谭文、谭诣、谭弘驻万县天生城，王光兴驻施州卫。他们都接受了永历政权的封赐，“用永历年，假故明封号”。其中李来亨封临国公，刘体纯封皖国公，郝摇旗封益国公，袁宗第封靖国公，马腾云封桐城侯(一作阳城侯)，塔天宝封宜都侯，党守素封兴平侯，贺珍封岐侯；王光兴封南漳伯，谭文封涪侯，谭诣封仁寿侯。[当然关于夔东十三家军的说法也较为不一，也有“摇黄十三家”之说。前后数十年都在三峡一带坚持抗清。只到最后灭亡。]
袁宗第是李自成部下猛将，能征善战，是李自成大顺军右营制将军，封“绵侯”。1643年袁宗第部由陕西凤翔向巩昌推进。一路上“将吏争降恐后”。占领巩昌府后，所属州县都不战而下。随后李自成遂调袁宗第部经商洛地区驰赴襄阳，协助当地驻军迎头痛击左良玉等部来犯之敌。李自成死后即袁宗第随刘体纯、郝摇旗与何腾蛟联合抗清。后来兵败。1648年袁宗第带领部众进入夔东，其部牛万财于顺治八年在溆浦投降清朝。1651年（顺治八年，永历五年）永历帝下诏敕封袁宗第、刘体纯等六人为公爵，其中袁宗第受封为“靖国公”。1663年（康熙二年）正月初一日，李国英带领重夔镇总兵程廷俊、抚剿署总兵梁加琦两部官兵从夔州（奉节县）出发，顺长江北岸“沿岸前进”，于初三日渡过大宁河，占领了大昌县（今大昌镇）。驻守在这里的袁宗第部战败，被迫将城内房屋粮草放火烧毁，撤往茶园坪。据守大昌北面大宁的贺道宁见袁宗第败走，清兵迫近营垒，吓得失魂丧魄，于正月十八日向李国英投降。李国英即于是月下旬分兵两路夹攻茶园坪。同年秋袁宗第虽然据险拼杀，终因寡不敌众，将士阵亡和跳崖跌死的多达二千五六百人，被俘三百余名，部下新化伯冯启凤缴印投降。袁宗第率残部跳崖走脱，可部众俱损失贻尽。1663年，十二月二十六日，清军追至黄草坪，袁宗第、郝摇旗两人带领兵丁拼死抵抗，终因敌势过大，郝摇旗、袁宗第和永历帝所委派的部院洪育鳌被俘，长期依附于郝摇旗的明东安王朱盛蒗也被清军擒获，永历帝派出的监军太监潘应龙自缢身死。郝摇旗、袁宗第、洪育鳌、朱盛蒗被押解到巫山县城，后奉清廷旨意于1664年（康熙三年）十月十二日在该地杀害。]
此时李国英己攻下巫山，并亲自到巫山，亲领总兵梁加琦、佐领巴达世等诸将进攻夔东十三家军，此时夔东十三家军已被逼到绝路，“夔东十三家”决定反击，刘体纯、郝摇旗、李来亨联手反攻湖广清军，首先组织巫山之役。李国英见状，不得不向清廷求援，清廷又急令湖广提督董学礼，陕西提督王一正率兵前来，做好大战准备。清朝增加八旗劲旅，以都统穆里玛为靖西将军，都统图海为定西将军，会同湖广、四川诸军，联合镇压“夔东十三家”。夔东十三家也集结刘体纯、郝摇旗、李来亨、袁宗第、党守素、塔天宝、马腾云七家军5万余人，大举进攻巫山。企图收复巫山，稳住形势，让各路义军得到休整。【巫山位于重庆市东北部，三峡库区腹心，素有“渝东门户”之称，地跨长江巫峡两岸。东邻湖北省巴东县，西接奉节县，南与湖北省建始县毗连，北与巫溪县及神农架林区接壤。是四川，重庆的门户，地理位置相当重要。】
八月初，各路义军同时约定向清军反击，一时取得大胜，各路义军杀退清军，分路追击至南阳河、兴山县【兴山县位于湖北省西部，长江西陵峡北侧，东与宜昌市夷陵区接界，南和秭归县毗邻，西同巴东县相交，北与神农架林区接壤，东北连接保康县。】等地，兵锋直指巫山，清军伤亡极重。接着又连败湖广提督董学礼所领的清军，各路义军齐集巫山，即发起攻打巫山的战役。在巫山城北准备云梯等攻城的器械，依山势扎下连营，由刘体纯统一指挥各部，只得准备停当便攻打。李国英无奈，只得下令死守巫山，一面又向朝廷求援。
八月十九，义军开始攻城，众军四面攻围，自此日以后，义军设造土囤、挨牌、云梯等具，昼夜攻打。各城守城官兵，枪炮矢石，昼夜齐击，展开一场恶战，双方伤亡十分惨重，连续半个攻城，却没能攻下巫山城，众将领急得如热锅上的蚂蚁一样，却一时无计。其实李国英也是撑不住了，谁能坚持，谁就能胜，可是义军远来疲惫，又加上巫山城易守难攻，连续攻击十余天。锐气己全无。伤亡也确实较重，加之各部又无法协同配合作战，因此逐步让李国英有了反击的机会。
九月初五、初六大雨之夜，众义军开始掘挖地道，欲用土工作业攻进城，遂分头环攻，眼看就要攻下，却被李国英发现，分兵击之。又不成。各部再次强行攻城，无奈李国英拼死坚守，最终功败垂成。李国英在战前已考虑到“巫山地势卑狭，虽驰骤不便，可利固守，于是深沟坚垒，具炮石，城下树梅花桩，桩外挑品字坑，贼至不得进；又于城外高处立敌楼，以防侦探。”可见其人老谋深算，又派出小股部队，袭击义军的粮草。自断了义军粮道后，义军顿是处于劣势。因此，战争局势对“夔东十三家”实际上是很不利的。巫山之役对“夔东十三家”来说，是一场胜负难卜的攻坚战。也是关糸生死存亡的一战。若攻下巫山，便可向川中发展。拿不下巫山，则只能退回三峡地区。又因粮道被清军截断，因此只有不顾伤亡的攻城，夔东十三家势成强弩之末。因为若想取得扭转局势的战略目的，义军就必须不惜代价的拿下巫山。刘体纯和众将领都看到了这点，可是越攻势越弱，实力也损失极大，局势反而不利了。
九月七日黎明，李国英见义军锐失尽失，认为反击的时机已成熟，遂令清军冒雨出城反扑，义军无力招架，撤围而去。此役历时十二昼夜，“夔东十三家”作战英勇，阵亡总兵、副将、参将、游击、都司等各级将领48人，阵亡战士6944人，实力已大损，只得分路后退。巫山之役的失败，使“夔东十三家”扭转局面的计划流产，此后的处境将更加不利。巫山之役的失败，无法达到战略目的，各部义军军心动摇，在清军的强大攻势下，驻守川东的袁宗第、郝摇旗部下将兵大量投降，两人手下兵卒差不多全部逃亡投降。无奈之下，二人只有率不到100人的余部卜，往巴东投奔刘体纯。李国英乘机率川军向刘体纯进攻。义军各部都差不多陷入绝境。形势已十分危急。以都统穆里玛为靖西将军，都统图海为定西将军的八旗兵，会同湖广、四川诸军，陕西等地的清军都到达。对整个三峡地区形成了包围。而且清军在兵力上占了极大优势，而且又有新增的以都统穆里玛为靖西将军，都统图海为定西将军的八旗兵参战。
因为八旗军远来，马匹多已病死极多，李国英见状，即刻命令川军部将马匹让出来给八旗军乘，自己则统领川军做步兵随后跟进，采取稳打稳扎的战术，步步为营的推进。
