1904年12月13日，宋教仁来到了东京，由于他天生的组织能力和才华，很快成了留日中国学生中的最有影响的人物。当时的东京是中国革命党人活动的中心，国内许多革命团体的骨干力量如陈天华、秋瑾、章太炎等人都聚集在这里。宋教仁积极投身到革命洪流之中，为了加强革命宣传，他和田桐、张步青等发起组织了“二十世纪之支那”社，创办了《二十世纪之支那》杂志。当时留日中国学生创办了不少杂志，但都以省为名，并以报道评论本省事件为主，带有浓厚的地方色彩和乡土观念，如《湖北学生界》、《新湖南》、《浙江潮》、《江苏》等。宋教仁把他的杂志定名为《二十世纪之支那》，不再局限于某一省区，而是面向全国，这一举动反映了宋教仁联合全国反清志士的意愿。由于宋教仁刚到东京，初入留学生群，人生地疏，办杂志遇到了很多困难，资金短缺，文稿难齐，甚至热情洋溢的陈天华也中途辞去总编辑职务。宋教仁没有退缩，他千方百计筹资金，约文稿，自己也写了大量文稿，《二十世纪之支那》终于在1905年6月24日出版。一个只有23岁的年轻人，到日本只有半年时间，便成功创办一份杂志，这充分显示了宋教仁卓越的组织能力。
1905年，革命风潮更加高涨，在内地、在海外，革命志士已组织过好几个革命团体，重要的有孙中山领导的兴中会、蔡元培为会长的光复会、黄兴为领袖的华兴会。黄兴沉默寡言，却能身体力行，华兴会的起义虽然失败，但黄兴的威望则大大提高。这时候，客观形势使革命志士联结成一大党的条件成熟了。宋教仁创办《二十世纪之支那》，就寓有联合全国革命志士和建立革命中心的深意。
1905年7月，伟大的革命先行者孙中山先生从欧洲重返日本，通过宫崎寅藏的介绍，首先在东京的中国餐馆凤乐园约见了黄兴，接着又通过程家柽的联系，在《二十世纪之支那》社和宋教仁等共商革命大事。
宋教仁的心情十分激动，因为孙中山先生的名字在他的心目中占有十分重要的位置，孙中山先生在不平凡的革命生涯中的许多动人事迹他都知道，早就盼望着能一睹这位伟大革命者的风采，今天能如愿以偿并能与他一起共同协商革命前途的大事，宋教仁怎能不激动和兴奋呢！这时孙中山先生由黄兴、宫崎寅藏等人陪同已健步走进社里，宋教仁等人连忙站起，并快步迎上去紧紧地握住孙中山先生的手，程家柽介绍说：
“这位就是宋教仁先生。”
孙中山一边握住宋教仁的手，一边打量了他说：
“久闻遁初（宋教仁字）大名，果然气度不凡，年轻有为，将来必为革命栋梁，今日相见，真乃三生有幸啊！”
此时的宋教仁也像磁铁一样被孙中山吸引住了：只见他，气宇轩昂，浓浓的眉毛下闪烁着一双充满无穷智慧的大眼睛，表情严肃、刚毅，天生的一副伟人气质，真是百闻不如一见啊！
“我们想先生盼先生久矣，今天在异国他乡有幸聆听先生教诲，还请先生多多赐教！”宋教仁由衷地说道。
落座后，孙中山与黄兴、宋教仁等人就当前的革命形势及成立一个大的革命团体等问题进行了深入而热烈的讨论。孙中山分析说：
“现在，满清政府的统治十分黑暗腐败，对内残酷镇压和剥削，对外则屈膝投降软弱无能，人民生活在水深火热之中，反清反帝情绪十分高涨！”
“是啊！我看满清政府是兔子尾巴长不了了！”黄兴插话道。
宋教仁沉思着说：
“依我拙见，这种形势对革命党人十分有利，我们有必要组织起来，团结一致，也好有力量和清政府斗争。”
孙中山赞许地点点头，微笑着说：
“遁初之见甚合我意，真是英雄所见略同啊！其实，我此次回日本，主要任务就是想把你们这些革命精英组织到一起，成立一个全国性的革命团体，壮大革命力量，没想到我们竟想一块儿去了，真是太好了！”
一时间，你说一句，他讲一句，就这个团体性质、任务、名称、纲领等一系列问题各自发表了自己的见解，气氛十分和谐热烈。
在听了大家的讨论后，孙中山最后总结说：
“各位提的建议都很好，我们这个团体的名称就叫‘中国同盟会’吧。今天已经很晚了，咱们是否召开一个筹备会，把在日本的同志都召集来，你们认为如何？”
大家一致赞成这个意见，并定在7月30日召开筹备会。
筹备会如期于7月30日在东京赤坂区桧町三番黑龙会内田良平的住宅举行。参加会议的一共有七十多人，孙中山先生作了演讲，黄兴作了关于成立同盟会的说明，之后与会者全部填写了姓名，举手宣誓，正式办理了入会手续。会上选出了8名章程起草员，其中就有宋教仁。
8月13日，中国留学生举行欢迎孙中山的大会，欢迎会是宋教仁一手筹备的。宋教仁主持大会并发表了热情洋溢的欢迎辞。到会的竟有一千多人，甚至惊动了日本警察出来维持秩序。看到这种情况，宋教仁非常高兴，会后，他与程家柽一起举杯痛饮。
8月20日下午，中国同盟会在赤坂区灵南坂日本国会议员阪本重弥的住宅内召开了正式成立大会，约有一百多人参加了会议。会上一致推举孙中山为总理、黄兴为执行部庶务科总干事（相当于协理），协助总理主持日常工作，宋教仁被推举为司法部检事长。就在这次会上，黄兴提议把《二十世纪之支那》作为同盟会机关报，大家一致拍手赞成。
为了扩大革命影响，制造声势，宋教仁又与黄兴等人为孙中山举办了一次隆重的欢迎大会。大会在麴町区富士见楼举行，参加人员主要是中国留学生和日本友人，人数达到一千三百多人，盛况空前。这天，宋教仁身穿笔挺的黑色西装，雪白的衬衣扎着领结，皮鞋擦得又黑又亮。他精神抖擞地走上讲台，开始主持这次盛会：
“各位同胞，各位友人，今天我们在这里举行盛会，欢迎我们最崇敬的革命先行者孙中山先生的到来！”会场响起热烈的掌声和欢呼声。
“孙中山先生多年来一直致力于寻求救国救民的真理，他不怕砍头，不畏强权，反动的满清政府害怕他，通缉他，致使他有家不能归，有国不能回，过着颠沛流离的逃亡日子……”场上全体与会人员群情激愤，被宋教仁那极富渲染力的话语感染着，并高呼：
“推翻清政府！”
“拥护孙先生！”
宋教仁接着说：
“但是，孙中山先生没有被吓倒，没有屈服，他的革命活动一如既往，并且得到了越来越多的国人和国际友人的同情和支持，更多的革命者团结在他的周围，我就是其中的一个，我相信，每一个爱国者，每一个正义的中国人都会紧密地团结在他的周围的，那样我们的力量就会越来越壮大，我们的革命就大有希望，就一定能够取得最后的胜利！”
会场上的气氛已经非常的热烈，很多人已经摩拳擦掌，跃跃欲试了。
宋教仁不失时机地向大家高声说道：“现在，孙先生就在会场，就在我们中间，我们请他给我们演讲好不好啊？！”
宋教仁恰到好处地掌握了会场的节奏，一句话便把大会推向了高潮，此时，很多人流下了激动的泪水，更多的人把手都拍红了，嗓子喊哑了，他们的革命热情已完全像火山一样崩发出来。
孙中山在此起彼伏的掌声和欢呼声中进行了长达一个半小时的即兴演讲。
孙中山讲演刚一结束，日本友人宫崎寅藏就情不自禁地登上讲台，怀着十分激动的心情说：
“今天能出现这样热烈的场面，真是没有想到啊！我真是太激动了，太受感动了……”稍稍稳定一下情绪，他接着说：
“往次孙先生到日本来宣传革命，表示同情和支持的人只有我们为数不多的几个人，而有那么一部分中国人对孙先生躲还躲不及呢！今天看到有这么多的人支持孙先生的革命主张，我真是从心里替孙先生高兴，也替中国人民感到欣慰啊！中国有希望，中国革命大有希望啊！”
此次欢迎会在宋教仁等人的努力下，开得十分成功，实际上开成了一个革命誓师大会，达到了团结同志，振奋革命精神的目的。
