当时桓蔚战败，也投奔到牛牧佛寺，寺里的昌和尚出于佛心，将桓蔚藏了起来。刘毅派兵包围寺里，搜出桓蔚，并知道是昌和尚包庇的桓蔚，于是杀掉昌和尚，并下令：“今后如果将贼人私自藏匿寺里，就如昌和尚一般下场。”
及至今日，刘毅也逃到此处，叩响门环，一个小和尚前来开门。他一看刘毅的模样，战马恨不能累瘫，帽子也掉了，披头散发，满脸污垢，几乎看不清模样，浑身伤痕累累，鞋都跑掉了一只。还用说吗，这个人不是逃犯就是强盗。
小和尚急忙要关门。
刘毅一把拽住门，哀求着说：“小师傅，卑人有难，请让我进庙暂避一时。”
小和尚急忙摇着头说：“不可，不可，刘卫军有令，如果有人将贼人藏匿寺里，就要处死。”
刘毅急忙说：“我就是刘卫军，今日被人所逼，实在没有地方去。还求小师傅慈悲为怀，网开一面，救俗人一命。”
小和尚听了更是连连摇头：“施主要是刘卫军的话，更是不可藏在这里。我的昌师傅为了救桓蔚丢了一命，师傅临死警告我不能像他一样，就是讲究佛心也得遵守当地法律。既然这条规矩是刘卫军定的，怎么能自己破了规矩呢？”
刘毅听了长叹一声：“真是作茧自缚，为法自弊，居然到了这种地步。”遂吊死在庙前的小树上。
第二天，百姓到王镇恶那里，告诉刘毅的死信，王镇恶又将其斩首。当然，和刘毅有关的亲属，也未能幸免，不孝儿子刘肃民，更是不能活命了。
江陵一战，王镇恶身先士卒，身中五箭，手中所执的槊也被射中，拼杀中，槊在手中折断。直到江陵平定二十天后，刘裕的大军才到达此城。
刘裕到了江陵后，看到江州、荆州凋敝残破，法令残缺不全，百姓疲惫贫穷，为赋税劳役所困，难以为生。于是下令减免税役，让百姓休养生息，并推广到全国。对于那些原来因战争需要被征发的奴隶，也一律放还。
至此，连年战争的江州、荆州之地，终于有了恢复生机的条件。
既然江州平定、荆州已安，那么通往巴蜀的道路畅然打通。东晋要想扩大版图，平定西南边陲，必须把割据一方的巴汉平定。刘裕又搜集各方情报，准备制定平定巴汉的战略。
当时的战争，通讯不便，主要指挥官必须在前线亲临指挥，选择一个指挥全局的元帅相当重要。刘裕经过权衡再三，决定启用朱龄石为元帅，并任建威将军、益州刺史，率领二万人，从江陵出发，西征巴汉。
王镇恶感到有些不理解了，到刘裕的跟前询问这个事：“主公啊，要说平定西蜀，太尉叶枫最有经验，曾经和桓温一起参加过平定西蜀的战争，率领一万精兵，利用青衣江，迂回到成都的西南，终于打胜了这场战役。
“要说资历和地位，您的内弟臧熹也在朱龄石之上，用他为帅未尝不可。再说如果主公不嫌，末将也愿意为主公走一趟。为什么应该为帅的却没有当成，却偏偏派了朱龄石？作为末将来说，心中实在有些不服！”
刘裕笑了，不慌不忙地说道：“叶太尉是有经验也有能力，但是年纪忒大了，不能让他担纲。臧熹将军不能说不行，但是全局观还差一点。要说派你去，也是一员良将，但是劲不能使乏。作为全局来说，总得发现人才，使用人才，我观朱龄石，是一位杰出的大将，总得给他一次展示才华的机会吧？！”
听到刘裕一番言之凿凿的理论，王镇恶没有话说，只好不再相劝。
为了支持朱龄石的西征，刘裕还将军中勇猛的战将和劲悍的士卒，都配属给朱龄石。就连臧熹，也要服从朱龄石的调度。朱龄石为什么深得刘裕的信任，还得从他的经历说起。
朱龄石的大爷、叔叔，原属于袁真的将佐，大司马恒温在讨伐袁真时，袁真认为朱家暗地里勾结恒温，就把他们处死。幸得朱龄石的父亲朱绰逃走，归降恒温，作战时经常带头冲锋，不惧生死，立下战功。寿阳平定后，袁真已经去世，朱绰擅自打开袁真的棺材，斩戳尸首。
桓温大怒，将要把朱绰斩首，桓温的弟弟桓冲苦苦求情，朱绰才得以免死。朱绰受了桓冲的再生之恩，侍奉桓冲就和自己的父亲一样。桓冲去世后，朱绰哭泣呕血而死。桓冲的儿子受到感动，对待朱龄石又和兄弟一样。
朱龄石担任桓修（桓冲的儿子）的参军，驻扎京口。刘裕攻克京口后，就任他为建武参军。刘裕到了江乘后，将要和桓修开战，朱龄石向刘裕禀告说：“我家世代受桓家的大恩，不能动刀和他相杀，希望作战时把我安排到军队后面。”
刘裕赞同他的义气，同意了这一请求，战事安定以后，不但不疏远他，还把他提了官。在那个残酷杀戮的时代，不光是军事才能使刘裕心动，人的忠义之情，也触动了刘裕的心弦。
在西征前，刘裕又把叶枫和朱龄石叫到跟前，商量着西征的大事。刘裕开门见山地说：“现在西征巴汉，有两条路，一条路为外水，一条路为内水，二位都是军事专家，看看该走哪一条路呢？”
刘裕所说的外水，就是沿着长江行驶，经过现在的重庆，一直进入巴南，然后经过岷江，沿着乐山，一直向北，进入到成都外围（那时候叫青衣江，也就是现在地岷江）。说白了吧，也就是桓温西征巴蜀走过的老路。
刘裕所说的内水，是沿着长江行驶，到了重庆折入嘉陵江，一直向西北行驶，在合川区拐弯，向西行驶，进入到涪江，然后一直进入到涪城（现绵阳市中部偏西）。
叶枫想了想说：“此是进攻巴蜀的两条快捷水道，这就避开了一路敌军陆路关隘的阻拦，最为省力。我想必须具备两个条件，一是得有强大的水军，神挡灭神，佛挡灭佛，一路上把胆敢阻挡我军前进的敌人统统灭掉。二就是，这两条水路有虚有实，互相掩护，才好恰到好处地发挥进攻的主动性。
“要是这两条水路选择一条的话，我的主张是选择外水进攻，内水掩护。为什么呢？涪城也好，广汉也好，人口稠密，城池坚固，易守难攻。这两座城池不攻克，则成都难以攻下。恒温西征，攻克成都的时候，早已用过外水进攻的战略，轻车熟道，也算便利。”
