武昌的守军听到甘卓即将南下的消息大为惊慌，一方面仓促加强城防，一方面急报前线王敦。王敦听到消息后，也是心惊肉跳，立即命令王含固守武昌。
司马睿听到此个消息后，大喜过望，立即下诏加封甘卓为镇南大将军，侍中，都督荆州、梁州诸军事，荆州牧。陶侃为广州刺史、平南将军，都督交、广二州军事，兼领江州刺史。形势朝着朝廷的方面好转。
此时身在建康的王导，又怎么样呢？真是如坐针毡，命悬一线。只能领着自己的堂弟，中领军王邃、右卫将军王廙，王廙的弟弟王彬，被王敦所害王棱的弟弟王侃等王氏家族20多人，每天早晨站在皇宫外面等候处罚。
顾荣很关心王导，但又怕说错话受到牵连，就对司马睿说道：“王光禄远避流言，陛下处在灰尘蒙眼，路不好走的道上，臣下感到不安，不知道陛下起居怎么样？”这是他间接地给王导说好话。
有天早上，尚书周岂入朝办事，王导在宫前向他呼喊：“伯仁，我一家老小100余口的性命，都交给你了。”周岂连看都不看王导一眼，径直进宫。
周岂进宫以后，竭力在元帝面前说王导的忠诚。此时的司马睿也很纠结，是与王氏彻底决裂斩尽杀绝呢？还是对王氏家族分别对待？周岂在宫中与司马睿喝得酩酊大醉，摇摇晃晃地出了宫门。
而此时的王导一家还在宫门外苦苦等待，心如油煎。王导再次可怜地向周岂问询：“伯仁啊，不知我家的事怎么样了？”
然而，周岂还像没有听见，不予理睬。王导看到原来要好的朋友，竟然翻脸不认人，暗暗咬牙切齿。周岂回到家中，仍然担心元帝对王氏的态度会动摇，于是又给司马睿写上奏疏，言辞恳切地说明王导的无辜，请求司马睿在王敦与王导之间划清界限，不要牵连所有的王氏子弟。
司马睿这才打消对王导的疑虑，命人送还王导的官服，并于宫中召见。
王导跪地叩首，流着泪说道：“逆臣贼子，有何面目来见陛下。实在没有想到，王家竟出如此的逆臣。”
司马睿急忙下座，光着脚走到王导身边，扶起王导，安抚道：“王敦是王敦，你是你，我相信你和我永远是兄弟。”
永昌元年（312年）四月，元帝下诏，以王导为前部大都督，以戴渊为车骑将军，共讨王敦。同时，又下令征虏将军周札守建康石头城，以刘隗统兵守金城。元帝身穿甲胄，亲自出城巡视诸军，表示御驾亲征的决心。
王敦这边，他所派遣的南蛮校尉魏乂已经逼近了湘州刺史司马承的治所——长沙。当时长沙的城墙修建尚未完工，粮草也十分缺乏。听到王敦大军所至，人心惶惶。司马承的手下建议不如南逃到零陵郡或者桂阳郡，好避魏乂的锐气。
司马承大声答道：“我奉天子命令举起义旗，就是要以死报国，怎能苟且偷生，做望风而逃的败将？即使不能成功，也要让天下人知道我的忠心。”
司马承令手下绕城修筑堡垒，严密防守。魏乂虽然兵多势众，但一时也攻不下长沙。
甘卓本来想把司马承派来的邓骞留作参军，与自己一起东下，不过邓骞却以家中尚有老母拒绝了。于是甘卓就派邓骞与参军虞冲一起回到长沙，让司马承继续坚守，并声称自己将从沔口出兵，断绝王敦的归路，这样长沙之围自然解除。
但是，等到魏乂的军队到了长沙城下，仍然不见甘卓的援军。司马承就给甘卓写信，说道：“我司马承贵为宗室，突然承受如此大的压力，任务虽然十分艰巨，但只想尽我的忠心。如果足下立即派兵支援，长沙还能有救，如果仍然满腹狐疑，那就到死鱼铺子找我去吧！”末了，又写道：“书不尽意，绝笔而已。”
魏乂带领的是两万精锐甲士，而司马承身边多为从湘州各郡赶赴的义士，缺乏训练，没有铠甲兵器，城内军粮也不足。春陵县令带来数千义士，与敌人奋战，士卒死伤者枕藉。部将司马虞望，领兵出城交战，互有杀伤，连战数场，中箭身亡，长沙城陷入混乱之中。
司马承看到形势已经到了千钧一发的危急关头，遂派遣从事周崎与宜都内史周级的侄儿周该，一同出城去向宜都周级求救。结果两人在城外被魏乂的巡逻兵抓住，魏乂问他们究竟是去何处求救？
周崎回答，谯王让我们去外面求救，什么地方自己决定，没有安排固定去处。魏乂不相信，便把周该关押起来，把周崎押到长沙城下。周崎知道自己活不成了，对城上大喊道：“王敦早晚兵败，甘卓南克武昌，则可解长沙之围。”
恼羞成怒的魏乂赶忙把周崎拉回军营，将其杀死，又严刑拷打周该。一直把周该打死，他也没有说出向周级求援的事情，使宜都的周级未被受到株连。
再说前线的王敦，知道后方不稳，但是战争越拖下去对自己越不利，下定决心率兵直攻建康。先上来王敦打算先攻下驻守金城的刘隗，王敦的部将杜弘就对王敦建议：“刘隗手下的壮士很多，不容易迅速击破。不如先进攻石头城，石头城的周札对下属刻薄少恩，部队不愿意为他卖命，如果前去进攻，肯定能拿下。只要拿下石头城，金城的刘隗自然就退却。”
王敦遂采取了杜弘的建议，任命杜弘为先锋，率领部队前去攻打石头城。两下交兵，周札的部将侯礼战死，周札见势不妙，立即打开城门投降了王敦。
王敦拿下石头城，建康的西门洞开，攻陷建康只是早晚的事了。
王敦登上石头城，俯瞰建康，不禁叹息一声，这是自己与元帝的第一次短兵相接，自己的忤逆行为已经成了现实，肯定会遭到后世的唾骂。但是刀已出鞘，箭已离弦，没有办法，只能硬着头皮与元帝交战。
