因为王敦的老巢在武昌，为了解除后顾之忧，早在起兵之前，王敦就派人与镇守襄阳的甘卓联系。甘卓也答应与王敦一道，跟随他去“清君侧”。而在武昌南面的湘州，虽然荒破，王敦也预先将湘州的船只征调一半到武昌，但还是对司马承不放心，就派人说服他，让他跟着自己一块去造反。
司马承对王敦的使者说：“我已经是半死的人了，哪还有此心。此地荒僻，老百姓又少，势力不行，又没有援兵，拿什么去支援将军。就是死也死得忠义，哪有什么别的要求！”坚决拒绝了王敦。
王敦见司马承态度坚决，恨得牙根痒痒，但是没有办法，只得派自己的表弟，南蛮校尉魏义率两万精兵进攻长沙，牵制司马承。岭南的陶侃虽然有实力，但是因为离建康较远，鞭长莫及，王敦也没挂在心上。
一切准备就绪，王敦遂起兵东下，沈充也在吴兴响应王敦。王敦任沈充为大都督，督护东吴诸军事。王敦的哥哥，王含听说王敦起兵，就逃出建康，投奔王敦。
元帝司马睿得到王敦叛乱的奏疏大怒，立刻下诏：“王敦仗着宠幸，放肆狂妄，意在幽禁朕躬。是可忍，孰不可忍！今亲率六军以诛大逆！”于是征召戴渊、刘隗率兵入卫建康。封周处之孙、周札侄儿周筵为冠军将军，都督会稽、吴兴、义兴、晋陵、东阳军事，率水军3000人去讨伐沈充。
这时候，先前依附王敦的甘卓看到东晋王朝的势力依然强大，又有些犹豫了。当年陈敏之乱时，甘卓与陈敏曾是儿女亲家，可是在顾荣等人的劝说下，背叛陈敏，使亲家被杀。王敦出兵前，曾经派人和甘卓联络，甘卓本来答应得好好的。
可是等王敦发布了讨伐刘隗的文书，甘卓却派参军孙双，劝说王敦不要东下。
王敦听说甘卓要往后出溜，大怒，但是又没有办法，只好对孙双说：“此行只是除掉奸臣刘隗，并不会对陛下不利。你赶紧回去跟甘卓说，等事成之后，保他做三公！”
孙双快马回到襄阳，转达了王敦的意思，甘卓思来想去，还是举棋不定。有人向甘卓献计：“不如先同意王敦，等王敦起兵到建康的时候，再起兵讨伐他。”
甘卓摇摇头：“过去在陈敏之乱的时候，我就是先追随，再相图，人们就说我反复无常。如果再这样，谁还相信我啊！”
孙双劝他说：“司马承是元帝的叔叔，不如去问问他，怎样才对。再说，也好探探湘州的底细，看他怎样做？”
于是，甘卓马上派人去司马承那里探探情况。
司马承看到甘卓犹豫不决，觉得这是个机会，立刻派主簿邓骞前来游说甘卓。邓骞见到甘卓，对他说：
“刘隗虽然失去人心，但他还不是祸害天下的罪魁祸首。王敦因为一点私人恩怨，就欲向京师举兵，这不是叛乱是什么？现在正是忠义之士尽忠报国的时候，你身为封疆大吏，如果讨伐叛逆，就可以立下齐桓公、晋文公一样的功业。”
甘卓听后大笑：“刘桓公、晋文公那样的功业，我的能力是达不到的。火烧眉毛顾眼前，还是想想现在怎么办吧？”
甘卓的参军李梁向甘卓献策：“不如暂时按兵不动，如果王敦成功了，肯定会委以重任。如果朝廷胜利了，必定会让您代替王敦的位置。”还举出东汉初年，窦融保河西的例子。
邓骞立刻反驳：“东汉光武帝刘秀创业之初，隗嚣、窦融割据一方，尚可以从容观望，但是今非昔比，如果王敦取胜，回到武昌，增加石城的守军，断绝来自荆州和湘州的粮草，怎么办？如果朝廷取胜，也会追究跟随王敦的责任。按兵不动不是办法！
“王敦虽然气势汹汹，但以一隅而对抗全国，未必能取胜。况且，身为人臣，国家有难，坐视不救，难道会安心吗？”
邓骞看到甘卓还是满腹狐疑，继续劝说：“你现在既不发兵义举，又不接受王敦的指挥，大祸肯定到来。这一点，就连傻瓜也看得出来。如今王敦身边的兵力不过一万多人，留守武昌的不会超过五千，而你的军队是他的一倍。
“况且你是举义讨伐大逆，拿下武昌，易如反掌。武昌一拿下，利用他的粮草武器，荆州江州都会平定，再像当年吕蒙攻下关羽的江陵那样，安抚王敦部下家属，必然会使王敦的部队土崩瓦解。”
就在此时，王敦为了近一步拉拢甘卓，使他下定决心跟随自己，便派遣自己的参军乐道融前往襄阳。如果乐道融和王敦一个心眼，及时通报情况，王敦也不为所误。但是这个乐道融却有忠义之心，虽为王敦幕僚，却和王敦不是一个思想。
当乐道融到了襄阳以后，不但不为王敦说话，反而把王敦起兵的借口一一批驳。他直接说：“王敦起兵，哪是什么清君侧，更不是对着刘隗，实际上就是对着皇上司马睿和东晋王朝。
“作乱就是成功，也被天下人耻骂，要是失败，那就更不得了，皇上岂会饶了我们，必然整个宗族都受到牵连。狗不嫌家贫，孩不嫌娘丑，是到了忠臣名将出世保国卫家的时候了。如果此时再不觉悟，怕是后悔也来不及了。”
在乐道融和邓骞两人的劝说下，甘卓不再犹豫，转疑为喜，说道：“君言正合我意，我志已决。”于是，甘卓公开发布讨伐王敦的文告，列数王敦的罪状，指令巴东监军柳纯、南平郡太守夏侯承、宜都郡太守谭该等十余地方官吏，联名声讨王敦，并亲率本部人马东下讨伐王敦。
甘卓另派参军司马赞、孙双一起携带奏章，前往建康报告，又派遣罗英到广州约请广州刺史陶侃，同时进军。
广州刺史陶侃接到甘卓的书信后，立即命令参军高宝领军北上，并一路大造声势。
