波拿巴的怀柔政策在一开始的时候是如此地使保王党人感到舒畅，有些人竟认为波拿巴正在扮演1660年英国的蒙克的角色，以至于波旁王朝也向波拿巴套近乎了。1800年，正流亡俄国的已被革命送上断头台的国王路易十六的弟弟普罗旺斯伯爵（后来的路易十八）要求这位革命之子帮助他登上王位，并派以鲁瓦那-科拉尔为首的、正在巴黎的王党分子去试探波拿巴的态度。他三次提出这一要求，并答应给予重谢。但他太天真了，波拿巴只不过要求保王党归服自己，决非自己想替波旁王朝卖命。对于普罗旺斯伯爵的前两次请求，波拿巴置之不理。到第三次，波拿巴觉得有必要让他清醒一下头脑。波拿巴复信如下：
先生，已接华翰，感谢你对我本人的赞誉。你必须放弃任何重返法国的希望，因为你回来得跨过十万具尸体，为了法国的和平和幸福，牺牲你的权利吧！……对此，历史将永志不忘。对你家族的不幸，我并非无动于衷……我将乐于竭尽所能使你的退隐生活愉快而安宁。
波拿巴对付保王党的刚柔相济之策，解除了法国稳定的最主要的威胁之一——保王党的叛乱，为法国的安定又扫除了一个障碍。
圣-尼开斯街雅各宾派惨遭陷害
雾月政变后，有人津津乐道，说波拿巴和西哀耶斯会让雅各宾派充斥议会各院，但他们错了。波拿巴更喜欢的是温和派。他们在元老院、保民院、立法院中，总共有330名议员，雅各宾派和归顺的保王党贵族都只有极少数。在1799年12月25日成立的有29人组成的参政院中，除了布律纳和雷阿尔之外，其余都以温和派闻名。
波拿巴不仅不重用雅各宾派，而且对当时已没有多大反抗能力的雅各宾派残余分子无所顾忌地采取高压政策，支持警务部部长富歇放手镇压，甚至不惜采取栽赃的不光彩手段。况且，他觉得军队中还有很多共和派，而心怀不满的人就更多。将军没有一个不觉得自己是适合做第一执政的。一开始，波拿巴采取了慎重的手段。他任命卡尔诺为陆军部部长，并且大大地增加莱茵方面军司令莫罗的权力，以确保自己对军队的控制。1800年10月至12月，发生了3次企图刺杀波拿巴的事件。其中1800年12月24日（雾月3日）圣-尼开斯街刺杀事件最为惊险。该事件明显为朱安党人所为，但却被波拿巴用来作大批镇压雅各宾派的借口。
1800年圣诞节下午4时左右，3个人押着一辆老马拉着的破旧两轮马车慢慢前行。那大个的就是绰号叫做“保皇干将”的布列塔尼贵族利莫埃兰骑士。小个的叫圣-雷让，是个死硬的朱安党人。另一个人叫卡蓬，他在国内战争时得了名副其实的雅号——“绿林大盗”。那辆马车被帆布盖得严严实实，里面装着一桶足可炸毁一座城堡的炸药。波拿巴今晚要去黎塞留大街的歌剧院观看演出。他们今日要在波拿巴的必经之地“恭候”，伺机消灭波拿巴的肉体。当马车来到圣-尼开斯街的一个拐角处，前面的杜伊勒里宫清晰可见时，他们把马车停了下来。其中一个把帆布掀起，从后面搬出了一些石块，堆放在狭窄的街道上。
圣诞之夜，街上异常热闹。利莫埃兰离开圣-尼开斯街，一直逛过塞纳河的渡船街，用12个苏雇了一个卖面包的小姑娘来替他们开车。她才14岁，头上扎着一块蓝色的手帕，红棕色的头发、大鼻子、斜眼，脸上有不少麻点，衣裳褴褛，上身是灰色的羊毛裳，下身穿了件白色的布裙。她的任务就是不要让马车移动。他们自己则在周围探听消息，观察形势。
晚上8时左右，杜伊勒里宫那边传来了大批车辆在石板路上发出的隆隆声。圣-尼开斯街顿时一片喧闹。人们纷纷停下脚步向那边张望，街道两旁的窗户也都打开了，窗前挤满了人：波拿巴来了！一支由四辆华丽的马车组成的车队正浩浩荡荡而来。走在最前面的是波拿巴的卫队。这些骑着高头大马的彪形大汉迅速来到了狭窄的圣-尼开斯街。波拿巴同他的三个将军就坐在第一辆马车上，其后是其妻约瑟芬和她的女儿的马车。有人开始高呼：“波拿巴万岁！”那拿着马鞭的小女孩身子靠在墙上，目不转睛地看着那些威武堂堂的卫士。那个身材矮小的、总是乐呵呵的家伙在帆布下面慌乱地摆弄着什么，随后便突然走开了……波拿巴的卫队将空车推向道边，车夫扬鞭催马，继续前进。波拿巴及后面的马车刚过，忽听后面一声巨响，街上出现了一道耀眼的火光，然后马嘶声、呼喊声、惨叫声……汇成一片。二十多人被炸死，五十余人受伤。那位看车的小姑娘面部焦黑，脑壳开裂，两只臂膀不翼而飞，一只被挂在30米以外的地方，另一只挂到了对面一家商店的门楣上。三个朱安党人却早已逃得无影无踪。
警务大臣富歇闻讯赶来。他首先想到的是弄清那个小姑娘的身份。但她已面目全非，难以辨认了。直到第三天，一个在渡船街出售圆面包、名叫普绍尔的寡妇来到警察局，寻找她的女儿玛丽亚娜。富歇根据这个女人提供的蛛丝马迹，立即施展其非凡的才能，展开了无比艰难的侦破工作。警察局费尽心血，终于将圣-雷让和卡蓬逮捕归案。利莫埃兰则已潜踪匿迹到美洲，终其一生为无辜的受难者忏悔。
圣-尼开斯街圣诞夜爆炸案发后，大家都认为策划者必是保王党分子。但波拿巴却假装激动地说：“这是热月党人、知识分子、革命中未被授衔的军官们干的——他们比群众富于想象，有文化，又与群众密切联系，随时准备挑动群众。”他认定这一事件是雅各宾派所为。故雅各宾派首当其冲地遭到打击，被大肆逮捕、流放。从此，雅各宾派一蹶不振。当然，随后也有百余名保王党被逮捕，受到了一定的打击，但他们是罪有应得。
签《教务专约》缴敌器
波拿巴恩威并施，正义非正义手段并行，拉一片打一片，很快将长时间动荡的法国基本稳定下来。但他认识到，如果要解除国内的反革命分子的思想武器，要把贵族和反对革命的资产阶级争取到自己这一边来，要把更多的下层群众争取到自己这边来，要使社会秩序完全恢复稳定，执政府必须与罗马教会实现和解，1789年原则必须与天主教教义协调，哪怕是表面的和解。再长远地考虑，如果他还要实现更宏伟的大业，他也必须利用绝大多数法国人世代信仰的宗教——天主教。因为罗马天主教徒们是不会承认国家与宗教的分离或信仰自由的；他们充其量只会接受宗教容忍，交换条件是要给他们一种特权地位。只有付出这样的代价，他们才会解除武装，起码暂时会如此。
波拿巴不仅注意到保王党人在利用宗教、利用僧侣为其反革命服务，而且发现即使是在拥护革命的人士中，也有不少人在思想感情上仍然依恋传统宗教，对教会的分裂深感遗憾。如果不处理好宗教问题，就不可能真正有力打击反革命者，也永远无法使依恋宗教的革命者真心诚意地拥护革命。于是，1800年8月17日，波拿巴在罗德纳面前斥责了这样的观点：“只要神甫保持沉默，就应把他们扔在一边，不去搭理他们；如果他们捣乱，就把他们逮捕起来。”他主张应“用照顾他们利益的办法，把他们的首领争取过来”。针对当时“由英国收买的50个亡命徒现在管理着僧侣”的现状，他认为“必须消除他们的影响，要完成这一任务，就需要罗马教皇的权威”。一些有政治头脑的人也看出了恢复宗教的重大意义。卢内塔在1801年4月18日给吕西安的信中写道：“没有宗教，就没有政府。精明的征服者是从来不同神甫争吵的。可以既迫使他们就范，又利用他们……你可以嘲笑占卜师，但是最好还是同他们一道吃献祭的小鸡。”
内安法国，不可懈怠。波拿巴立即开始其利用宗教的工作。第一步，争取教皇。1800年6月15日，波拿巴路过维切利时拜会了马蒂尼安主教，让他转达自己与教皇庇护七世和解的愿望，条件是：法国永远取消什一税；主教由第一执政任命，教皇授职；本堂神甫由主教任命；教士薪俸由法国政府支付，教皇不以任何方式干扰教会财产的购买者。教皇则提出：恢复罗马天主教为“占统治地位的宗教”的要求，并于11月份派红衣主教斯皮纳蒂前往巴黎和贝尼埃进行谈判。贝尼埃原为旺代乱党的宗教领袖，现已投诚到波拿巴阵营，他非常渴望成为巴黎的大主教或红衣主教。由于斯皮纳蒂的坚持，贝尼埃接受了罗马天主教为国教，法律知识不足的波拿巴也差一点接受罗马天主教为国教或占统治地位的宗教，幸而塔列朗和奥特里父使其认清了承认这一点的严重后果：会毁掉信仰自由和国家世俗化这些大革命的基本成果。从此以后，只承认罗马天主教为大多数法国人信仰的宗教就成了波拿巴毫不动摇的立场。
双方在直接关系教皇重大利益的主教们辞职问题上也争执不下。但当法军占领教皇各属地和罗马本身的时候，教皇只得让步。1801年2月末，谈判的速度加快了。波拿巴派卡考尔到罗马催促此事。由于罗马教皇拖延答复，5月19日，波拿巴指示卡考尔，要求对方无条件地接受法国的条件，如果对方拒绝，就中断谈判。温文尔雅但意志有些薄弱的庇护七世忙写信给波拿巴，建议作某些修改。但卡考尔自作主张，在返回巴黎时把罗马教皇的国务卿红衣主教孔萨尔维带回巴黎，让波拿巴多费一番口舌。6月2日到达后，孔萨尔维逐条力争，但胳臂毕竟拧不过大腿。1801年7月1日早晨2时，他最终被迫签订了《教务专约》。根据《教务专约》，罗马天主教是大多数法国人同时也是执政官们信奉的宗教，假如一个非天主教徒继任政府首脑，就必须另行谈判。宗教仪式可以公开举行，但应遵守世俗政府为保证公共安宁而制定的必要的规章。教皇权力丧失部分也正是波拿巴所要求的那些。至关重要的一点是波拿巴获得了提名主教的权力。他通过控制主教，就可以控制他们的教士了。
《教务专约》的签订，意味着享有特权的贵族又可以进入政府了，反抗派教士只要经过宣誓表示服从，即可以行使教会职权了。天主教势力开始纳入波拿巴的掌控范围。波拿巴通过对新主教的提名，打击极少数敌对顽固势力，控制了法国的宗教势力，也为他以后的称帝奠定了基础。
不可不提的是，《教务专约》在立法各院的批准遇到了相当大的阻力。参政院公然表示反对，立法院也逆其意而行，保民院几乎一致反对，军队中也有不少人反对。反对声是如此响亮，以致富歇指示要搜捕那些不接受《教务专约》的教士。波拿巴让富歇撤回了这个命令，向反对派做出了一些让步，颁布了“天主教组织条款”和“新教组织条款”。后者使新教获得了一视同仁的地位，成为新教徒的宪章。之后，他又利用立法院和保民院改选的机会清洗了两院，确保了《教务专约》1802年4月在立法机构的通过。
波拿巴的一系列合纵之策，联合了大多数，打击了极少数，安定了法国，也为自己未来的宏伟目标铺设了道路。
波拿巴的和平攻势
雾月政变得手后，法国内忧外患。外部，各强敌大兵压境虽略有好转，但周边形势仍十分紧张。当时的战争形势对法国是极为不利的。虽然俄国已退出反法同盟，意大利战场和莱茵战场都暂时处于相持状况，但主动权完全掌握在奥军手中。在意大利战场，奥军老将梅拉斯统率8万人马，部署在亚历山大里亚及其西南一带，正在进窥法国东南边境；另有欧斯塔公爵等率军2万，控制着意大利的各个要地。而法国的意大利军团，虽然派去了名将马塞纳，但官兵不过3万，已经退守在热那亚至萨沃纳的一隅之地；法国驻防皮埃蒙特两部各山口的守军，也只不过万人，前途殊不乐观。在莱茵战场，奥将克莱拥兵12万余人，重点部署在莱茵河右岸，拟从瑞士方向进入法境；莫罗指挥的法军莱茵军团大约12万人与之隔河对峙。内部，波拿巴虽荣膺第一执政，但各反对势力仍虎视眈眈，政局也十分不稳。波拿巴个人虽有心有力，但法国却疲惫至极，需要休整。因此波拿巴在着手解决国内问题的同时，抛出了令人叫绝的和平攻势。
1799年12月25日，波拿巴就任第一执政的第一天，便发出了两封彬彬有礼的书信。一封发给英王乔治三世，一封发给奥皇弗兰茨二世。内容都是呼吁和平的，建议立即停战议和。他在给英王的信中写道：“法国和英国，浪费国力，互相争雄，虽一时未必消耗殆尽，但对世界各国已属不幸。我不妨断言，结束这场引起全世界战火蔓延的战争，是关系到世界一切文明国家的前途的事。”
波拿巴此时伸出橄榄枝，其意有三：一是争取国内和国际舆论，让法国人相信他不是战争的祸首；其二又可借机让法国韬光养晦，赢得时间完成备战工作；三可挽救法国在埃及的军队。如果法军在此失败那将是法国在地中海和东方不可挽回的挫折。
