朱熹说：“二气五行，天之所以赋受万物而生之者也。自其末以缘其本，则五行之异，本二气之实，二气之实，又本一理之极，是合万物而言之，为一太极而一也；自其本而之末，则一理之实，而万物分之以为体，故万物之中各有一太极。”字宙间的存在虽然纷繁复杂，却不外太极、阴阳、五行和万物等几个层次，太极寓于阴阳，阴阳寓于五行，五行又寓于万物，层次虽异，却一理贯穿。万物之理统于五行，五行之理统于阴阳，阴阳之理统于太极。所谓太极，其实是宇宙全息元，化生万象的全息胚。天理无所不在，以全息方式充塞全宇宙，又时时处处通过二气五行及万事万物表达出来，所谓天理流行也。
天理是全息结构，是全息存在，是宇宙因陀罗信息网，无不弥漫，无不充塞，无不渗透。天理信息是整体的存在，至大无外，至小无内，浑沌不分，其一点一滴就是全体，全体只是一个无内的点。天理信息是全宇宙，全宇宙就是天理信息，在天理信息这个“洁净空阔”的世界，天南就是地北，地北就是天南，此是彼，彼是此，感通妙应，不疾而速，不行而至，神无方而易无体，无在而无不在，一物之太极，便是全宇宙的太极，“洁净空阔”的天理只通过物物的太极表达自己。
朱熹说：“本只是一太极，而万物各有禀受，又自各全具一太极尔。
如月在天，只一而已，及散在江湖，则随处而见，不可谓月已分也。”用禅僧玄觉的《永嘉证道歌》说：“一性圆通一切性，一法遍含一切法：一月普现一切月，一切水月一月摄。”
朱熹又说：“论万物之一原，则理同而气异；观万物之异体，则气犹相近而理绝不同也。气之异者，粹驳之不齐；理之异者，偏全之或异。，，全宇宙一个太极，事事物物各有其太极，所有的太极只是同一个天理，这是气质不同而理同。万物的气质结构虽然千差万别，却不过是二气五行的不同结合方式，所谓气犹相近也。事物的阴阳五行结构之所以是这样而不是那样，又是因为理的作用有别，所谓理绝不同也。万物气质结构的不同，是二气五行的纯驳不齐，或阴多而阳少，或金水多而木火少，或为纯粹之金木，或为水土之混杂，所以不同也。
万物之理的不同，是对天理信息的表达有偏全之异。或此方面显著表达而彼方面隐而未现，或此方面在这时这地表达而彼方面于那时那地表达，所以看起来不同也。阴表达太极的翕聚之性，阳表达太极的辟散之性。金着重表达了天理的从革之性，木偏重表达了天理的曲直之性，水表达天理的润下之性，火表达天理的炎上之性，土表达天理的稼穑之性。植物放大了木之曲直之理而隐没了金水火土之理，金石珠玉放大了金的从革之性而隐没了木火水土之理，液态事物放大了水的润下之性而隐没了木火土金之理，火焰太阳等物放大了火的炎上离明之性而隐没了金木水土之理，大地沙土放大了土的生化稼穑之性而隐没了金木水火之理。所谓隐没，并非不显，只是难见而已。
自然事物有太极，人类社会亦有天理之流行。阴阳五行之理通过人类社会的放大，则表现为三纲五常及其他妙用。朱熹说：“万物皆有此理，理皆同出一原，但所居之位不同，则其理之用不一。如为君须仁，为臣须敬，为子须孝，为父须慈，物物各具此理，而物物各异其用，然莫非一理之流行也。”人人皆有天理的全部信息，但因气禀的偏全纯杂有别而表现了不同的个性，又因社会角色的不同而表现天理的不同方面，以显示天理的不同作用。仁义礼智信五常之德乃人人所具，但“得木气多者仁较多，得金气多者义较多。”同时，五常又因社会角色的不同而其表现有所偏主，为君当用仁，为臣当用敬，为父当用慈，为子当用孝，大家各演其角各行其事，共同构成和谐的天理秩序。
天理通过造化赋予万物的太极，又称为性或命。人得五气之灵秀与二五之精华，因而更为显著地表达出三纲与五常等天理信息。不同的人，又因气禀之厚薄清浊有别，造成了在体现天理的层次和程度上的不同，因而有富贵穷通及寿天等不同的命。气禀清者为圣为贤，气禀浊者为愚不肖，气厚者福厚而富，气薄者福薄而贫，得气之华美者富盛，得气之衰飒者卑贱，又因气禀之所拘、只通得一路而造成许多差别，“或厚于此而薄于彼，或通于彼而塞于此，有人能尽天下利害而不识义理，或工于百工技艺而不解读书。”然圣人之学，又有变化气质之道，只要循圣人之道而力行之，不断地存天理、灭人欲，格物以穷理，则又可下学而上达，变愚不肖为圣贤。但是，朱熹又认为，“富贵、死生、祸福、贵贱，皆禀之气，而不可移易者。”这显示了他的局限性。
朱熹竭平生之力作《四书集注》，以《大学》为人德之门，大阐其“正心诚意，修身齐家、治国平天下”的内圣外王之道，目的是用王道取代霸道，以实现传统儒学的政治理想。
按照儒家的一贯理想，皇帝应该由在道德和智慧方面修成正果的圣人来做，只有圣人才能成为真正合格的王者。可是，自有阶级社会以来，国家政权从来都是武力征伐的结果，没有任何一朝的江山是依靠儒家的道德修养才得来的，也没有任何一位具有圣人之德的大儒凭借其道德学问而取得过皇位。
对于这个无法回避的历史悖论，历代儒家不应该不清楚。为此，他们必须把已经夺取了政权的统治集团作为其哲学思考的中心目标，不断地纺织越来越精巧美妙的理论花环，随时随地都做好“请君人瓮”的思想准备，以便“引君当道”。
对于真正的大儒来说，引君当道的最好办法莫过于给皇帝当老师，不断地向他灌输儒家的修养功夫和王道思想。程颐有过这样的殊幸，他敢冒君道之大不韪而向皇帝摆师道尊严，他处处以仁德教育皇帝，希望能以盛德化成天下，以实现儒家的圣人之道。朱熹也有这样的理想，他继承和发展了张载和二程的人性论学说和道德修养方法，利用十分难得的入朝之机多次上封事向皇帝宣讲其理学思想，企图把用杂霸之术夺取了政权的宋朝皇帝引向王道政治的轨道。
荒淫成性的统治者没有接受他的说教，他失败了，他被诬为伪学之魁而遭受削职禁讲之难。一代大儒在“亲旧凋零，益无生意”中逝去，他留下了以“正君心”为核心的新儒学思想，这是无往而不在的“天理信息”
的又一个独特放大。
朱熹看到，自孔子和孟子发明内圣与外王相统一的王道思想以来，秦汉以下千有余年，没有任何君主符合其要求，其根本原因就是所有的君主都是些天良丧尽、人欲横流的东西。这是中国儒家对历代统治阶级丑恶本质和专制政治的严正揭露和否定。他指出：“秦汉而下，二气五行自是较昏浊，不如太古之清明纯粹。”即便是被后世统治者奉为圭臬的汉唐之君，也不过是些利欲之徒。“汉高帝、唐太宗之所为，而察其心，果出于义耶？
出于利邪？出于邪那？正耶？若高帝则私意数，犹未甚炽，然已不可谓之无。太宗之心，则吾恐其无一念之不出于人欲也。直以其能假仁借义，以行其私，而当时与之争者，才能术智既出其下，又不知有仁义之可借，是以彼善于此，而得以成其功耳。”尤其可恨的是，千余年的封建政治“使膏梁之子弟不学而居士民之上，其为害岂有涯哉？且以汉诸王观之，其荒纵淫虐如此，岂可以治民！”
虽然如此，朱熹又认为，造成这种状况的主要原因是圣人之道不传的缘故。他说：“自邹孟氏没，而圣人之道不传，世俗所谓儒者之学，内则局于章句文词之习，外则杂于老子、释氏之言，而其所以修己治人者，遂出于私智人为之凿，浅陋乖离，莫适主统，使其君之德不得比于三代之隆，民之德不得跻于三代之盛。若是者，盖已千有余年于今矣。”不仅如此，“秦汉以来，遗人而无用；语人者，不及天而无本；专下学者，不知上达，而滞于形器；必上达者，不务下学，而溺于空虚；优于治己者，或不足以及人；而随世以就功名者，又未必自其本而推之也。夫如是，是以天理不明，而人欲炽；道学不传，而异端起。人挟其私智，以驰鹜于一世者，不至于老死而不止，而终亦莫悟其非也。”他强调：“人只是这个人，道只是这个道，岂有三代与汉唐之别！但以儒者之学不传，而尧舜禹汤文武以来转相授受之心不明于天下，故汉唐之君虽或不无暗合之时，而其全体却只在利欲上。”
为此，朱熹以续接圣人之道于千年之后的大儒自任，竭平生之力以斟酌《四书章句》，决心以自己的理学思想一匡天下。基于千余年封建专制的历史事实，朱熹认为，正天下必须从正君心开始。他指出，“天下万事，有大根本，而每事之中，又各有切要处。所谓大根本者，固无出于人主之心术；而所谓切要处者，则必大本既立，然后可推而见也。如任贤相、杜私门，则立政之要也；择良吏、轻赋役，则养民之要也；公选将帅，不由近习，则治军之要也；乐闻警戒，不喜导谀，则听言用人之要也。推此数端，余皆可见。然未有大本不立，而可以与此者，此古之欲平天下者，所以汲汲于立心诚意以立其本也。”
总之：“天下之事，千变万化，其端无穷，而无一不本于人主之心者。”“天下事有大根本，有小根本，正君心是大本。”只有首正君心，才能次正天下。他指出，天下之事，本于君心，君心不正将遗害无穷，“惟恐此心倾刻之间或失其正而已，原其所以然者，诚以天下之本在是，一有不正，则天下万事将无一物得其正者，故不得不谨也。”“人主之所以制天下之事者，本乎一心，而心之所主，又有天理人欲之异。”因此，欲正人君之心术，必须使其“革尽人欲、复尽天理”，以“严恭敬畏为先务，声色货利为至戒，然后乃可为者。”他上封事要求皇帝要“恭畏存心”，“兢兢业业，精之一之，克之复之，如对神明，如临渊谷，未尝敢有须臾之怠。”朱熹指出，“君心不能以自正，必亲贤臣远小人，讲明义理之归，闭塞私邪之路，然后乃可得而正也。古先圣王所以立师傅之官，设宾友之位，置谏争之职。”必须使君主自己反省自己、内修仁义，再由诸臣明谏规正，才能双管齐下，取得功效。
平心而论，朱熹此论不可谓不高伟。理学家们似乎认识到，中国的封建政治发展到宋代已经不可避免地要走下坡路了。按照邵雍的象数学，宋代历史已发展到了阳极返阴的“午会”之末，随之而来的将是二阴消阳的《遁》卦。朱熹本希望以“失传千年”的圣人之道为走向没落的封建社会培补阳气，却遭到了专制皇帝的禁逐。朱熹死后，统治阶级终于对他的学说有所“领悟”，随即拿过来愚弄天下百姓，遂使中国本已黑暗的封建政治更加黑暗。
朱熹用以引导封建皇帝从霸道走向王道的具体方略，是由理学家们逐渐发明和完善起来的一套心性修养方法，即“明天理，灭人欲”。他说：“孔子所谓‘克己复礼’，《中庸》所谓‘致中和，尊德性，道问学’，《大学》所谓‘明明德’，《书》日‘人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中’，圣人千言万语，只是教人明天理，灭人欲。”
具体怎么做呢？他提出要“主敬以窒欲”。他说：“欲，只是要窒。”
“敬，则天理常明，自然人欲惩窒消治。”他正是用这个方法来教导皇帝的。怎样落实这个“敬”呢？他说：“圣贤教人，必以穷理为先，而力行以终之。”先要用“格物致知”的方法穷理；穷了理，才能知得分明；知得分明，才能行的分明。只有见诸现实的行动，才能“革尽人欲，复尽天理。”所谓人欲，只是指人心出了毛病，“循之则其心私而且邪”，“只为嗜欲所迷，利害所逐，一齐昏了。”如果人心、尤其是君心出了毛病，被无限膨胀的人欲所驱使，势必祸国殃民，天下无宁日。“若是饥而欲食，渴而欲饮，则此欲亦岂能无！”“虽是人欲，人欲中自有天理。”
他以为，广大劳动人民维持生存需要的饮食之欲，乃天理之自然，绝不可窒。孟子讲民贵君轻，制民恒产，正是要满足这种欲望。只有统治阶级贪得无厌、声色犬马的腐朽要求才是人欲。所谓天理，“只是仁义礼智之总名，仁义礼智便是天理之件数。”朱熹在给孝宗皇帝的奏章中说：“三纲五常，天理民彝之大节，而治道之本根也。”君主应该以仁义治国，以道德化成天下，这就是朱熹所谓的天理流行。
朱熹说：“学者工夫，唯在居敬、穷理二事。此二事互相发。能穷理，则居敬工夫日益进；能居敬，则穷理工夫日益密。”首先要穷理，“万事皆在穷理后。经不正，理不明，看如何地持守？也只是空。”穷理要以虚心静虑为本，要“虚心切己，整齐严肃”。他说：“穷理者，欲知事物之所以然与其所当然者而已。知其所以然，故志不惑；知其所当然，故行不谬。”
具体说：“穷理，如性中有个仁义礼智，其发则为恻隐、羞恶、辞逊、是非，只是这四者。任是世间万事万物。皆不出四者之内。”其次要涵养，也就是做居敬的工夫。“敬之一字，真圣门之纲领，存养之要法。”所谓敬，“只是一个畏字”，只是内无妄思，外无妄动。“不恁地放纵，便是敬。”其具体德目，是“坐如尸，立如齐，头容直，目容端，足容重，手容恭，口容止，气容肃。”“人心常炯炯在此，则四体不待羁束，而自入规矩。”
