在格勒内尔事件和巴贝夫被判刑期间，保王党也没有停止阴谋活动，但急躁而笨拙的保王党既不会利用各区的群众，也不懂得利用两院。他们的秘密首领们试图在格勒内尔军营的军队中找到帮手，但他们选用了三个无名无势的人：修道院长布罗杰、高等法院辩护人拉维勒努瓦、一个名叫迪南的冒险分子。这三个人只是贸然前去与骑兵队队长马洛接洽，马洛把他们交给了督政府，军事法庭不愿审判他们，于是这些人被送往民事法庭，民事法庭的审判官大多是这些人的同党，因此只给予短期拘留的处罚。
在这个时期，各区选举产生的所有权力机关和以军队为后盾的督政府之间开始了激烈的斗争，他们在本党的势力范围内发展力量、吸收审判官，由于反革命势力控制着选举机关，因此督政府决定让军队参加政府，这一举措给之后的政府带来了严重困难。
拿破仑·波拿巴的胜利
督政府不但战胜了两个反对党，也在欧洲取得了普遍胜利。波拿巴到尼斯指挥战事以后，立即发起了最大胆的进攻，这支军队之前一直在阿尔卑斯山的一侧作战，虽然兵力不足三万且军需缺乏，但士气高昂，这支军队被波拿巴天才地运用，并开启了保持胜利二十年之久的惊人业绩。波拿巴率领军队进入萨沃纳山谷，计划从亚平宁山和阿尔卑斯山之间开始对意大利的进攻，他的正面是阿根陶，左面是科利，右面是博利厄，但没出几天，波拿巴便打垮了这支九万人的庞大联军，表现出一个军事家的天才和勇敢。
波拿巴首先在芒泰诺泰击溃了中路敌军，攻入皮埃蒙特地区；之后在米莱齐莫将保卫都灵和米兰的撒丁王国军和奥地利军彻底分隔开。在击退奥军以前，波拿巴首先向左面挺进，消灭了撒丁军，极为震惊的都灵宫廷慌忙屈服，在凯拉斯科签订了停战协定。1796年5月18日，共和国又在巴黎与撒丁国王签订和约，共和国得到了萨瓦地区和尼斯、丹达两个领地。在这个历时十五天的战役中，波拿巴打了六次胜仗，取得了辉煌的战果：伦巴底的门户亚历山大里亚被占领，法国背面苏泽和布律内特两个要塞被摧毁，获得了尼斯领地和萨瓦。
在结束皮埃蒙特战役后，波拿巴乘胜追击，不给奥军喘息机会。他从皮亚琴察渡过波河，从洛迪渡过阿达河，这一胜利打开了他进入米兰的门户，并且为他进占伦巴底地区提供可能。共和军包围了曼图亚，博利厄将军被迫在提罗尔隘口退守，之后，维尔姆泽前来接替博利厄，并率领援军进攻曼图亚，试图将战场转移到意大利。但他和自己的几个前任一样，也被波拿巴击败了。波拿巴先是撤回对曼图亚的包围，在击退维尔姆泽的援军后，以更强大的兵力再度包围该城，并且重新占领了提罗尔的阵地。
这次进攻在协同作战上也十分成功，当意大利方面军从提罗尔方向进攻奥地利时，马斯河方面军和莱茵河方面军也同时进攻德意志；在儒尔当的左翼军支持下，莫罗的右翼军基本上与波拿巴会合。两个方面军分别渡过莱茵河后，在纵深六十法里的战线上前进，莫罗在攻克乌尔姆和奥格斯堡后，渡过勒克河，先头部队已到达提罗尔隘口的背后。但是在关键时刻，儒尔当遭到了奥地利亲王查理大公的袭击，败退下来。左侧失去掩护的莫罗不得不后撤。儒尔当的这次过失直接妨碍了这次战役中计划的实现，并且给奥地利王国提供了喘息时机。
在反法战争中失去比利时的维也纳宫廷，认识到保存意大利的重要性，因此全力保卫意大利。再次被击败的维尔姆泽率领残部困守在曼图亚，阿尔文奇将军率领五万匈牙利军队前来支援，试图改变战况，但他的运气并不比博利厄和维尔姆泽好，波拿巴再次取得胜利，曼图亚投降后，共和军占领了意大利，随后，又通过山岳地带立即进军维也纳。波拿巴的目标是击败奥地利的最后希望——查理亲王，他很快就越过提罗尔隘口进入德境，此时传来消息，莫罗指挥的莱茵河方面军和奥什指挥的马斯河方面军成功执行了前次战役计划。惊慌失措的奥地利宫廷，无奈地签订了累欧本停战协定。
奥地利调动了所有的军队，派出了所有的将军，依然没有战胜正处在强盛时期的法兰西共和国军队，波拿巴率领的意大利方面军在欧洲完成了法国革命的事业。这次战役之所以能取得如此成就，除了天才的将领外，还要归功于波拿巴那些能独立指挥作战的助手，这些将军能够独当一面，完成一项军事行动或一场战斗，此外，士兵们都是具有高素养的法国公民，有热爱祖国的高尚精神，并且对通过革命扩大祖国版图十分拥护，这支部队维护了在纪律约束下的自由，给每个士兵提供了成为将军的机会。天才的将领加上这样的军队，不获得成功都很难。
1792年的战役按照旧的方式进行，军队各自单独行动，虽然分散但不曾离开自己的战线。救国委员会时期，则把军队集中起来，避开当前正面的敌军，将距离拉开，加速军队的运动力和灵活性，将力量集中在一个共同目标上进行战斗。如果说救国委员会是在每一场战役中这样做，那么，从战争的第三个阶段开始指挥的波拿巴，则是在每一次战斗中这样做。他将所有的军队集中在一起使用，目标是具有决定性的某一点，然后用一支军队迅速打败几支军队。他对大部队的运用十分自如，即使军队的活动在他的视野以外，当需要占领一个阵地或取得一次战斗的胜利时，他也随时能将军队部署在指定地点。
波拿巴的外交才能丝毫不逊色于他的军事才能。之前，意大利半岛上各个小国政府基本上都参加了反法同盟，但这些国家的人民却同情法兰西共和国，波拿巴利用这个特点，消灭了他不曾征服的皮埃蒙特；并且将从前依赖奥地利的米兰改变为“西沙尔平共和国”。他还利用征收特别税的手段，来削弱和控制托斯卡纳以及巴马和摩德纳等小国，而没有占领它们。在波拿巴战胜博利厄时，教皇曾经签订了停战协定，但在维尔姆泽前来支援时又违反协定，如今，他不得不将罗马涅、波伦亚、斐拉拉割让给共和国以换取和平。在波拿巴的安排下，这些地方被合并到西沙尔平共和国。热那亚在废除贵族政体后，变为单一的利古里亚共和国。威尼斯贵族政体曾经为反法联军提供便利并在军队后面进行暴动，在这次战役后作为交换米兰的条件，被强制让给奥地利。
根据累欧本停战协定的预备条款，奥地利承认西沙尔平共和国的地位，比利时被法国合并。在这一阶段，所有参加反法同盟的国家都放下了武器，英国也要求谈判。此时的法国，国内平静无事，通过对国外的战争，版图得到了扩大，它的侧面有荷兰、伦巴底和利古里亚这样新兴共和国的护卫，它的共和制度也在欧洲得到扩展。反法同盟已经没有任何力量再发动进攻。无论是8月10日后的无政府主义的政府，5月31日后的独裁政府，还是督政府时期的法制政权，历届革命政府在对外的斗争中都获得了胜利。每遇到一次对抗，革命在欧洲的土地上便前进得更远一些。1792年，革命的脚步只到达了比利时；1794年，便扩展到荷兰至莱茵河；1796年，在入侵意大利之后进入了德意志。如果革命按照这个速度继续进展下去，那么它征服的地区必将还会扩大。于是，全面媾和的条件成熟了。
反革命派与国民公会派的新斗争
共和五年（1797年5月）举行的督政府选举使局势发生了很大变化，在这次选举中，保王党以合法的方式被引进立法议会和政府，这使得葡月战斗所决定的东西又出现了新问题。在此之前，督政府和两院因利益一致而和衷共济，它们都由国民公会派成员组成，双方关系融洽，在决定采取措施时能相互商量。对于督政府的各项要求，两院基本上都能同意；督政府关于财政和行政的方案，两院在略加修改后便批准，而且也同意督政府对待叛乱、军队、欧洲时所采取的行动。那些反对国民公会的少数人在两院中组成了一个反对派，其主要人物大多是立法议会时期的右派代表和几个死心塌地的保王党，如巴尔贝－马尔布瓦、帕斯托雷、沃布朗、迪马、波塔利斯、西梅翁、特隆松·杜·库德雷、杜邦·德·内穆尔等人。但在没有获得三分之一代表人数之前，它只是有分寸地反对督政府的政策。而共和五年新选出的代表大大地增加了他们的力量，因此，他们一改之前的暧昧态度，变得气势汹汹。
保王党建立了一个庞大的联合组织，有领导、有代理人、有经费、有宣传报纸，他们极力将共和派排挤出选举范围，打着群众的旗号拉拢人民。他们甚至排挤那些大革命初期的爱国派，只将那些顽固的反革命分子和态度暧昧的君主立宪派作为选举对象。这样一来，共和派基本上被排挤在政府机构和军队中，保王党则占领了各选举会议和两院。
共和五年牧月1日（5月20日），两院组成，保王党的皮什格鲁担任五百人院的议长，巴尔贝－马尔布瓦获得元老院议长的职位。花月30日，督政官勒图尔纳经过投票被指定任期届满，立法机关选择了温和派的巴泰勒米接替他的职位，巴泰勒米主张和平，他的驻瑞士大使身份也十分适合两院和欧洲，但是整个革命时期他一直在国外，并未真正领导共和政府。
