中国从元朝开始到封建王朝的灭亡，再没有分裂过，一直处于统一的状态，封建制度得到前所未有的发展和巩固。这一次统治中国的民族是作为少数民族的蒙古族，这个民族虽以武力见长，但重视汉族的文化，强调文化的交融和谐，使得这一时期的中国在各项事业的发展上都具有新的面貌。
这一时期的医学技术得到了良好的发展，人才辈出，其中以朱丹溪为代表。同样，医学教育也迎来了一次新的改革
浪潮，展现出了前所未有的特点。
（一）纯粹的医政管理机构——太医院
太医院是国家最高的医疗管理机构，各地医学教育、医官和医户都归其管理。但其只有管理职能，没有教育职能。太医院下分属机构有医学提举司、官医提举司、广惠司、惠民药局等药学管理机构。
太医院成立于元世祖中统元年，此前朝廷内也有医疗机构，基本制度是仿效前朝，兼顾管理与教育。此时，太医院官职是正二品，主管所有的医疗和药物事宜，以及其下的所有分支医疗机构。人员设置为宣差和提点，主管太医院的事务，并发给银印，与当时朝中丞相、三公、中书令三个官职持平，甚至在后来，又赐予提点许国帧“金符”，至元三年的时候，改授“金虎符”，并与当时的另外一位提点王子俊位居一品官阶。两位一品官阶大员在太医院做事，这不仅是元朝历史上太医院所处的最高职位，也是中国医学管理机构历史上的最高官阶，可见当时的医学在朝中具有非常重要的地位，也彰显出元朝统治者对医学的重视。
至元五年，太医院隶属于宣徽院。至元七年，重新定太医院品阶为正三品。至元二十年，太医院改称为尚医监，职位降到正四品，这是元朝太医院历史上职位最低之时，即使这样也高于之前所有朝代的医官品阶。从元朝政权对医学的重视程度可以看出，不同文化的交融，确实表现出不拘一格的管理作风。至元二十二年，尚医监改回为太医院，并恢复旧制，官居三品，设提点4人，医使、副使、判官各2人，发银印。至元二十五年，太医院又脱离宣徽院，再次成为独立的机构。
大德五年，太医院再次进行大规模的改革。品阶升为二品，此时的官阶已高出六部；于太医院设院使一职，作为太医院的长官，其人数从最开始的2人，增加到最多的12人，院使的组成人员汉蒙两族均有，呈多样性，品阶最低未低于正三品，以正二品居多。太医院其余人员的人数也越来越多，从16人增加到46人。
（二）元朝医学教育的新特点
1.广泛的医学学校——“医学”
元朝的医学教育最大的特点是不设中央医学教育机构，全部医学教育机构都在地方。元朝的医学学校统称为“医学”。
中统三年，国家正式下令在各个地方设立医学教育机构，根据上文记述，这一时期的从医人员职位是最高的，表现出了当时政府对于搞好医学教育的决心。为了能够贯彻实施国家的兴医教育法令，防止地方政府轻视政策，国家采取了一系列措施：朝中派太医院副院使作为钦差督察；命当地最高长官直接管理此事；要求给予各地医学负责人一定俸禄，以及修建办学客舍等。自此，在元朝，通过仿照儒学教育的方式，在大都、上都，以及林和各路、州、县逐级设立了“医学”。人员配置也完全仿效儒学教育，在各路，有医学教授、学正各1人；根据人口数量划分的上（五万户以上）中、下（三万户以下）州，设学正、教谕、学录等职位，人数不等。各县则设教谕1人。据统计当时在全国医学教授就有二百多人。
2.专职的各地医学教育管理——医学提举司
由于当时太医院事务繁忙，为了加强各地医学教育质量的监督和管理，以及更好地选拔医学教授，特在各地设立了医学提举司，对应在太医院内设立各路医学提举司，总管全局。以此看来，元朝对医学教育的管理更加普及，并形成了从地方到中央逐级管理的医学教育管理体系。这与当今社会的医学教育管理机制已很接近了。
医学提举司直接管理各地医学教育机构，同时也作为选拔医学教授的政府机构。医学提举司由提举掌管，或称提领（南北有差异，职位与前者持平或略低一级）。由于元朝统一南北方的时间有间隔，所以在南方统一时，北方的医学教育管理建制已经完成，加之南方离中央较远，所以全国的医学提举司设置是这样的：北方各路设医学提举司，州、县设立提领所；南方各行省设提举司，路设提领所，州、县设管勾。
3.特殊的教育场所——三皇庙
前文说过，元朝重视汉族文化，特别是儒学，在各地，只要有办学的地方就会有孔子庙，出于多方面的考虑，元朝将医学教育的场所定在三皇庙。
这可以说是一个创新的用意，众所周知，前文也有所提及，医学人士普遍认为中医的始祖就是黄帝、伏羲、神农这“三皇”，因此将医学教育设在此地进行，也算是相对应。但是这种做法也招来许多人的不满，因为医学在各代地位一直不是很高，被人视为“小技之业”，而三皇不仅是医学的祖先，也是中华民族文化的代表，认为其二者并不搭配，有歧视汉文化之意。尽管反对之声不断，但这种教学形式一直持续到明代才被废止。
如果单从医学教育来看，这一举措还是有许多积极意义的。一者将从事医学行业的人的地位提高了，促进了医学事业的发展；二者将医学校设于三皇庙内，有助于医学教育的长期存在，因为在古代封建社会，祭祀是始终要有的，因此医学教育不会因外部原因受影响；三者有助于增强医学教育的严肃性，更加方便管理。
4.正式的官方医学考试——医学科举
科举考试从唐代开始，一直沿用。到了元代，虽然科举考试的实行遭到了很多蒙古贵族的反对，但还是在延祐二年举行了第一次的科举考试。医学科举由于各种原因没有得以实现，最接近的一次是世祖元年，十三科考试和学习用书都已定下，就是考试没有最后成形。在延祐三年，国家颁布法令，正式设立医学科举制度。由于科举考试才是中国教育历史上的国家正规考试，这一次医学科举考试制度的正式实施，才是第一次真正意义上的医学官方考试。
宋徽宗时期与太学并列的医学考试，同样也是专门的医学考试，但是当时他的出发点是废科举，因此这一次才使医学教育考试登上了正式的官方考试舞台。
医学考试制度的具体内容非常详细，同当时的科举考试制度很相近，主要包括：考试三年一次，每次考两场；考试采用先乡试，合格后参加会试的原则；参加考试的人员要从医户中保选推荐，不可随意报名；乡试报名不限人数，录取100人，会试录取30人；考试内容的范围还是太医院历年颁发的题目，题目类型是医理理解、治疗方法和药性理解；最后录取的30人，一甲类补太医缺，二甲类充副提举，三甲类为教授。
虽然医学科举实行的时间不是很长，但还是打开了医学教育选拔人才的一个新局面，为后世医学人才的选拔提供了借鉴。
（三）元朝医学教育考试的新特点
1.医学教授人员的考试
在元代，从业教育人员也要不断地接受考试，以保证其教育质量的维持。具体的程序分为三个步骤：第一，要有同行推举，此人在同行中名望较高，而且医术精湛，可以提供出以往诊治康复的病例等；第二，推举之人，报名到各地医学提举司，在医学提举司再次进行考试；第三，在医学提举司通过考试之医者，被推荐到太医院（或尚医监），再次进行考试，确认合格才可任用。
考试每年一次，题目不会重复，考试的具体内容是医理和临床治法。为了防止考试作弊，还将负责监察地方行政官员的肃政廉访司，兼顾参与到医学教授的考试监察中。通过严格的医学教授考试制度，保证了医学教育的质量。
2.医学生的考试
在元代，由于没有了中央医学教育，教育全都设在了地方，使得此时的医学教育考试更加贴近平民百姓，其主要有两个来源：一是医户（后面详述）子弟，二是自愿学医者。国家强制要求每个医户都必须派出家中一名成员参加医学考试，而对于其他聪明好学之人亦可随便报名。
考试的科目为十三科，其中十科是大方脉杂医科（内科）、小方脉科、风科、产科兼妇人杂病科、眼科、口齿兼咽喉科、正骨兼金镞科、疮肿科、针灸科、祝由书禁科，另外三科不定。上述十科的考试内容也不尽相同，后来太医院规定了具体的考试内容范围，至此考题范围就固定了。经过学习，每年考试一次，在整个一年的学习过程中，每个月会有一道课业作业，在年终时交上，校订后作为考核成绩的一个方面。
考试的制度是完备而严格的，但是学生学习的年限没有一个明确的规定，而且学生没有一个明确的学习方向，不知道在学习若干年后该干什么。根据上文的论述，刚刚学习几年的医学生是不可以考取医学教授一职的，第一关“同行推举”就无法实现，因此，很多学生自认为学成之后，就会回到家中打理家中事务，那些没有医户背景的学生，大多也会在当地自行“创业”。这样看来，元代的医学教育，既培养了很多真正具有才学的教授精英，又将医学教育的成果回馈到民间百姓之中，使得医学氛围遍及社会的每一个角落。
3.医户的管理和考试
元朝，是靠战争起家的朝代，人口管理政策以行业来编籍，目的还是在于战争需要时应派各种差役。民间从医者统一编为医户，并规定医户必须世袭，也就是不可以转行，而且有义务在战争时以医服役。由于元代的医户是免役的，因此将医户和儒户单列出统计，数据十分详细，各地医户具体的数量都有记载。
医户，又称为官医，为太医院统一管理，具体的管理机构为官医提举司。其不同于医学提举司，在北方只设在大都、保定、大宁等十七路，具体的官员设置与数量不一；南方则设于河南、江浙、江西、湖广、陕西五个省，行省下的各路设有提领所，州县则仍是管勾，人员配置根据地区的级别定制。
元代开国之初，战事未断，医疗人才紧缺，故制订了医户政策，但在战事完全结束后，依然保留医户的政策，并通过对医户子弟进行强制性医学继承和医学知识培养的规定，确保了医户数量的稳定。同时为了使医户的医疗水平可以在不断地继承中维持在一个平稳的水平，中央又采取了一些措施：
第一个方面，自医士产生以来，只有通过考试选拔医官，或是选拔教授学生的教授，但还没有对地方医学从业人员进行过任何形式的考核。医生是一个特殊的职业，他的工作对象是人，直接关系到人的生命，以往只是处理过自身学业不精、蒙骗患者致死的一些“无良”医生，而没有一个总体上的“预防措施”。仁宗即位时，正式下诏规定，地方医学从业人员必须参加资格审核考试，通过后才可行医看病。以上措施配合上元代的医户管理政策，可以使朝廷有效地掌握医户通过考试与否的情况，以及医户中水平高低、优劣的情况。考试的内容由太医院统一制定，并强制医户定期学习和参加考试，将考试的结果记录在案。这种强制性的医户考试制度保证了医护人员的医疗水平，可以说在中国历史上画上了重要的一笔，成为最早的接近于当代医师考核制度的执业医师考试。
第二个方面，一般来说医生的治病本领，除了弟子和家人之外是不会外传的，加之元代强制医学家庭不可转行这一规定，使得这时的医户人家更是将医术代代相传，不像过去一名弟子可以拜几位医学大家为师，使得医户之间的学术交流越来越少，在一定程度上阻碍了医学水平的发展。元代朝廷根据这种情况，对医户除了进行学习考试之外，还将参与学习的医户人员组织起来，在学习后发表学习体会，互相交流，相互汲取经验。另外，统一组织医户人员义诊或考评，将所诊断病例报告交给当地的医学教授进行统一校订，确定优劣，并同样予以记录，其中优秀者作为将来推选医学教授或其他医学官员的候选。
总之，这一系列针对医户制定的政策，在很大程度上保证了民间的医疗水平，同时也为将来向国家输送人才做好了准备。
