在宋徽宗和“六贼”集团的统治下，政治腐败，贪污聚敛之风愈刮愈烈，对农民的租税劳役剥削日趋加重，大小官吏催租逼税如狼似虎，使阶级矛盾全面激化了。江南两浙地区人民更饱受花石之扰，被逼使着铤而走险，踏上了武装反抗之路。
宣和二年（公元1120年）十月初九，睦州青溪县（今浙江淳安）人方腊聚众百余人，在自家漆园召开了誓师动员会议，随后以诛朱为口号，正式起义了。江浙人民已经到了走投无路的绝境，方腊振臂一呼，应者云集，几天内，起义军就发展到十万之众。十一月初一日，方腊自称“圣公”，建元永乐，任命方肥为宰相，又置官命将，以巾饰作为区别的标志，初步建立了一个农民革命政权。
十一月，起义军一举攻克青溪县城。然后分路出击，在不到三个月的时间里，迅速攻占了江南七州四十八县之地，参加起义的群众竟多达百万余人，革命的烽火映红了东南半壁河山。
宣和二年底，起义军攻占睦州、歙州的消息传到开封，宋徽宗和宰相王一伙惊得目瞪口呆。眼见事态严重，宋廷便决定调集大军前去镇压。经过商议之后，宋徽宗派童贯为江、浙、淮南等路宣抚使，以谭稹为两浙制置使，从各地调集大军火速南下。另一方面，将准备用以联金攻辽的陕西蕃汉精兵约十五万人交由童贯统率，作为镇压起义军的官军主力，略作补充调整，便马上启程南下了。
大军临出发前，宋徽宗特地身穿便服，亲自为童贯把酒送行。他忧心忡忡地握着童贯的手说道：“东南之事，就全部委托给太傅了。如果有紧急大事，必要时，你可以用御笔的名义，全权处理！”宣和三年（公元1121年）正月，童贯率大军南下。宋徽宗十分担心方腊占据金陵（今江苏南京市），凭借长江天险，与官军抗衡，便下诏书命令童贯、王禀率兵火速抢占润州（今江苏镇江）、江宁府（今江苏南京），控制金陵喉襟要害。童贯一一遵命，他自己亲统大军驻扎在镇江，令王禀领一军守住扬子江口，命刘镇领一军镇守金陵，迅速封锁了长江天堑。
方腊在起义前，曾估计宋王朝商议对策调集大军需要半年左右的时间，那时起义军足可尽夺江南列郡，然后“划江而守”，十年之间，终当混一天下。但是，实际情况出于意料之外，原来北宋为了联金灭辽，早已把大量军队和军需物资准备好了，因而大批官军南下比方腊预料的要快得多。这时，起义军兵力分散，正在各地攻州夺县，还没有集中主力去夺取金陵。方腊在攻占杭州后，没有听取太学生吕将“直据金陵”、“先立根本”然后徐议攻取的建议，反而作出了一个带有战略性错误的决定。他把主力部队分为两支，一支由方七佛率六万人北上攻秀州，向金陵方向挺进；另一支由他和郑魔王指挥南下进攻婺、衢诸州。这一失策使官军得以顺利渡江，乘虚而入，起义军在战场上的主动权便沦于敌手，从而陷于被动挨打的局面。
童贯过江后，于正月二十五日赶到了苏州，镇压了当地石生领导的起义军。为了收买人心，瓦解起义军的斗志，他让幕僚董耘摹仿宋徽宗的字体，使用宋徽宗的口气，写了一篇“罪己诏”。说什么原来征集奇花异石，“造作供奉物色”，都是由朝廷支付款项，委托州县官吏按市价收买的；并且三令五申不得少有抑配。谁料赃私之吏，以此为名，夤缘作奸，骚扰于民。因此，从今以后，正式废除收买花石和造作供奉之物，地方官吏倘敢以贡奉为名因缘作扰，要以违御笔论处。这样，就把宋徽宗、蔡京一伙的罪恶推得一干二净，全部诿过于贪官污吏。同时，徽宗又耍了一个骗术，暂时罢黜了朱父子弟侄的官职，妄图以此来欺骗人民。随后，童贯又绕过吴江（今江苏吴江），沿运河直逼秀州，与守城官军夹击正在攻城的方七佛部起义军，使农民军遭到了重大损失。
二月初，王禀、杨惟忠、辛兴宗统辖的宋军，一路追击方七佛起义军残部，进至杭州城北三里远的清河堰。起义军早在那里严阵以待，双方展开激战。官军水陆并进，起义军浴血抵抗。狡诈的童贯又令各路官军切断了杭州城内起义军的一切外援，然后再大举攻城。此役双方血战六昼夜，起义军牺牲两万多人，杭州城终告失守。与此同时，由八大王指挥的西路北上起义军，也在旌德、宁国一带被刘延庆、杨可世的西路官军击败。到二月底，东西两路北进的起义军相继战败，“划江而守”的战略计划已经完全落空。方腊率起义军主力南下后，虽然也取得了不少胜利，但却无法扭转整个战局的被动局面。
三月初一，方腊试图扭转不利局面，又率众回师攻打杭州，结果又被王禀击败，形势进一步恶化。回师途中，起义军在富阳、新城、桐庐、睦州连连战败，于四月初退至白沙渡（今浙江建德县南）。四月中旬，白沙渡失守，起义军向西退守青溪，再退至帮源洞。西路宋军于三月中旬在潘村击败八大王部起义军，随后迅速南下，也在四月中下旬攻至帮源洞后面。
这样，东西两路宋军以重兵包围了帮源洞，然后纵火为号，同时进攻。一场惨酷的大战之后，帮源洞被攻破，起义军将士被屠杀了七万多人，方腊和家属及50多名将领、官员被俘，农民起义最终被淹没在血泊之中。这年八月，方腊被押解到开封后，壮烈就义。分散在各地的起义军余部又坚持战斗了近一年时间，直到宣和四年（公元1122年）这场轰轰烈烈的农民大起义才最后宣告失败。
童贯在镇压方腊起义的过程中，曾纵容官兵进行了惨绝人寰的大屠杀。为了把起义农民斩尽杀绝，甚至公开悬赏，杀一人赏绢七匹。结果，官军足迹所至，尸横蔽野，血流遍地，到处是一片阴森恐怖的景象。童贯领兵南下后，最初进展不大，宋徽宗又一再派人督责，为了向皇上交帐，他便下了一道凶残歹毒的命令：凡与农民军作战而不能生俘的，允许斩首来献，可按级给赏。于是，官军每次出战，逢人就杀，然后割下首级去领赏。童贯则不管杀的是起义军还是平民百姓，一律照赏不误。官军由此兽性大发，偶尔遇见过往行人，也格杀勿论。虽然有人向童贯指出，这样做会导致滥杀平民，应予禁止，但童贯为了张大其功，全然采取放纵态度，以致官军常闯进百姓家里，把全家老少杀光，割下脑袋去冒功领赏。连封建文人方勺在《青溪寇轨》中也不得也承认说：童贯用兵15万，杀了起义军将士百余万人，所杀平民不下200万。宣和四年三月，童贯返回了京城，他的双手沾满了人民的鲜血，却换来了他的加官进爵。宋徽宗因其平方腊有功，晋衔他为太师，改封为楚国公。
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