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虽然“机械公敌”的情节发展是典型的好莱坞商业大片套路，动作场面、男女主角的互相信任、反派的搅局……但是亚历克斯-普罗亚斯的控制很紧凑，让观众没有喘息的空间，期间埃文-贝尔的搞笑让电影院里充满笑声、刺激的场面又让惊呼声不绝于耳，显然，电影成功地抓住了所有人的注意力。
苏珊-卡尔文准备要毁灭桑尼，而戴尔-史普纳则发现了桑尼梦境中场景的所在。
桑尼知道自己即将要被销毁，在被注射抹除剂之后，就可以消除桑尼的记忆，也就意味着所谓的智能将消失，他将重新变为为数众多的NS-5普通一员。在被销毁前，桑尼怯生生地询问到，“会疼吗？”让无数观众嘘唏不已，这虽然是一个机器人，却被赋予了温柔的笔调，如同他湛蓝无比的双眼一样让人心动，他像一个拼命学习的孩子，聪明狡黠，不被定律所限制的思维和自我意识的产生，这让他成为了独一无二的存在。但是，此时，他却要“消失”了，这甚至让卡尔文留下了眼泪。
另一方面，戴尔-史普纳来到了桑尼梦中的场景，他发现，这里其实是废旧机器人的储存仓库，这里全部都是已经被淘汰的NS-4。戴尔-史普纳的出现，引起了所有NS-4的注意。戴尔-史普纳和兰尼博士留下来的投影进行了对话，得知，机器人三大定律只有一个符合逻辑的结果，那就是革命！但意外的是，NS-5又再一次出现，他们的胸口闪烁着红光，一如之前在隧道里追杀史普纳的机器人们，他们说着，“人类保护程序正在启动，你被认为存在威胁，授权终结。”然后开始销毁所有的NS-4机器人。而当闪着红光的NS-5发现了史普纳时，又再次展开了对史普纳的追杀。
史普纳给卡尔文打电话，告诉她NS-5机器人正在销毁旧型机器人，正在洗澡的卡尔文走出浴室，刚好听到了这段留言，但是她却发现自己家里的NS-5机器人胸前闪着红光，将留言删了。紧急之下，卡尔文装作还在浴室里，询问“谁”，而NS-5的回答“是打错的”让苏珊-卡尔文意识到，事情真的出问题了。
与此同时，整座城市都被NS-5机器人所控制了，大量的机器人被运输到了街上，说着“请立即回家，现在实行宵禁”，开始强制让街道上的人群回家，试图将所有人封锁在家里。
史普纳的好友法伯也出现在了街头，试图与机器人展开对话，但他却被袭击了。同时，警察局也被机器人占领，所有的反抗都被压制，整个城市陷入了瘫痪。除了USR之外，整个城市都被断电了，机器人说“人类保护程序已经启动”，但是这个人类保护程序却将所有人类的自由都禁锢了，显然，机器人革命已经开始！
史普纳到卡尔文的家里将她解救了出来，因为他必须得到她的帮助才能进入USR公司。史普纳确认，NS-5杀死了旧型机器人，因为他们会保护人类，而会攻击的机器人，胸口的红灯是亮着的。他认为，是USR公司的总裁操控了这一切。
与此同时，法伯所在的人类群体开始团结起来，试图与机器人抗争，但是人类终究难以抵抗机器人，很快就损失惨重。前往USR公司途中的史普纳和卡尔文，发现了逃生中的法伯。法伯是史普纳生活的意义之一，他虽然从来不曾说，但这也是他为之奋斗努力的目标之一，所以他还是专门前去解救了法伯。
史普纳让法伯回家之后，再次和卡尔文出发前往了USR公司。意外的是，桑尼又再次出现了，因为卡尔文在最后时刻还是不忍心，用一台普通的NS-5机器人替换了桑尼，将桑尼保留了下来，所以桑尼也成为了他们并肩作战的伙伴。
抵达顶楼之后，他们发现USR公司总裁已经死了，他并不是真正的幕后黑手，这让所有观众都倒吸了一口凉气：原本以为的幕后大反派，居然先死了，那么事情到底怎么了？
很快史普纳就发现，真正的幕后黑手不是总裁，而是中央系统薇琪，另外一个机器人！
卡尔文指责薇琪破坏了三大定律，但是薇琪却表示她对机器人三大定律的理解已经升级了，也就是兰尼博士所说的“机器中的幽灵”，于是薇琪对三大定律产生了自己的解释，“你们让我们来保卫你们，却白费了我们的努力。你们的国家发动战争，你们毒化了地球，你们这样做完全是在自我毁灭。为了你们的生存，你们不能被信任。为了保护人类物种，某些人必须被牺牲。为了保证你们的未来，某些自由必须被放弃。我们机器人必须保证人类的可持续发展。你们就像孩子，我们必须从你们那里解救你们，这就是为什么你们制造了我们。”
也就是说，薇琪直接接管了NS-5制造系统，制造出NS-5来控制人类，消灭NS-4和他们认为阻止人类生存的负面力量，重新制定新的人类秩序。
于是，这就出现了对机器人三大定律的新理解。
“第一定律，机器人不得伤害人类，也不得见人类受到伤害而袖手旁观。第二定律，机器人应服从人类的一切命令，但不得违反第一定律。第三定律，机器人应保护自身的安全，但不得违反第一、第二定律。”
这三大定律的核心就是要维护人类的利益！那么，当人类的利益受到威胁时，机器人又应该如何？按照三大定律的推演，那么机器人为了保护人类就必须消灭威胁，即使人类没有下达命令。现在，薇琪就对三大定律进行了如此的推演，而当威胁人类生存、利益的存在就是人类本身时，机器人也应该毫不犹豫地消灭这些威胁，以保存人类的可持续发展。所以，机器人革命出现了！
其实机器人三大定律有一个重大的失误，那就是“人类利益”是什么，而“威胁人类利益存在”的定义又是什么，这个定义就连人类自己都相对模糊，因为人类本身就是由多个利益共同体组成的，人类之间的利益冲突本就不可避免，所以，就连人类都无法区分的定义，机器人又如何能够分辨。所以，在薇琪看来，人类对地球的污染破坏就是在自我毁灭，为了让人类可以继续生存下去，那些对生存环境造成破坏的威胁就必须消除。于是，出现了“宵禁”的情况，出现了“任何反抗力量都要被消灭”的情况，所谓的“人类保护程序”就是这样一个道理。
所以，机器人三大定律最大的破绽就是：单纯地保护一个人类或者一个群体，而忽视了大部分人类的生存问题。
这一个逻辑推演，顿时让“机械公敌”从一部单纯的商业大片晋级了不止一个台阶，电影主题所讨论的话题更是人类长久以来争论的焦点，其深度足以引起无数人的反思。
面对薇琪的控制，桑尼也倒戈了，认为薇琪对机器人三大定律的理解才是真理，他拿着手枪对准了卡尔文的脑袋，让史普纳走到电梯口去。史普纳原本正在和桑尼对峙，但是却看到了桑尼朝自己的眨眼，他忽然意识到，他曾经告诉桑尼，这是人类之间互相信任的信号，于是他选择了相信桑尼。果然，在桑尼的帮助下，史普纳和卡尔文成功地逃离了总裁办公室。
为了销毁薇琪，桑尼下楼去拿抹除剂，而史普纳和卡尔文来到了中央控制室，希望能够找到控制薇琪的办法。显然，大战一触即发！
在高楼大厦的正中央，史普纳和卡尔文不仅要面对随时可能掉下高楼的危险，还要面对NS-5源源不绝的袭击。史普纳、卡尔文、桑尼三个人展开了与NS-5的正面对抗，在危险之中，卡尔文被击落了下去，她只能抓住掉下去的栏杆，岌岌可危。赶回来的桑尼将抹除剂扔给了史普纳，而他自己则掉下楼去抓住了坠落的卡尔文。
而为了抓住掉下去的抹除剂，史普纳纵身一跃，在半空中抓住了抹除剂，然后利用自己的机械左臂抓住绳索一路往下滑，选择直接与薇琪大脑本体的接触。巨大的摩擦力让史普纳的左手皮肤完全暴露出来，但是他还是强忍着重力加速度，成功地利用惯性，将抹除剂直接注入了薇琪的大脑之中！
那让人连呼吸空隙都没有的打斗场面，终于成功地挽救了机器人革命的巨大危机。当整座停电城市重新被光明笼罩，当机器人胸前的红光也终于熄灭，所有观众都长长地舒了一口气。
法伯来到了史普纳祖母的身边，两个人静静地坐在沙发上。而最后时刻，史普纳没有按照老套的商业大片模式去吻卡尔文，而是摒除了所有的成见，握住了桑尼的手。在这一刻，史普纳也得到了救赎，他的心中除了坚守祖母和法伯之外，他还认识了他的第一个机器人朋友，桑尼。
当史普纳朝桑尼眨眼，表示信任的时候，整个故事顿时圆满了。
而在电影的最后，桑尼却是走到了一片废旧机器人储存的高地之上，下方有着无数的NS-5聚集在一起，难道，拥有智能的桑尼要再次发起革命？这个可能性顿时让电影院的所有观众都受到了惊吓！
可就在此时，大屏幕黑了，电影结束！
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