整个九月，皇城内外都沉浸在一种紧张的氛围之中，一则新皇登基，手段如何尚未可知，二则党争旧事再起，朝中各路人马都在抓紧最后的宁静时间，寻找各自的政治盟友。
转头来到十月初一，福建道御史倪应眷终于打响了朝争的第一枪。东林党人倪应眷上书陈治安六事：“……曰保身，曰定治，曰讲学，曰勤政，曰纳谏，曰谨微。而归重于阁臣之主持，谓权臣不可有，重臣不可无，非权而何以重？……愿上假之以权，丝纶无从中降，阁臣善用其权，意念绝无旁落……”此疏影射内阁，特别是首辅，窃夺国器，有专威擅权的嫌疑。
如果这封奏折是直接递到天启的手中，那大概免不了火筐的命运，但是倪应眷早已知晓皇帝有意袒护方从哲，所有弹劾他的奏章都如泥牛入海一般，杳无音信。于是倪应眷堂而皇之的将这封奏折递给了内阁，并在篇末直言：请阁臣与万岁共勉。
一石激起千层浪，方从哲自己是浙党党魁，他的学生太常寺少卿亓诗教则是齐党党魁，同时方从哲又与黄彦士等楚党众人交好，三党同盟多年，如今三党共主被东林党人如此羞辱，自然是不肯善罢甘休。
随即，三党同盟开始一场蓄谋已久的反击，十月三日，都察院十名御史同时发起对福建布政使（布政使，即承宣布政使，从二品，明代一省的最高行政长官）魏时应的弹劾，说他：在任两年，撅民生息，倭乱横行，非时而授役，忘君而资敌。天启一看这阵势，只得长叹一声：是福不是祸，是祸躲不过。随即下诏，命福建布政使魏时应上自辩疏。
十月十日，福建布政使魏时应的自辩疏抵京，其中一条一条地批驳了御史的弹劾，天启本以为这就该消停了，谁知道这才到开胃菜，真正的“硬菜”在后头呢。
当日朝会上，东林党借口三党同盟无中生有、捏造事实，指名道姓地说首辅方从哲才是背后的主谋，是他在指使御史弹劾魏时应，监察御史张修德直言：“首辅方从哲居心叵测，指使朋党肆意攻讦，拟染指福建军政，甚为可虑！”更有御史吴应奇言：“从哲居内阁而驭疆臣，万岁心可安否？”
天启闻言，脸色为之一变，心中突然拿不定主意了，方从哲到底怎么回事，他是不是真的有异心？
正在天启犹豫之间，方从哲却主动站了出来，“万岁，臣自知老衰昏弱，且朝中谤臣者众，或一死可报君恩，而今再无可能主令枢机，但请告老还乡，做一田翁罢。”说完，方从哲缓缓跪了下来，重重磕了一个头。天启看着他这垂垂老矣的身子，又不忍心真的罢了他的官，只好敷衍到：“方阁老莫要意气用事，但且上自辩疏，朕自有分辨。”
第二天，方从哲的自辩疏就递到了乾清宫，内中只有两行字：百般皆由臣起，臣留，则满朝腾沸，臣去，则万事宁平。是留是去，但请万岁定夺。
天启一看这个，心说：老大人呐老大人，你倒是给朕一点儿提示啊，什么提示都不给，就让做个选择题，那朕怎么知道A正确还是B正确呢？
“大伴，去把方阁老叫到乾清宫来，朕有话要问他。”天启索性也不琢磨了，有的事情，还是当面问清楚的好。
不一会儿，方从哲从内阁赶了过来，毕恭毕敬地给天启行了跪礼。
“搬个绣墩来，阁老坐下说。”方从哲再三推辞，终究拗不过，只好小心翼翼地坐下了。
“阁老真的打算告老还乡了？”
“臣今年六十有二，朝中诸事繁杂，臣真的担不动了。”
天启闻言，只是叹气，片刻之后又问到：“若朕非让你留下来，你又如何？”
方从哲起身，缓缓跪了下来，“臣，唯有鞠躬尽瘁矣。”
“你若走了，何人复可为首辅？”
“刘一燝，韩癀皆可。”
天启闻言，不置可否，当今朝堂上的局势，这一个多月他也摸了个七七八八，方从哲作为三党共主，更是三党最大的靠山，若是一撸到底，那么三党同盟的实力将会遭到巨大的打击，刘一燝和韩癀虽然立场比较中立，但其实都是东林党人，不论谁主政内阁，都会成为东林党的靠山，此消彼长之下，东林党在朝中的权势将无人可敌。仔细考量之后，天启计议已定，方从哲既不能彻底地告别朝堂，内阁也不能交给东林党！
十月十二日，天启下诏：“首辅方从哲，历任三朝，实为肱骨，朕本念臣老而益孝，当准其告病。然朕初继大统，国事体重，犹不能独断。故，加封方从哲太子少师，命乾清宫行走。免其他职。”
诏令一出，满朝哗然，一来，天启16岁登基，老婆都没娶，更别提太子了，这倒好，提前吧太子少师给封了出去，二来，行走乾清宫这个待遇，通常是皇帝极为亲近的人才能享有的，而且一般是皇帝“出不了”乾清宫的时候，才会让臣子到内宫里去见面，比如泰昌皇帝病重的时候，顾命大臣都获得了“行走乾清宫”的权利。
尽管天启对方从哲的新安排让满朝文武目瞪口呆，但是大家却没多少心思放在这上面，因为和那些虚名比起来，空出来的这个内阁首辅，显然要实在得多。山雨欲来风满楼，一场新的政治风暴，正在北京城中酝酿。
