不过，以上都没有军队编制改革带来的震撼大。
按照前来雷州的教官头子洛雷斯的说法，“李岩阁下，你们大明军队的编组方式已经过时了，您即使装备最新式的火枪，也不能最大程度的发挥它们的威力。”
洛雷斯的说法，李岩是赞同的。每一样军事技术方面的进步，总会带来军队编制方面的变化。就比如马镫马鞍的出现，极大的解放了骑兵的双手，让他们能够如同步兵一般，双手握紧武器，由此促进了骑兵成为一支重要的战略兵种，再不是步兵的补充。
而现在，燧发枪的出现，同样引发了军制改革的需要。
火器刚出现的时候，由于火枪射击效率低下，准备发射的时间很长，比如火绳枪，大概也就一分钟左右一发。并且，精度与射程都很不好，为了加强威力，只能靠密集的阵型形成密集的火力来对抗行动迅速的冷兵器部队。相应的，也需要旧式军队向近代军队过渡，改进军事编组方式，并加强纪律性教育，提高军队向心力。
李岩对洛雷斯的提议表示赞同，但是对他提出的让自己的军队直接采用西方的编组也持保留性意见，因为与从事大明的习惯称谓有较大冲突。李岩最先想到的军事编制就是北洋军阀的编制，并加以改良。从上到下，北洋新军的编制分为：镇、协、标、营、队、哨、棚。一个镇有12000多人，采用了二二制。
主要是这些军事单位在古代都有出现过，李岩直接引用并不会让人有太多冲突感。李岩只是将二二制改良为三三制。一棚十人，一哨30人，以上以三倍之，加上一些辎重部队与炮兵协等，这样一镇就有10000人左右。
当然，李岩的军队暂时没有那么多，只有3500人，还委派了1200在肇庆。这支军队自然是朝廷负担，自己倒是省了一大笔费用。只是，自己的实力却被削弱了。李岩的规划，这些军队主要组成自然是步兵。李岩计划将自己的军队再次扩充至一协2400人的规模，同时配备一个加强营的骑兵500人，这支骑兵直接归自己指挥。另外还将配备一支小型的火炮编队，只有10门12磅野战炮，打算每门炮配备十人，也就是一百人的编队。
因此，可以姑且称之为一个加强协吧。
这些新兵不用太多训练个人武技，主要还是体能训练与火枪射击，倒也算是符合潮流。然而，阎童这个武痴提出了一个想法。他们面对的主要敌人是满清的军队，这是一支大量弓箭与马匹的军队，为了抵抗他们的弓箭，与骑兵，最好还是配备一定的盾牌兵，以及长矛手。
李岩曾将师徒否决他的设想，自认为穿越人士了解后世的发展方向。可是，经不住阎童的软磨硬泡，还是打算做一番实战演练。
事实证明，阎童的顾虑是有道理的。即使是燧发枪，他们的射速能达到一分钟两到三发，在线膛枪没有大规模装备部队的情况下，有效射程只有七八十米，这个距离，骑兵只需要六七秒的冲锋即可抵达。这个距离，最多够火枪队完成一次射击。如果没有盾牌兵与长枪兵阻挡，火枪兵只会更加的慌乱无助。
李岩推而广之，即使自己所属的直属军队全部装备了米尼枪，也不可能保证将大明所有的军队全部装备米尼枪，主要是费用太高了。据估计，即使李岩自己制造一只合格的米尼枪，造价也不会低于50十两，装备一支十万人的军队就需要采购费用500万两。而南明的军费是多少呢？后世有人找到了南明的财政收入，一年不过500-600万两。
而李岩想要将自己的军队全部装备米尼枪也基本上不现实，不仅是因为自己财力不足，也是因为自己时间也很紧张。李岩多番思量，才决定，组建一支以装备普通燧发枪的部队为主力，装备米尼枪的阿部队作为狙击手部队使用的方案。
其实，李岩也有一个现成的编组方案可以参考。在十七世纪中叶，为了适应当时的战争规模、战术变化和火器的进一步发展，西班牙方阵进行了改革，其具体的变化就是大幅度减少了长枪兵的份额而增加了火枪兵，大体上长枪兵占百分之二十五，而火枪兵则达到了百分之七十五。李岩参考面对的满清军队骑兵多、弓箭手多的情形，决定在每个棚十人中进行分组，最强壮的两人担任刀盾手。所谓的刀盾就是盾牌上装有长刀的特殊盾牌，次强壮且经验丰富的两人担任长矛手，另外六人全部担任火枪手。由于装备的是燧发枪，能最大程度的发挥火力优势。
至于装备米尼枪的狙击部队，自然就全是火枪队了。
另一只重要兵种，骑兵，李岩的方案是装备改良的三眼燧发火铳。不过时间关系，还停在设想中，此时，骑兵还是只能装备长柄大刀。
不过，这都是硬件方面的建设，军队建设的软件方面，比如纪律性训练与思想教育，还是只能依靠军官的教育。这方面，还是需要葡萄牙职业军人的训练。
葡萄牙作为殖民的先锋，虽然已经落后于西班牙、荷兰甚至英国，但是其军队还是一支近代化的军队，其战斗力并不逊色于主要国家。像二十几年前爆发的澳门之战。荷兰远征舰队凑齐了13艘大小战船与1300名兵士，打算远征澳门。面对的澳门守军，有少量守军被派去北方，支援明朝对抗满清军队的战争。因此，当首领卡瓦略清点可用之兵时，发现除剩下的50个火枪手外，全城只剩下百名能够使用武器的人。另一批可用的人力资源，就是为士兵们服务的黑奴。
但就是这么点人，最后竟然还是打败了人多势众的荷兰人，取得了澳门之战的胜利。从侧面证明了葡军的战斗力。所谓能者多劳，军队战斗力的提高与纪律教育，自然还是靠葡萄牙的教官。
李岩作为门外汉，只能在思想方面加强一下教育。此时，太先进的思想无法提出，否则李岩很有可能被吊死在歪脖子树上。他提出的，也无非是忠于大明，保家卫国。
其实，古代也有几支部队的思想教育很不错，比如王彦的八字军，岳飞的岳家军。李岩引为己用，提出在士兵的胳膊上纹上“驱除鞑虏，复我河山”八个大字，甚至，为了服众，李岩带头在两个胳膊上纹上这八个字，获得了士兵们的赞同，纷纷纹身。
然后李岩向大家解释这八个字的含义，再加上满清所作的暴行比比皆是，一经宣传，士兵们都是义愤填膺，思想教育成果还是不错的。
