《汉书·艺文志》有九派十家皆出于王官之说，胡适作《诸子不出于王官论》，力驳此说，以为诸子之出并无背景。傅斯年说胡适之论“甚公直”，但亦“不尽揣得其情”。诸子虽并非出于王官，但“诸子之出实有一个物质的凭借”。这个“物质的凭借”是什么？他说：
百家之说皆由于才智之士在一个特殊的地域当一个特殊的朝代凭借一种特殊的职业而生。
具体说来，儒家是起于鲁地，后流行于各地的“教书匠”。墨家为儒家之反动，其中一部分职业与儒者同，另一部分则各有其职业。纵横、刑法本身就是一种职业。史官这种职业可以造就一些多识前言往行、深明事故之人，所以道家之老子出于史官是自然的事。一切名家辩士，大都是诸侯所养的宾客，他们专以口辩谋生活。总之，无论是有组织的儒墨显学，还是无组织的学派，思想倾向都受其职业的支配，所以《汉书·艺文志》说诸子出于王官，“其辞虽非，其意则似无谓而有谓”。
傅斯年对诸子产生的地域背景作了分析。他说，齐地近海，可能因海路交通而接触些异人，且是西来移民之最后一层次，加上姜田两代颇有些礼贤下士的君王，所以这里文化发达，且有其特殊性。齐国贡献于晚周文化的约有5类：宗教、五行论、托名管晏的政论、齐儒学、齐文辞。鲁是周人在东方开辟的殖民地，西周亡后，“周礼尽在鲁矣”。然鲁毕竟是二等国家，其富与强难得与齐楚秦晋抗衡，于是拿诗书礼乐作法宝的儒家产生于此。而儒家弟子一出鲁国就变了样，墨子最明显。墨家为何在宋地最盛？傅斯年说，宋是文化悠久的国家，当时齐人之夸、鲁人之拘、宋人之愚，都是很有名的（如寓言中揠苗助长、守株待兔之人皆指为宋人)，宋地文化既高，其人心术质直，民风淳朴，且富有宗教性，所以墨家能以宋地为重镇。周郑在当时为一文化中心，文化比较落后的三晋因地近周郑而受其影响，出了不少学者。
傅斯年认为先秦诸子有组织系统者少，无组织系统者多。儒家为有组织之宗派，墨家组织最为严整，其余如道、法、阴阳、纵横、名辩诸家，均非有组织之宗派。其或为独行之士、个体思想家，或为求治世之术的人、诸侯的宾客。
（2）儒家与墨家、黄老学派之争。傅斯年认为儒家是先秦诸子的先驱，孔门弟子游说四方，阐扬己说，开诸子争鸣之风气。孔子的先人是殷王室后裔，其家世传旧礼，故儒学殷遗之色彩十分浓厚，但对周之政治亦充分肯定，可以说其政治以周为目标，其宗教以殷为归宿。
进入战国之后，儒家首先遇到了来自墨家的挑战。墨子早年学儒，后以不安于儒学而革命，故其学说之内容范围全与儒同，而立意却全与儒家异。儒家倡“亲亲之义”，墨者倡“尚贤”；儒家以为事皆有别而墨家主张“尚同”；儒家说爱有差等而墨家言“兼爱”；儒家区分义战与不义之战，而墨家有“非攻”之说；儒家主张厚葬而墨家力主“节葬”；儒家言天命，墨家言天志；儒家“敬鬼神而远之”，墨家确信鬼神存在；儒家持命定论而墨家有“非命”之辩。可见墨家学说立意无不与儒家对立，但是从逻辑学的角度看，这种对立仅是度的问题，在诸如尚贤、爱人、战争观、鬼神观、礼乐观方面二者亦有相通之处。总的说来，儒家“持中”而墨家走极端。儒、墨之争的结果是儒胜而墨败。
战国时期，儒家还遇到了黄老刑名一派及阴阳家的挑战，入汉以后，儒家与他们的争斗更加激烈。傅斯年说：
儒家、黄老之战在汉初极剧烈，这层《史记》有记载。汉代儒家的齐学本是杂阴阳的，汉武帝时代的儒学已是大部分糅合阴阳，如董仲舒；以后纬书出来，符命图谶出来，更向阴阳同化。所以从武帝到光武虽然号称儒学正统，不过是一个名目，骨子里头是阴阳家已篡了儒家的正统。直到东汉，儒学才渐渐向阴阳求解放。
孔子是旧文化的继承者，后来为什么会成为两汉新时代的中心人物？傅斯年说，孔子的政治思想是行霸道，“强公室杜私门”，与当时的社会相合。所以成了邹鲁地区的“大闻人”，在国际上影响很大。秦汉虽然是一个新的时代，但孔子的思想里也有与这个新时代合拍的东西，而且其学派势力大，传人多，在这方面比其他学派也有优势，所以尽管他们的某些主张与新时代相悖，但是汉朝找不到比它更合适的统治思想。儒家思想在汉代站稳了脚跟，以后不断随着时代的变化作些小变动，遂统治中国社会达二千多年。他还认为，中国社会虽然经过了战国的大动荡，但宗法制度未破除，宗法思想仍支配社会伦理，黄老申韩诸学说可用于政治，但却不能为社会伦理观念所认同，故难深入人心。而儒家思想保留宗法观念最多，易于为社会所接受。
（3）老庄学派及其演变。清人汪中认为《史记·老子韩非列传》中之老子实为三人：著五千言者为史儋，孔子问礼者为老聃，家居苦县者为老莱子。傅斯年同意汪中说，认为《老子》的作者是战国人太史儋。《老子》一书的内容大约可分两方面，一是道术，二是权谋。这两方面其实是一回事，道术是权谋的扩充，权谋是道术的应用。老子生当战国之乱世，通晓往古史事，洞彻事故人生，所以其书中“全无主观之论，皆成深刻之言”。《韩非子》一书中《解老》、《喻老》两篇所解释的，正是老子的本旨。
他认为今本《庄子》乃向秀、郭象所编定，其分为内、外、杂三部分全凭主观，既无逻辑标准，也无前人遗说为据。若以《天下》篇衡量，则《逍遥游》、《秋水》等篇最接近庄子的本旨。是则外篇、杂篇反比内篇更能反映庄子的思想。在傅斯年之前，学界普遍认为《庄子》的内篇反映了庄子的思想，而外篇乃其后学所作。近些年有的学者深入研究《庄子》一书，所得结论正与傅斯年的观点相向。
傅斯年认为，汉初的黄老之学并没有大变老子的要旨，即以阴谋运筹帷幄之中，以权谋术数决胜千里之外，史称汉文帝好黄老刑名，今观其行事，持大体、不扰民、尚节俭、除浮华，以无用为用（对功臣），以柔弱胜刚强（对诸侯王），这并非庸人多厚福，乃帷帐中之深谋也。所以尽管贾谊少年气盛，侈言高论，但文帝终不为其所动。辕固生说《老子》“此家人言耳”，亦可见汉初人认为老子乃处世之论。此后黄老之学中渐杂神仙方士之说。
神仙方术本起于燕齐海滨，因其影响力小，故求比附显学以自重。秦始皇坑术士而扶苏谏曰“诸生皆诵法孔子，今上重法绳之，臣恐天下不安”，把坑术士说成坑儒生，则当时术士自附于儒家可知。文景之世，黄老成为显学，于是神仙方士又附于黄老，《淮南子》一书已显露出这种趋势。神仙方术与道家合流是时代的产物，不是道家思想本身演化的结果。汉武帝尊崇儒学，阴阳五行之说随之大盛，黄老之学式微。但其在民间仍旧流传，当政者亦未能完全抛弃此学说，如宣帝就鄙薄儒术而尚黄老刑名之学。这时阴阳学说已磅礴于世，道家便向它靠拢，用它作为阐扬己说的载体，这与汉初的黄老之学便大异旨趣了。
汉魏之际，儒学停滞，老氏之学复兴。傅斯年强调指出，魏晋时期的“老”是“庄老”，既不同于战国的老学，也不同于汉初的黄老。黄老乃治国之具，庄老乃玄谈之资。有关《老子》和《庄子》的区别，《庄子·天下篇》讲得很清楚。《老子》世事洞明，主张以权术御众；《庄子》人情练达，流露出无可奈何的感情，主张糊里糊涂，以不了而了之。魏晋时人大都像看破红尘样子，与世俯仰，这与《庄子》的思想相一致。干宝《晋纪总论》说“学者以庄老为宗而绌六经”，不言“老庄”而言“庄老”，甚得时代之要旨。魏晋人取《老子》以释《庄子》，这样老子之学的经世之意被掩没了。至于说晋人葛洪的神仙之术，北魏寇谦之的符录之术，离老子学说就更远了。
傅斯年对于先秦诸子中的其他学派，如儒家的孟荀二派、墨家、道家的庄子学派、阴阳家、齐晋的政论家、稷下学派、杂家等等也都作过一些分析研究，篇幅所限，不再详述。
2.《性命古训辨证》
在《性命古训辨证》一书中，傅斯年对中国古代之天命观、人性论进行缕述分析，进而深入探讨中国思想史中的许多重要问题。
在这部书的上卷中，他将周代金文、《尚书·周诰》、《诗经》、《左传》、《国语》、《孟子》、《荀子》、《吕氏春秋》中的生、性、令、命四字进行了全面统计、排比，而后分析研究，所作结论是：
独立之性字先秦遗文所无，先秦遗文中皆用生字为之。至于生字之含义，在金文及《诗》、《书》中，并无后人所谓性之一义，而皆属于生之本义。后人所谓性者，其字义自《论治》始有之，然犹去生之本意为近。至《孟子》，此一义始充分发展。令之一字自古有之，不知其朔。命之一字，作始于西周中叶，盛用于西周晚期，与令字仅为一文之异形。其“天命”一义虽肇端甚早，然天命之命与王命之命在字义上亦无分别。
此书上卷重在解释性、命二字的字义及其演变，一般不涉及思想方面的问题。中卷主要讨论周初至战国时期的天道、人性观念，其中尤以儒家各派与墨家为重点。
傅斯年认为，远古时代人们以自然、自然力或祖先为崇拜对象，并没有产生抽象的皇天观念。经过了“甚多政治的、社会的、思想的变化”以后，才由宗神演进为上帝，由不相干的群神演进为皇天的系统。在中国上古社会，每个部落都有其特殊的宗神，部落间的混合，导致宗神的混合。后来大一统的思想发展起来，便形成了普遍的混合。他对孙海波《甲骨文编》中的“帝”字进行统计，计得61例，其中单称“帝”者26例，用作动词意义与“禘”同者（甲骨文中帝与禘为一字，祭帝之礼为禘，禘之对象曰帝）17例、用为先王名号者6例，意义不详者14例，称上帝者1例。据此统计看，不著名号之帝出现次数最多，从占卜内容看，此乃上天之主宰。其余先王或图腾前冠以帝字者，乃次等之帝即所谓配天、郊祀者。看来殷人最初只有单称的帝，后来先王等也冠以帝字。为了将天帝与祖先之帝加以区别，乃在单称的上天之帝前面加上一个“上”字曰“上帝”。后来周人继承殷商文化，把殷人的上帝置于其宗神之上。经过这番转移，上帝便成为一普遍的观念，“无偏无常”、“其命无常”，完全失去了宗神性。他概括西周初年统治阶级中的天道观念说：
此时此辈人之天道观，仍在宗教的范畴内，徒以人事知识之开展，故以极显著的理论色彩笼罩之，以为天人相应，上下一理，求天必先求己，欲知天命所归，必先知人心所归……此说有一必然之附旨，既天命无常是也。惟天命之无常，故人事之必修。此一天人论可称曰“畏天威重人事之天命无常论”。
傅斯年说，当西周全盛时，王庭中有这样一种人，他们上承夏商文化之传统，下启文化转变、思想发展之端绪，在王迹赫赫时，他们不过为王朝典守文献、增助文华，等到王纲不振时，这些人的地位便渐渐提高了。宗周既灭，他们散往各国，得到发挥才智的场所，于是异说纷出。东周的天命论，便是他们讨论的大题目。大体说来，当时出现了五种不同的天命论：
（1）命定论，以为天命固定，不可改易，此观念源于民间。
（2）命正论，以为天眷无常，天根据人的行为善恶以降福祸，这是周人的正统思想。
（3）俟命论，承认天福善祸恶，但认为天有时亦不按此原则行事，此说流露出非宗教的道德思想趋向。
（4）命运论，此说自命定论出而更有理性色彩，它源于民间迷信，至邹衍创立五德终始之论，乃形成复杂的系统。
（5）非命论，此论自命正论出，而更变本加厉，墨家持此说。
傅斯年明确指出，西周与战国是两个完全不同的时代，介于二者之间的春秋时期是一个转变的时期，一个充满矛盾的时代。在这个时期，旧观念尚未完全破除，新思想已在萌生之中，对于天人关系的看法也是如此。
春秋时期的社会变动在孔子思想中有明显反映，他谈性命与天道，都表现出过渡的、转变的色彩。他一方面继承了传统的天命现，认为天有意志，命定论的意味很浓；另一方面又有了命正论的成分，认为人的善恶是天行祸福的依据。此二者调和的结果是走向俟命论，即所谓尽人事而听天命。孔子谈天道，总是在若隐若显之间，持模棱两可的态度。
孔子的人性论中也充满着矛盾，孔子以前的人以为人生来就因族类、等级不同而其性亦不同，到了孟子则提出人生来皆具善性，圣人善于扩充善性，后来才与常人有异。孔子介于二者之间，一方面说人生来性相近，因习染而相远；另一方面又说人有上智下愚之分，有生而知之与学而知之之差别。
孔子言中庸之道，持中间立场，墨子沿着与其相反的方向走向极端。儒者于鬼神疑信参半，时而表现出不信的姿态，墨子则坚信鬼神存在，弃儒家的天道自然论而向全神论迈进。但墨子是一位革新的宗教家，他把天人格化、道德化，将人的道德理智全纳入宗教范畴，对儒家的命正论、俟命论提出严厉批评，以为朝代兴亡、人之祸福皆由人的行为造成，非天所预定。傅斯年说，墨子虽为士大夫中人，但其教徒中甚多工匠及下层民众，这与儒家之阶级属性显然不同。但傅斯年不承认阶级的差别将导致思想观念的差异，不能由此揭示儒、墨立论相悖的深层的原因。
傅斯年说，大凡以宗教为本的思想家皆侈言天而少谈人性，墨子是其代表。务求脱去宗教色彩的思想家，则极力避开天而另立“大本”，最适合作大本的莫过于人了，孟子则如此。孟子从反墨学的立场出发阐扬儒学，比孔子更近于泛神沦和自然神论，更少宗教色彩。他在性格、言谈、逻辑方面皆非孔子正传，立意常与《论语》悖。他喜谈人性，首创性善说，认为仁义礼智皆是生来就有的禀赋，扩充之则为善，否则，为外物所累则为恶。他强调内心修养，不重力学，与孔子的人性说、教育论是不同的。孟子也谈命、天命，但他说的天命含有义、利的意义。他有时将性、命二字连贯使用，视天命与人性为一事，“谓性中有命，命中有性，犹言天道人道一也，内外之辩妄也”。其思想是泛神论的、半自然论的、人本主义的。他用人道解天道，使得儒家思想前进了一大步，人本主义形成了。
荀子持性恶说，认为人之生也本恶，其所以至善者，人为之功也。这就等于说，历代圣贤皆学问而得，力行所致，如从其本性自然发展，则只能归于恶而无法达到善。这种理论虽难自圆其说，但从逻辑方面看远在孟子性善说之上，与孔子的人性说较为接近。尤其是由此引发的力学论，更与孟子相违而得孔子正传。在天道观方面，荀子超越孔、孟故域，另辟新径，走尽泛神论之路，达到无神论境界。他评价荀子之学是“一面直返孔子之旧，一面援法而入以成儒家之新”。
他总结儒家天道观念发展演变的过程说：
