傅斯年对殷周时期的班爵制度进行研究，认为《周礼》上说的“五等爵”制与《尚书》、《诗经》、金文不合，以其他史籍推论亦不可通。他依据顾栋高的《春秋大事表》，参照金文资料，对周代诸侯国之爵名、地望进行全面统计，据此分析说：称公者除王室卿士外，只有宋国；侯、伯独以姬姓为多；称子者非蛮夷戎狄即奉前代之祀者，姬姓甚少；男实乃诸侯之附庸。
傅斯年从字义入手对殷周班爵制进行分析。他说：公与兄、君、尹、昆、翁、官、哥似皆一名之分化，当时乃一泛称，不是爵名。宋国不在诸侯之列，既不可称侯，又不能称王，所以取此泛称曰宋公。侯，射侯之义，如汉代之所谓“持节”（持符节以作凭证），为王守土御乱称为侯。伯者长也，亦一泛称，不是爵制，受封于畿外的侯可以称伯，王之卿士亦有称伯者。伯与侯的不同在于，封于畿内者不称侯，而不论封于畿内、畿外者皆可称伯。“由此可知伯为泛称，侯为专号，伯为建宗有国者之通称，侯为封藩守疆者之殊爵也”。子、男意义甚明确，皆附庸隶属之意。子是对伯而言，男是对侯而言。总之，他认为公、侯、子、男，都是家族内部所用的称号，起初不指官爵，也不是指班列；侯是对武士的称谓。这两类名称都是宗法制度下的产物。在宗法制度下，“制则家族，政则戎事”，官属、邦君皆世袭，而周与封国的关系，非同宗即姻亲，非姻亲即“夷狄”，所以这些家族称谓也就成了政治称谓。到了战国，宗法之制与国家政治分为二事，当时学者不明白这一点，乃用班爵之说解释上述称谓，遂有《周礼》之“五等爵”说。
总之，他认为“五等爵”并非一回事，既无差等可言，亦无所谓班列。商周时期是否存在班爵制度？学界对此多持肯定态度，傅斯年的上述观点，仅可聊备一说。但是，《周礼》上所记的“五等爵”不符合历史实际，已成为学界之共识，为不刊之论。
关于周初的分封，傅斯年也发表了与众不同的见解。《诗经·小雅·大东》有“小东大东，杼轴其空”一句诗，郑玄笺云“小也大也，谓赋敛之多少也。小亦于东，大亦于东，言其政偏，失砥矢之道也。”傅斯年说这是“求其说不得而敷衍其辞者”。他认为大东小东是地理名称。《诗经·鲁颂·閟宫》有“奄有龟蒙，遂荒大东”句，已指明大东之所在，即泰山以南、以东的地区。而小东当指今山东、河南交界处的范县、濮阳一带，即秦汉以来的东郡。此一地理概念与周初封国之地望关系甚大。
傅斯年认为《诗》、《书》所载周之功业，乃周太王至宣王数百年经营之结果，后人误认为宣王以后的齐、鲁、燕之地就是周初的封国，这实在是不妥之甚。他对周初东方的封国作了研究，认为鲁、齐、燕初封时皆在成周东南，后来才迁至今山东、河北一带。
《史记·燕世家》说“周武王灭纣封召公子北燕”，让他管辖陕以西的地方。召公既主陕以西之地，其封国便不会在今河北省的北部。因为二地相距甚远，往来太不方便。而且武王灭纣时，东方尚未平定，根本不可能在河北地区建立燕国。金文中燕皆作郾，汉代颍川、汝南二郡（属今河南省）有郾县、召陵县，即有郾，又有召，足以证明召公初封于此。
《诗经·鲁颂·閟宫》两次提到分封鲁国之事，明明白白地告诉人们鲁曾迁徙。春秋时成周东南有鲁县(今河南省鲁山县)，鲁国初封可能就在这里。《史记》说周公危难时出奔至楚，鲁县正处后世楚国境内。周公的儿子伯禽封鲁，另一个儿子嗣周公封于王畿之外，其余的儿子封国均在鲁县东北一线上(蒋除外)。此皆说明今河南鲁山县一带是周公的初封之地。
《国语·齐语》说“齐许申吕由太姜”，可见姜姓诸国皆因与周世代通婚而受封。由《左传》看，申、吕、许皆在成周之南，即今河南省西部地区。古籍中称太公望为吕望，《尚书·顾命》中有齐侯吕伋，西周时男子不称姓，国君无氏，则此吕系封邑无疑。据此可知太公初封于吕，后迁至齐，故后世仍以吕称。吕东迁建立齐国后，吕地仍为一封国。此封国是否为太公望之后不可考知。
傅斯年论述周初封国的地望、方域时，所据资料实有过于薄弱之嫌，推测臆断处亦颇多。但他讨论此问题的立点及方法是值得重视的：后人往往以“大一统”的观念看待三代历史，以为殷、周初建时便为泱泱大国，乃至拿其兴盛时期之文化、疆域置于其初建之时，于是造成了对许多史籍、史事的误读，这是今天研究先秦史仍需注意的问题。
6.东北地区史研究
傅斯年对中国古代史研究虽然涉及到东北地区，但较为深入的进行研究是在《东北史纲》第一卷中。此书第一卷的标题是“古代之东北”，主要叙述上古至隋代以前东北地区的民族分布、民族迁徙演变、区域关系、地理沿革等。
在第一章中，他首先以民族学知识，说明古代东北人与中原人属同一种族。又依据当时考古发掘的资料，指出辽宁一带新石器时代的文化遗存，与仰韶文化“异常的合同”，从而说明上古时“东北在文化及民族上即为中国之一部”。而后根据先秦典籍、历代史书、朝鲜史籍等文献资料，勾画出东北民族由肃慎经挹娄至女真的族名演变脉络，说明古代渤海两岸本为一体。同时通过清理古代神话，比较东北各族与内地民族生活习俗的同异，说明东北部族与东夷族、商族及后来的汉族关系均甚密切。其结论是“人种的、历史的、地理的，皆足说明东北在远古即是中国之一体”。
第二章主要讨论战国秦汉时期东北各族与内地交往的情况。他首先依据《史记》等书的史料，指出燕、秦、汉政府均曾在辽东设郡进行管理，东北与内地的关系比南粤与内地的关系密切得多。而后根据扬雄《方言》中的记述，断定辽东、辽西至朝鲜，在东周秦汉时为一方言区，其方音“皆汉语之音变，并非异族名词之借用”。
第三章讨论西汉至魏晋时期内地政权在东北地区所设的郡县，编制成十分详细的“东北诸郡县沿革表”。
第四章述说两汉魏晋时期东北各族分布情况。本章上篇胪举史料，附以识语，述此时期东北之民族。所引材料，大部分出自《后汉书》、《魏书》、《魏略》、《晋书》及《北史》；所涉及的民族，有夫余、挹娄、高句骊(高句丽)、沃沮、氵岁及三韩。下篇先论述各族的地望、族类，而后述其分化、演变、部族迁徙及其与该地后起民族的关系。
第五章叙述汉晋之间有关东北地区的几件大事，分别是曹操征乌桓、公孙氏据辽东、毋丘俭平高句骊、慕容廆创业辽西。
此书仓促写就，在史料运用、史实考证及若干细节方面甚多罅漏粗疏处。出版之后，曾受到缪凤林、郑鹤声等人的激烈批评。从傅斯年手拟的一份写作计划来看，他曾打算回答缪、郑等人的批评，亦准备对《东北史纲》第一卷进行修订，终因工作繁忙而未果，尽管此书存在一些问题，但它的学术价值及政治意义皆不容简单予以否定。
7.秦汉史与明史研究
傅斯年一生治先秦史用力最多，除此之外，他对秦汉史的研究也颇有成就。他在北京大学曾开设“秦汉史”课，惜其讲义没有保存下来。他的学术论著中，讨论秦汉思想史的地方也很多，下文尚有详述，兹不赘论。1942年4月至10月间。他曾因推荐劳干的《西汉地方行政制度》一文，给吴景超写过二封长信，阐述了他对西汉政治制度的看法。他认为西汉初年分封同姓王的制度，既不同于西周的分封，而后来中国历史上也无其例。封国自置官吏，自行征收赋税，有自己的军队、法律，保持相对的独立性，因而它不是西汉政府的地方行政机构。另外在傅斯年的档案中，有一份名叫《赤符论》的文化史通论写作提纲，共列有30个题目，其中泛论3篇；旨论20篇，讨论秦汉时期的政治、社会、文化、人物等；枝论4篇，讨论文学、艺术方面的问题；辅论7篇，讨论南北朝至清代之哲学、宗教及文化等。由此看来，傅斯年对汉代历史肯定有深入的研究，有真知灼见，只是没有著之竹帛流行于世而已。
傅斯年对明史颇有兴趣，而且下了很大的功夫。虽然他发表的关于明史的论文只有《明成祖生母记疑》和《跋〈明成祖生母问题汇证〉并答朱希祖先生》两篇文章，但他在明史研究方面的素养和水平却为学界公认。在史语所保存的傅斯年档案中，有王云五、黎东方邀请他撰写明史的书信数封。黎东方的信说，如果傅斯年不答应，再找吴唅写。傅斯年在写给胡适的信中，曾表示要给明太祖写一部传，大约也是因为事务繁忙而未能如愿。后来，吴晗写作《朱元璋传》时，曾先将写作提纲寄给傅斯年请求指教。吴晗的信中还说，他最近在清华学校发表的《明教与大明帝国》一文，是“三年前在北门外草地上躲避警报时和先生(指傅斯年)的一次谈话演绎而成文”。另外，在傅斯年1939年的一个笔记本中，记有他准备编写的《明书三十志》的目录，这30篇志是：
历法志、皇统志、祖训志、地理志、京邑志、土司边塞志、氏族志、礼乐民风志、学校选举志、职官志、刑法志、兵卫志、财赋志、河渠志、商工志、儒学志、文苑志、典籍志、书画志、器用志、宦官志、党社志、释道志、朝鲜安南志(琉球附)、鞑靼西域志、乌斯藏志(喇嘛教附)、倭寇志、南洋志、西洋志、辽西志、建州志。
据郑天挺回忆说，傅斯年邀他共同写作此30篇志，拟用5年时间完成，傅斯年认为此志写成，则明史不必重修。他们当时还准备请汤用彤、陈受颐合作，后因战乱而未果。
从傅斯年档案看，他搜集了辽代帝后哀册的拓片，编过宋辽外交关系文书目录，可见他对辽史也有兴趣。他还准备写作《清太祖建号时八旗制之性质》等文章，又准备编写《民国北府纪》(民国史)。可见傅斯年的学术兴趣十分广泛，也曾拟定过一个庞大的写作计划，只是因为庶务繁忙，加上其英年早逝，所以许多研究成果没有留给后人。
傅斯年在古史研究方面的论著不算太多，但其学术成就却很大，在许多领域中做了开创性的工作。他提出史前文明多元说，破除了中国文明起源于中原地区的单元论；阐发夷夏东西说，认定夏朝处于较高的发展阶段上，将夏朝的历史置于考古学的坚实基础之上；论证商族起源，提出商族起源于东北说；论证商周关系，指出灭商的周人当时政治、经济、文化方面均较商落后。所有这些，都为后人的研究开辟了新的领域、新的道路。傅斯年曾致力于先秦民族史的研究，准备将研究成果集为《民族与中国古代社会》一书出版，但又感到此问题太复杂，须作进一步深入研究，故终于放弃出书的打算，而将有关章节以论文的形式在《历史语言研究所集刊》等刊物上发表。这些论文在先秦史研究方面至今仍有重要的地位。
在古史研究的方法上，傅斯年也作出了较大的贡献。首先，他用历史主义的观点研究中国古史，每研究一个问题，必将其置于历史发展的长河中，“原始察终”，考察其演变之迹，并注重从“物质的凭借”方面探究其产生、发展、演进的原因，他不仅从理论上提倡使用科学方法，而且在学术研究的实践中使用了许多科学的方法。其次，他突破了仅仅依靠历史文献研究古代历史的旧传统，充分利用新材料——甲骨文、金文及一切考古资料作为立论的依据。尽管当时甲骨文字的释读、研究还处于起步的阶段，考古资料的发现甚少，他使用新材料的数量也颇为有限，但从研究方法上看毕竟是一个重大的突破，具有开创性意义。另外，他将民族学、语言学、统计学等学科的理论和方法引入历史研究，作了有益的探索，尽管这样的方法的使用并不普遍，仅仅是偶尔为之，在他的整个学术研究中不占重要地位，但毕竟是一种重要的尝试，是一种创举。
毋庸讳言，傅斯年的先秦史研究存在着不少缺陷。他论述先秦史事，不拘泥于前人成说，思想敏锐，大气磅礴，时有石破天惊之语。但往细微处看，则不免给人以粗疏的感觉。如关于燕、齐、鲁诸国初封地的论证，多以汉代以后的地名为据，臆作推测；关于大东小东的论说，亦无充分之证据。关于造成此缺陷的原因，陈槃曾作过解释，他说“孟真师写文章，有时只凭记忆，当然疏忽的地方也是不可能免的。”这话没有说到关键处。应该说，这种缺陷的出现，与他豪放的性格，与他那好为宏论的文风有关系。我想对此用不着列举多少例证，仅仅是“傅大炮”的绰号，“学林霸才”的雅称(许冠山语)，已足以说明这个问题。当然我们还应该注意到，在证据不足时好作推测，这种情况在上个世纪二三十年代的许多学术著作中都不同程度地存在着，顾颉刚是这样，胡适是这样，郭沫若也是这样。当时新史料发现甚少且缺乏研究，旧史料芜杂而未作认真清理；史家要破旧论，立新说，多就大处着眼，而于细微处有所忽略，于史料缺乏处强作推论。时代造就了这样的治学作风，我们无须苛求于史家本人。
（二）性命之辨：中国古代思想史研究
傅斯年在广州中山大学任教时，写有名为《战国子家叙论》的讲义，对先秦诸子思想进行了论说。1936年写成《性命古训辨证》，对中国古代的人性论、天命观两个重要问题作了系统的论证和考察。今以此二文为主要依据，参考他的其他论著，讨论他在先秦诸子和中国古代思想史研究方面的基本观点和学术成就。
1.评论先秦诸子
（1）诸子出于职业说。乾嘉以来的今文经学家们以为孔子以前文化十分之落后，春秋战国之际文化的发达出自孔子的创造力，而诸子学说皆起于晚周。古文经学家们则认为中国文化发达甚早，周公是大圣，孔子述而不作，诸子学说皆有很长的渊源。傅斯年说，我们今天对西周的事情知道的不多，但可以断定当时的社会、人文已经有了相当的发展。他说：
西周晚年以及春秋全世，若不是有很高的人文，很细的社会组织，很奢侈的朝廷，很繁丰的训典，则直接春秋时代而生之诸子学说，如《论语》中之“人情”，《老子》中之“世故”，《墨子》之向衰败的文化奋抗，《庄子》把人世间看做无可奈何，皆都若无所附丽。
他认为春秋战国时期百家并兴、异说纷起，“只能生在一个长久发达的文化之后，周密繁丰的文化之中”。具体说来，当时出现诸子并兴局面的原因有如下几端：
第一，春秋战国时期书写工具有了很大进步。西周的文籍今可见者全是官书，春秋虽有《论语》那样的私家记录，却简括到令人专生误会的程度，可知当时书写条件很差。进入战国，洋洋大作见于各地，原因是书写工具进步了，著书立说有了“必要的物质凭借”。
第二，春秋战国之世，政治无主，传统已不能支配社会，加上世变纷繁，必然“摩擦出好些思想来”。
第三，春秋之世中原大乱，周边的诸侯国个个大启疆土，大开拓、大兼并使生产发展，国力增强，经济文化方面出现了新趋势。民族融汇加强，也使得文化富于前代。这是诸子思想产生的沃土。
第四，社会组织变化，部落式国家进而成为军戎大国。诸侯尚侈，养客之风大盛，为各种学说产生提供了条件。
