欧洲人对玛雅的初次了解非常偶然，那是1502年，哥伦布第四次也是最后一次远航南美（当时哥伦布误认为是印度群岛）时，在洪都拉斯海湾地区的市场上见到了一种制作精美的陶盆。据当地的商人说，这种陶盆是从一个叫“玛雅”的地方运来的。这是欧洲人首次听到“玛雅”这个名字，但他们并没有在意。
欧洲人与玛雅的第二次接触则颇为惊心动魄。1511年，有一艘海船从巴拿马到圣多明各去，船在途中遇海难沉没，有12个幸存者最终登上尤卡坦半岛。过了两周，这些幸存者与玛雅人遭遇，其中有5名船员被玛雅人抓住，并成为玛雅人祭坛上的牺牲品，剩下的人得以侥幸逃脱。这使玛雅人在这些欧洲人眼中留下了根深蒂固的印象，那就是恐怖、野蛮、血腥。
接下来，西班牙人开始了征服玛雅的进程。1517年，三只四处搜捕奴隶的西班牙船舰在尤卡坦北部的一处岛屿靠了岸，他们发现了岛上的居民与他们建筑的神庙。有110名西班牙士兵掠夺了神庙里的财物，其中包括一些用质量较差的黄金制成的饰物。不过，抢劫并不十分顺利，因为这些士兵遭到了成群结队的玛雅武士的突袭，但最终西班牙人借助船舰上的先进武器装备击退了玛雅人。
从西班牙士兵与玛雅战士的初次冲突到玛雅地区被彻底征服，大约经历了30年的时间。1521年，西班牙人埃尔南·科尔特斯首先征服了墨西哥中部的阿兹特克帝国。接着，1524年，科尔特斯亲自率军向东进发到达现在的洪都拉斯。玛雅人对西班牙入侵者进行了顽强的抵抗，他们携带装满箭的箭袋，棍棒的两头因在火中烤过而坚硬无比，长矛尖锐锋利，硬木剑的两头都镶有锋利的刀刃，他们还备有口哨，用鹿角敲打大海龟的背壳以助声威。但是，在装备优良的西班牙军队面前，玛雅人是如此的不堪一击，他们很快就四散而逃，有的甚至逃往丛林的深处，在那里永远地躲了起来。这样，到了1547年，玛雅人的聚居地——尤卡坦被全部征服。
然而，对于玛雅人来说，真正的灾难不是战争，而是瘟疫。玛雅人对欧洲人带来的疾病如麻疹、天花和流感不具备免疫力，有上百万人在疾病和瘟疫中丧生。至于幸存下来的玛雅人，等待他们的则是西班牙人的残酷统治。他们被夺走了赖以生活的土地，沦为西班牙领地上的奴隶。西班牙人还企图清除玛雅人的宗教信仰，于是玛雅神庙被捣毁，神龛被砸碎。传教士对涉嫌崇拜偶像者进行了严厉的惩处，他们或遭鞭打，或被滑轮分尸，或受沸水烫灼。玛雅人生活在痛苦的深渊中。但是，西班牙人对玛雅的征服也为玛雅古文明的发现和发掘创造了机会。激动人心的玛雅古文明大发现将在以后的几个世纪中展开。
