林肯当选总统的消息传出，美国南北之间的矛盾被迅速扩大。坚持蓄奴主义的南方把林肯的当选看作一场灾难，南方种植园主感到自己的利益已经受到严重威胁。他们很清楚，让林肯这样一个主张废除奴隶制的人做总统，势必将制定出一系列反奴隶制的制度，这将动摇他们的根基。为了重新夺回他们长期控制的国家领导权，制定出符合他们利益的政策，允许蓄养奴隶，他们联合起来密谋，决定在林肯就职之前就发动了叛乱。
1860年12月，南方的南卡罗来纳州在林肯宣誓就职之前首先宣布脱离联邦而独立，接着密西西比、佛罗里达等蓄奴州也相继脱离联邦。1861年2月，他们宣布成立一个“美利坚邦联”，推举大种植园主杰弗逊·戴维斯为总统，还制定了“宪法”，宣布黑人奴隶制是南方联盟的立国基础：“黑人不能和白人平等，黑人奴隶劳动是自然的、正常的状态。”
为了维护国家的统一，战争一触即发。由于美国的普选制深入人心，随着新总统的当选，国家权力的顺利交接渐成美国的传统。这当中仅有一次略为例外，就出现在1861年3月林肯就任总统之时。在3月4日就职典礼的当天早晨，同情南方的人们聚集在街头巷尾散布流言蜚语，甚至传闻有刺客蓄意行凶。陆军司令特意采取了预防措施，派出士兵在宾夕法尼亚大街两侧警戒，还在国会大厦附近派驻了一个炮兵连。林肯宣誓就职后，由骑兵护送前往白宫，开始履行总统职务。
虽然林肯宣誓就职的这一天风平浪静，之前担心的刺杀和恐怖袭击并没有发生，但林肯的心情依然非常沉重。南方各州相继宣布脱离联邦并另组政府的做法，显然已经昭示了战争将不可避免的到来。
1861年4月12日，南方联盟不宣而战，迅速攻占了联邦政府军驻守的萨姆特要塞，南北战争终于爆发。被动的联邦政府与新任总统林肯不得不宣布对南方作战。林肯本人虽然反对奴隶制度，但却并不主张用过激的方式废除奴隶制，他认为可以用和平的方式，先限制奴隶制，然后逐步加以废除，而关键是维护联邦的统一。
他说：“在这个斗争当中我的首要目的是拯救联邦，不是拯救或废除奴隶制度。如果我不能解放任何一个奴隶但却能拯救联邦，我一定会这样做。如果我能用解放一切奴隶的方法使联邦得救，我一定也会这样做。如果我能用解放一部分奴隶而暂且不顾另一些奴隶的方法来使联邦得救，我也还是会这样做。”
在这种思想的支配下，北方政府根本没有进行战争的准备，只是仓促应战，而南方则是蓄谋已久，有优良的装备和训练有素的军队，所以，在战争的初期，尽管北方在多方面都占有优势，还是被南方打得节节败退，很多险要的关隘都被南方政府占据，连首都华盛顿也险些被叛军攻破。
美国联邦政府在战场上的失利引起了广大人民的强烈不满，很多城市爆发了示威游行，要求政府采取措施扭转战局。
1862年5月，南北战争爆发后的第二年，林肯签署了《宅地法》，规定每个美国公民只交纳10美元登记费，便能在西部得160英亩土地，连续耕种5年之后就成为这块土地的合法主人。这一措施从根本上消除了南方奴隶主夺取西部土地的可能性，同时也满足了广大农民对于土地的迫切要求。
《宅地法》签署后，战局开始发生扭转。为了保护西部的土地利益，民众加入北方政府军，原本仅仅出于防守局面的北方政府军因此开始对南方叛军展开反攻行动。
同年9月22日，林肯又亲自起草了《初步解放黑人奴隶宣言》草案。1863年1月1日正式颁布经过修改后的《最后解放黑奴宣言》，宣布即日起废除叛乱各州的奴隶制，解放的黑奴可以应召参加联邦军队。他在签署了这个文件后庄严宣布：“在我的一生中，从来没有比此刻签署这个文件时更加坚信自己是正义的。”根据这个宣言，美国从法律上废除了长达半个世纪之久的奴隶制。
宣布黑奴获得自由，从根本上瓦解了叛军的战斗力，也使北方政府军得到了雄厚的兵源。南北战争期间，直接参战的黑人达到18.6万人，他们作战非常勇敢，平均每三个黑人中就有一人为解放事业献出了生命。
同年，林肯又提出“民有，民治，民享”的纲领性口号，从而使战争成为群众性的革命斗争。这两个法令的颁布是南北战争的转折点，战场上的形势变得对北方越来越有利了。
1863年7月1日到3日，南北双方军队在华盛顿以北的宾夕法尼亚州葛底斯堡展开了内战以来规模最大的一次战斗。双方激战了三天三夜，北方政府军重创南方叛军，使南军损失了3.6万人，战局从此向有利北方的方向发展，南方叛军从此转入防守阶段。
7月4日，北方政府军又在维克斯堡大获全胜。维克斯堡位于密西西比河上，是一个高出水面200英尺的悬崖，据守悬崖的叛军居高临下，可以用炮火直接威胁河上来往的船只。如果从下面攻打这个要塞非常困难。早在1862年末，格兰特就率军在海军的协助下几次攻打这个要塞，但都没成功。1863年4月，格兰特实行了新的进攻计划，先摧毁了要塞周围的各个据点，然后包围了维克斯堡。海军也来助战，从陆地和水上同时进攻，猛烈炮击要塞，震耳欲聋的炮声一直响了47天之久。7月4日，困守要塞的叛军弹尽粮绝，被迫投降，北军这一次俘虏叛军2.9万人。
紧接着，北方政府军以秋风扫落叶之势，迅猛追击叛军，1865年4月3日攻占了叛军首都里士满。4月9日，叛军总司令罗伯特·李率残部2.8万人在阿波马托克斯小村向格兰特投降。历时四年的南北战争以北方的胜利而告终。
在改造南方的问题上，林肯赞许格兰特将军释放罗伯特·李，对内乱的元凶杰弗逊·戴维斯的逃走采取不再追查的政策。虽然如此，南部奴隶主依然对林肯恨之入骨，针对林肯的刺杀计划，也从未停止过。
事实上，早在1863年，就有人在一份报纸上刊登广告：请人们为刺杀林肯募捐；而南方的另一家报纸则直截了当的重金招募刺杀林肯的人。
1864年11月，林肯第二次当选总统。当选后，林肯以极大的努力要求参众两院通过宪法第13修正案──宣布蓄奴非法。这项历史性的宪法修正案于当年终于获得通过。这项法案的成立，令南方奴隶主们感到人人自危，他们认为，再不能继续放任林肯留在总统的职位上，只要他多担任总统一天，南方的利益就会被削减三分，必须立刻动手，将此人除之而后快。
于是南方奴隶主们开始秘密挑选适合的杀手，制定刺杀总统林肯的计划。在被挑选中的诸多刺杀人选中，约翰·威尔克斯·布斯无疑是一个极佳的选择。
布斯，1838年5月10日出生于美国的马里兰州。父亲是一个成功的演员，他自己也是一个英俊倜傥、非常成功的演员，是当时许多美国女演员追求的对象。曾经有一个女演员深深地爱上了他，但当她知道威尔克斯并无意娶她时，就用刀划破了威尔克斯的脸。
布斯平时的政治倾向并不明显，但内心深处却是拥护南方奴隶主的。在林肯第二次当选总统后他去了加拿大，在那里他接受了间谍特种训练，归国之后，他参加了一个组织，这个组织内的成员包括他儿时好友米切尔·奥劳夫林和萨姆·阿诺德；马里兰州一个制造马车的乔治·阿茨罗德；23岁的药店员工大卫·赫罗尔德；前南部联邦战士路易斯·鲍威尔，还有一个曾经为叛军提供过情报的约翰·萨拉特和一些反对北方政府的人士。他们一起策划了一个将林肯绑架到里士满的计划。
他们计划在林肯第二次就职演说的当天绑架他，用来交换南部被俘的战士。他们先在白宫的一边制造了麻烦，成功地吸引了部分警力，但也正是因为这个麻烦，导致白宫的警卫提高了警惕，临时戒严，从而阻止了布斯等人的计划。
事实上，布斯在之后的日子里，一直在后悔当时没有带上一把手枪，因为他当时就站在距离总统几步之遥的地方。
这次计划失败后，布斯等人并没有就此罢手，直到南方奴隶主彻底失败之后，布斯等人依旧在积极筹谋刺杀林肯。
1865年4月14日中午时分，布斯去福特剧院取邮件，突然听到剧院经理说出总统明天要来这里观看晚场节目《我们的美国亲戚》的消息，人们之所以至今还记得这部戏剧，正是因为布斯和他的犯罪事实。为了确认这个消息的准确性，布斯多次核实，最后在经理室的一份内部海报上看到了林肯和格兰特将出席晚上节目的内容。
这个消息让布斯一阵狂喜，这对于他来说无异于天赐良机，他毫不迟疑的立刻召集了自己的同党，告诉了他们这件事。由于之前绑架林肯的计划失败，导致他们这个组织已经变得支离破碎，成员只剩下佩因、赫罗尔德和阿茨罗德了。
经过一段时间的商讨，他们决定实施他们的最后计划，阿茨罗德去刺杀副总统约翰逊，佩因和赫罗尔德去刺杀日渐康复的国务卿西华德，而心中充满了了怨恨的布斯自己，则去刺杀总统林肯。
第二天晚上8点，布斯安排阿茨罗德去安德鲁·约翰逊旅馆订房间，安排佩因扮成一个医生去给出车祸受伤的国务卿西华德看病，从而混进他的家里。布斯又安排了赫罗尔德去冒充车马，等他们得手之后好立即坐车逃走。他甚至为同伙制订了一个计划，虽然这计划看起来有些含糊。在所有人得手之后，在城东海军造船厂大桥附近的某处会合，但是再往后的逃亡计划，就再没有任何人知道了。
尽管几人的计划的很详细周密，预先考虑了很多事，但进展却并不顺利：阿茨罗德为了壮行喝醉了酒，却又临阵脱逃，根本没有敢去刺杀副总统约翰逊。
佩因和赫罗尔德刺杀国务卿西华德倒是取得了一些进展，当他们来到了国务卿西华德的家门口时，按照原先预定的计划，由赫罗尔德在门口停靠的马车上做接应，佩因则直接进了西华德的家中，拿出配置好的毒药准备给国务卿西华德服用。
但不幸的是，佩因刚走到了门口，便恰好撞见了西华德儿子，西华德的儿子告诉佩因，自己的父亲正在休息，现在不能吃药，但佩因坚持要把药送进去，西华德的儿子被佩因的无礼激怒了，他立刻下令，命令佩因马上滚蛋，怒极之下，佩因掏出了手枪，向西华德的儿子射击，但手枪却意外哑火了，佩因立刻用手枪的枪托猛砸西华德儿子的头部，将西华德儿子的头骨击裂。
之后，佩因又从包裹中抽出一把大刀冲进了西华德卧室，准备行凶，但卧室中却还有两个人，一个是西华德女儿，另一个是一位男护士，两人被突然冲进来的佩因吓坏了。男护士见情况不妙，立刻跳起来冲向佩因，被佩因抡起大刀砍破了前额，而唯一剩下的西华德女儿也吓得浑身发抖，在随后被佩因打晕了过去。
随后，佩因冲到了国务卿西华德的床前，一刀一刀地猛刺西华德。这时候，另外一个房间中的西华德的儿子也听到声音冲了进来，一番搏斗之后，也被佩因在前额划了一刀，并且砍伤了手。佩因感到时间过久，可能会引来其他人，在砍伤西华德儿子的手之后，便开始向外逃窜，但在逃窜的过程中，佩因又遇见了一个国务院的信使，惊慌失措之下，佩因把这个信使又砍伤了。一路逃窜到大门外时，佩因不停地高声尖叫：“疯了！我疯了！”
令人不可思议的是，所有遭到佩因袭击的人最后都康复了，而且西华德在林肯死后的约翰逊总统任期里还继续做他的国务卿。
相比较阿茨罗德、佩因和赫罗尔德，布斯的进展就显得顺利了许多。因为他经常在这里演出，对剧院的布局了如指掌。他事先探听到林肯晚上看戏时候会作的包厢位置，然后进行实地勘察。
林肯看戏的包厢有前后两扇门，前门紧锁，后门则是进入包厢的唯一入口，离林肯所坐的扶手摇椅只有几英尺远。坐在包厢内，他只能看到包厢内同坐在一起的几个人、舞台上的演员和从左边走下舞台的人。当天下午，布斯就趁着地利之便，在后门上钻了个小孔，看戏的人都忽略了这个重大隐患，给他在门外窥视包厢内部情况提供了方便。
包厢后门出来，有一条狭窄的甬道，甬道的另一头又有一扇通往戏院楼座的小门。这扇小门和通包厢的后门是进入总统包厢的必经之路。有鉴于此，所以布斯先就在小门上做了手脚，即在小门旁的砖墙上挖了两英寸深的洞眼，好插上木棍顶住门，不让人闯入甬道，以防外人干扰他从后门的小孔中窥视包厢的动静。
做完这一切后，他随身携带了一直口径44的手枪，但为了保险起见，后来又将一把匕首藏在了腰间。做完这些准备，布斯就安心地开始等待总统林肯的到来。
1865年4月14日，这一天正是耶稣的殉难日。心情一直抑郁的亚伯拉罕·林肯出现了难得的情绪高昂，这也难怪，给美国人带来血腥和痛楚的南北战争终于要结束了。两个星期以前，叛军首府里士满已经陷落，一个星期以前，南方将军罗伯特·李也向格兰特投降了。现在，联邦首都已经开始庆祝北方的胜利以及国家的再次统一。在南卡罗莱纳州的典礼上，罗伯特·安德森少校将在萨木特堡升起一面美国国旗，这面国旗也就是4年前当他弃守查尔斯顿港时降下的。
此时的林肯身心疲惫，却神态安逸，近几年来紧张而繁忙的生活令他变得骨瘦如柴，皱纹纵横，眼睛深陷，体重更是下降了近30磅。
