为此，5月中旬，当马科斯的夫人伊梅尔达来到纽约的那幢豪华公寓做短暂休假的时候，阿基诺决定同这位菲律宾的第一夫人好好谈谈。当两人谈到阿基诺准备回国的事情时，伊梅尔达警告阿基诺说菲律宾国内有个暗杀集团准备干掉他。同时，伊梅尔达还明确表示，如果阿基诺现在回国，“连整个军队都无法保护他”。这次谈话的内容，事后被刊登在了《纽约时报》上，可以算是阿基诺萌生回国念头后所收到的第一个“死亡警告”。
6月中旬，阿基诺打电报给马科斯，表示“本着国家和谐的精神”，愿意回国；然而马科斯的回电却是“同样本着国家和谐的精神，请继续留在波士顿”。同月月底，阿基诺在麻省理工学院的研究期正式结束，而他的护照也同时到期。但是菲律宾驻美国大使却接到马科斯的指示——不准给阿基诺发新护照。在这种情况下，阿基诺不离开美国，就必须向美国政府申请政治庇护。阿基诺认为这对他的政治形象和威望不利，所以，从这一天开始，他正式向各方奔走呼吁，要求回国。
7月20日，菲律宾外交部副部长斯特罗委托菲驻纽约领事馆转交给阿基诺的律师马西达一封长信，信中写道：“菲律宾的保安部队需要更多的时间辨认和消灭阿基诺的敌人，有越来越明显的迹象显示，这些敌人要干掉他。”卡斯特罗在信中还建议，如果阿基诺一定要回国，应延期30天成行。这是阿基诺收到的第二次“死亡警告”。
7月22日，菲律宾总统府发表正式文告，宣布菲情报机关最近破获一起企图行刺阿基诺的阴谋，但当局表示，此案尚在调查中，这进一步暗示阿基诺在此期间不要回国。然而阿基诺却认为这是菲律宾政府为了阻挠他回国而编造出来的谎言，加上不肯定马科斯的身体状况，阿基诺最后决定，他必须尽快动身返回菲律宾。
8月5日，菲律宾国防部长胡安·彭斯·思里莱打电报给阿基诺，电报称：“我们非常肯定，当你抵达菲律宾时，有人阴谋要刺杀你的。”这是阿基诺第三次收到“死亡警告”。但是此刻的阿基诺回国之意已经无可动摇，这封电报并没有能够打消他回国的念头。
8月13日早晨，阿基诺去教堂做完弥撒后，告别了妻子和孩子们，离开牛顿市，前往洛杉矶。
8月14日，他拿到一份化名为马西亚尔·博尼法西奥的护照，从洛杉矶登机出发，目的地新加坡。
8月16日，阿基诺平安抵达新加坡，旅途中并没有意外发生。
8月17日，阿基诺在当地友人的陪同下，由新山北上马来西亚首都吉隆坡。在那里，他会见了东南亚某国的3名政府代表。同一天，他订购了一张台湾航空公司由新加坡一香港一马尼拉的单程机票。
8月18日，阿基诺由吉隆坡南下，经柔佛回到新加坡。从航空公司驻马尼拉分公司的电报中他得知，菲律宾政府已提出不许反对党领袖阿基诺登机回国的要求。但此时菲律宾政府并不知道阿基诺已经到了新加坡，还以为他会经由旧金山、东京、台北返回菲律宾。
8月19日，阿基诺与友人一起乘新加坡泛美客机赴香港，然后乘华航828班机飞抵台湾。
8月21日，阿基诺从台北转机飞回菲律宾，这个消息被菲律宾反对党的一位发言人公开。消息被公布后不久，菲律宾武装部队陆军上将费巴·维尔就开始警告各航空公司，不准阿基诺下飞机；如果阿基诺一飞到菲律宾，将会立刻由原机把他送离国境，另外，菲律宾政府再次通知华航，严防阿基诺登机。华航立刻电告台北中正机场，要求比平常多加一组人员办理登机手续。
然而此时，阿基诺似乎有了很不妙的预感。他开始相信马科斯和他的夫人伊梅尔达以及其后菲律宾政府向他提出的“死亡警告”，于是在8月21日准备返回菲律宾之前，他穿上了事先准备好的防弹衣，然后才套上他的米色衬衣。
8月21日上午7点，临出发前，阿基诺给妻子科拉松打电话。在谈话中，科拉松告诉他菲律宾方面的情况，特别是费巴·维尔上将的警告。阿基诺告诉她，他的回国势在必行，如果她能取得护照，就在回国前带他们三个较大的女儿去欧洲旅行一趟。科拉松在电话里给丈夫念了一段圣经，随后又让孩子们跟阿基诺通了话。
打完电话后，阿基诺心中的不安越来越强烈，他开始写信，给每个孩子写了一封告别、致歉、祈祷的信。随后，他沉吟了片刻，决定给妻子科拉松写一封诀别信：
最爱的科丽：
数小时后，我就要踏上没有保障、仅凭信念的险阻归途。也许，这就是我一生从事战斗的终结。跟石原信太郎通完电话后，心情感到踏实多了。从窗口下望那条不知名的小河，微微月光反射着水面涟漪，往事如烟，让我想起我们生活在一起的时光。这一生，每当我忧患之时，你总在我的身边为我分担苦难。抱歉的是，此去，当你遭遇到伤心事，我已无法在你身边……我只求你原谅我的自私，因我确信你会宽恕我的，所以我才有信心踏上这条路……我这一辈子，从来不懂如何去聚财，因此，未能给孩子们留下什么。我只做了一些我应该做的事，那就是把我自己奉献给国家和国民大众。总有一天，人们对我的牺牲会有评价，那就是我留给你们的唯一遗产。我虽然不能留给你们有形的财产，但我为你们留下了用钱买不到的荣誉……想对你说很多话，可是千头万绪，不知从何说起才好，也没有太多的时间了……现在，我只是急着说一句话：“我爱你！”你对我终生不渝的爱与奉献，我能回报的竟是那么微少。虽然我从未说出口，你的存在，对我而言是珍贵而不可缺少和替代的，因为有你，我才会有今天……明天，如果获得允许，我会在晚上以前打电话给你，如果不能，就请在梦中与我相会。我会特地祈求万能的主，赐我恩宠，因为神从未抛弃过我，希望这次也如此。
你的丈夫尼诺伊上午11时。
写完这封诀别信后，阿基诺在友人的陪同下，毅然踏上了回国的旅途。8月21日中午，马尼拉国际机场外，三万五千名菲律宾人，系着黄色绸带或身穿黄色衬衫汇集成一片黄色的海洋，等候着阿基诺的归来。
阿基诺期望他的还乡有热烈气氛和隆重场面。反对派领导人已经要求左派集团合作，左派集团虽然也能召集人数众多的群众游行，但他们不想这样做，他们觉得阿基诺肯定和马科斯达成了默契，他本人还很可能同美国人以及中央情报局也有关系。
阿基诺很想在下机后见到他的母亲奥罗拉·阿基诺、最小的妹妹泰茵、反对派领袖萨尔瓦多·多伊·弗雷尔、弗朗西斯科·索克·罗德里戈和洛伦佐·塔纳吉。但由于军方早已在马尼拉国际机场布置了严密戒备，飞机跑道附近全都封闭，不得有闲人进入，因此他们都无法到达停机坪前。
贵宾室里，弗雷尔递给阿基诺的母亲等一份要求人身保护权的申请书，请她签了名。他们也预料阿基诺一下机就可能遭到逮捕，因此劳雷尔的法律办公室早已批好了这项准备提交给最高法院的申请。
这时候，飞机临近马尼拉上空。阿基诺看着底下越来越大的建筑群，扭头嘱咐他的朋友柏原说：“我们一着陆，不要忘记去我家，叫人把东西送到监狱交给我。”柏原点点头，他也预料到阿基诺一下飞机就有可能遭到菲律宾当局逮捕的结果。
数分钟后，阿基诺乘坐的811次班机刚刚在8号出口处停稳，菲律宾航空安全部队就立即上前将飞机团团包围。随后，三名军人走上飞机，他们想阿基诺说明了来意——为了防止刺杀事件的发生，他们是奉命来保护他下飞机的。阿基诺点头同意，站起身，跟随三人向机舱外走去。
同机的记者立刻站起身来，想跟上，但立刻被这三名军人挡住。随后这三名军人追上阿基诺，成品字形将他护卫在中间。当他们走进通向候机室的廊桥后，没有继续向候机室前进，而是打开廊桥的侧门，沿扶梯走下。然后，一些保安人员很快堵住了机舱的大门，让飞机上的其他人无法走出飞机。
就在机舱内的记者们猜测阿基诺被带走后会不会立即遭到政府当局的逮捕时，突然，机舱外传来一声枪响。所有的记者在愣了一秒钟后，飞快地冲向飞机一侧的舷窗，想看看究竟发生了什么事。然后，就在他们动身的时候，机舱外又传来一阵枪声。
当他们冲到舷窗前向外望去，阿基诺已经倒在了血泊之中。人们看到他脸朝下倒在跑道上，头和脖子上还不停地冒着鲜血。旁边还有一个人仰面朝天，血肉模糊地躺在他的附近。之后，保安人员迅速将血泊中的阿基诺拖进了一辆蓝色货车。周围散乱游动的十几个保安人员，都进入战斗状态，一个个俯卧在地，手扣扳机对空鸣枪。
直到这一刻，这些嗅觉敏锐的记者才骇然发现，阿基诺在回到菲律宾国土的这一刻，没有遭到政府当局的逮捕，却遇上了一次明显蓄谋已久的刺杀。刺客得手了，阿基诺如今生死不知。
刹那间，几乎所有人的脑海里都同时泛起了一个人的名字——马科斯！
美国时间凌晨2点，纽约基奥多新闻通讯社打电话到科拉松寓所，将这个不幸的消息告诉了她和她的孩子。当时科拉松心中还存有侥幸，认为这只是一个没有被核实的“误报”。直到合众社和美联社纷纷打来电话，最后就连阿基诺的老友石原也打来电话通知了她这个不幸的消息，科拉松也意识到，阿基诺竟然真的就这样离开了人世。她立刻带着孩子们动身前往在马尼拉市的家。
阿基诺遇刺身亡的消息令整个菲律宾大为震动，人们纷纷动身前往那所位于泰晤士街的普通房子，去吊唁、瞻仰他们心目中的民族英雄阿基诺。看着成千上万的民众从菲律宾全国各地赶来，向阿基诺表示崇高的敬意和悲伤，科拉松做出一个伟大的决定，她将继承丈夫的事业，直至菲律宾实现自由和民主。
8月25日，阿基诺的遗体被庄严地停放在教堂里。在从阿基诺家到教堂长达两公里的街道上，沿途观看或向阿基诺灵柩默哀的人大约有几十万。
8月27日，阿基诺的遗体被运回他的故乡打拉省，在那里人们为他做了两昼夜的弥撒和祈祷。
8月29日，当45辆运送和护卫遗体的车队又返回马尼拉、途经中吕宋省时，烈日下早有数万人站在公路两旁，他们已等候了好几个钟头，就是为了看一眼阿基诺的灵柩。
8月31日上午10点，马尼拉红衣大主教海梅·辛在圣多明戈大教堂为阿基诺葬礼做最后一次弥撒，圣多明戈大教堂一时人山人海被围得水泄不通。
弥撒之后，阿基诺的遗体由一辆小轮卡车载往马尼拉公墓。这一天，马尼拉市万人空巷，所有人都来参加这次葬礼，向他们心目中的民众英雄表达无限的哀思。从圣多明戈大教堂通往马尼拉公墓的30公里路途上，到处都系着黄色或黑色的飘带。人们举着大幅的阿基诺像，高喊着阿基诺的名字，浪潮般拥向街头。
晚上9点，阿基诺的遗体被葬在马尼拉市公墓里的一座小丘下。
阿基诺在光天化日之下被杀，全世界为之震惊，在菲律宾更是掀起了一场不可抑制的狂澜。反对党把阿基诺遇害事件归咎于政府，甚至提出要马科斯总统辞职。事发第二天，马尼拉市学生罢课，政府机关工作人员罢工，全市停电，银行出现提取存款的狂潮，超级市场出现抢购狂潮。千千万万的人走上街头，高声怒吼，进行抗议。
为了平息这场风暴，8月23日下午，马科斯不得不下令成立了一个以最高法院法官费尔南多为首的5人司法委员会，调查阿基诺被杀案。随后，在9月10日和11日，马科斯更是两次释放了290名在押人员，并为另外180名犯人减刑。但是，马科斯的此举并没获得群众的谅解，示威游行此起彼伏。
9月21日，由菲律宾反对派组织的“为阿基诺伸张正义，为一切人民伸张正义”运动发动了几十万群众示威。一些政界人士借此猛烈抨击马科斯政府的内外政策，示威群众还同军警发生了流血冲突。西方通讯社把阿基诺遇害所引起的这场风波称为“阿基诺风暴”。
关于阿基诺被暗杀一事，日本《读卖新闻》根据各方报道，刊出了阿基诺遇刺的五大疑点：
疑点之一：凶手究竟是谁？菲律宾治安当局说是20岁出头，身穿机场工作人员制服的男子；和阿基诺同机的数名美籍新闻记者，也说是穿蓝色工作人员服装的男人。但是阿基诺好友若宫清则坚持称是上机带走阿基诺的3名穿军装者中的两人。
疑点之二：如果确是身穿机场工作制服的男子下的手，鉴于当时机场戒备森严，三步一岗，五步一哨，连外交官和新闻记者都不准进入停机坪，何以孤单单一名凶手竟能通过层层警戒线，在如此近距离对前后都有士兵保护的阿基诺的头部开枪呢？
疑点之三：菲律宾当局宣称，阿基诺仅中一枪，阿基诺家属也证实此说，但根据机上乘客和菲律宾电视台报道，枪声一共响了11次，其次序为一响、三响、又一响，停了一下又是6响。凶手也许中了很多枪。依常情，为了便于事后调查，当时使凶手没有抵抗能力即可，何以非置于死地？
疑点之四：阿基诺在机上曾向同行的美国广播公司记者柏原表示，在台北曾获得情报，到达马尼拉后可能会遭暗杀，而且暗杀者也会当场被杀。为此，阿基诺还特意穿上防弹衣。问题是谁向他提供如此精确的情报？这人是否了解整个计划呢？
疑点之五：事前，菲律宾当局曾说被阿基诺杀死的政敌的儿子说他将密谋暗杀阿基诺以报父仇。但是当局既然知道这一消息，为什么事先不防范，却公开宣扬这一情报？
