在这场刺杀案中，与贝·布托共同身亡的还包括刺客本人及20多名贝·布托的支持者，他们都是刺杀者身上的背心式炸弹的受害者。调查人员随后在事发现场发现了凶手用于刺杀贝·布托的手枪及背心炸弹的引爆装置残片MUV-2，据称，在巴基斯坦先前发生的约15起自杀式袭击事件中，这种编号和工厂代码的引爆装置都是其中的主角。
贝·布托遇害后，在随后的新闻发布会上，人民党副主席阿明·法西姆宣布人民党为贝·布托举行为期40天的悼念活动，并要求政府对暗杀事件进行独立、公正、全面的调查，让所有人知道真相。
当医院宣布贝·布托死亡后，她的家人决定将遗体送到当地恰克拉拉军用机场，然后转运到她的家乡信德省拉卡纳地区的苏库尔镇。当贝·布托的遗体从医院里被抬出来时，数百名伤心欲绝的支持者簇拥在被高高抬起的灵柩周围痛哭不已，以至于灵柩只能缓缓地往前移动。贝·布托的遗体最终被安葬在她的父亲阿里·布托的身边。
2007年12月30日晚间，人民党召开记者会，宣读了贝布托的遗嘱，在遗嘱中，她钦定其独子扎尔达里完成学业后接任人民党主席。人民党官方在当日已经任命扎尔达里为人民党主席，待其完成学业后正式就任。其父亲，贝布托的丈夫阿西夫·阿里·扎尔达里被任命为人民党联合主席，在扎尔达里完成学业前负责人民党党务。此外，人民党还成立了一个资深顾问团，负责对扎尔达里进行辅佐。此外，人民党还在当日表示，将会参加明年(2008年)1月8日的议会选举，并呼吁穆斯林联盟(谢里夫政党)也参加议会选举，谢里夫发言人在随后表示，穆斯林联盟会考虑参加明年1月8日的议会选举。
刺杀案发生后，基地组织在当天于第一时间即自领责任，称是他们刺杀了贝·布托。据称这起事件是基地组织二号人物扎瓦赫里于2007年10月开始策划的。基地组织阿富汗领导人兼发言人穆斯塔法·阿布·耶齐德说：“我们终结了美国最宝贵的财产，她宣称要击败圣战。”
基地组织的声明与巴基斯坦警方所掌握的情报基本吻合。长期以来，贝·布托亲西方的立场被基地组织等极端宗教势力和反美力量视为眼中钉。贝·布托生前就曾多次指责基地组织，称它试图把巴基斯坦作为“革命”根据地。据悉，基地组织对此大为恼怒，其二号人物扎瓦赫里在2007年10月就下令取贝·布托的性命，为此，特地派出一支敢死队——拉什卡·简戈维组织的5名成员来执行这一任务。拉什卡·简戈维组织是巴基斯坦最让人闻风丧胆的地下武装组织之一，其成员曾涉嫌多次袭击卡拉奇市内的西方目标，在2002年，该组织绑架并且杀害了美国记者珀尔。
尽管刺客本人已在这次事件中同归于尽，其尸身也被炸得粉碎而无可辨认，但巴基斯坦警方还是在事后的搜捕与调查中发现了许多蛛丝马迹，并初步确定了刺客的身份：他名叫巴利勒，正是来自于拉什卡·简戈维组织。
事实上，在贝·布托此次回国遇袭之前，她就曾接到一份绝密情报——4支自杀小分队已潜入卡拉奇，准备对她下手。
这4支小分队分别是由巴基斯坦的塔利班分子、阿富汗塔利班分子、“基地”组织派出的。回国前，贝·布托曾将其中3个小分队头目的名字及电话号码通报给了穆沙拉夫。
10月18日袭击事件发生后，巴调查人员发现，袭击者用的是C4烈性炸药，与某个组织2006年3月袭击美国驻卡拉奇领事馆及试图谋杀穆沙拉夫所用的炸药完全相同。迄今为止，巴基斯坦情报机构仍不知该组织的庐山真面目。一名调查官认为，“这些人与‘基地’组织或塔利班有关联，是一群不满女人当权的极端分子。”事实上，“基地”组织发言人和二号人物扎瓦赫里先后证实，就是他们要“消灭”亲美国的贝·布托。
巴基斯坦政府的结论也下得很快——内政部长哈米德·纳瓦兹在贝·布托遇刺身亡后的第二天，也就是2007年12月28日，宣称，巴基斯坦情报部门监听到的电话对话证明，“基地”组织和塔利班人员，是杀害贝·布托的幕后黑手。
法新社通过某种办法，从巴基斯坦内政部得到了那次电话记录，不过对话已从普什图语被译为了乌尔都语。通话内容如下：
大毛拉萨希卜：首领，你好吗？
马哈苏德：我很好。
大毛拉：祝贺你，我夜里刚回来。
马哈苏德：祝贺你，他们是我们的人吗？
大毛拉：对，是我们的人。
马哈苏德：他们是谁？
大毛拉：有赛义德，有巴达尔的比拉尔和伊克拉穆拉。
马哈苏德：是他们三个干的吗？
大毛拉：是伊克拉穆拉和比拉尔。
马哈苏德：祝贺成功。
大毛拉：你在哪里？我想见你。
马哈苏德：我在马吉恩（南瓦济里斯坦部落地区的一个小镇），过来吧，我住在安瓦·沙阿家。
大毛拉：好，我就去。
马哈苏德：暂时别告诉他们家。
大毛拉：好。
马哈苏德：这是一件了不起的事，把她干掉的孩子真勇敢。
大毛拉：感谢真主。见面时再详谈。
马哈苏德：我等着你。祝贺你，再一次祝贺。
根据这份通话记录，似乎的确可以得出“基地”组织正是杀害贝·布托的幕后黑手这个结论。但是这份通话记录的真伪，除了巴基斯坦内政部以外，没有人能够辨别。
不过，就在内政部宣布的同一天，一名在阿富汗的“基地”组织头目也打电话给新闻界，宣称对袭击负责，并说暗杀命令由“基地”二号人物艾曼·扎瓦赫里下达。纳瓦兹说：“我们有证据证明，是基地组织和塔利班策划了针对贝·布托的自杀袭击。”
然而，被政府指为凶手的迈赫苏德通过电话告诉媒体记者，他在南瓦济里斯坦的马克恩镇，他没有派人暗杀贝·布托。他声称按照伊斯兰教的教规，穆斯林是不会杀害女人的，因此迈赫苏德武装没有参与这起暗杀事件。并称，贝·布托不仅是一名巴基斯坦国内领导人，而且在国际上也是一位拥有较高声望的领袖，“我们对她的死表示深深的哀悼与震惊”。
人民党高层的一些人士也出面帮腔，称巴基斯坦政府的上述言论不可信，有转移视线之嫌。有的人甚至还矛头直指穆沙拉夫总统本人，声称穆沙拉夫应对刺杀事件负责。相反的，美国总统布什则站在了巴基斯坦政府一边，布什公开说，“杀人成性的宗教极端分子”应对刺杀事件负责。
被巴基斯坦内政部指控杀害贝·布托的基地组织一名发言人做出回应，否认刺杀布托，并称对其指控是巴基斯坦政府的“宣传攻势”：“袭击一个女人不符合我们部落的传统和习俗。我们只反对美国，巴基斯坦的政治领导人并不是我们的敌人。”
人民党发言人巴巴尔说：“说基地组织或迈赫苏德杀害了布托，我们认为这是虚构的故事，他们只不过是想转移注意力。”
内政部的这一说法遭到贝·布托支持者的谴责，称这是“一派胡言”，是政府为没有提供给贝·布托足够的安全保护寻找的借口。
贝·布托遭袭身亡当晚，美国有线电视新闻网著名主持人布利策公布了布托生前写给他的一封邮件。信中，布托批评巴官方对她保卫不够严密。比如，她要求乘车出门时，4辆警车应随时将座车包围起来。“从遇袭身亡现场的照片来看，她的要求显然没得到满足。”转交这封邮件的人西格尔说。布利策透露，贝·布托把邮件交给他的条件是：除非她遇袭死亡，否则不得公开邮件内容。
2007年12月27日，当贝·布托的律师巴巴尔·阿旺向巴民众证实了贝·布托遇难的消息后，围聚在医院四周的人民党支持者情绪顿时失控。他们扑向急诊室，打烂大门的玻璃，许多人失声痛哭。一名头上扎着人民党党旗的男子拼命捶打胸膛，更多的人则高呼：“凶手，凶手，穆沙拉夫！穆沙拉夫！”还有部分人民党支持者则冲到医院外用石头狂砸过往的小轿车。
贝·布托遇刺几小时后，在拉瓦尔品第市中心，人民党和贝·布托的支持者哭喊着、咒骂着，对执政者宣泄着不满。他们在公路上点起熊熊大火。警察似乎失去了控制力，只能够远远地布置下警戒线。
与此同时，在伊斯兰堡、卡拉奇等地，抗议游行变成骚乱。不少歹徒趁乱打劫，拿木棍砸碎街边商店和银行的玻璃，加油站、办公室、车辆遭到破坏，许多道路垃圾遍地，一片狼藉。
激动的抗议者失去理智，甚至闯入银行和警察局。情况非常糟糕，骚乱已经造成很多人死伤。银行、商场、饭店全都停止了营业，一切日常生活必需的秩序几乎都被破坏殆尽。
“凶手，凶手，穆沙拉夫！穆沙拉夫！”成为当时人们瞬间的反映。
与“基地”组织相比，巴基斯坦情报机构被怀疑涉嫌制造这起刺杀事件就有趣得多。无论是在卡拉奇，还是在拉合尔、奎达、白沙瓦，甚至是在首都伊斯兰堡，随便问问行人是谁杀害了贝·布托，可能有一半人会说，是巴基斯坦情报机构干的。如果你再追问原因时，绝大多数人都不能说出合理的理由。可见，这些人指称巴基斯坦情报机构涉嫌刺杀贝·布托也仅仅是怀疑而已，没有真凭实据。换句话说，他们是出于对当局的不满，而无端地把罪名推向巴情报机关，这是一种十足的情绪发泄。
热衷于制造轰动效应的西方媒体在这点上也跟了风。英国《泰晤士报》在事件发生后发表评论称，除了国际和国内伊斯兰武装外，巴基斯坦三军情报局有可能染指贝·布托暗杀事件。自从上世纪70年代以来，巴基斯坦三军情报局与伊斯兰好战分子关系密切，且巴连续数任总统都曾通过三军情报局之手镇压政治异己。
事情过了多天，分析家们面对扑朔迷离的背后黑手，也开始怀疑自己分析的方向。公众的质疑声越来越强烈：贝·布托遇袭被怀疑是否包含官方默许成分。
据新华社电，在贝·布托10月18日遇袭之后，她的人身安全并未因此得到广泛重视和切实加强。
英国《泰晤士报》说，就在那次袭击发生次日，安全防卫人员依然允许数以百计的媒体记者携带各种电子设备拥堵在贝·布托住地周围，没有展开爆炸物排查，防卫之松可见一斑。《泰晤士报》记者布朗温·马多克斯说：“工作人员对贝·布托安全保卫工作的随意姿态让刺杀得手变成一个单纯的时间问题。”
美国参议院外交委员会主席约瑟夫·拜登说：“这个秋天我曾两次对佩尔韦兹·穆沙拉夫总统说，请加强贝·布托和其他政治领导人的安全防卫。这次保卫失败将使巴政府和安全部门受到强烈质疑。”
贝·布托之死，让巴基斯坦更加焦头烂额。面对诸多质疑，巴基斯坦外交部2008年1月2日说，巴方在调查前总理贝·布托遇刺案的过程中不拒绝外国协助。巴外交部一名发言人说，巴方没有关上接受外国协助调查的大门。巴基斯坦致力于确保贝·布托遇刺案的调查“彻底和透明”。
2008年1月3日，总统穆沙拉夫召集驻当地的外国记者举行记者招待会，英国“天空”电视台的记者更是直言不讳地追问穆沙拉夫是否与贝·布托遇刺案有着直接关系。这位记者不礼貌的提问当场激怒了穆沙拉夫，但是他在脸沉了一会儿后还是回答了这个问题。他说：“回答这个问题降低我的身份，但我仍愿意回答。我出生于一个有良好教养的家庭，我接受的教育是民主和宽容，我的价值观里没有杀人这个字眼。”
穆沙拉夫还借机向与会记者介绍了巴基斯坦政府为保护贝·布托人身安全所做出的努力。他说，在贝·布托2007年10月第一次遭到恐怖袭击后，他本人就给贝·布托打了电话，向她表示了慰问，并告诫她巴基斯坦已不是过去的巴基斯坦，因此应多加小心，注意人身安全。穆沙拉夫还说，巴基斯坦政府和情报部门也曾多次告诫贝·布托，“基地”组织和塔利班正在准备对她进行报复性恐怖袭击，可惜没有引起她的重视。
在部署护卫力量上，穆沙拉夫说，巴基斯坦政府向贝·布托提供了防弹车，在群众集会的当天，政府还向人民党派出了4名专业特警、30名专业警卫和将近1000名警察，但是由于当天集会场面过大，有上千人在那里集会，场面混乱，保护起来难度很大。
对于巴基斯坦三军情报局有可能染指贝·布托暗杀事件的疑问，穆沙拉夫的回答是——在最近三个月，巴基斯坦共发生了19起自杀性恐怖袭击，而绝大多数恐怖袭击都是针对巴基斯坦军队和情报系统的。军队和情报系统本身就是自杀性恐怖袭击的受害者，巴基斯坦任何情报机构既无能力、也无愿望依靠自杀性恐怖袭击达到自己的政治目的。
事实上，怀疑巴基斯坦三军情局也是有着历史原因的，并非胡乱的猜测。
巴基斯坦情报机构主要由两部分组成，一是内政部辖下的国家情报局，一是军队辖下的三军情报局及陆海空三兵种情报机构。在这些情报机构中，三军情报局的势力和影响力最大，势力最大时曾被人称为“国中之国”。
穆沙拉夫上台后对三军情报局进行了整顿，部分削弱了该机构的权力，使之更成为一家情报职能部门。不过，外界仍有传言，声称三军情报局不仅势力仍然强大，而且还存在着“上令下不行”的现象。可能是因为“惯性思维”的影响，当贝·布托遇刺后，对当局不满的人就有意或无意地联想到了三军情报局。
