先是，诸罗围益急，柴大纪檄调防守盐水港游击杨起麟、防守鹿仔草游击邱能成等带所领兵赴诸罗。会贵林等统援兵至盐水港，游击杨起麟乃谋与贵林等同进。八月癸丑（十八日），贵林、蔡攀龙、孙全谋留老弱弁兵百人，随守备黄象新驻盐水港，尽选精锐前发，至鹿仔草。甲寅（十九日），杨起麟亦留守备黄象新兵七百人守盐水港，领兵六百名至鹿仔草，与邱能成合兵。乙卯（二十日），贵林、蔡攀龙、孙全谋、杨起麟、邱能成共带兵二千一百余人，分三队进至半天厝。贼分三路来拒官兵。官兵击之，贼稍退。闻大仑庄为贼巢穴，贵林、杭富、马大雄等复率众攻之。及被围，杨起麟又率兵往援。无何，大雨如注，溪水陡涨。官兵阵乱。倒店、竹仔脚贼皆出乘官兵。官兵首尾不相救。贵林、杨起麟、杭富、马大雄皆战死。又阵亡千总以下林玉得、杨振凤、李振明、苗承霖、刘文全、吴绍玠、姚瑞麟、刘凤腾、胥献珪、陈淮、孙文元、叶文郁、畲应标、任赞元、陈元生、汪应麟、陈邦材、陈洪猷等十八人。阵亡兵丁七百余人。而义民阵亡者亦不下百人。蔡攀龙、孙全谋等虽至诸罗，器械、粮饷，尽为贼有。贼势猖獗如旧。
有义民许品、黄凤者，随蔡攀龙进兵，至竹仔脚散失，逃回盐水港，言官兵已入城，副将蔡攀龙又带兵逐贼，接应余兵入城。佳里兴巡检邵宗尧闻其言，大喜，驰报捷音。而总督李侍尧亦信之，入告。乃越数日，竟不得诸罗音问。遣人探之，道路仍阻。始稍稍知官兵失机矣。有旨授柴大纪为参赞，赐号年长阿巴图鲁，赏其固守诸罗之功也。
八月庚申（二十五日），恒瑞至盐水港，闻官兵不利，贼势益张，众日往来攻扰盐水港、鹿仔草。乃以所带兵分五百人，檄游击刘越领之，防守鹿仔草。癸亥（二十八日），贼攻鹿仔草，陷之。
初，柴大纪以盐水港、鹿仔草为往来府城要路，遣游击杨起麟、邱能成分兵守。至诸罗被围久，撤盐水港、鹿仔草之兵随贵林等赴县城，惟董秉璨带老弱四百余人守鹿仔草，而盐水港亦唯守备黄象新带兵八百人守之。会恒瑞至盐水港，盐水港兵势稍振，贼益攻扰鹿仔草。
贼目叶省妻黄玉娘者，诸罗娼也，家月眉潭。叶省率众寇诸罗，黄玉娘往往为后殿。诸罗东门之战，叶省毙于炮，其下推黄玉娘为主，为叶省复仇。自贵林等援兵失利，乘势寇鹿仔草。守鹿仔草游击董秉灿与守备林士元分守南北栅。林士元守南栅，闻贼至，以火药实炮待之。既而见贼数十人吶喊，将近栅，林士元轻之，率兵出逐。贼皆伏密箐中，一时并起。林士元急收兵，闭栅，发大炮击之。黄玉娘为娼时，与鹿仔草亡赖子多往来；亡赖子闻黄玉娘至，私以水灌炮，炮不能发。贼人扳栅入，官兵皆溃回盐水港。阵亡千总张射斗，兵数十人。
先是恒瑞闻鹿仔草急，遣游击刘越带兵五百人协守。甫至而鹿仔草陷。恒瑞劾失守鹿仔草之罪，董秉灿、林士元、刘越等革职、镌级各有差。
甲子（二十九日），总兵梁朝桂统领杭州协领花沙布、佐领富昌、纠金保、防御伊克坦布、色成、都司杨拜扬、萧应得、骁骑校五人、千总、把总九人，杭乍驻防兵五百、广东绿营兵五百，自关帝厅赴盐水港。
先是恒瑞赴盐水港，请梁朝桂同行，会南路贼犯草店尾，官兵御之，阵亡千总徐日光。常青以南路贼方窥伺郡城，大营兵单，不欲遣朝桂行。至是添调满汉兵皆至，常青念盐水港贼众而官兵新败，恐恒瑞不能当，故遣朝桂。恒瑞既至盐水港，数日之内，贼焚劫附近民村树林、头后镇、上帝庙，又陷鹿仔草，盐水港一日数惊，而新店海口贼尤屡扰之。恒瑞令谢廷选领兵八百人守新店。或言宜进兵解诸罗围者，恒瑞曰：『今四面皆贼，不惟进不能解围，即欲退回郡城，其可得乎』？日致书常青告急。既闻梁朝桂带兵千人至，心乃稍安。
九月戊辰（初四日），贼犯盐水港，恒瑞率兵御之，侍卫富克精额中炮死。戊寅（十四日），贼复至，守备黄象新、萧应得、李自昌带兵击走之。恒瑞赏黄象新、萧应得、李自昌戴用花翎，以奖励之。辛巳（十七日），总兵普吉保领兵攻笨港，克之，退屯元长庄。
初，常青屡檄普吉保援诸罗。普吉保以兵单，且蓝元枚新卒，未可轻动。顷之，守备宋国兴率千总、把总十二人，漳州兵千名；游击夏承熙带千总、把总九人，兵千名；先后至鹿仔港。而广东总兵李化龙、参将张朝龙、守备刘光国、王德俊、余飞鸿、胡瑛、千总以下二十一人，带广东兵二千，继至鹿仔港。兵势既振，恒瑞再檄普吉保令统兵援诸罗分贼势。上亦切责普吉保坐视诸罗受围，不能进取。而鹿港义民首林凑等又言兵有可进之机，不宜失事会。于是普吉保将兴师。九日丁卯（初三日），广东游击张会元、守备马得骢又带千把总十一人、兵千名至鹿仔港。会李化龙奉旨署水师提督，普吉保乃请李化龙驻鹿港，分广东兵六百人，令游击张会元领之，守马鸣山。己卯（十五日），普吉保部分诸将，以参将张朝龙领广东兵，以参将海亮领福建陆提兴协长福各营兵，以游击琢灵阿领浙江兵，以游击夏承熙领漳州兵。将弁七十余人，征兵五千，发鹿仔港。维时沿海麦仔寮各民庄尚为官守。于是普吉保由马鸣山兴师，沿海行。辛巳（十七日），至笨港。笨港为贼焚毁略尽，不能守，退屯元长庄。常青遣千总王国志、董国瑞带兵二百名，府城义民二千，赴盐水港；从恒瑞之请也。
壬午（十八日），泉州城守营游击张无咎带兵五百人至台湾。癸巳（二十九日），都司吴壮图带兵五百人至。初，总督李侍尧闻诸罗被围久，常青派大营兵赴援，几万人，围不解。恒瑞至盐水港，每称贼众兵单，不能进。因奏遣总兵郑国卿带兵三千人直渡盐水港。时上谕李侍尧在泉州招新兵补缺额，新兵大集。李侍尧即以所募新兵千五百人充是役。游击张无咎、吴壮图带兵至关帝厅。常青乃令赴盐水港。
十月辛丑（初七日），常青遣副将丁朝雄带兵二千人复东港。东港在凤山南四十里，滨海，为南路商舶出入要口。自凤山陷于贼，商舶不通者几月余。而东港最近竿林，各粤庄义民有事至郡城，皆道东港。六月以来，南路贼皆至南潭与大兵相持。至是竿林庄粤民纠众攻新园贼巢，乘势至东港。守港贼目张基光等回水底寮。义民首林成赴府城请发兵守东港，通粮道。
先是常青奏东港不通，粮道阻绝。总督李侍尧闻之，奏遣游击倪宾、守备查城带千总以下八人，兵千名复东港。至是常青分其半守鲲身，别遣副将丁朝雄统领革职参将那穆素重、革职守备黄乔等，带台协水师澎湖兵五百人往，倪宾、查城以新至兵五百人随之。又遣奉差到营守备林登云带台湾招募新兵五百人、并投诚守备庄锡舍随往备策应。辛丑（初七日），丁朝雄等至东港，闻近港有贼，不欲遽登岸；港民恳请，乃札营港口，与山猪毛义民通。常青奏赏曾中立同知职衔、罗前荫知府职衔，奉旨赏其招募山猪毛义民之功也。
十月丙午（十二日），驻守淡水副将徐鼎士、淡水同知徐梦麟，自大甲进兵，攻大肚溪，克之。初，徐鼎士率兵自艋舺移驻大甲，同知徐梦麟亦招义民驻焉。贼目何有志等屡次来犯，官兵、义民击走之。九月戊寅（十四日），都司敏禄、守备陈峰毫带外委五人、兵千人继至。兵势益振。徐鼎士等上书守鹿仔港总兵李化龙，请定期会攻大肚贼巢；久无定议。于是贼围诸罗急，其牛骂头、乌日、沙辘、大肚各贼庄精壮者大半赴南路，大甲义民皆言兵有可进之机。于是徐鼎士、徐梦麟等决意进兵。十月庚子（初六日），徐鼎士部分将弁，留守备陈峰毫守大甲，即分兵六队并进。副将徐鼎士、都司敏禄、守备潘国材领兵千人，分三队由沿海青埔西路进；同知徐梦麟率义民从之。游击吴秀、都司朱龙章、千总袁良禧领兵千人，分三队由岸里社、社皮东路进；浙人寿同春率义民从之。辛丑（初七日），都司敏禄、守备潘国材分兵攻猪篙庄、沙辘庄，克之。甲辰（初十日），焚麻园庄。丙午（十二日），官兵攻大肚，贼目何有志遁走，官兵克大肚。鹿港之师不至。徐鼎士等退守牛骂头。
游击吴秀等之由西路进兵也，吴秀哨七张犁，搜元宝庄，至赖树口。癸卯（初九日），退屯社皮。朱龙章由神岗庄至枫树脚，焚水窟头。壬寅（初八日），退屯北庄。袁良禧自大甲进兵。辛丑（初七日）屯乌牛栏，壬寅（初八日）焚阿里史，癸卯（初九日）克瓦口仔。自大甲进兵官兵，沿途焚毁贼庄，至或不见一贼。浙人寿同春率义民同进，益轻贼。其驻乌牛栏也，每遣人侦大里杙虚实，皆言贼首离巢穴，守者不过五、六千人，寿同春益锐意捣贼巢。甲辰（初十日），寿同春将进兵，袁良禧难之。于是遣信招吴秀等以大队兵继进为后殿。与千总袁良禧分兵巡哨。袁良禧率兵由阿里史东路进，寿同春率义民由阿里史西路进。把总林肇升带一百四十人从之。至三十张犁，距大里杙六里，贼众四起围官兵。把总林肇升、外委林彪皆战死，阵亡兵丁一百余人，义民死者亦数百人。寿同春马蹶被擒，至大里杙，骂贼不屈，被害，闻者伤之。
当是时，诸罗被围日久；恒瑞驻盐水港，普吉保驻元长庄，皆观望不敢进。诸罗食绝，民间舂油籸度日，死者日相继。上谕柴大纪『不必拘与城存亡之见，如势不可守，即当完师出重围，再图进取』。柴大纪得旨，犹豫不能决，商之各义民首，皆曰：『诸罗城小，而固守已数月，若弃之，非便』。柴大纪以闻，且曰：『臣实不忍将此数万生灵付之逆贼之手，惟有忍饥固守，以待援兵之至』。上益嘉大纪能守正，晋封义勇伯，加太子少保，戴双眼花翎，赏银万两，亲制诗章以宠之。有旨授副将蔡攀龙温州总兵，旋升福建水师提督参赞军务；以总督李侍尧奏其解诸罗之围也。时贵林等败尚未上达，并授贵林温州总兵，孙全谋罗定协副将，邱能成大鹏营参将，其游击杨起麟亦有旨以参将补用；自贵林以下并赏戴花翎以奖励之。
十月丙辰（二十二日），总兵梁朝桂克复鹿仔草。戊午（二十四日），总兵郑国卿统领弁兵一千五百余人至盐水港。己未（二十五日），恒瑞至鹿仔草。恒瑞既复鹿仔草，驰信与普吉保，定期进诸罗。乃命梁朝桂疏通道路，期与普吉保合兵。梁朝桂至镇平庄与贼战，朝桂负伤回盐水港。事闻，赏梁朝桂戴用双眼花翎，赏号巴图鲁。
将军常青之初进兵也，以鹿港委之蓝元枚，诸罗委之柴大纪，淡水委之徐鼎士；意在先靖南路。既而札营关帝厅，与贼相持日久，诸罗被围，屡分大营兵救之；南路兵益单，而诸罗之围不解。于是上谕内阁曰：『台湾逆匪林爽文等纠众不法，特派总督常青前往台湾，授为将军，督办剿捕事宜。数月以来，并未能痛加歼戮，挪移尺寸之地。且该将军年逾七旬，究恐精神不能周到。兹特命福康安前来行在，面授机宜，令其随带钦差关防，驰赴台湾，更换常青。即授福康安为将军，并授海兰察为参赞大臣，舒亮、普尔普为领队大臣。拣派曾经战阵之巴图鲁、侍卫、章京一百余人分起前往，领兵征剿。至台湾初次调拨及续调官兵已有数万，嗣又于广东、浙江添调绿营及驻防兵万余人，并于福建本省派拨兵六千，既又添调四川降番，并于湖北、湖南、贵州等省挑备兵数万，陆续遄程前往。合计征调各兵不下十余万，所有应用军粮，已于浙江、江南、江西、湖广、四川省拨运米百余万石，军饷火药等亦已广为储备，谅此么么小丑，一时乌合，何难立见歼除』。旨下，台湾官兵闻之，皆欣欣知贼不足平矣。
