腾蛟再督师出全，兵益不睦；琏下平乐、永忠壁兴安。未几，永忠营被袭，疾至阙，欲撤兵。左右禁近，刻期欲永历迁。式耜持不可，言『督师警报未至，诸营夜惊无大恐；二百里外风尘，而遽使主露处耶？播迁无宁日，国势愈弱、兵气愈难振，民心皇皇复何依？潮回波游，虽长年三老，能逆挽其戙杙哉』？左右禁近周势不能止。式耜又请曰：『无已，候督师归；果急，甲士正山立，观兵督战，咫尺威严，劝激将士，背城借一，胜败未知。若以走为策，桂城危、柳益危；若今日可到桂，明日亦可到南太』。反覆数百言，泪下沾衣。严起恒曰：『迟至厥明五鼓』。甫夜半，而永历已行矣；是戊子二月二十二日也。
时溃兵肆掠，蹂躏公署，职官无一得免；式耜被逼登舟。黎明，刑部侍郎远生、给事中丁时魁、万六吉及湘客俱至；盖湘客奉命安抚乱亡及劝饷糈，而远生、时魁以召将入也。遇式耜于樟木港，式耜集远生等入民屋，立草檄分路四发；蹔驻阳朔，催琏兵上援。楚镇周金汤、熊兆佐亦入桂；又檄翰林简讨蔡之俊、大理寺评事朱盛瀫先入桂。宣式耜令，檄按察司佥事邵之骅部琏兵，定人心。式耜于初一日复入桂署。督师腾蛟自永宁至，滇镇胡一青统兵至，琏自平乐统兵至。清兵疑桂城空虚，直抵桂北门。三月二十二日，腾蛟督兵三面御之，清兵渡甘棠去。督师列营榕江。
永历诏旌式耜，赐银币，又赐「精忠贯日」金图书一枚。式耜念主宵衣南宁蛮乡，不可久驻，日为永历清道。前日所忧在内者，今更在外。督勳镇将士直取全州。
促巡抚鲁可藻下梧，会东人有反归信，令可藻缮兵以待。会可藻衔自署两广。旧例：东抚称制兼粤西，西抚称抚。式耜曰：『方今武人多自署抚，军帅一面牵制辄自命，贻远人笑；予代疏请衔，曷不可』？周鼎瀚以阁部擅，式耜亦疏正之。当武岗之乱，言官弹鼎瀚以附承胤入直；式耜司票拟，独不苛。王沂公曰：『进贤、退不肖，皆有体。瀚系大臣，应听自谢免；不谢免而复擅假，毋乃不可乎』？邦传称粤西世守，牒四飞。式耜疏驳之：『今日功晋五等，尚未裂土。海宇剥削，止粤西一隅为驻跸之地，楚、滇数万之师日需食；辄曰：「世守」，岂老成忧国所隐料』？式耜身在虽外，在廷大纪纲，极言力请；疏曰：『臣与陛下患难相随、休戚与共，原自不同于诸臣；一切大政，自得与闻。庙议可否，众指所关。本乱而求末治，马阤终古耳』。
永历驻南宁。四月初一日，世子生，册为太子，赦天下，诏曰「万喜」。
式耜念无讲官，经筵不御，石室尘封，何由闻得失；手书「八箴」于扇，进之。
督师腾蛟复全阳，是五月二十七日事也。督师报功疏，不肯自为功；有曰：『为陛下以信臣、用臣者，式耜一人也』。
六月，粤东李成栋来归。先是，成栋下广，收缴印信凡五十余颗，于中独取「总督」印藏之。有爱妾某，松江妓也；揣知其意，因朝夕怂惥。成栋抚几曰：『怜此云间眷属也』。妾曰：『我独敢富贵乎？先死尊前，以成君子之志』。遂自刎颈。成栋抱尸大哭。明日即衣冠，将「总督」印具疏迎驾。又江右金声桓据南昌，藏表疏于佛经部面中，遣使賫奏亦至，两粤俱称全土。式耜疏请往桂，又请永历勿遽东；又言『事权宜专，号令宜一。兹军功爵赏、文武署置决于成栋，若归之朝廷则中扰，阃外不能专制；听之，朝廷徒虚拱。且楚、黔雄师百万，腾蛟翘首威灵，如望云霓。车驾既东，军中将帅谓朝廷乐新复之土，成栋亦有邀驾之嫌。号令既远，则人心涣散。请一见东诸侯，俾共瞻至尊音容，面为慰劳指属，然后责其尽意于东，刻期出战，咸决于外、不中扰也』。又疏令简讨蔡之俊入迎，再疏令给事中蒙正发迎。永历竟由梧入肇；先后诸疏，俱不报。式耜闻，泪簌簌下；再疏谓：『前日粤东未复，则宜住桂以规楚；今日江、广反正，则宜住桂以图出楚。事机所在，毫厘千里』。吏部侍郎吴贞毓疏请永历往广城，式耜乃促远生入阻永历。适成栋自岭还师，修行宫，且迓驾。永历命远生诣广劳师，远生谓成栋曰：『今驾驻此，爵赏征伐，人疑有私，不可不嫌』。成栋然之，遂罢行宫、止迓驾。成栋具疏，言『式耜拥戴元臣，粤西扼御定，毋容久于外；应亟召还纶扉』。永历专命遣官三、四召，式耜曰：『前日在南宁，桂林危；桂林危，则天下去矣，其机在外不在内也。今江、广悉定，何公督师下星沙，朝臣且辐至，予不敢忍危而即安』。具疏乞骸，再上不允。
己丑正月，清兵破湘潭，何腾蛟被执。初，腾蛟檄各处兵马齐集湘潭，而命马进忠等由益阳抄出长沙下，邀截上下舟船，焚掠湘阳，断绝水道。一只虎率大队复至长沙，络绎攻围。值清援兵合至，战胜于湘潭；腾蛟被擒，斩之。
二月，清兵破信丰，李成栋殁于阵，南昌败书复再闻。先是，声桓据南昌，清兵昼夜攻击，破之；王得仁被斩、声桓赴水死。于是先后赠腾蛟中湘王、成栋宁夏王、声桓〔豫章〕王、永历设坛挂帛，皆囗〈扌攵〉泪亲祭。专命式耜留守督归，兼江、楚各省兵马。
永州兵再退，式耜疏请兵科给事中吴其靁监各营军再出。当永历驻肇庆，疏奏谆谆，以岁月稍暇、财赋优裕，用心尽力修内治以自固、严外备以自强，且积弊之后，易致中兴也。一才一艺之士，靡不收罗幕府。每慨人才凋零殆尽，凡趼足而至者，非怀忠抱义之人，亦乱世取功名之士。人之岁月精神不用之于正，则用之于邪；安可驱为他人用？故人咸以桂林为稷下。
四月，云南张献忠养子孙可望遣龚彝之弟龚鼎献黄金二十两、马四匹，移书求封亲王名号。给事中金堡固争，以为祖制无有。而广西南宁府与云南广南府错趾，可望来书有「不允封号，即提兵出战」等语。陈邦传恐甚，先封秦王，寻封为荆郡王；可望不受后封。
时楚制堵胤锡以楚败达肇庆，滇营自永、全还桂，与焦兵猜疑生隙。
忠贞营自蜀转战，由楚至梧休息甲士。
清遣使贻书招式耜，式耜不从。
永州再报失利，兴宁侯胡一青兵还榕江；式耜复办粮械，趋出兵屯于全。民力穷竭，诛割无术，槁悴万状。永历闻，为废食；召廷臣议于慈宁宫，发东饷一万两。
是时清兵围困曾庆于平和；寻出降，杀之。而诏安等处一时俱归于清。郑芝鹏据石榴城，清兵至，随遁去。刘中藻在福宁势穷，自缢。福建尽失，惟延、漳、汀三府界连江右，而延平所属皆处万山中。清兵既回，遂立德化王朱慈烨据将军寨，先陷大田、继破龙溪，攻顺昌、将乐。至十一月，清兵攻破之；王被获，兵部尚书罗南生等降。
庚寅正月，南雄报不守，宝丰伯罗耀成弃韶州；永历震恐，戒舟西上。戎政远生奏自请行清远，给事中金堡特奏请留，争之不得。适式耜疏至，曰：『粤东水多于山，虽良骑不能野合。自成栋归顺，始有宁宇，财赋繁盛二十倍于粤西；衣甲粮饷，内可自强、外可备敌。材官兵士南北相杂，制胜、致王，可操券而求。难得而易失，莫此云急。且韶去肇数百里，强弩乘城、坚营固守，亦可待勤王兵四至。何乃朝闻警而夕登舟』？疏再上，而永历移德庆、抵梧州矣。盖自成栋首疏文武各还事权，言官正气宜奖，卤簿不得干机务；失权者意。故急欲永历移舟，弃东如屣。
时词谏诸臣正纲纪、慎名器，多失人意。而御史程源辈以攫官不得，伺权者指，攻其所必去，荧惑永历听，下给事中丁魁楚、金堡、蒙止发及侍郎刘湘客诏狱。式耜闻报，上疏申救，谓『中兴之初，宜保元气、勿滥刑』。再疏争之曰：『诏狱追赃，乃熹庙朝魏忠贤弄权锻链杨、左事，何可祖而行之』？颁敕布四人罪状；非永历意，敕出忌者之手。式耜封还，谓『法者，天下之至公也。不可以蜚语饮章，横加考案，开天下之疑。且四人得罪，各有本末；臣在政府若不言，恐失远近人望，其何辞于后世』！凡七疏。遣孙昌文入见梧州，陈说粤西民贫食尽军曲折（？）。时昌文孑身由海上来也。阁试，授昌文翰林简讨。
清兵再薄全州，卫国一青兵撤守榕江。
时勳帅咸进公，次者侯与伯；桂林牙门相望，号令纷出。
十一月初五日辰，报清兵大举入严关；印选、一青、永祚俱以分饷入桂，榕江空壁。武陵侯杨国栋、宁武伯马养麟方驰出小路军榕江，兵未战而四溃。发使趋印选，印选已出城，城中大乱，沿道驱掠。式耜令戢不得，城外鸟散，一青、永祚从城外去。式耜衣冠危坐署中，适总督张同敞自灵州回，过江东，不入寓，过式耜署曰：『事迫矣！公将奈何』？式耜曰：『封疆之臣，知有封疆；封疆既失，身将安往』？同敞曰：『公言是矣！君恩、师义，敞当共之』。遂笑与式耜饮。家人泣请身出危城，号召诸勳，再图恢复。式耜挥去，不从。厥明被执，见清定南王孔有德；式耜以死自誓，不复一言。命幽式耜、同敞于别所。式耜赋诗，日与同敞赓和。至闰十一月十七日，斩之。其绝命诗有云：『从容待死与城亡，千古忠臣自主张；三百年来恩泽久，头丝犹带满天香』。死之日，冬雷电大发，远近皆为称异。时给事中金堡已削发为僧，上书孔有德请葬式耜、同敞；而吴江有杨囗〈禾丸〉，为具衣冠棺殓，并同敞瘗于北门之园。
永历上南宁，入土州；严起恒、王化澄、马吉翔、庞天寿皆随去。后未详云。
