十九日，成功亲督诸军，进泊镇江南岸七里港。二十二夜二更，直抵银山下。寅时，传令列阵，分为五队而进。陈魁统铁人逼栅，守银山将见之，骇然不敢出战；惟齐射之，箭不能入。铁人冒死而进，栅遂破。全斌呼曰：『时不可失，乘此破竹之势攻夺其城，必可得也』！即转身首先向前，连砍数人，众军随之。守镇江总兵高谦闻贼攻银山，领兵出援。遇全斌赶杀势雄，不敢战，敛兵入城。斌见谦怯，乘势尾追，抢门而入，高谦与知府戴可进亦即投降。成功入城安民毕，加高谦为破虏将军。以工官冯澄世为常镇道，兵部主事李征为镇江知府，监纪林若霖为理刑。荆州卫粮船十四只来降，功大悦，擢其首李文正为卫指挥，其余各授以千百户之职。太平府守将刘世贤遣人献城，功加为镇南将军，令罗蕴章带所部去太平协守。扬州文武各遁，城空；百姓彩旗羊酒，前到镇江请师。功受其款献，厚待父老，给示严禁与之归。
六月二十七日，成功议兴师取江南。参军潘庚钟曰：『今既一鼓而克瓜镇，是则江南门户已破。虽军声大振，天下摇动，未可骤然进兵。当暂住瓜镇，遣将分据淮阳诸郡，扼其咽喉，收拾人心，窥其衅隙，然后大队齐进。况北都满、汉兵民人等不下百万，一旦粮道断绝，待哺不足，两月之间，其兵必溃、其民必乱。如此可不劳而定，此正曹公之所以取胜于官渡也』。冯澄世曰：『江南城池广阔，进攻不易。不如且听庚钟之谋，驻劄瓜镇，据其险要，断其粮道。一面收拾人心，一面遣人从间道报捷请旨，命李定国等合师，乃为上策』。成功曰：『不然，时有不同耳。昔汉祚改移，群雄分据，袁、曹争胜，故曹操常以算胜。我明朝历年三百，德泽已久，不幸而有甲申之变，以致百姓遭殃，庸臣剥削、乡绅欺凌，四海鼎沸。彼得假其时，排闼入关，鼠窃乌合，狐假虎威。今大兵一至，自然瓦解。若不进兵，恢复旧业，呼召天下豪杰，是自老其师。倘征各省兵马齐至，首尾合击，我势岂不自孤？况太祖昔日一得廖永忠、俞通海等水师，乘势夺釆石而并金陵。破竹摧枯，正贵神速耳』！遂不听二人之言。周全斌同镇江降将高谦守镇江，遣人招抚江南、江北。二十九日，义师陈文达等统船二百余号归成功，功授以指挥向导使，句容、仪真、六合、浦口、宁国、池州、滁州悉遣人纳款。
七月初二日，功用太牢祀天地，并告太祖、列圣曰：『成功痛恨中原陆沉，不敢偷安，请命恢复，重兴故土。伏祈在天之灵，默加佑相』。初三日，祭江。初四日，扬帆直犯江南。初七日，至观音门，以黄安为水师总督，督洪善等船泊三叉河口，御芜湖、釆石诸隘。
十一日，功由凤仪门登岸，领甘煇、马信等数十骑、侍卫亲随数百人，绕观钟山，采踏地势。潘庚钟曰：『如此山川形势，龙幡虎踞，真帝王之邦，太祖所以一得而兴。今天资藩主瓜镇，神速进兵，倘一鼓而下，迎驾西来，中兴指日』。功点首曰：『然。我于昔日苟徇诸将臆见，日事争战于边海，何日得望中兴乎？尔等诸将，各协力齐心，千载一时！得此，居中调度，便可号召天下英杰，正所谓不入虎穴，焉得虎子』。
十二日，成功率诸文武祭太祖，哭奠列宗毕，令甘煇、余新劄狮子山；万礼、杨祖劄第二大桥山上；以翁天佑为救应，御凤仪门要路；马信、郭义、黄昭、萧拱宸屯劄汉西门，连林明、林胜、黄昌、魏雄、杨世德诸营垒。又令陈鹏、蓝衍、陈魁、蔡禄、杨好屯劄东南角，依水为营；刘巧、黄应、杨正、戴捷、刘国轩屯劄西北角，傍山为垒，连周瑞、林察、张名振等营。又令张英、陈尧策、林习山屯劄岳庙山，连诸宿镇护卫成功大营。各设鹿角了望，深沟木栅防御。江南一时震动。
总督管效忠初闻瓜州失守，继报镇江又陷，正在调集各处兵马，忽闻海寇临境。登城观望，见旌旗闪烁，金鼓闹轰，未敢出敌，闭门避锋。陡报操江军门朱衣佐单骑至城下，随开门延入，细询始末。衣佐曰：『海贼虽是猖獗，其众不过数万、其船不过数百。瓜镇之失皆由一时无备，故遭所破。今可速遣人卑辞宽限，以骄其志。然后设守御之策，征援兵破之』。管效忠然其言，即遣能言者前往成功营中，限期纳款。成功督诸镇据险开壕，参军潘庚钟曰：『细观城内，必然空虚，可令四面攻击，齐倚云梯，此城必然可得』。成功深以为然。正发令各提镇预备云梯、木牌、布袋，以便攻城，忽报王秀奇送城内纳款人到营请见。功令之入，其人叩禀曰：『大师到此，即当开门延入。奈我朝有例，守城者过三十日，城失则罪不及妻孥。今各官眷口悉在北京，乞藩主宽三十日之限，即当开门迎降』。功允其请，而厚赏之；复谕之曰：『本藩攻此孤城，不过一脚尖耳。既然来降，姑准其宽限者，盖欲取信于天下也。若至期不降。攻入之时，寸草不留』！差者叩首而去。潘庚钟曰：『此乃缓兵之计，不可凭信。可速攻之』！成功曰：『自舟山兴师至此，战必胜、攻必取，彼焉敢缓吾之兵耶？彼朝实有定例，尔勿多疑』。庚钟曰：『孙子有云：「辞卑者，诈也；无约而请和者，谋也」。欲降则降，岂恋内顾？决是城中空虚。速为进兵攻之，乃为上策』。功曰：『古者攻城为下，攻心为上。今既来降，又准其约，若骤然攻之，彼心不服。俟其不如前约，然后急攻，莫谓城内人心悦服，且使天下皆知我行仁义之师。况太祖皇陵在此，亦不宜震动也』。功实以江上两次之捷，遂不听庚钟之言。发令诸提镇，严防谨守。日则了望，夜则伏路，金鼓之声，日夜不息，守困以待其降。管效忠得差回报允限之言，喜曰：『此乃朝延之福』。随密檄附近救援。
十八日，有漕标副将梁化凤率援剿骑兵五百经过，探知海寇犯境，遂入城请见。愤曰：『谅此狐鼠之辈，妄自猖横；且彼孤军深入，焉能久住？俟其锐气稍懈，一鼓破之』。效忠抚其背曰：『此贼之破，专赖将军』。化凤跃然曰：『食君之禄，当死王事，岂敢临难苟免』？忠留其协守（凤，陕西西安府长安县人）。惟化凤日夜上城观望，见其营垒，步步相关，首尾相应，无计可施。偶巡到东北角，见一营人马屯劄在白土山下，稍疲可破；奈不得即至。忽思此处原有城门，名曰「神策门」（今此门改为得胜门），因出入者少，故垒塞之。不如将此门乘夜挖开冲出，方为胜计。二十一夜三更时分，化凤率兵挖开城门。天色微明，率骑兵五百突出。果然此营以非冲要之地，无甚关防，其伏路、了望俱各疏略。忽轻骑直至，疑为天降，披挂不及，遂大溃。化凤率众追杀，至余新营前。新督兵出战，各营列阵以看。因前在镇江，周全斌夺城，各镇争功，互相攻讦，功怒，有『不得吾令，擅自进兵者，罪之』之语，不敢向前对敌。俄而新败，投萧拱宸。凤乘势冲入，萧拱宸接战，当不得箭如雨下，亦败而遁。时万礼在桥头山，欲来救援，而化凤已收兵矣。总督管效忠接『梁化凤乘夜挖开城门通贼』报，效忠曰：『梁将军素心忠贞，决无是事，其中别有隘情』。乃差人侦看。随即亲率将士登城，飞报东北角厮杀，随开门接应，出劄城外。
二十二日，甘煇、林胜、潘庚钟等劝成功暂抽兵将出观音门，相机以图再举。功曰：『小挫锐气，便欲思退；明日正欲观诸君建功耳』。令万礼诸军勿动，调马信、吴豪、韩英由水路抄其后，姚国泰、杨祖、蓝衍、杨正抽屯山上，甘煇、张英伏在谷内，林胜、陈魁列于山下，陈鹏、蔡禄往观音门接应救援。
二十三日，化凤率骁骑直逼左先锋镇杨祖，祖奋勇力战。诸将见成功，张盖在山观敌，未有号令，不敢擅出。俄而祖败，蓝衍战死，功方令蔡禄、陈鹏往援。奈山高行迟，而化凤又从山上驰下，鹏与禄军亦大溃。效忠另遣别将，绕山之背，合化凤之师。时甘煇、张英伏谷内，未得号令，遂为所困，乃分头御敌。英伤箭而死，独甘煇力战不退，手刃数十人，左右咸亡，乱箭齐集，乃大叫曰：『我甘国公也，勿射，可擒去请功』！遂被擒。化凤挥骑乘虚冲杀，诸镇营垒咸皆摇动，万礼力御，被乱箭射死。未及战者，见山上黄盖尚在，不敢救援，亦不敢奔走。林胜见蔡禄败下，遥观黄盖尚在山上，又不发号令，急唤中协金岸、领兵康龙曰：『敌人虽胜两阵，实无多骑，藩主之不发号令而齐击者，谬也！尔二人可统兵出敌，我自督后军接应』。岸与龙二人飞奔出营，与化凤大战，未分胜负。忽东门骑兵突出合攻，林胜（粤之澄海人，最雄伟多武艺）转头御之。而魏雄战死，众溃，胜不能止，全军皆没。成功在山上观战，见蔡禄等败，嘱庚钟曰：『尔立盖下，代吾指麾，不可去盖。吾下山，催水军从后抄杀』。随带健将十余猛，下快哨，欲催水军。时值潮退，无奈驾至江心，遥望诸军披靡不堪，随飞帆出镇江矣。化凤合城内诸军，见山上黄盖，指曰：『擒贼当擒王』！随挥军杀来。奈矢石如雨，不得上。陈魁因林胜受敌，抽兵绕道而退。见骑兵逼成功营垒，即趋援。魁中箭死，诸军悉赴水死。化凤又合师环攻，山中四面受敌，潘庚钟挥剑督护卫死战，亦皆覆没。
化凤收军奏凯，效忠出迎，问曰：『前夜将军挖城出兵，何不通知，以慰众怀』？化凤顿首曰：『成功积寇，一时猖獗，瓜镇已破，人心摇动。桀黠狡狯之徒，多有异念。安保城内无有为之侦探者？故不敢请命者，恐泄其机也。今日之胜，正所谓「出其不意，而攻其无备也」。其擅出师之罪，望乞赦宥』！效忠曰：『古者大夫出使，苟有利于国家社稷者，专之可也。况此大捷，自当奏闻。但乘摧枯拉朽之势，恢复瓜镇，非公不可，公勿卸甲』！化凤即领兵而行，并请顺途欲归崇明，以防余炽；效忠然之。即奏：『江南之捷，破成功者，乃崇明总兵梁化凤也』。世祖大悦，欲召化凤陛见。因海疆未靖，命下令画工图形进览，即擢为江南提督。
二十四日，功至镇江。令全斌驾快哨载败兵，捞救残卒。再令柯平，亦着快哨沿江救载。忽报黄安全队至，所有残败将士，悉赖载归。继而马信、陈尧策、王秀奇、林习山、张德、周鹤芝、张名振、周瑞、姚国泰、刘巧、林明、黄昭、郭义、蔡禄、杨祖、陈鹏、吴豪、杨正、冯澄世、萧拱宸、黄应、程应璠、张行、李缵元、蔡鸣雷、蔡政等，陆续俱回。死事者：甘煇、潘庚钟、万礼、张英、林胜、蓝衍、陈魁、李泌、杨标、魏其志、林世忠、张廷巨，洪复、吴赐等十四大将；其余标下将，不可胜计。功大恸，谓三军曰：『是我欺敌，非尔等之罪也』！
二十六日，报『骑兵云至，沙船亦出』。功令刘猷与周全斌殿后。二十八日，功先行，出泊排沙屿。诸将弃瓜镇，或居三磐山、或往舟山。
八月初一日，成功师回狼山上沙。初四日，泊吴松港。初八日，至崇明港，议攻崇明城，遂架大炮攻击。城崩数十丈，镇将梁化凤于随崩处随筑备御；并造木马钉，叉排置崩处。十一夜，齐倚云梯，击死正兵镇韩英、监督王起俸等数十人，方退。
十三日，议欲再攻崇明。周全斌曰：『城小而坚，难以骤破。虽得亦无用，徒损士卒耳』。适蔡政同马进宝差刘秉忠回师。成功见谋不遂，乃回师。
十八日，至浙江，擢杨富为正兵镇。分派各提镇就温、台、舟山各港地方屯劄征饷。
九月初三日，成功开驾。初七日，到厦门。以江南出师，损兵折将，无尺寸功，修表遣李明世从龙门间道达行在，自贬王爵，仍用「招讨大将军印」。
甘煇力战，见陈谦等尽亡，自称「甘国公」被擒，见总督管效忠。忠令煇跪，煇不屈。效忠责之曰：『为将自当战死。不能战死而被擒，即当投顺；何敢抗礼？岂以吾剑不利乎』？煇曰：『吾岂不知大丈夫当死沙场？但大厦已倾，非一木可支。若默默与士卒同偃卧于荒坵，是所不愿耳！吾今声言而来者，正欲知我之死处也』。效忠见其抗壮勇烈，欲其降，乃令降将余新劝之。煇见新至，裂眦大骂曰：『余新匹夫，枉生天地之间。兵败投降，有何面目见我？尔今虽降，亦不能久活！我甘国公，头可断而志不可易也』！伸脚便踢，骂不绝口，遂见杀。徐而余新亦被害。
十月，报『援剿镇刘猷在温州征饷，水退，船搁浅，被温州总镇督骑兵突至，力战全军覆没』。功大叹惜，令恤其家。
十二月，报『逮提督马进宝入京勘问，又将军达素督三省水师会剿两岛』。
