三月，至大星所，杀败惠州援兵，攻其城，下之。时福建巡抚张学圣按泉郡，侦知成功往粤东，立咨驻泉中路总兵马得功，统兵乘虚袭厦门。得功随统辖骑兵，先从五通渡过。水师镇阮引不战而遁。芝莞闻报，席卷珍宝，弃城下船。岛中鼎沸，成功妻董氏怀神主出，步行海滨，见船仔招之曰：『我董夫人也』！舵工林礼泊岸，背夫人落船。夫人曰：『那只船是莞爷的』？礼指以重载者是。夫人令泊其船。芝莞见夫人，忙请曰：『此战舰也，不便居。请夫人到家眷船中，有人伏伺』。夫人知此船系芝莞积藏，识破机关；乃曰：『媳妇喜乘此船。今战征时候，非此不可』。莞再三相强，夫人坐而不动。得功领五百余骑往来驰骋，百姓奔窜石洞。原阁部曾樱，人劝其出遁。樱笑曰：『吾今日犹得正命清波，幸也！遁何处』？自缢死（曾樱字二云，江西人，丙辰进士。隆武亡，依成功。门人阮文锡、陈恭以僧龛抬下船，至金门王槐家收殓）。
张学圣与兴泉道黄澍、原同安县张效龄督大队至，适潮大涨，遂登五通山。一望波涛万顷，而岛屿孤悬海外，险地也。顾谓澍曰：『此乃绝地。我若过去，船只不继，缓急岂能飞渡？实用兵之忌』。即下山，引师返。得功知后军已退，不敢坐镇，走篔簹港，遇郑鸿逵将杨杼素、吴渤与战。得功奋勇，射死吴渤，杼素不敢迫。施郎闻知，率陈埙、郑文星等从厦门港登岸追赶至，得功战少怯。计穷，遣人驾小船见鸿逵曰：『虽彼此间隔，各尽其职；然亦无时不悬念公也。今得功奉令过岛，未曾扰一草一木。奈欲退无舟可渡，得功必死于此。得功死，分所当然；但恐此岛人民万不能全耳。且公兄在京，眷口在安平，其能安乎？不如宽得功片刻，假渡而归。一举两得，得功幸甚，即公亦幸甚。乞熟思之』！鸿逵动昔日之情，亦以为然，放松高崎守，假渔船数只，渡得功回泉（鸿逵初除天津抚院郑宗周坐营，转隶都督孙应龙麾下。登莱之役，应龙失机，逮系天津狱；复与大同巡抚张廷拱同事。未几，与芝龙平红毛功，勳荫锦衣卫掌刑千户。继晋指挥使。癸未，授登州副将。甲申正月，曾应遴荐副将郑鸿逵缓急可用；诏益兵三千，命鸿逵镇守南赣。至弘光嗣位南京，檄守釆石矶，以右军都督挂镇海将军印。时得功为标下守备）。
当得功渡厦时，都督郑德、副将周王臣坐快哨，飞奔大星报成功。功即率大队舟师于四月初一日到厦门，计得功已去五日矣。成功大愤鸿逵卖情，令一应镇将不许赴鸿逵衙署，逵遂移师出屯金门之白沙。成功亲历各要口，亲祭阁部曾樱。改厦门为思明州，以郑擎柱为思明知州。督民夫筑炮台数处，拨劲旅防守。将董氏所乘芝莞船积藏金银，搬充军饷。
初十日，成功大会文武，议厦门功罪。实施郎银二百两，陈埙、郑文星银各一百两。芝莞以失机论罪当斩。莞欲辩；而成功已冠带请旨，出隆武所赐尚方剑，斩莞示众。诸将悚然。顷献首阶下，功令悬之街三日，方许收葬。并有『本藩铁面无情。尔诸勳臣镇将，各宜努力。苟不前进怯敌，本藩自有国法在；虽期服之亲，亦难宥之』。谕阮引、何德各捆责五十，蓝登姑宽其罪立功。吴勃遣知州致祭，厚恤其家。于是众军股栗，无敢犯。
鸿逵在金门，见成功举动威严，执法无私，亦将船只悉付之。择白沙地方筑寨，广构亭沼，艺植花木，额曰「华觉」；笙歌自娱（后患足疾。至丙申，王进功攻白沙寨，成功合芝豹往救，进功退。功移鸿逵居金门）。成功见鸿逵谢权归隐，擢万礼为前冲镇，陈朝为后冲镇。洪旭守厦门，族兄泰守金门，季叔芝豹同施天福守安平，张进代李寿守铜山；陈霸守南澳，拒南洋许龙、碣石苏利（苏利，粤之饶平东界人，流落海丰时，有闽之同安人苏秦，浑号「大目公」，标掠海上。利与碣石卫民构衅，争杀不休。民潜出海外请秦为援。秦纠党飞船而入，合民击利。利败，秦遂入碣石。利依秦为裨将，所战必胜。秦喜利同姓，益亲信重。秦偶沾疾，利刺秦自代：明末「五虎乱潮」之一也。后虽投诚，心怀不轨。迨奉旨迁移入内地，利不遵，遂反；为平南王尚可喜用参将高亮福、守备高亮祯兄弟为前锋，一战而灭。考之碣石卫旧志，花都司有记曰：『卫地二十五步，有强龙入海，必有隗嚣、公孙述辈踞此二十秋』。计利兴灭足二十载，时日无多寡，其应验如此。亮福字玄素、亮祯字履初，海丰赤坡人。玄素当明季之时，潮民苦于缙绅，众共举刘公显为首，玄素其次也。余马茂素、黄文锦、鲁瑞、黄义、吕云璧、傅君祯、曾十千等，为九军。玄素投诚，授参将。许龙潮之澄海人，亦明末「五虎乱潮」之一，踞南洋横行无忌。后投诚。迨迁移，奉旨入京，官内大臣）。
五月，成功见布置得宜，将师移于金门之后浦，操演阵伍，整顿船只，以俟兴师。
七月，太监刘九皋賫永历诏航海至，成功跪接。宣读请安毕，询帝行在，方知驻跸浔州。九皋又说：『去岁曹志建战败，新虎关失守；马进忠又战败于瓜里，师退武冈州，桂林大震。督师于元华、滇镇赵邦选、胡一清、焦琏在平乐，怀私情，按兵不前，以致全州不能守，严关亦失。十月，宁远伯王永祚与胡一清俱乏饷，入桂林，榕江一带咸空壁。留守瞿式耜，命赵邦选出城御敌，选不遵，再促之，挈家去。杨国栋、马养麟出小路，兵溃，一清亦奔窜。独式耜危坐署中，总兵戚良勳率五骑至，劝式耜速出，再图后举，耜不允；曰：『汝去！汝去！我去不过多活几日。自古及今谁不死』？挥良勳出。总督张同敞亦自灵州逃回，闻城空，惟留守在，入见式耜，曰：『将奈何』？耜应以『封疆之臣，当死封疆，子无留守责，盍去诸』！同敞愿同死。耜回顾左右，惟一老兵而已。令老兵于城上召中军徐高入，将敕印付之，令驰行在。遂张灯取酒，相向而饮。天微曙，数骑至，执耜与同敞去见定南王孔有德。德举手问：『谁是瞿阁老先生』？耜曰：『余是也。欲何为？城既陷，惟求一死』。德曰：『吾断不杀忠臣，先生何自苦』？耜曰：『天朝大臣，岂你所可说乎』？德曰：『本藩亦先圣苗裔，天命所在，岂有逆乎』？同敞厉声曰：『你不过毛文龙下走耳，毋辱先圣』！德大怒，喝左右缚之。耜曰：『此官詹司马张同敝，不可辱』！德笑而释之，还其衣寇。二人坚请死，德令暂出别居，遣官劝之薙发，二人不屈。又令为僧，曰：『为僧乃薙发之渐。发短命长，不为也』。绝粒。十一月十七日，受刑（给事中金堡已为僧，僧名「金释」。上书定南王，请葬瞿式耜、张同敞。吴江杨艺，为具衣冠葬于北郊之原）。帝闻报，自梧州趋浔州。陈邦传谋劫驾，帝遂冒雨而走，诸臣在后，多被劫掠。至南陵，从行者惟严起恒、王化澄、马吉翔、庞天寿等。并议调孙可望、李定国，合师恢复。因此特差九皋从龙门渡海，来求藩主，督全师从虎门而入，攻粤东，以分其势』。成功曰：『君父有厄，焉敢坐视』？即择日整舟师行。甫趋过粤之表里，遇飓风，船各飘散。成功收入潮阳港。篷索损坏，不果行，回师金门后浦。
左先锋施郎从将曾德犯法当死，脱逃赂匿成功左右，郎侦擒之。功驰令勿杀。郎曰：『法者非郎敢私，犯法安能逃？使藩主自徇其法，则国乱矣』。促令杀之。但持令者乃德挚友，回而不述执法前言；徒诡说『尔欲以藩令胁吾，面叱杀之』之语。成功大怒。次日，传诸将入船，令右先锋黄廷收郎，并父大宣、弟显贵，交林习山守于巨舰。习山令副将吴芳看之。是晚有到船访郎者。曰：『命不保矣，随登岸去』。郎急谓显贵曰：『危在旦夕，兄弟岂可俱毙？弟年壮，速当计脱』！贵曰：『兄雄略胜弟十倍。且我有子，兄尚无嗣。吾与父当之，兄急行，勿多语，恐有漏泄』。郎起，佯喜语吴芳曰：『吾以藩主欲杀我，谁知欲令我备铠甲。此易事也』。取酒与芳欢饮毕，恳芳曰：『伴我登岸，往见当事』。芳见郎举动雀跃，又以父与弟在船，遂信焉。令人随之登岸。郎曰：『大路恐遇人不便，由小径行』。芳之随者是之。至草仔垵，郎出铁锥锥死芳之伴者三人，走匿曾厝垵石洞中。是晚，成功闻报大怒，捆林习山欲杀。拘吴芳妻子，令芳侦寻赎罪。二十一日出令，收大宣、显贵，斩之。严禁船只，晓谕搜索。郎匿数日，饥饿难当，乘昏，奔其部属左营苏茂署（时茂顶郎左先锋镇缺），茂方晚食。郎见激之曰：『闻藩主千金高爵购我，细思贤弟与我最厚，特来相寻，免被他人邀功』。茂曰：『茂虽不肖，岂肯卖镇主以求荣乎？且公投生非投死也。茂虽死亦不肯为，公幸勿疑』！饬守门者秘勿扬，随饮郎，藏之。次夜，令心腹备小船载郎去安平，投施天福依芝豹，求为排解。俄而成功知，往召，郎已逸内地。成功得回报，愤其叔父市恩放郎（郎于顺治四年依成功，至逃，共住四年耳）。
五月，成功擢戎旗中协林胜为援剿右镇。整大队，领中提督甘煇、左先锋镇苏茂、中冲镇蓝登、宣毅左镇杜煇、援剿后镇陈魁、左冲镇郭义、右冲镇蔡禄、后冲镇林明、前冲镇统领余新、奇兵镇杨祖、智武镇蓝衍等，从南溪登岸。漳州总兵王邦俊率骑兵一千、步兵二千，列阵于磁灶以待。杜煇、蓝登奋勇夺先，率众用藤牌厝抵箭迎敌。骑兵不能胜，矢将尽，少却。余新、杨祖出左，蔡禄、陈魁出右，合击。邦俊势孤，遂溃，入城坚闭不出。
六月，成功回厦。旧将黄兴投见，授兴中权镇。平和人黄梧来归，即授副将。以监督陈六御为北镇，管骑兵。
九月，成功复率众入攻漳浦。王邦俊来援，被甘煇所败，追至马口始收军。提督杨名高接王邦俊「海逆猖獗」报，统兴、泉各镇营进剿。成功侦知，令蓝衍、杜煇为先锋，以苏茂、郭义私过小盈岭之左埋伏，杨祖、蔡禄衔枚伏于小盈岭之右，听号炮三声，各抄出夹攻，使彼首尾受敌。又令甘煇、余新为监阵接应，陈魁、黄梧为救援。自领林明、刘巧、林胜等，登山顶观战。名高知成功兵屯小盈岭，即以骑兵五百为先锋，分步兵三千为二队以应之；又以骑兵六百作二队，为左右救援；自领骑步三千迎战。时冬十一月，天气严寒，名高谓诸将曰：『海贼赤脚，可乘今日冻栗击之』。遂进，遇于岭下，两相交锋，胜负未分。成功令林明发炮。明连发三炮，而杨祖冲出。高分兵接御，苏茂、郭义从后抄杀。高队大乱，死者甚多。名高退回泉州。
十二月，成功乘胜旁掠诸县。漳浦守将杨世德、陈尧策（字邦缵，系功之旧将）献城投降。授世德英兵镇，尧策护卫前镇，林其昌为漳浦知县。成功见士卒繁多，地方窄狭，以器械未备、粮饷不足为忧，遂与参军等潘庚钟、冯澄世、蔡鸣雷、林俞卿共会议。澄世曰：『方今粮饷充足，铅铜广多，莫如日本，故日本每垂涎中国。前者翁太夫人国王既认为女，则其意厚。与之通好，彼必从。藩主何不修书，竟以甥礼自待，国王必大喜，且借彼地彼粮以济吾用。然后下贩吕宋、暹罗、交趾等国，源源不绝，则粮饷足而进取易矣』。成功是之。令兄泰造大舰，洪旭佐之（旭字念尽，同安人）。以甥礼遣使通好日本。国王果大悦，相助铅铜；令官协理，铸铜熕、永历钱、盔甲、器械等物。以原县户掾黄恺（号龙剑，有口辩材能）为征饷官，以督征泉、漳、福、兴沿海地方，以资军饷。阮骏、阮美自舟山来归，令原船听用。海澄守将郝文兴遣人密款于成功。功允之，授兴前冲镇。
顺治九年壬辰（附称永历六年）春正月初二日，成功乘潮大涨，航船直抵中权关。郝文兴迎成功入城安民，以黄维璟知海澄县事。有同安浯州人周全斌投谒（斌刀笔吏，有文武才。浯州，金门别号），功问恢复进兵策。斌对曰：『若以大势论之，藩主志在勤王，必当先通广西、达行在，会孙可望、李定国师，连〈舟宗〉粤东，出江西，从洞庭直取江南，是为上策。奈金声桓、李成栋已没，广州新破，是粤西之路未得即通，徒自劳也。今且固守各岛：上踞舟山，以分北来之势；下守南澳，以遏南边之侵。兴贩洋道，以足粮饷。然后举兵取漳、泉，以为基业。陆由汀郡而进，水从福、兴而入，则八闽可得矣』。功大悦曰：『此诚妙论』！授全斌房宿镇。初十日，功遣各镇从江东入攻长泰。王邦俊率兵援之，相遇于溪西，俊失利。二十三日，俊复来援，败回。
二月初三日，功督令攻城，游兵镇吴世珍奋勇先登，被炮打死，城不得下。成功密遣火器镇何明凿地道击之。甫开凿，报总督陈锦提兵至。
三月初七日，功移营江东。初十日，锦师札牛蹄山，相去仅五里。锦欲进兵，提标右营游击张玉谏曰：『海贼国姓，少年英勇，诡计甚多。现札江东，未可陡进。且踞守于此，遣人密通漳镇，另调一旅，由长泰小路出，从中冲出，使彼首尾不顾』。锦喝曰：『皆是尔这班怕死的，虚糜君禄，养成祸胎。这样蝥贼，何足挂齿？本部院前在小盈岭一鼓破之。本该割尔头以儆慢战之罪；姑念用人，暂且记罪。如若再犯，决难轻恕』！锦实狃于同安之胜，不以成功为意（陈锦曾同佟鼐、李率泰为三大人，督提督赵国祚攻邱缙于小盈岭复同安县有功，是以擢福建总督）。
