丙戌春，思文帝遣司礼监太监庞天寿册为桂王，居肇庆府。秋九月，福州不守；两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜、巡按御史王化澄与故大臣吕大器等，议所立。先是，思文帝常语群臣曰：永明神宗嫡孙，正统所系，朕无子，后当属诸。乃共推永明王。太妃王氏曰：诸君何患于无君！吾儿仁柔，非拨乱才也，愿更择可者。魁楚请之坚，遂以十月壬辰监国肇庆，祭告天地宗庙。加魁楚东阁大学士，进式耜吏部左侍郎东阁大学士摄尚书事，永茂请终制，化澄等皆进爵。甲辰，湖广督师大学士何腾蛟、巡抚兵部右侍郎堵胤锡等上表劝进，优诏答之。司礼监王坤至自汀州。知隆武帝已殂，群臣请即大位。是月四日，大清兵破赣州，丁魁楚闻败，仓卒奉监国走梧州。故大学士苏观生遗书魁楚，欲预拥戴，魁楚拒之，观生乃自南韶还师。十一月癸卯朔，立唐王弟聿囗〈金粤〉于广州，改元绍武；以与肇庆相拒。甲寅，王还肇庆。庚申，即皇帝位，以明年为永历元年。追尊皇考曰「端皇帝」，尊继母太妃王氏为皇太后、生母马氏为皇太妃，册妃王氏为皇后，上隆武帝尊号曰「思文皇帝」。大赦。封太后弟王国玺武靖伯，皇后父王略长洲伯， 太妃侄马九功镇远伯。给事中彭耀宣谕广州，观生杀之；乃以兵部侍郎林桂鼎督总兵李明忠、龙伦、苏聘等讨之，战于三水，唐王兵败。十二月甲戌，复战于海口，佳鼎败殁，肇庆大震。复以王化澄为兵部尚书往督师。起李永茂为大学士，未几亦罢去。十二月，大清遣巡抚佟养甲、总兵李成栋，由福建越潮、惠，俱下之；丁亥，潜师袭广州，执聿囗〈金粤〉，观生自缢。聿囗〈金粤〉与周、益、辽等二十四王，俱及于难。报至肇庆，瞿式耜请守峡口，司礼监王坤难之；乃以朱治囗〈忄间〉为两广总督，守肇庆。上出幸梧州。是月，大清兵取川北，张献忠诛。
丁亥，永历元年春正月癸卯朔，上至梧州。李成栋分兵徇南韶，自率兵向肇庆，朱治囗〈忄间〉走肇庆降。上由梧州走平乐，丁魁楚避入岑溪县守险，王化澄走浔州；成栋别将杨大福、张月等，下高、廉、雷三府。癸亥，上入桂林，欲幸楚；遣使湖南，慰劳督师定兴侯何腾蛟等，并趋其兵入卫。乙丑，梧州破，广西巡抚曹烨降。兵科给事中陈邦彦起兵于高明，原任兵部右侍郎张家玉起兵于东筦。征四川吏部尚书文安之、云南吏部侍郎王锡衮入阁，不至。乃以翰林学士方以智为东阁大学士入直，未几为僧去。锡衮寻为沙定洲所杀。是时，献忠部将孙可望等由川、贵入云南。魁楚为追骑所及，降，成栋杀之于藤江；平乐亦不守。桂林闻报，大恐；会武冈镇刘承胤兵至全州，即赴之。二月丙戌，上幸全州。瞿式耜谏不听，因自请保桂林；乃以式耜兼吏、兵二部尚书督师留守，以总兵新兴伯焦琏兵隶麾下。封刘承胤安国公，马吉翔、郭承昊、严云从等皆为伯。以礼部尚书吴炳兼东阁大学士，入阁办事。刘承胤以三千人援桂，自奉上归武冈。三月癸亥，上至武冈，改为奉天府，以氓府为行宫。大清兵攻桂林，焦琏击却之。是时，长沙、常德俱失，何腾蛟与郝永忠等退保衡州；张先璧走宝庆，堵胤锡走永宁卫。忠贞营李赤心等攻荆州，不克，溃入归、巫两江间。马进忠、王有才等遁五溪山中。武冈远在宝庆西，依承胤以为重，承胤遂专恣。六月庚午朔，何腾蛟朝行在；上慰劳再三，锡金币。大学士陈子壮起兵于九江镇；秋七月甲辰，率舟师围广州，不克。命腾蛟督诸镇兵守衡州；未至，衡已破，永忠等南走，腾蛟退保永州。湖南巡抚章旷卒于军。八月己巳朔，以户部侍郎严起恒为东阁大学士。壬午，大清兵破宝庆。刘承胤拒战，败绩，遂降。马吉翔等奉上及两宫斩关出，夜走靖州；商丘伯侯性持兵入卫，由通道县入蛮境，出古泥以达柳州。大学士吴炳扈从不及，死之。九月，李成栋破清远；兵科给事中陈邦彦被执，不屈见害。冬十月，土司覃鸣珂与守道龙文明相攻，遂陷柳州，大掠，矢及上舟。丁丑，上南走象州。兵部尚书张家玉兵败死之。时，大清已定湖南，西入黎平，永州亦破。郝永忠、卢鼎等俱入桂林，何腾蛟与严起恒随至，与留守瞿式耜议分地给诸镇，俾自为守。式耜以督焦琏兵复阳朔及平乐府，陈邦傅亦由滨州复浔州，合兵复梧州。粤西既定，屡请上入桂林。十一月丁酉朔，上回桂林。式耜与严起恒、王化澄并入直，腾蛟督师入全州。大清兵破高州，大学士陈子壮被执不屈，磔死。
戊子，永历二年春丁酉朔，上在桂林。四川巡按御史钱邦芑疏报：四川全省恢定九州岛一百三十余县。上视朝，受贺。封王祥等为侯、伯，升邦芑右佥都御史。癸亥，江西提督金声桓、王得仁以南昌内附。二月，广东总兵李成栋以广东内附。郝永忠溃于兴安。丁亥，入桂林大掠，上夜走南宁。何腾蛟在永宁闻警驰回，与式耜同调诸镇兵入城守御。三月丁巳，大清兵至桂北门，腾蛟等拒战却之。清师闻江西反，遂旋师。声桓使人间道赍佛经，置密疏其中，赴南京输款。以翰林学士朱天麟为东阁大学士。闰三月丙寅朔，皇子慈烜生，大赦，王皇后出也。夏四月乙未朔，遣吏部侍郎吴贞毓、商丘伯侯性敕劳李成栋于广州，封惠国公；并封佟养甲襄平伯。五月，何腾蛟复全州；壬午，复宝庆府。六月甲午朔，驾幸浔州。封陈邦傅庆国公。秋七月甲子朔，次梧州，谒兴陵。成栋请上移驻广东，使其将罗成耀将甲士五千迎驾；瞿式耜请回桂林。众议肇庆监国之地，居两省中，遂移居焉。八月癸巳朔，驾幸肇庆。拜成栋翌明大将军，以其子李元胤为锦衣卫指挥，使掌丝纶房事。袁彭年为左都御吏；彭年以广东布政使与成栋密谋内附者也。朱容藩僣称监国于夔州，督师吕大器命川将李占春诛之。九月，召旧辅何吾驺、黄士俊入阁。冬十月，何腾蛟攻永州、衡州，克之。李成栋命其子元胤以兵三千宿卫，遂为禁旅。是时，江西、广东俱复，惟赣州为高进库所守，金声桓使王得仁攻之不能克；命成栋率师助之。比成栋至，而大清兵已抵南昌；得仁还救，成栋战不利，退屯南康。十一月，杀佟养甲。李赤心破清将线国安于湘潭，遂复益阳、湘潭、湘乡、衡山等县；堵胤锡围长沙。十二月辛卯朔，封李元胤南阳伯、马吉翔文安侯。大清兵至长沙，诸将溃，腾蛟退保湘潭。
己丑，永历三年春正月庚寅朔，上在肇庆。壬申，朱天麟罢。戊寅，南昌破，金声桓、王得仁皆死。二月庚寅朔，湘潭破，马进忠败走，何腾蛟被执不屈死之。李成栋亦败于信丰，渡河堕水死。事闻，赠腾蛟湘中王、成栋宁夏王、声桓南昌王，设坛祭之。以杜永和为两广总督，驻广州；罗成耀守南雄。忠贞营之众，亦溃于茶陵，由道州入粤西。堵胤锡以胡一青、赵印选兵守衡州。三月，大清兵至，胤锡走道州；衡、永二府俱不守。四月，孙可望疏请封王，廷议不可。孙可望自丁亥春入滇，据全省，称国主，以干支纪年。其党李定国等抗不相下，云南监军杨畏知诱之来归，请封，久不决。武康伯胡执恭驻思恩，便宜矫册印入滇封可望为秦王；而肇庆不知也。六月己丑朔，堵胤锡至肇庆，加文渊阁大学士，封光化伯，使召李赤心等出楚。七月，封可望为平辽王，赐名朝宗。刘文秀、李定国、艾能奇等皆为公。可望却不受。冬十月癸丑，马进忠、王进才克武冈。乙卯，克宝庆、靖州。何吾驺、王化澄罢。封黔镇皮熊为黔国公、播镇王祥为忠国公，防滇也。十一月辛巳，督师大学士堵胤锡卒于浔州，赠镇国公。十二月戊申，以史馆乏员，上亲试士，取刘囗〈艹洍〉、钱秉镫、杨在、李来、吴龙桢、姚子庄、涂弘猷、杨致和八人，俱授庶吉士。大清兵入粤，罗成耀自南雄遁回。
庚寅，永历四年春正月乙卯朔，上在肇庆。己未，闻庾关不守，问备御之策，无对者。辛酉，上登舟。戊辰，韶州复破。辛未，上西幸。命戎政尚书刘远生、给事中金堡宣谕广州诸将，令杜永和出师。留马吉翔、李元胤居守。庚辰，上至梧州，驻舟江干。内阁黄士俊以疾归，召朱天麟入直。二月，大兵至广州，围之；调陈邦傅、高必正等东援。丁亥，户部尚书吴贞毓等合疏论袁彭年、金堡、丁时魁、蒙正发、刘湘客朋党误国十大罪；上以彭年反正有功，置不问，余下锦衣狱，遣戍。戊戌，大清兵破武冈，马进忠退守靖州。五月，必正与邦傅有隙，率所部西回；惟邦傅东出，屯肇庆。马宝等袭清远，败归。李元胤、马吉翔进驻三水，观望不敢进。而潮州郝尚久、惠州黄应杰俱已降。广州被围日久，不能救；惟进封杜永和等为侯，以虚名慰劳而已。六月，文安之入朝，命入阁办事。八月，孙可望复遣使至梧，自称秦王，且以不愿改号为请，付从官集议。九月，可望由云南东袭贵州，执皮熊，又使贺九仪袭遵义；王祥师败，自刎死。于是，张先璧、马进忠等皆归于可望，势益强，地与粤西相接矣。冬十月辛巳朔，日有食之，既。十一月辛亥，广州破，杜永和奔琼。甲寅，桂林破，留守大学士瞿式耜、总督兵部侍郎张同敞皆死之。初，衡、永俱破，胡一青、赵印选走南粤，式耜命与焦琏，杨国栋等扼榕江。既而全州复破，榕江兵尽溃。报至梧州，乙卯，上乘炮船夜发；比晓，从官踉跄追走。陈邦傅在清远，闻广州失，劫从官于藤江。内阁王化澄、吏部尚书晏清等俱走北流不得达，马吉翔、李元胤追及于南宁。从官稍集，饥冻无人色，乃括行櫜并吉翔所献得四千金散给之。胡一青、赵印选率滇兵驻滨州。袁彭年自佛山复降于清。十二月，命文安之出督师，经略川、秦、楚、豫，封王光典等为侯伯；所谓十三家之兵也。
辛卯，永历五年春正月己卯朔，上在南宁。二月，柳州破，上移驻田州。三月，使编修刘囗〈艹洍〉封孙可望为冀王，至平越不得入。夏四月戊午，皇太后王氏崩于田州。五月，葬于南宁杨美山。上尊谥曰「孝敬、庄翼、康圣皇后」。可望以不允秦封，使贺九仪、张胜、张明志等将兵入卫，贼杀大学士严起恒、兵部尚书杨鼐和及给事中刘尧珍、吴霖、张载述等，皆主不予秦封者也。于是，始真封可望为秦王。八月，赠瞿式耜吴国公、张同敞江陵伯。九月，陈邦傅诱杀宣国公焦琏，叛降于定南王。上闻浔州破，驾发南宁。十月辛卯，驾次新宁。上生母马太妃徽号曰「昭圣、仁寿皇太后」，册慈煊为太子。十二月甲辰朔，大清兵破滨州。庚午，南宁破。赵印选、胡一青以败卒同马吉翔抵桂滩，请上弃舟从陆，尽焚龙舟重器而行。由土司安平、壮雷、归顺、归朝，一路进发，诸蛮各供粮饷并从官夫役。孙可望既受秦封，乃遣其将狄三品、陈国能、高文贵等以兵三千来迎，并书致从官曰：南宁不守，当驻安隆。从之。是时，可望已据有川东西矣。
壬辰，永历六年春正月癸酉朔，上在归朝司留九日，发。戊子，至广南府。孙可望遣总兵王爱秀表请居安隆。二月戊申，上至安隆，改名安龙府。可望岁以银八千两、米六百石上供，从官取给焉。大清兵入四川，可望守将白文选走回云南。定南王自广西以七百骑出河池州向黔，大军驻柳州。可望乃使李定国与冯双礼等图桂林，步骑八万人；刘文秀等图成都，步骑五万人。疏闻安隆，封定国西宁王、文秀南康王，余各加公、侯，从可望请也。三月壬申朔，建行太庙。五月，定国等进攻靖、沅、武冈皆下，疾趋广西。七月癸酉，遂克桂林；定南王自焚死，获陈邦傅并其子鲁禹，送贵州伏诛。杜永和以琼州北降；南阳侯李元胤及其弟安肃伯李建捷见执，不屈被杀。刘文秀等陷叙州、重庆，大清兵出击，大破之，全军俱没。九月，李定国北取衡州；孙可望亦自至沅州，攻辰州府，陷之。十一月辛未，大清兵遇定国于衡州城下，大战竟日，定国不能支，遂败走。会主帅遇伏殒，定国得收兵，退屯武冈。是年，凡宗藩在贵州者，可望渐杀之。
癸巳，永历七年春正月戊辰朔，上在安隆府。李定国自桂林胜后，不复受可望约束；可望恶之，使人召赴沅议事，将杀之。定国辞不行，径回广西，可望自追之。大清兵进宝庆，与可望战于花子街，杀伤相当；可望急退，诸营遂溃。大清兵亦不进，各引还，以武庆之间为界。上在安隆，日益穷促，闻定国得广西，且与可望有隙，乃与内阁吴贞毓等十八人谋召定国入卫；定国感泣，许之以身报。
甲午，永历八年春正月壬辰朔，上在安隆府。二月，开科取士四十名，以四川熊渭为第一，授庶吉士；余授知县、教职有差。可望闻密敕召定国等，三月使部将郑国、王受彦至安隆，杀与谋十八人；憾定国益甚。定国亦防可望袭之，出师掠廉、雷；夏五月，陷高州，进围新会。十二月，大清兵至，与尚、耿两王合击之，败北。
乙未，永历九年春正月丙戌朔，上在安隆府。孙可望遣兵攻常德，复败归。上在安龙，涂苇箔以处，日食脱粟。守将承可望意，更相凌逼，挟弹射马，直入其门；文吏乘舆呵殿过之不复下，改称府为安笼。岁造开销银米册报可望，称皇帝一员月支若干、皇后一口月支若干，隐忍延喘而已。李定国既解新会之围，由高州退守南宁。十二月，孙可望闻其势不振，遣兵袭之。
