应桂馨回到上海后竭力投机钻营，抓住新老政权交替时的机会建立起自己的组织，希望能成为与其他势力抗衡的势力。应自然要依靠帮会的力量，因为在这方面他最有根底。当时上海青帮、洪门和公口正酝酿联合建立一个政党，应积极促成，终于在1912年7月由三家联合组成了“中华民国共进会”。这是上海帮会的第一个联合政团，也是由帮会组织到公开性团体的开始。应桂馨因名声大，又号称在临时政府中任过要职，并为新团体出了一笔开办费，很自然地当上了会长。
在组织“中华民国共进会”之前，应桂馨曾去拜访过同是“大”字辈的张仁奎，他希望张仁奎能给予支持，不是财政方面的支持，而是道义上的支持，他想借张仁奎的声望给自己壮威。应桂馨知道，虽然都是“大”字辈，可他感觉自己怎么也“大”不起来，为此，他苦恼万分。他想找一个口碑好的“大”字辈的人，想来想去，掂量再三，他只觉得张仁奎合适。应桂馨想哪怕张仁奎出来说上一句话，也就算帮了大忙。
“锦湖兄，你好！桂馨这厢有礼了！”说着一抱拳，满脸堆满了笑容。
“夔丞兄，你好！你好！请坐请坐！”张仁奎也一抱拳客气地说。
“我知道锦湖兄爱喝茶，这不，特别从安徽六安捎来‘六安瓜片’，请锦湖兄品尝。”说着，随从递上来一盒茶叶，“这可是新鲜的，当年的茶当年喝，可谓上品。”
“谢谢夔丞兄还记得。张某是琴棋书画都不通，只会舞刀喝茶了！”张仁奎不冷不热地说。
“锦湖兄，应某组织一个政党——中华民国共进会，想请您出山！”应桂馨揖手点头说。
“啥党啥会的，我都不感兴趣，我只会舞刀喝茶，我还真没有那些闲工夫。你还是另请高明吧！”张仁奎说话越来越冷。张仁奎看不起应桂馨那股痞劲，认为他没有男人的硬骨头，特别是应桂馨那认钱不认人，不讲江湖义气的做派，更让他厌烦不已，因为同是青帮“大”字辈，他又不好多说，但张仁奎从不主动与他往来，即使应桂馨求上门来，也是能拒就拒，大事小办，小事不办，甚至拖而不办。但在原则问题上则是毫不含糊地当面一口回绝，他不想跟政治刮上边，更不想被搅在派系之争当中。
应桂馨岂能不知，看来他这次算是白跑了。其实来时，他也没抱多大的指望，他只是想到张仁奎这儿碰碰运气，如果答应更好，那可是锦上添花；如果不答应，他也没啥损失，他知道张仁奎在青帮里的威望，就是什么事也不办，但到张仁奎这儿坐一坐、说一会儿话，传到别人的耳里，对他都有好处。所以，对于张仁奎有什么态度，他并不挂在心上。看到张仁奎欠欠身子，应桂馨知道他该告辞了。应桂馨说：“锦湖兄，应某这方打扰了，这就告辞啦。”
“请！”张仁奎站起身子，双手抱拳施礼。
“谢谢，告辞，别送，请留步！”应桂馨也双手抱拳施礼，退两步后转身离去。
这次去见张仁奎，给应桂馨心里很受伤，作为“大”字辈，张仁奎的威望无人撼动。可自己也是“大”字辈，却混得如此地步。特别是看到张仁奎开香堂招徒，都是有权有势有头有脸之人，更让他既羡慕，又嫉妒。恰好上海青帮、洪门和公口酝酿联合建立一个政党，这可是一个好机会。正所谓，机不可失，失不再来，于是，应桂馨就东跑西颠，极力促成，而且出资开办，其目的就是想当会长，当然，他也真如愿以偿了。
应桂馨搞了共进会，并没有什么明确的政治目的，只是一种招兵买马的手段。他到处串联，扩大会众。湖北张振武被黎元洪所害，张妻曾出价2万元，找杀手为夫报仇。
应桂馨想干，还没得手，就被黎元洪得知，遂下令通缉。应桂馨慌忙逃回上海后，又组织了一个暗杀队。这个暗杀队被袁世凯听说了，袁世凯打好主意，首先招呼各方，取消通缉令，然后由内阁总理赵秉钧派内务部秘书洪述祖出面，召应桂馨北上进京。对应桂馨的接待应该说规格很高，甚至大总统袁世凯和总理赵秉钧都亲自召见了他。洪述祖是青帮“大”字辈，为人颇有心计，他说通了应桂馨后，立即与应桂馨共同南下。首先，让江苏都督程德全任命应桂馨为驻沪巡查长，给大洋5万元作经费，并答应每月再给3000元。最后谈判结果是：袁世凯、赵秉钧允诺“毁宋酬勋位”，并答应以当时发行的公债350万元优惠价卖给应桂馨，使其可净得200万元。谈妥以后，应桂馨允诺尽快履行刺杀宋教仁的诺言。应桂馨马上物色武士英做杀手，策划刺杀宋教仁，这就是刺宋案的背景。
1913年3月21日，上海各大报纸都在显著位置上刊登这样一则消息：“国民党代理理事长宋教仁先生昨日在沪宁车站遇刺，生死不明，凶手不明。”
这就是民国初年震惊中外的“宋教仁血案”。
该案的主谋是窃居临时大总统职位的袁世凯，而直接主使人则是他的鹰犬、上海大流氓头子应桂馨。
1913年3月20日，宋教仁要乘火车赴京，探听到这个消息后，应桂馨布置了三个流氓打手和武士英一起去执行暗杀任务。晚上10时50分，宋教仁等人走出贵宾候车室，早已埋伏在候车室外的武士英看到走在中间的那人的长相与应桂馨给他的宋教仁照片一模一样，便一个箭步冲上去朝着宋教仁的腰部就是一枪，随即向站外狂奔。恐慌之下，武士英又向后连开两枪，趁乱逃出了车站。
宋教仁遇刺身亡，举国震惊，国民党人更是悲愤异常，悬赏白银1万两捉拿凶手，沪宁铁路局和江苏省地方检察厅也发出赏格。
应桂馨从报纸上证实了宋教仁确实死于医院后，赶紧拍电报向袁世凯邀功：“匪魁已灭，我军无一伤亡，堪慰。”应桂馨自以为此事干得滴水不漏，扬扬得意，便又开始了纸醉金迷的生活，只等着大总统袁世凯给他授勋。
只可惜宋教仁至死也没明白谁是杀他的凶手，仍对“大总统”抱有希望。宋教仁在医院抢救时还向黄兴口授一封给袁世凯的信，原文如下：
北京袁大总统鉴：仁午夜乘沪宁车赴京，敬谒钧启。十时四十五分，在车站被奸人背后施枪，弹由腰上部入腹下部，势必致死。窃思仁自受教以来，即束身自爱，虽寡过之未获，从未结怨于私人。清政不良，起任改革，亦重人道，守公理，不敢有一毫权力之见存；今国基未固，民福不增，遽而撒手，死有余恨。伏冀大总统，开诚心，布公道，竟力保障民权，使国会得确定不拔之宪法。则虽死之日，犹生之年。临死哀言，尚祈鉴纳。
宋教仁被刺案真相大白后，孙中山先生对当时中国形势有了更深刻的认识。一次在陈其美家里，孙中山说：“他（指宋教仁）实际死在袁世凯手中。今后的斗争，是官僚与民党的斗争。过去我看错了袁世凯，是我的过错。现在袁世凯想使专制死灰复燃，辜负国民付托，必须起兵反袁，将他除去。”
事件发生那年，应桂馨正好50岁。
俗话说得好，“天下没有不透风的墙”。
3月23日，宋教仁出殡的当晚，设在南京路通运公司楼上的国民党上海交通部来了两个四川口音的学生，交际处主任周南陔接待了他们。原来这两个学生是来沪投考的，住在四马路（即福州路）鹿鸣旅馆。据他们称在其隔壁住着一个衣衫不整、面目凶恶的小个子，名叫武士英。
一天，武士英向他们借了两块大洋，说有人要提拔他，让他干大事，事成后就能大富大贵。武士英还拿出一张照片，说照片上的人该杀。他又取了一张名片，称名片上的人就是要提拔他的大人物。两人当时并没有在意，但第二天在报上看到了宋教仁被刺的消息以及宋教仁的照片，发现与武士英的那张竟然是同一个人。
周南陔觉得事有蹊跷，忙问：“名片上的人叫什么？”
两个学生回忆半天，就只记得此人姓氏有长长的一撇。“难道姓周、姓唐、姓廖，还是……”
周南陔百思不得其解。他一面禀报陈其美，一面派人监视武士英。
可是等周南陔的部下赶到旅馆，武士英早就结账走了。
