4月16日，海军陆战队司令、四星上将范德格里夫特和他的两名参谋来到关岛指挥部，请求去视察他在冲绳岛的部队，亲自去解决那里伤亡严重的问题。尼米兹没有批准他的要求。尼米兹解释说，他自己也想去，但战斗在激烈进行，危险性极大，因而不能派任何高级官员前往。
但是第二天，尼米兹突然改变主意，表示愿和范德格里夫特一同前往冲绳前线，这使得范德格里夫特大感惊讶。尼米兹改变主意的原因也许是迫于战局构成的“非常局势”，不得不进行直接干预了。
尼米兹一行乘专机抵达齿栉附近一个海滩的机场。次日，尼米兹即与斯普鲁恩斯等人视察了美军占领的部分冲绳地区。
尼米兹针对地面行动停滞不前的状况，强烈要求陆战部队加速推进，以便尽早解脱支援舰队。巴克纳陆军中将声称，这不过是一次地面作战。言下之意是，冲绳岛作战是陆军的事，海军最好不要插手。
“这确实可能是一次地面作战，”尼米兹冷冷地扫了巴克纳一眼，“但我却每天损失一艘半军舰，它们受到‘神风’飞机的沉重打击，或被击沉，或失去战斗力。所以，这条战线5天内不能突破，我们将调别的部队来突破它。这样，我们就可以从这些可怕的空袭中抽身了。”
这样，巴克纳才勉强同意调陆战5师和6师来南部战场。范德格里夫待建议采用迂回进攻的战术，以打开局面。巴克纳仍然认为，在南部或东南部海岸采取何种登陆方式都将付出巨大代价，最好的办法是用大规模的舰炮火力将敌人从据点中轰出来。尼米兹答应给予更强的火力支援。
为了顾全大局，尼米兹忍受来自各方面的批评，尽可能弥合海、陆军种之间的矛盾。在一次破例举行的记者招待会上，尼米兹对海军作出的牺牲只字不提，而是赞扬陆军非凡出众的作战表现，并指出陆军的战术是正确的，若从侧翼发起两栖登陆，将付出更大代价且浪费时间。在这段时间里，尼米兹心情很不好，他的判断和决定正受到最坚定的拥戴者的怀疑。但是，尼米兹坚持认为，首要的前提是保持军种间的和谐一致。
6月21日，美军宣布占领了冲绳岛。在炮声最后停息、支援舰只从冲绳海岸撤出时，对这一具有历史意义的战役也作出了统计。日军死亡15万人，被俘7400人；美军阵亡7600人，伤3万余人；有26艘舰只被击沉，360艘被击伤，大部分因日军“菊水特攻”行动所致。此外，巴克纳将军阵亡，这是美军在太平洋战争中战死的最高级别的一位将领。
尼米兹指挥的中路部队浩浩荡荡地向日本本土推进，付出了惨重代价换来的辉煌犹如金色的光环带来了令人振奋的希望和信心。而此时，麦克阿瑟的部队从新几内亚方向的进攻并未达到预期的效果，占领吕宋之后，他的部队仍在西南太平洋地区作战，只能南进到菲律宾南部和婆罗洲。
于是，军种间的内部争斗又全面展开了。自然是不甘寂寞的麦克阿瑟首先发难，他责怪华盛顿束缚了他和整个陆军的手脚，他绝对无法容忍的是，当尼米兹指挥的以海军为核心的各级司令部进攻日本本土的同时，让他在南边“坐冷板凳”。因此，他把建立一个由他指挥的统一司令部的观点再度提出来。但他的观点遭到了来自海军的难以辩驳的反对。
4月3日，参谋长联席会议颁布了一项折衷方案：在进攻日本时，麦克阿瑟将指挥太平洋地区的全部陆军地面部队和航空兵；尼米兹指挥太平洋的全部海军。这一方案意味着将进一步分裂被尼米兹称之为“不能团结工作”的联合指挥部；同时，任何陆军部队将来都难以听从海军将领的指挥。
尼米兹的耐心已经到了极限，他感到不能再次退让，否则，他将沦为麦克阿瑟的部属，而丧失自己的权力和责任。他以不容置疑的语言向麦克阿瑟的特使萨瑟兰亮出了自己的观点：“我现在不能答应把对于太平洋海区防务和作战计划不可或缺的陆军部队的作战指挥权交给他。”
然而，尼米兹也认识到，早日结束战争，比起两人的不和以及武装部队中两个局部的冲突来说，要重要得多。基于这一考虑，他还是决定去马尼拉与麦克阿瑟会谈，以取得双方的某种一致，尽早结束战争。
在两天的会晤中，两位高级将领尽可能以理智的态度去争取相同的目标，以谋求双方会谈的基点和最终从海、陆、空三方逼近日本的战略。会谈解决了一些存留的问题，奠定了进攻日本九州、本州及其他岛屿的合作基础。按照双方达成的协议，在两栖进攻中，以海军将领为主、陆军将领为辅进行指挥。尼米兹答应将进攻整个琉球群岛的任务移交给麦克阿瑟，并保证一如既往地为西南太平洋部队提供海上掩护。
这次会谈，使尼米兹意识到，他的统一指挥陆、海军的愿望是非常不现实的，他将再也不会提及全国范围的武装部队实行统一指挥的建议了。
凯旋归国
一天，一位年轻的海军中校来到太平洋舰队总部，捎来金上将带给尼米兹的一份绝密文件。文件告知，当量为2万吨TNT的原子弹已经研制成功，将于1945年8月1日在太平洋战场使用。
一颗炸弹就能毁灭一座城市，全部或几乎全部杀死其居民，尼米兹对此深为惊讶。他在座椅中转过身来注视着窗外，然后站起来对青年军官说：“非常感谢你。”并喃喃自语道：“我想，我是生不逢时，出世太早了。”
此时，7月的“奥林匹克行动”计划和“王冠行动”计划已由继任总统杜鲁门批准在8月实施。尼米兹则继续实施对日本本土的袭击，携带水雷的潜艇和飞机把日本对各岛屿的攻势压了回去。
5月8日，德国宣告投降，这标志着欧洲轴心国的最后失败。在欣喜的同时，尼米兹也感到德国的顽固抵抗使欧洲的胜利来得太迟了，已经基本上不会对太平洋战场产生直接的支援和影响了。他确信，在盟军部队从欧洲调来之前，靠封锁和轰炸，即可迫使日本投降。
6月底，尼米兹飞赴旧金山，与金上将进行战争年代的最后一次会晤。这次会议为时仅一天，因为两位高级将领已经充分确信，“奥林匹克行动”与“王冠行动”都将不会付诸实施了。
破译的日本电讯表明，日本正试图通过苏联政府，伸出求和的触角。于是，尼米兹、斯普鲁恩斯着手将工作重点从制定“奥林匹克行动”方案转到为日本可能投降作准备上。有关建立民事政府、处理战犯，一直到战后重建工作方面的专家等事宜，都成了太平洋舰队参谋部讨论的话题。
海军武器专家带来了在新墨西哥州阿拉莫戈多爆炸的第一颗原子弹的资料影片。尼米兹认为使用原子弹违背人道主义精神和道德准则，这不是一种合法的战争手段。但他又同意日本问题专家莱顿的看法，日本人的武士道精神是难以通过常规手段摧毁的。作为美军统帅，尼米兹还必须考虑另一个实际的问题，即他不想牺牲更多的美国人。
7月26日，美、英、中政府发布“波茨坦公告”，公告指出：日军必须无条件投降；除本国四岛外，日本应从其占领的一切领土上撤出，否则，只有“自取灭亡”。
这时，美军“印第安纳波利斯”号巡洋舰已将次临界铀235和两枚原子弹的组成部件运到了位于马里亚纳群岛中的提尼安小岛上。
日本政府对“波茨坦公告”所列条文未作出任何反应。
8月6日清晨，一架B－29型轰炸机装载着第一颗原子弹从提尼安岛起飞。8点15分整，死亡之神在广岛上空降落，不到15分钟，白色烟云便将全城卷入一片恐怖的火光之中。瞬间，城中7万多无辜居民或亡或残。9点20分，美空军从1500海里外的日本上空向提尼安岛传来清晰明确的消息：“任务顺利完成！”负责“原子弹计划”的法雷尔将军迅速将此情向尼米兹报告，并由具体负责该计划的另一将军格里夫斯转报正从波茨坦会议返国的杜鲁门总统。
同盟国又向日本发出了波茨坦会议议定的最后通牒。最后通牒重申波茨坦会议精神，要求日本放弃一切领地属权，并由盟军占领日本本土，直至建立一个和平、负责的日本政府为止。
全世界都在拭目以待。尼米兹对日本政府愚顽不化的态度颇为吃惊。此刻日本人也很清楚，他们已绝无获胜的可能了，他们理应作出明智的反应。
然而，日本政府继续保持沉默。
8月8日，苏联向日本宣战，并出兵中国东北。
8月9日凌晨，又一架携带原子弹的飞机从提尼安岛起飞。11点零1分，原子弹炸毁了九州的长崎市。
这大概是临近战争结束的最后一声巨响了。战火硝烟即将散去，和平的捍卫者和奋斗者们将开始赢得他们应有的荣誉。8月10日，英国王室决定授予尼米兹将军“巴斯骑士大十字勋章”，授勋仪式在英国海军上将布鲁斯·弗雷泽将军的旗舰“约克公爵”号战列舰上举行。一条紫色绶带从尼米兹肩上披挂到胸前。
11日清晨，尼米兹收到金将军的一份电报，宣告了日本已停止抵抗的消息。
对尼米兹而言，这个消息实现了他对崭新明天的向往。这也是许许多多作出了崇高牺牲的勇士们的愿望。在尼米兹看来，胜利早已是预料之中的事情，这一天，不过是如期来临而已，就好像是再一次证明了尼米兹的坚定信念和准确判断一样。
尼米兹起身下令实施新的战术手段。他向空中巡逻的飞行员发出信号：“查明并击落一切偷袭者——尽可能不要采取报复手段。”
当欢庆胜利的声音激荡在美利坚上空时，杜鲁门总统在电台宣布，他已委托麦克阿瑟将军作为盟军最高司令，由他负责安排和主持日本投降仪式，并签署和平文件。
尼米兹顿感愤懑，他认为这是对海军将士的极大不公。在太平洋的历次战斗中都是海军身负重任，出生入死，而到了胜利时刻，却让一位陆军将领担当主角，摘取果实。这种任命说明全世界的目光将再次集中于麦克阿瑟身上，似乎主要是由他的部队把日本打败了。
尼米兹将此种情况报告金上将，并表达了自己的强烈不满。金立即向总统提出，如果由一名陆军将领主持和平协议，那么，仪式应在一艘海军舰只上而不是在陆上举行。海军部长福雷斯特尔还从国务卿处赢得一项协议：如果麦克阿瑟代表盟军在投降书上签字，尼米兹将代表美国签字。
29日，尼米兹也乘水上飞机抵达东京湾，把将旗升在“南达科他”号上。
1945年9月2日8点，尼米兹一行乘专艇赶到签字地点，舰上哨声大作，扩音器响起了“海军上将进行曲”。
