对于不合作的寡头，普京毫不留情，而在些铁血政策实施的同时，普京的个人威望也达到了顶峰。
在俄罗斯历史上，还没有哪次潜艇事故有“库尔斯克”沉没这样惨重的伤亡，悲剧震惊了整个俄罗斯。俄罗斯某个调查机构针对此事进行了一项调查，得出的调查结果是：“‘库尔斯克’号核潜艇沉没事件是20年来最令俄罗斯人痛苦的历史时刻。”
处理这样的悲剧对一个组成不到半年的新政府来说是巨大考验，而且“库尔斯克”号爆炸原因扑朔迷离，6天后普京政府才作出回应。事件本身很容易引发悲伤民众的不满情绪，且回应迟迟不来，寡头们认为这是一个打击普京的良好机会。于是寡头集团利用手中强大的媒体资源向普京政府发动了一轮又一轮的攻击，希望藉此机会将普京赶下台。
别列佐夫斯基是众寡头中最高调的一位，他宣称要为遇难者家属捐款，这张慈善牌打得非常成功，让普京政府陷于被动。普京很快尖锐回应：“对这种慈善行为，我们赞成，最好卖掉地中海岸边的别墅。但接下来的问题是：他们是从哪里得到这么多钱的？”普京的言论将公众视线引向了寡头的软肋，卸除了别列佐夫斯基带来的压力。不过，大夸海口的别列佐夫斯基最后并没有真的向遇难者家属们敞开钱袋。
“库尔斯克”号从一场国民悲剧演化成了寡头集团与普京政府的对抗。事后有媒体这样报道，《俄国寡头：与库尔斯克号一起浮出水面》。在这次事件中大张旗鼓与普京对抗的别列佐夫斯基，三个月后遭到了政府全面调查。
俄罗斯航空公司在境外有几亿美元资金，别列佐夫斯基在瑞士的两家公司将这笔巨款清洗过后进行了侵占。显而易见，这是一起必定有航空公司内部人参与的重大经济犯罪。
俄罗斯航空公司的总裁奥古廖夫是叶利钦的女婿，如果东窗事发，叶利钦利益集团不会坐视不管。更重要的是，这笔钱中的一部分被用来进行了政治投资：赞助普京选举并组建俄罗斯重要政党“团结联盟”（该联盟在选举中支持普京）。显然，这是别列佐夫斯基与普京继“库尔斯克”号后新一场赌局，不过这次他手中握有两张王牌，有恃无恐。
别列佐夫斯基一贯的风格是张扬高调，这次也不例外，他据不回国接受传讯，并向媒体抛出了赃款使用内幕。
虽然时间仅仅过去三个月，普京政府的影响力已经不可同日而语，民众面对这条爆炸性新闻保持了对普京的信任。亟待普京解决的最大问题不是民间反响，而是别列佐夫斯基背后的叶利钦利益集团。
现任总统与前总统进行了密谈，普京成功取得了虽已卸任、政治影响力犹在的叶利钦的支持。叶利钦公开在媒体表示支持普京：“普京目前对别列佐夫斯基和其他寡头采取强硬立场是正确的，我支持他。”
最大的阻碍清除，政府在别列佐夫斯基缺席的情况下执行司法程序，查封了他在国内的部分财产。2007年别列佐夫斯基被缺席判处6年监禁，2009年又被缺席判处15年监禁。“这是政治迫害！”多年来别列佐夫斯基在国际上坚持呼喊，不过他的声音与当年在俄罗斯国土上做寡头时相比，显得那么渺小又无奈。
别列佐夫斯基被处理后，寡头集团相对低调，与普京政府相安无事度过了三年。2003年10月底，俄罗斯已是寒风萧瑟，一队武装政府人员突然冲进了诺瓦斯别克机场，逮捕了正在为私人飞机加油的尤科斯石油公司总裁霍多尔科夫斯基。
英国《金融时报》莫斯科站记者克里斯蒂娅·弗里兰这样描述霍多尔科夫斯基：“霍多尔科夫斯基长着棕色头发，大大的、棕色的、目光天真的眼镜，英俊的脸，戴着一幅超大号的眼镜。他讲话的声音极其柔软，带着一种谦和得接近于软弱的微笑。”这位英俊的寡头当时仅40岁，柔弱的外表下有鹰皋般的胆识，“像摇滚明星一样受欢迎”。霍多尔科夫斯基很快被从舒适的私人飞机机舱丢进了马托斯卡亚·梯史纳监狱八人间牢房，5天后，他名下尤科斯公司44%的股份被冻结。
霍多尔科夫斯基出身平民，在20世纪90年代中期靠投机发家。他早期最大的成功是用3亿美元得到了俄罗斯最大的石油公司尤科斯。霍多尔科夫斯基的成功得益于贷换股计划，贷换股计划简单来说就是承诺用一定量的贷款来换取对企业的管理权——这种方法是另一位大寡头波塔宁的发明。一位参与竞拍的银行家一语道破其中奥妙：“霍多尔科夫斯基是在用尤科斯的钱来购买尤科斯”。
两年后尤科斯公司上市，市值为惊人的70亿美元。其实在尤科斯公司被拍卖时，估价已经高达7亿美元。霍多尔科夫斯基能用3亿美元购入价值7亿美元的公司，缘由耐人寻味。
霍多尔科夫斯基即将受到四项指控：商业诈骗、偷税漏税、侵占国家资产以及谋杀。他会吃到这一记重拳，归根结底还是因为干政。从始至终，普京对寡头们的处理思路都是双线的：财富的回收和权力的梳拢，前者是主要目的，后者却往往是选择目标的重要参考。其实在普京决定“把寡头作为一个阶层消灭掉”之初，霍多尔科夫斯基算是一个合作的人物，较为积极地配合政策转变形象。
2003年是霍多尔科夫斯基命运转折的一年，他开始越来越多地选择以一个政治家的姿态出现在世人面前。他评论国政，对反对党表示支持，甚至有传言他牵涉会改变俄罗斯政治体系的秘密计划。
如上文所言，霍多尔科夫斯基政治上的高调仅是他被选为打击对象的催化剂，普京选择打击霍多尔科夫斯基的深层原因依然是经济原因：石油。
俄罗斯是石油大国，其石油储量位列世界第6，日产量也不容小觑，可与沙特阿拉伯不分伯仲。大量的石油产出应该意味着政府收入的增加，可实际并非如此，20世纪90年代的私有化使九成多的石油工业落入私人手中。霍多尔科夫斯基的石油公司每年能轻松赚入几十亿美元，政府却未能分得一杯半盏。国家资源只丰盛了富豪的餐桌，贫民依然在街头挨饿，这不是普京政府所能容忍的。
法院与霍多尔科夫斯基的律师团展开了拉锯战，其间尤科斯公司的全部资产被冻结。一时间全世界的目光都聚焦到了尤科斯事件，国际油价甚至因此发生了波动。法院裁定尤科斯公司缴纳34亿美元税款，之后数额几经变更，最终尤科斯需要补缴税款130亿美元。事情发展到这一地步，尤科斯公司要么选择破产，要么选择解体，没有第三种选择。
2004年年底，普京政府顶住来自国际社会的压力，将尤科斯最大的子公司尤甘斯克石油天然气公司拍卖。尤甘斯克公司所掌握的原油储量占全俄罗斯的17%，原油开采量占尤科斯公司的60%。
政府的这一举动意味着尤科斯事件走入尾声。尤科斯公司经此一劫，市值从400亿美元缩减到20亿美元。尤科斯的灵魂人物霍多尔科夫斯基一直被羁押审判，于2010年12月被判处14年监禁，随后刑期缩减为13年。
尤科斯事件是打击寡头行动中的标志性一役，其重要性不言而喻。普京的铁腕作风引发了国际社会的指责，在政府内部也有反对的声音。逮捕霍多尔科夫斯基时，总统办公厅主任沃洛申就表示强烈反对。他是寡头集团的支持者，在霍多尔科夫斯基被捕前三个月，尤科斯大股东列别杰夫就已涉案被捕，沃洛申曾以辞职相威胁。霍多尔科夫斯基被捕后沃洛申再次提出辞职。
沃洛申是两朝元老，有“铁血宰相”之称，被认为是普京的头号幕僚。政权能从叶利钦手中和平移交到普京手中，沃洛申是大功臣。这位老政治家轻看了普京在打击寡头问题上的决心，普京宁可接受他的辞职，也要调查霍多尔科夫斯基。抉择是勇气，坚持同样是勇气，普京为了自己的抉择，与亦师亦友的沃洛申走上陌路。
普京的目标是“把寡头作为一个阶层消灭掉”，这是一条艰难曲折的道路，是他为了民众利益所选择的道路。普京的打击行动不会完结，寡头集团的反击也不会结束，这个过程漫长而枯燥。对这个不苟言笑的铁腕总统来讲，最大的安慰，也许就是站在他身后的成千上万的俄罗斯民众。
普京法则：
物极必反的原理在任何国家任何时代都是适用的，寡头招来牢狱之灾的原因，也是过于明目张胆。不要以为打击寡头只是总统的一句话，强大的对手背后必然有强大的推手，如果不是叶利钦的支持，普京消灭寡头的动作也不会如此利索。不要把问题看得太简单，但解决问题的方式可以很简单。
