书院制度的产生还与佛教禅林讲学制度有密切联系，因为书院的出现直接受到佛教禅宗的影响。书院学规的制定，教学活动的方式，均受禅林讲学制度的影响。
书院的管理体系，有分工明确、便于操作的特点。它的核心是山长负责制为代表的管理体制及与之配套的组织系统，它从组织上保证书院的管理有序有效地进行。山长最重要的职责之一，就是为书院聘请老师。聘请老师时，或者重视学行，或者重视文凭——也就是科举出身，这样就能确保书院的学术研究和教学水平能够达到一定的标准。山长以下，有副山长、堂长，讲书等职，他们各司其职，分工明确，协助山长维持书院正常的教学秩序。但是山长制并不是一成不变的，后来从元代开始就有所发展和改变。
（一）南宋时期书院管理制度的确立
南宋是书院管理体制形成并得以确立的重要时期，南宋理学家和书院结为一体，赋予书院更多的学术教育理念，使书院承担起研究学术、发展教育、推行教化的重任，其管理亦借鉴官方学校、禅林精舍、道家清规，形成各种制度。诚如朱熹所称“近世于学有规”。制度化管理成为一种普遍现象，书院完成并确定了自己的管理体系。这个体系具有比较严密、分工明确、便于操作的特点，其内容大体上包括五个方面：一是以山长负责制、堂长负责制为代表的管理体制及与之配套的组织系统，它从组织上保证书院的管理有序有效的进行。堂长负责制是南宋特有的现象，山长负责制是一种确立山长为书院领导核心地位的管理模式。山长还要受地方郡守的领导，地方郡守被称为洞主。官府书院多采用山长负责制的管理模式。书院制度确立时，人们就特别重视山长一职。岳麓书院的首任山长周式，就因为“学行兼善，尤以行义著称”而受到宋真宗召见，并赐对衣鞍马，授官国子监主簿，享有亘古未有的殊荣。乾道年间，张栻主讲岳麓，虽与朱熹、吕祖谦并称为“东南三贤”，但他是胡宏的学生，不敢以山长相称。由此可见，山长资格之重，非同一般。
家族乡村小型书院的组织构成，比较简单，如宋代盱山书院。南宋时期，书院、书堂混用，有些书院设置堂长以行山长职能。但这不是一种普遍的现象，一般而言，堂长位次居山长之下，元明以后，堂长地位下降，变为学生首领，负责考勤、课堂记录、搜集疑难等。
书院负责人的任用需要考察多方面的因素，仅有文采能诗文是远远不够的，学问博深、德行高尚是必备条件，还要兼顾“乡论”，得听从官府差遣。虽未明言官府应依何种具体的制度用山长，但按章法行事之迹昭然若揭。事实上，到南宋中后期，书院山长一职渐由吏部差授，逐渐山长成为正式的学官。
二是师资管理，主要是山长的遴选，或重学行，或重科举出身，从制度上提出资格的要求，确保书院的学术研究及教学水平能够达到一定的标准。书院的师资构成，总体来讲虽然名目繁多，但具体到某一所书院，则皆以山长、堂长、掌教等一职为核心，人员并不多，但可谓队伍精干。山长等核心成员之学术水平、道德水准的高低可以决定书院的兴废盛衰。因此，有关书院师资的管理也就主要体现在如何确保山长等核心人选胜任其传道授业解惑的职责方面。
三是生徒管理，从不同的角度设置规章制度。可以说，自有学生，书院即有管理学生的制度。
（1）招生制度包括入学考试和名额限制两项内容。进入书院学习要经过考试且有名额的限制，学业德行各有要求，言行举止皆有尺度，建立了考勤、奖惩制度。书院招生定有名额。设定名额在南宋已是常事，而之所以限额，是因为有斋舍与经费的限制。
（2）书院的考勤和考核制度，宋代开始，形成比较完备的规章 。
当时有“请假簿”，它与记录山长讲学情况的“讲簿”、登记生徒文理优异及修德进业的“德业簿”、生徒领取钱米的“食簿”、领取灯油及寒炭的“宿斋簿”等并列。构成书院的簿书登记制度，使一切皆有据可查，是为书院管理的一个亮点，建立了一个很全面的考勤制度。日记教学法也在南宋出现，生徒记录每天的学习心得，山长可以检查学生是否勤奋，是书院广为采用的一种教学方法。考试是书院用以对肄业生徒进行德行与学业考核、评定优劣、确定升降、给予奖惩的一种制度。
（3）规范学生的行为举止，是书院管理的一个重要内容。书院作为养士之所，十分重视士人责任感的培养。书院还制订了一些禁例戒条，硬性规定，不得违犯。否则就会遭到训责甚至会被开除，典型的是吕祖谦的《丽泽书院学规》。
（4）德行考核是对学生一贯的道德品性、日常的行为举止进行检查，看他们是否符合既定的标准。
当时的德行考核制度非常宽泛，一方面有更大的约束力，而另一方面，宽大的规定则可供诸生自觉修养，成就修身养性之事，而细密的框框则有可能扼杀学生的天性，达不到养成良好德行的目的。正因为这样，一种宽松适度的德行考核制度的建立与完善就成了历代书院教育工作者所追求的目标。而这种追求也能为我们今天的德育提供一种良好的借鉴。德行考核结果都与经济利益挂钩，利害相关，具有立见分晓的切肤之效。但是也有人认为这会引导生徒养成惟利是图的性格，因此，有些书院不采用此法，而强调精神鼓励。
（5）书院考试之后的惩罚是和奖励同行的。奖前惩后是一个总的原则，惩罚只是手段，促其进步才是目的。另外，在德行方面的考核，对不合格者，尤其是对一些危及全体声誉或破坏学风、践踏院规、败坏伦常的行为，书院有开除并报官立案永远不许入院肄业应试等非常严厉的惩罚。这是不得不为之的消极的处罚，但它从一个侧面反映了书院对道德伦常的重视，体现了中国考试制度重德行的传统，这又是今日值得借鉴的经验。
四是书院还有一些特殊的管理模式值得介绍。如几院联合，形成等级有别而又通为一体的形式。最典型的例证是宋代的“潭州三学”。“三学”由潭州州学、湘西书院、岳麓书院构成。据记载，潭州州学通过考试进入湘西书院，又通过考核升至岳麓书院。再一例是宋代江西象山书院、白鹿洞书院和番江书堂的联合体，书堂生徒在番江书堂奠定学术基础，后来就送到象山书院和白鹿洞书院学习，三院一体构成事实上的分级管理模式。
（二）元朝的发展
1、双山长制
山长负责制在元朝时期发展为双山长制。一所书院设山长二员的情况，始见于元世祖至元十九年（1282年）。书院的双山长制，实行时间不长，前后只有20年，实施的区域也不大，以江浙行省为主，波及江西、湖广。北方地区基本上没有这种情况发生，这说明影响不是很大，因此，不见于正史记载，为人所罕知。双山长制的实施和终止，都是以裁减人员的名义进行的，这说明“减员”、精简机构，一直是书院追求的目标，自始至终都贯穿了改革的精神。
2、书院山长改教授
书院山长改为教授，是至元二十一年（1284年）二月江淮地区首先提出来的，以教授取代山长，实际上目的在于提高书院的地位，它是作为一种裁减冗滥的改革尝试提出来的，有可取之处。但这种尝试是否真正有效，令人怀疑。
众多的低一级的书院山长是没有了，但它被高一级的书院教授所取代。或许正是因为成效不佳，地方执行时就打了折扣，一项制度实行了六七年，作为中央主管部门的集贤院和国子监还没有看到地方各书院“额设教授”的报告，也不知其不改设教授的原因，可见难以施行。
3、训导主持教学
训导是中国古代文 官职名称，主要职责就是辅佐地方知府负责教育方面的事务。元代官学化日益严重，尤其是山长越来越多地参予社会活动，而不断弱化其在学院主持教学、领引学术、掌管祭祀的职责，训导之职重新回到人们的视野，逐步受到重视，主掌书院的主要教学事务。元代后期，训导教学的事例更多。在这种情况之下，山长选聘训导之师作为自己的助手，代行其教学之责，就成了元代书院师资管理体制的重要特点。训导在书院的重要地位，由此可见一斑。山长选聘训导做书院师儒，往往要致送聘书，以示尊重。
必须要指出的是，当山长成为学官而日益官僚化的时候，训导即成为主持教学的重要职务，开始承担起书院教育的主要任务。这说明元代书院在官学化的格局下，其制度建设出现了新的变革。元代开创的训导聘于山长并主持教学的传统，在明清得到了延续与发扬。明代白鹿洞书院就曾设此职，清代乐安县鳌溪书院也在山长之下设《大学》训导一员，教育生徒。因此，训导的设置与主持教学，可以视作元代对于书院制度建设所作的贡献，理应引起我们的注意。
