在对待义和团运动以及八国联军武装入侵问题上，清朝统治集团内部存在着严重分歧。以端王载漪、庄王载勋、辅国公载澜以及徐桐、刚毅等为首的顽固派大臣主张利用义和团抗击列强，这部分人出于对帝国主义的愤恨，期望通过这场轰轰烈烈的农民爱国运动，抵制列强的干预和控制，但这更多的是在自闭、对国际事务缺乏了解的基础上进行的判断，泄私愤显然在这个运动发展过程中占主要位置，这也是这部分人之所以在运动发展得不到控制、列强步步紧逼京师的时刻很容易转变态度的关键所在。此外，对迷信的尊崇、盲目相信地方战报、不进行实地调查也是这部分人对义和团托以国家命运的又一个重要因素。而以光绪皇帝和地方督抚李鸿章、张之洞、刘坤一、袁世凯以及户部尚书立山、兵部尚书徐用仪、吏部尚书许景澄等人则主张全力镇压义和团，不给列强留有侵略借口，反对轻易开战和围攻使馆，尤其反对向列强同时宣战。这一部分人大多数成员都有直接与西方列强接触的经验，或者直接兴办洋务，或者在与西方各国交涉过程中与西方使节有过接触，他们的思想较为先进，代表了中国国内的进步阶层，能够审时度势，站在国家的高度，用国际视野去分析问题、解决问题，在对事物的判断上理性成分要远远大于主观成分。在这两种不同态度、不同认识水平的不同建议下，慈禧太后举棋不定，表现出在对待义和团运动以及八国联军入侵过程中的两面政策。
清政府这种两面政策早在义和团运动兴起时就有所表现。义和团运动兴起后，朝野上下很多大臣就以“固民心为要图”为由，要求慎重镇压义和团运动。尤其是西方列强反对慈禧太后试图立端王载漪的儿子为大阿哥以逐渐废黜光绪皇帝的计划，使得慈禧太后和载漪、刚毅等顽固派产生了利用义和团打击西方列强的想法。1900年1月，清政府发布上谕说，拳众“若安分良民，或习技艺以自卫身家，或联村众以互保闾里，是乃守望相助之义。地方官遇案不加分别，误听谣言，概目为会匪，株连滥杀，以致良莠不分，民心惶惑”。因此要求地方官吏今后“办理此等案件，只问其为匪与否，肇衅与否，不论其会不会、教不教也”，承认了义和团的合法性。但另一方面，清政府又面对列强的外交和军事压力，不能不镇压群众的反教会斗争。
八国联军入侵后，慈禧仍以两面政策作为处理内外关系的准则。6月16日，慈禧太后召开御前会议，再次宣布暂时停止镇压义和团，倘列强继续进兵，就不惜开战。与此同时，她又根据各国公使的要求，派荣禄的武卫军和董福祥的甘军严密保护使馆，幻想借此换取外国的息兵。18日，慈禧太后看到载漪等关于列强要她归政于光绪帝的谎报，立即几次召集大臣议事，下令备战并死守大沽炮台（此时，尚不知炮台已失），同时要求劝阻联军北上，否则即宣战。20日，大沽炮台失守消息传到宫内，慈禧太后不顾光绪皇帝等人的主和意见，得知侵略军已进犯大沽、天津、清军已与义和团合力抵抗之后，遂于21日正式宣战，同时命令清军与义和团“联络一气”，抵御外侮，同时下令围攻公使馆。义和团以及原来负保护使馆之责的甘军发起进攻，曾一度攻占和焚烧了比、奥、荷等国公使馆以及华俄道胜银行。次日，清政府正式发出“向各国宣战谕旨”。
慈禧“宣战”后，为了宣示与列强彻底决裂的态度，宣战后就将反战的立山、徐用仪、许景澄等人处死，以稳定军心。同时表达所谓的抵抗决心，西太后在宣战诏书中说：“与其苟且图存，贻羞万古，孰若大张挞伐，一决雌雄。”虽然慈禧太后表现得比较坚决，但实际上，慈禧太后根本不敢也不想与侵略者“一决雌雄”，而只想“苟且图存”。所以在宣战后五天，西太后就向反对宣战的洋务派督抚大员李鸿章、刘坤一、张之洞求“谅朝廷万不得已之苦衷”，八天后又向帝国主义乞情求饶，给出使各国大臣的电报中说：“朝廷非不欲将此种‘乱民’下令痛剿，而肘腋之间，操之太蹙，深恐各使馆保护不及，激成大祸；亦恐直、东两省同时举事，……中国即不自量，亦何至与各国同时开衅，并何至恃‘乱民，与各国开衅，此意当为各国所深谅……现仍严饬带兵官，照前保护使馆，惟力是视；此种‘乱民’，设法相机自行惩办。”这正像事后西太后所自供的那样：“我本来是执定不同洋人破脸的，中间一段时期，因洋人欺负得太狠了，也不免有些动气……火气一过，我也就回转头来，处处都留着余地。”随着八国联军大举入侵，尤其是列强要其“归政”的传言未见证实，慈禧太后试图与各国和解，因此急令荣禄等人前往各国使馆“慰问”，表示立即停战求和。6月29日，她又给各国驻中国公使发出电报：“中国即不自量，亦何至与各国同时开衅，并仍至恃乱民以与各国开衅”，并向帝国主义保证对“此种乱民，设法相机自行惩办”。清政府更是通电派驻各国公使，并希望各国公使向所在国政府解释清政府不得已宣战的苦衷，试着寻求西方各国的谅解，表示现在已照旧“保护使馆”不受攻击，并将惩办乱民。7月14日天津陷落，接着又得到“归政”照会出自伪造的消息，西太后迫切希望求得洋人的谅解，乃于22日，在教民与清军围攻使馆和西什库教堂时，慈禧还下令给使馆人员及教职人员送去粮食、水果及蔬菜，以示友好。正因如此，数万军民围攻使馆56天，围攻教堂63天，一直未能攻下。
基于清政府此种政策，刘坤一、张之洞等地方实力派掀起了东南互保运动。早在清廷激烈争论“和”与“战”、“抚”与“剿”之时，以两江总督刘坤一、湖广总督张之洞为代表的封疆大吏结成一个所谓“互保派”，他们和朝廷中的主和派遥相呼应，一意推行对内镇压、对外妥协、乞和的政策。他们公开抗拒清廷关于“宣战”“招抚”的决定，私自同帝国主义列强结成所谓“保境安民”的“东南互保”。“东南互保”事实上是英国干预策划的产物，英国一向把长江流域作为其势力范围，当帝国主义发动侵华战争之时，英国一面在北方积极进军，一面致力于保持其在长江流域的优势地位，镇压南方人民的反抗斗争，防止其他帝国主义借机插足自己的地盘，因此策划东南督抚搞了这个所谓的“东南互保”。1900年6月14日，英国驻上海总领事华伦致电英国外交大臣，说明中国北方的情况已经恶化，南方的局面也严重，“扬子江流域内任何事件的爆发，是能够引起大的损失，而且可能蒙受相当生命的死亡”，建议英国“必须立刻与湖广及两江总督取得谅解”，给他们以“有效帮助”“来维持和平”。外交大臣索尔兹伯里很快电复华伦，授权华伦同中国东南的督抚联系，尽快落实互保约定，以避免中国东南，也就是在英国的势力范围内发生义和团运动，防止其他资本主义国家的借机渗透。刘坤一立即“极力说明”，他“愿意在长江一带维护和平，并且迫切需要英国方面的支持”“只要英国方面帮助”，他“什么都肯做”。在英国的导演下，东南互保运动紧锣密鼓地开展起来。刘坤一、张之洞和盛宣怀等人和沪、宁、汉的英国领事、英籍税务司频频接触，商讨措施，由英国保护长江流域的权益。曾经参与戊戌变法的维新官僚、实业家张謇、沈瑜庆、沈曾植、恽祖祁、陈三立等人，由于他们亲近英国集团，仇恨义和团的态度和刘、张一致，也因他们的资财汇集于长江流域，对于当地“秩序”特别关心，因而密集于刘坤一、张之洞的周围，东奔西跑，投身于东南互保活动。15日，英国驻上海总领事华伦被授权通知两江总督刘坤一、湖广总督张之洞，他们“将要受到帝国海军的援助”。同日，英国海军部命令增派兵舰到南京和汉口。英国出兵长江流域的目的，嘴上说是为了帮助中国保护吴淞和“弹压土匪”，但明眼人一看就知道这是借机造成武装占领的既成事实。6月26日，刘坤一、张之洞授权盛宣怀以及上海道台余联沅同各国领事签订了《东南互保约款》，规定：上海租界归各国共同保护，长江及苏杭内地归各督抚保护，各国兵舰不得擅入长江，且不可接近吴淞及长江各炮台。这一决定虽然表面上看是与“宣战”相抵触的，但实际却正迎合了清政府妥协的另一层面，这一政策出台后，清政府立即给予肯定。
随着八国联军的不断胜利，列强均想乘机扩大自己的在华权益，对清政府的求和根本未予理睬。此时，各国在大沽口登陆军队已达一万五千人以上，并继续增兵。义和团众齐集天津，并联合清军聂士成部对联军发动进攻，打响了天津保卫战。在侵略军的疯狂进攻下，曹福田率领的义和团众以及聂士成的清军终于不敌，7月14日，侵略军占领了天津城，设立“天津临时政府”（也称“督统衙门”），对天津实行殖民统治。俄国、比利时还强行在天津建立租界，日本、法国也乘机扩大了其在天津的租界。
随后，八国联军向北京进犯，8月14日，北京陷落，慈禧太后带着光绪皇帝仓皇逃往西安。慈禧太后在逃往西安的路上发布命令，要清朝官兵对义和团“严行查办，务净根株”，从此，清政府与帝国主义列强联合起来，共同镇压各地义和团，义和团运动最终失败。
