1868年1月3日王政复古后，10月改年号为“明治”。次年春，迁都东京，此前江户已改名为东京。“明治”二字取自中国古代经典《易经》中的一句：“圣人南面听天下，向明而治。”
“向明而治”是指黎明就临朝听政，奋发有为。一个新帝国出现在世界历史舞台上。
改革派武士、公卿成为明治新政府的官员，掌握着军政大权。他们对于治理一个国家还是经验不足的，他们也带有封建武士、公卿所留下的弱点。然而，他们积极进取，勤奋好学，急于尽快使国家富强起来。他们年岁也不大，如“王政复古”时的维新三杰，西乡刚40岁，大久保37岁，木户34岁。
他们为新建立的帝国确定了未来发展的目标和基本方针，这关系到国家的长期战略和各项施政，关系到帝国的盛衰兴亡。按照立国目标和基本方针，贯彻“富国强兵”、“殖产兴业”、“文明开化”三大政策，进行了破旧立新的变革。到1877年，体制方面的破旧宣告结束，同时在各方面进行了立新。全部维新变革，以1889年颁布宪法为标志，基本完成。推翻幕府化了10年左右时间，而维新变革历时20多年，显得更为艰巨困难。
《五条誓文》和“布国威于四方。”
《王政复古大号令》主要是宣布政权的更迭，其中初步表明了维新变革的意向，提出“扫除旧弊”，“百事一新”，“广开言路”，“登用人才”，“树立挽回国威之基”。但都简单笼统，仅仅提出而已。
4月6日（旧历三月十四日），天皇率公卿、诸侯、群臣百官在京都紫宸殿祭祀天地神祗，天皇“拜神”后，三条实美向神宣读誓文，然后各公卿、诸侯一一依次拜神、拜天皇，并在誓文上署名，完全按神道的方式进行。誓文主要内容五条：一、广兴会议，万机决于公论；二、上下一心，大展经纶；三、公卿与武家同心，以至于庶民，须使各遂其志，人心不倦；四、破历来之陋习，立基于天地之公道；五、求知识于世界，大振皇基。
《五条誓文》是新政府的施政纲领。它依然笼统抽象，可以有不同的理解和解释。它的内容具有局限性，如把“大振皇基”作为施政的根本和目的，“广兴会议”并非近代议会，实际上是由参加新政府的公卿、藩主和藩士组成的会议。但是，它把上下一心、破除陋习、提倡公论、学习欧美、实现国家富强，作为大政方针，洋溢着积极进取的精神，为日本逐步走向近代资本主义强国开辟了道路。《五条誓文》在东方历史上也是很值得称道的。
同一天，天皇向国内发布了“宸翰”（亲笔谕示），宣示了新国家的抱负和目标。其中说到，在诸国争雄竞长，飞跃前进之时，必须结束以往“偷一日之安，忘百年之忧”的弊政，并且宣称：“朕与百官诸侯相誓，意欲继承列祖伟业，不问一身艰难，亲营四方，安抚汝等亿兆，开拓万里波涛，布国威于四方”。在此之前，2月8日天皇有关外交的文告中宣称：外国之事因幕府之失错，因循至今。现今“当上下一心，勿滋疑惑，大力充实兵备，耀国威于海外万国。”3月10日，新政权在《对外友好谕告》中表示，要保持与缔约各国的友好，同时声称，“当今急务，在于顺应时势，开启锐眼，脱从前之弊习，使圣德光耀万国，置天下于富岳之安”。“富岳”是指富士山。
在当年的官方文件和官员言论中，类似的言词屡见不鲜，出现的频繁度很高，诸如“在海外发扬国威”、“与万国对立”、“与万国并驰”、“经略进取万国”、“宇内经略之远图”、“在东洋大放光辉”等等。每每把国内施政与这一立国目标联系起来，如天皇《东征诏书》称“内以安抚列藩百姓，外以使国威耀于海外”；岩仓主张废藩置县，也是出于“欲与海外强国相抗衡，则莫如实行此制”；迁都东京，也是为了“耀皇威于海外，与万国对立”；至于兵制改革就更不必说了。“与万国对峙”是官方的座右铭，是统领一切的立国目标。
在明治官方的心目中，“与万国对峙”的含义，主要有两个方面：
一方面，念念不忘“与万国对峙”，表现了对于维护民族独立的严峻感与急切心情。在前述2月8日的文告中，同时表示，“前此幕府所缔结之条约，其中有弊害者，应公议利害得失，予以修改。”
政府官员深感不平等地位所带来的屈辱与危害。如1869年4月，迁都东京，大久保说：“东下之后，当地实况，多有见闻。英国公使辱我重臣，愚之如孩提。”同在这时，岩仓提出政务建议，第一条就指出：“目前，外国军队驻在我国港口之内，旅居洋人触犯我国国法，却由彼国官员处置等等，可谓我国之最大耻辱。”他要求断然改订条约，以保护皇国的主权与独立。1871年，大久保和井上馨联名提出建议书，要求恢复关税自主权。但是，改约并不容易，刚一尝试就被挡了回来。木户在日记中悲愤地写道：“彼之所欲尽与之，我之所欲一而未得，此间苦心竟成遗憾，唯有饮泣而已”。
严峻的局势，没有让政府官员气馁、退缩，反而使他们对于维护国家的独立、主权更为兢兢业业，更有紧迫感，促使他们在各方面更积极地推进改革，早日实现国家富强，以便与欧美列强并立、并驰。正因为如此，他们每每都把改革、施政同“与万国对峙”联系起来。
另一方面，日本政府当局好谈“与万国对峙”，表现了他们对于国际强权政治的向往与追求。岩仓在上述4月建议书中说：“彼海外万国日日研究学问，月月磨练技术，以图富强……欲使其国居于其他国家之上。甲国对乙国，乙国对丙国，莫不皆然。故曰：海外万国皆我皇国之公敌也。”他清楚地看到，列强总是力图凌驾于日本之上。在另一篇文章里，他认为不能把欧美之人“蔑视为夷狄”，应交之以礼。然而，“彼本虎狼也，其心叵测。故虽交之以礼，亦不可不视之以敌。”
那么，在这“万国皆敌”的包围之下，如何维护日本的独立呢？他是根本不相信国际法的，认为国际公法只是书上写的，“不足恃，亦不足守。故主张公法论者，仅可谓之为嗜洋成癖之书籍也。”
岩仓虽然没有明说，实际上是信奉国际强权的。木户也明确指出：“皇国之兵力不足以与西洋强国相匹敌，兵力未整之时，万国公法固不可信也。以公法为名向弱国谋其利者不鲜也。故余曰：万国公法者，侵夺弱国之一种工具也。”在木户看来，实力和强权是最重要的。
在明治年代，日本当局信奉国际强权政治，奋发努力，改革图强，提升国家实力，维护了国家独立，修改了不平等条约。在当年的历史条件下，不可否认有一定的积极意义。不能不看到，明治政府和官员提出“与万国对峙”，包含着奋发进取的豪迈气概，有着强烈的国家、民族意识。与之相比，中国清政府和洋务派，易于满足，苟且偷安，完全不可同日而语。
但是，日本当年的强权政治，一开始就具有恃强凌弱、侵略邻国的一面，这也是不可忽视的。与进行侵略的列强无信义可言，无公法可守，这并不错，但日本却与侵略列强一样，把国际信义、国际公法视同弊履，全都抛弃不顾。明治初年就迫不及待地并吞琉球，出兵台湾，征韩论喧嚣一时。
明治初年这种强权政治的表现，与其说来自资本主义的侵略性，还不如说更多的是继承了封建武士军国主义的传统，这种传统在日本延续了几百上千年，其流毒极为深广。日本自古就有神国思想，以后这种神国优越感成为军国主义对外扩张的依据，认为日本有权君临于其他国家之上。丰臣秀吉集封建军国主义之大成，提出了狂妄的扩张计划：先夺取朝鲜，再占领中国，然后征服印度和东南亚地区，定都北京，建立一个以中国为中心地区的庞大帝国。丰臣秀吉之后，日本的军国主义扩张思潮并未因为侵朝的失败而有所收敛。
江户时代，鼓吹对外扩张的有国学、儒学、洋学等不同学派的思想家和幕末志士，这时的扩张论调又揉进了从西方传入的殖民主义思想，以及把对欧美的损失转嫁给邻国的民族利己思想。长州改革派的先师吉田松荫，同时也是这样一种扩张论的典型。他在1855年的一封信中，作为“同志一致之意见”写道：“与俄美媾和一定，吾方决不毁约，失信于夷狄。宜严守章程，加深信义，其间培养国力，割易取之朝鲜、满洲、中国，将与俄美交易之损失，以鲜（朝鲜）满（指中国东北）之地补偿之”。他还曾写道：“为今之计，以亲善而制两虏（指俄、美），乘隙富国强兵，开拓虾夷（北海道），夺取满洲，占领朝鲜，合并南地（指东南亚），然后挫美折欧，则事无不克。”一方面不得不暂时屈从欧美，另一方面则向邻国扩张，以便实现与欧美列强并立、对峙。吉田松荫的后辈、明治政府领导层正是这样做的。
立国的目标既如上述，那么实现这一目标的基本方针是什么呢？有的著作把《五条誓文》作为施政方针，这也未尝不可。但是，更具概括性、指导性的基本方针，应当是“东洋道德，西洋艺术”。
“东洋道德，西洋艺术。”
“东洋道德，西洋艺术”这八字名言是佐久间象山1854年提出的，出自下面这句话：“东洋道德，西洋艺术，精粗不遗，表里兼该”，“兼该”为兼具、兼备之意。“东洋道德，西洋艺术。”
是明治改革以至长远立国的基本方针，《五条誓文》就体现了这一基本方针。
对于“东洋道德，西洋艺术”，象山有一句话可以作为注脚：“洋学之有所资，本不在政教之论，唯采用其技术器械之智巧。”可见他所说的“西洋艺术”，是指欧美的科学技术。而在“政教”方面，应以“东洋道德”为准则，即遵循儒家道德及其所规范的政治。象山认为，东西洋的学术必须取长补短，相互结合起来。“仅以汉土之学未免空疏之议。仅以西洋之学又无道德义理之讲究，纵然成就令人触目之大事业，但与圣贤作为有所悬隔。故如不加以并合，则难称完全。”
“东洋道德，西洋艺术”的主张，代表了幕末开明派、改革派的共同意向。继象山之后，越前藩的桥本佐内于1857年提出“仁义之道、忠孝之教由吾开，器技之工、艺术之精取于彼。”佐内熟谙儒学，精于洋学，能解读英德两国文字。他为改革幕政积极奔走策划，在安政大狱中被幕府处死。还有横井小楠于1866年提出：“明尧舜孔子之道，尽西洋器械之术”。
按照象山的见解，洋学仍被限定在科技范围，采用西洋技术器械的目的，在于维护、加强东洋政教。这种见解同幕府的洋学政策完全一致，与中国洋务派的“中学为体，西学为用”没有根本性的差异。象山在政治上是开明派，主张改善、强化幕藩体制。佐内、小楠所主张的改革，同样没有超越佐幕开明派的局限性。既然如此，“东洋道德，西洋艺术”还有什么积极意义呢？
幕府末年和明治初年，是历史大转变的年代，不过无论从客观条件还是主观条件来说，不论是政权更迭还是各种变革，不可能是从旧到新的大转变，只能采取半新半旧、新旧折衷的方式。当时，包括洋学在内的各种学术思想流派，虽然有的曾对幕藩体制的锁国政策、封建分立、身份等级等等提出批评，要求加以改革，但总的来说都没有从根本上否定儒家政教学说所集中反映的传统观念。幕末较有影响的水户学、复古国学和崎门神道，以及心学和阳明学，都对学习西方持消极态度，或甚至与洋学格格不入。与这些流派的思想相比，“东洋道德，西洋艺术”的提出无疑是历史的进步，适应了当时新旧折衷式转变的客观需要。象山既是出类拔萃的朱子学家又是一流的洋学家，对于促进深具传统观念的武士知识分子转而接受洋学，接受和洋折衷的变革，他起着别人难以替代的作用。
关于“东洋道德”，象山指出是“汉土圣人”的“五伦五常之道”。实际上，日本接受儒家道德后，摆在第一位的是“忠”。在幕藩体制下，首先要求忠于幕府，天皇不过是有名无实的虚君。幕府权威在幕末衰微之后，忠的对象转向天皇，一向默默无闻的天皇被拥向政治前台，“尊皇”成为幕末的主要政治口号。象山坚持“东洋道德”，与“尊皇”是一致的。象山原本一心寄希望于幕府的改革、振兴，后来有些失望，也转而对天皇、朝廷有所期待，要求幕府实现对天皇的政治责任，甚至提出为天皇设置亲兵的主张。
“尊皇”虽具有封建性，在当年日本的具体历史条件下，不论在倒幕斗争还是明治改革中，都起着不可替代的积极的历史作用。在倒幕斗争中，要把切身利害和思想层次各不相同的多种力量联合起来，除了“尊皇”口号，没有其他更合适的选择。在明治改革中同样如此，改革虽有一定的条件，但条件远不成熟，上层对改革往往不一致，广大下层更是缺乏思想准备。改革采取自上而下的方式，甚至强制性地推行，同时又不可避免地屡犯错误，朝令夕改，从而激起了广泛的不满甚至激烈的反抗。在这种情况下，需要超越于一切之上的天皇权威，以振兴皇国为理由，赋予维新改革以合理性、必要性，并协调、统一各种利益集团，保证自上而下改革的进行。
除了以上所说，更为重要的一点是，“东洋道德，西洋艺术”被开明派、改革派接受后，并没有阻碍他们在体制方面向西方学习，进行某些改革。前面曾提到，幕末思想文化上的冲突和转变异常激烈，有的口号被志士们接受之后，被突破、修改，“东洋道德，西洋艺术”也是如此。开明派、改革派在遵循这一准则时，同样表现出一定的灵活性，突破了象山的解释。如桥本佐内，他在《西洋事情书》中，十分推崇西洋各国“专修政教”，“不违公议”，“法度纪律，整肃完备”。他肯定西洋政教，实际上把学习西方从科技扩大到制度、法律方面。横井小楠也有类似观点。前面已提到，立宪政治被介绍到国内后，幕末志士就按本国国情和自己的理解，加以接受和仿效。
这就是说，“东洋道德”的含义被缩小了，而“西洋艺术”的范围被扩大了。改革派和一些开明派遵循“东洋道德”，首先是尊皇忠君，同时并不认为传统体制是不可改变的。他们学习西方不限于科技领域，而是包括某些宜于采用、便于操作的制度、法律。明治初年就是按这种观念进行了多方面的体制破立。这样，“东洋道德，西洋艺术”在明治维新中的实际作用，与中国洋务派的“中学为体，西学为用”是大相径庭的。
“东洋道德，西洋艺术”为什么能够被突破、修正呢？这主要归因于幕末志士不太留恋幕藩体制、乐于吸收外来先进事物、比较注重实用性有效性。此外，与下面一点不无关系。明治初年的启蒙思想家福泽谕吉，对于改革派武士曾加以这样的评论：“这些人历来对中国的文学道义钻研不深，从儒学的深奥这个角度来看，这些人不能不说都是些不学无术之辈。而正是这些不学无术之辈完成了维新大业……他们以一片武士道精神而重报国之大义，凡事一听说是国家的利益，他们就会自动去做。”因为如此，“他们不惜弃旧，勇于纳新，变迁通达”。简单的说，他们既信奉儒学，又不太受束缚，特别是具有强烈的使命感，因而能根据需要，加以突破、变动。
“东洋道德，西洋艺术”自然有它的局限性，按照这一方针进行的明治改革，在政治、军事、文化教育以及社会经济等方面，都残留着明显的封建性和消极面。随着时间的推移，其封建性的消极后果不断扩大。
强化天皇政权和废藩置县
强化天皇政权，废除封建分立，真正实现国家统一，本身就是最大的体制破立、维新变革，同时也是推进其他体制破立、维新变革的前提和保证。
初建的天皇新政府，具有朝廷与强藩联合政权的形态，改革派公卿、武士在政府中或有要职或有实权，但一大批藩主也占有政府要职。封建分立依旧，不少藩主据藩自重，对新政府并不诚心遵从，或者各自为己，不关心国家、政府的命运。木户说，他们“比旧幕府时代更为骄纵”，出现“小权侵犯大权之弊”。
政府收入主要靠没收来的部分领地的赋税，财政极度困难，只能靠多发纸币来弥补财政缺口，各藩更是滥发纸币，于是引发急剧的通货膨胀。幕府时的沉重赋税非但未减，反而还增加新税。一般民众十分不满，参加倒幕的“草莽”（民间）人士也满腹怨言。明治头10年间，万人以上的农民起义达25次。大久保说：“天下人心，对政府不信，嗟怨之声，盈耳道旁，以致羡慕武家（指幕府）之旧政。”三条实美说：“朝廷威信扫地，皇风不振，危如累卵”，“难保不土崩瓦解”。
致力于改革图强的官员们，人人忧心忡忡。然而，他们不改初衷，迎难而进。他们认识到，当前的“一大目标”，是加强天皇政权，“使朝廷成为朝廷”。对此，主要从三方面着手。
第一、广为宣扬天皇权威，使之深入民心。在明治以前几百年间，天皇退出政坛，深居宫中，与民间隔绝。朝廷也自认为无比尊贵，不同凡人，高高在上。正如大久保所说：镰仓幕府以来，“民间习俗只知有将军而不知有天皇。”即使建立了天皇政权，启蒙思想家福泽谕吉说，若论感情的亲疏，人民“对于封建的故主要比对王室更加亲密”。
为了改变这种状况，明治政府一再发出告谕，不厌其烦地说，“天子乃天照大神的子孙，自从开天辟地即为日本之主”。“一尺地，一个人民，皆为天皇之所有”，你们出生洗浴用的是天皇的水，吃的是天皇土地上长出的谷子。“正一位神虽各地均有，然而这都是天子恩准的”等等。“正一位神”指掌管五谷的稻荷大明神，稻荷神无处不在，与民众的生产生活息息相关，借此来说明天皇恩泽无边，权威至上。
此外，让天皇走出玉帘，巡幸各地，宣示皇恩，收揽人心。迁都东京之前，1868年11月，天皇巡幸东部地区，随从3300多人，前呼后拥着天皇的凤辇，历时20多天，驾临东京。沿途褒赏孝子、节妇52人，赈恤高龄者和受灾者22000多人，还向东京市民赏赐酒肴，以示天皇的仁惠恩德。以后，又有六大巡幸，北到北海道，南至九州，一次几十天，长的达70天。
还有，推行神道国教化，提倡国学，以教化国民。日本古书《古事记》、《日本书纪》记述了古代神话传说，说天神伊邪那岐和伊邪那美生出了“大八洲”（日本诸岛），然后再生诸神。一次伊邪那岐在海边洗除污秽、不祥，洗左眼时化生出天照大神（太阳女神），就命她治理“高天原”。以后，天照大神发布神敕，命她的孙子琼琼杵尊去治理日本。天孙降临日向，经过很漫长的年代后，其玄孙神武天皇进行东征，实现统一，奠都建国。
一个民族远古时代美好的神话传说，一般都作为文化遗产予以理解和珍视，但是在日本却成为政治神话、国家神话，神话传说成为国家产生和存在的基本依据。其实天神不必说，就是神武天皇和以后的十几代天皇都是根本不存在的。神道和国学却把这套神话传说奉为经典，认为天照大神是日本的国祖，天皇是天照大神的后裔，是现人神。政府用国家的权力、财力来扶持神道，大小神社遍布各地，向人们宣扬尊神敬祖，忠君爱国。
总之，展开了一场大规模的人为造神运动。明治初年的政权具有神权专制的性质，由政府官员凭借天皇的神权权威进行专制统治。
第二、改组政府，加强改革派的地位。政府多次改组，从三职七科、三职八局到太政官，后者又有三次不同的机构设置。太政官不是官职，而是中央政府机构，1871年9月实行第三次太政官，维持了十多年，其最高官员是太政大臣三条实美。经过一次次的政府改组，藩主被逐步取代、淘汰，在第三次太政官中，除了岛津久光担任没有实权的左大臣外，已没有任何一名藩主任职，改革派牢牢地掌握了政府权力。
在改组过程中，政府团结、吸纳了一大批各藩藩士和幕府官吏，其中有才干的改革派、开明派人士得到重用，如佐贺藩的大隈重信主持财政工作，是政府的主要领导人之一；如原幕吏胜海舟任海军大辅、海军卿。团结、容纳各方人士，加强了改革派在政府中的地位，扩大了支持新政府的基础。
第三、实行版籍奉还和废藩置县，这是最具关键性、实质性的改革。改革派官员清醒地看到，不废除封建分立，“置天下于富岳之安”，“与万国对峙”，都将是空话。但是，要实现并不容易，藩主们不会轻易放弃自己的领地和权力。萨、长、土（土佐）、贺（佐贺）的大久保、木户、板垣退助和大隈重信经过商议，决定先做四藩藩主的工作。
1869年3月，四藩藩主向天皇奏请奉还版籍，上奏文写道：“臣等所居，即天子之土，臣等所牧，即天子之民，安敢私有。”这写得很好，但接着又写道：“今谨收集版籍奉上，愿朝廷相宜处置，其当予者予之，其当夺者夺之。凡列藩之封土，更宜下诏改定之。”原来并非真的奉还，而是希望天皇把领地重新分封给他们。接着，200多藩主纷纷奏请奉还版籍，他们许多人是因为看到“其当予者予之，其当夺者夺之”，生怕不表示一下，将被认为对朝廷不忠，领地被剥夺。7月朝廷宣告“听从”奉还版籍的奏请，并命令尚未表态的14个藩照此办理。此后，各藩藩主成为中央政府任命的藩知事，不得再擅自行事，其施政必须遵从中央政府的方针政策。
朝廷既然收回了版籍，改革派官员趁热打铁，实行第二步：废藩置县。大久保、西乡、木户、板垣等商议达成一致，1871年4月，政府下令萨、长、土三藩提供步、骑、炮兵约1万人，进京组成天皇的亲兵。政府开始有了自己的常备军，以此为后盾，1871年8月底突然把在京的56名旧藩主（藩知事）召至宫中，宣读了废藩置县的诏书。旧藩主对此毫无思想准备，恰如“骤然雷霆下击，人人相顾无言”，尊令而行。就这样一举消除了封建分立，实现了全国的真正统一。旧藩主不再任藩知事，一律迁居东京，向政府领取禄米。
刚废藩置县时，设3府（东京、京都、大阪）302县，同年年底重划为3府72县。后一再调整，到1888年12月，除北海道外，确定为3府43县。北海道后来被宣布为与府县同级的行政区。
版籍奉还、废藩置县的实现，首先是由于改革派的决心和努力。特别应该指出，虽然藩主对他们也是恩重如山，但他们在施政实践中，进一步摆脱了藩的狭隘观念，以国家全局利益为重。当然，他们也耍了手腕，连哄带压地让藩主就范。如岛津久光是想让朝廷重新把领地分给藩主的，他对另一藩主说：“曾将此意示知大久保与西乡，他们诚恳地表示遵行，因此放心。”结果却“与我的希望相反，但是没有办法，至今还觉遗憾”。其次，也可看到天皇权威、“王土王民”意识的巨大作用。既然藩主承认“王土王民”，那么天皇为了振兴国家而使国家真正统一，藩主再不乐意也不得不接受，只能发发牢骚而已。还有，许多藩的财政危机已让藩主焦头烂额，而政府答应承担他们的债务，保障他们的地位和生活，他们又何乐而不为呢？！
版籍奉还、废藩置县消除了封建分立，是仅次于“王政复古”的重大变革，对于加强天皇政权、实现政令统一、推进各方面改革、贯彻三大政策，具有决定性的意义。
此后，日本政府于1872年强行并吞了琉球。在历史上，琉球王国存在了500多年，明、清时一直与中国保持册封朝贡关系。1609年，萨摩藩出兵攻掠琉球，迫使琉球同时向日本朝贡。但德川幕府承认琉球是独立的王国，不反对琉球继续向中国朝贡，也认同琉球与欧美国家签订条约。但是，1872年10月，琉球使节被日本政府骗到东京，只说让他们向天皇朝贺新政府的成立，不料使节进宫参见时，天皇却下诏封琉球国王为琉球藩主，也即宣布并吞琉球。使节遭遇突然袭击，不知所措，只是面面相觑。琉求的国王、人民得知后，强烈抗争，清政府也抗议，但日本政府不予理会。琉球王始终不服，并向国际上求援。日本政府恃强凌弱，1879年派军警去琉球首里城，把琉球王“护送”到东京，宣布琉球废藩置县，严厉镇压琉球官民的反抗。
1875年5月，日、俄订约，桦太岛（库页岛）全归俄国所有，千岛群岛全部属于日本。至此，基本确定了日本本土的疆域。
继废藩置县后，又进行了两大改革：地税改革和废除武士家禄。
地税、家禄改革及平定叛乱
农民和武士是封建幕藩时代两个对立的基本阶级。封建领主土地所有制与武士的秩禄制度，是国家积贫的根源。
1869年，地税改革问题就已开始酝酿。废藩置县，使政府可以把地税改革提上日程。1873年7月，颁布《地税改革条例》等法令，规定向土地所有者颁发地券（土地执照）；由地券持有人以货币缴纳地税；税率为地价的3%，另加约1%的地方附加税。
地税较重，与旧年贡差不多。在丈量土地面积、确定收获量和地价时，经常发生争执。农民甚至拿起竹枪，起义反对地税改革，1876年起义竟达19次之多。同时，自由民权运动在全国兴起，“降低地税”是主要要求之一。政府不得不让步，1877年1月地税率从3%降为2.5%，地方税从地税的三分之一减为五分之一。两税相加，共减25%，幅度相当大。这显示了民众对自上而下改革的制约、推动作用，农民高兴地说：“竹枪挑出个二厘五”。
1876年，30%左右的府县完成了地税改革。减税后不久，爆发了西南战争，巨额军费支出加剧通货膨胀，米价大涨，地税相对明显下降。地税改革随之进展顺利，1881年基本完成。无主的土地和山林全部收归国有，其中不少拨给了皇室。地税改革废除了幕藩体制的经济基础封建领主土地所有制。
地税改革为天皇政府在农村确立了牢固的基础。地税改革中，得益最大的是幕末的新兴地主。幕府末年，农民的分化已相当显著，不少农民的全部或部分土地已归新兴地主所有，只是禁止土地买卖，在法律上并未予以承认。地税改革承认了地主的土地私有权，改革时佃耕地占全部耕地的29%，地主还有相当数量的自耕地。改革时占农户总数约五分之四的自耕农、半自耕农，他们的土地所有权也得到承认。地主和自耕农、半自耕农是天皇政府的有力支持者，他们拥有了土地，从心底里感激天皇和政府。
地税改革保证了政府的财政收入和资本原始积累的重要来源。在长达30多年的期间，地税是政府的主要财政收入，是进行新式企业投资、支持私人资本的主要资金来源。同时，地主也把地租收入用来投资企业。靠牺牲农民利益来扶植工商业，是各国早期发展工商业的普遍做法。
地税改革部分地解放了农村生产力，提高了有地农民和自营地主的生产积极性。1878—1890年，因扩大种植面积和土壤品种改良，稻米产量几乎增长一倍。同时进一步促使农业卷入市场经济，产品的商品化和经济作物有较大发展。农业的这种进展，配合、支持了城市工商业的发展。
地税改革也有较大局限性，主要是保留了半封建剥削。已经完全沦为佃农的人一无所获，他们在改革时约占农户的五分之一。他们受到苛重的地租剥削，实物地租占收获量的60～70%。政府对此听之任之，甚至明令不许佃农拖欠佃租。另外，地税即使有所减少，农民的负担还是不轻，加之小农的不稳定性，使不少农民失去了土地。特别是80年代初整顿财政金融，物价、米价回落，地税相对加重，不少农民因纳不起税，土地被拍卖。这样，到一次大战前后，佃耕地占了耕地面积的45%左右，佃农、半自耕农显著增加。大量的半封建剥削关系，后来终于成为经济、社会发展的严重羁绊。
明治政府还实行家禄改革，毅然把幕藩体制的阶级支柱武士废除了。对于武士出身的政府领导层来说，这是非常难能可贵的。
明治政府成立后，就着手改革封建身份制。首先宣布士农工商四民平等、职业自由。奉还版籍时，公卿、大名改称华族，一般武士改称士族，农工商以及贱民一律称为平民。后来，又允许华、士族与平民通婚，宣布无官职的华、士族可以经营农工商业，平民可以称姓并有选择职业和迁徙的自由。1873年1月颁布征兵令，宣布服兵役是四民的权利与义务，武士丧失了垄断军事的特权。1876年3月，颁布废刀令，废除了武士可以佩带刀剑的特权。对于封建身份制的关键改革是处理武士家禄。
明治初年，武士约40多万户，武士及其家属189万余人，武士家禄的支付占了政府财政支出的30%。政府财政捉襟见肘，武士家禄是沉重的财政负担，必须加以改革。武士是不劳而获的寄生阶级，特别是征兵令颁布后，已经完全失去了存在的意义。报纸上对华士族的家禄进行了激烈的抨击，称他们是“食客”，是“平民的累赘”，指责他们“不劳筋骨”，“坐享俸禄”，“比乞丐更恶劣”。舆论普遍要求废除家禄。
明治政府几次采取措施，削减、废除了一部分武士的家禄，并改禄米为货币发放的金禄。主要措施是1876年8月颁布金禄公债发行条例，规定对31万华士族一次性发放相当于5—14年金禄的公债，此后不再发放家禄。金禄公债从第6年起还本，30年内还清。
高额公债领取者519人，其中多数为旧藩主，他们所得公债的每年利息比之原有家禄，减少了近五分之三到近三分之二，但他们仍能靠利息维持上层社会的生活。其中所得公债超过10万元的，不仅能靠利息维持好生活，还能使公债转化为资本，成为大资本家，因为政府允许银行的大部分资本可用公债充当。这一类近67人，几乎都是原领地在10万石以上的旧藩主。原萨摩藩主领得公债132万余元，长州藩主为110万余元，均为年利5厘。萨长出身的官员还是不忘旧恩，给旧主以极大的补偿。
家禄改革虽说是一种赎买，实际上这只适用于华族、上中层士族，主要适用于华族。对于广大下级士族来说，虽有一点补偿，但近乎废除家禄。当时民间下层的生活费，每年每人25元，一家100—120元。占华士族绝大多数的下级士族，平均每人仅得公债415元，每年利息不过29元，根本无法维持最低的生活。即使上中层士族，每人平均的公债1628元，每年利息97元，只能勉强维持下层生活。
政府号召士族“把刀剑换成算盘”，鼓励大家从事工商业。有些士族即使有可能，也不过做点小本买卖，可是又不会经营，很快亏本、破产。“武士商法”（武士经营）成为流行语，用来取笑那些资金少又不懂经营的人。政府尽可能为士族安排出路，让他们当政府官吏、学校教师、警察，帮他们兴办实业。很多武士不得不放下架子，以出卖劳力为生，融合到平民中去。
大藏卿大隈重信主持了家禄改革，的确像他所说：家禄改革“既消除了以有用之财养无用之人的弊端，又收到使无益之人就有益之业的成效，对国家之利不可胜计。”家禄改革后，显著地缓解了政府的财政困难。废除了家禄，也就等于废除了封建武士阶级，有助于促进社会和谐，改善社会风尚，促进了社会经济的发展。但是，华族被保留下来，以后还有所扩大、加强，使之成为皇室的屏障，这是改革的局限性。
许多士族曾在戊辰战争中冲锋陷阵，有功于明治维新，但因为文化低、没本领，回到家里无所事事，过着贫困的生活，内心愤愤不平。他们对改革没有思想准备，政府又不可避免地有差错，他们总是牢骚满腹。改革触动到切身厉害，他们更按捺不住满腔怒火。明治头十年内，共发生不平士族的叛乱21起，其中有征韩党、忧国党、神风连、秋月党等叛乱，规模最大的是1877年的九州叛乱。有的不平士族则对政府官员进行恐怖暗杀，遭到他们毒手的有政府参与横井小楠、兵部大辅大村益次郎、政府参议广泽真臣等人。
明治政府毫不留情地镇压了不平士族的叛乱。1873年，西乡隆盛、板垣退助、江藤新平等人，为转移士族不满，主张征韩（朝鲜）。大久保利通等以内治优先为由，在争论中占上风，西乡、板垣、江藤等下野。1874年2月，曾任文部大辅、司法卿的江藤新平，在佐贺发动征韩党3000人的叛乱。内务卿大久保闻讯后，亲往主持镇压，他得到木户孝允的支持。从东京、大阪、熊本调派的政府军，迅速平定了叛乱。江藤外逃被捕，枭首示众。
西乡隆盛下野回到鹿儿岛（原萨摩藩），以“尊皇悯民”相号召，不平士族在各地建立军事组织“私学校”。所谓“悯民”，不过是维护武士特权，反对四民平等，反对地税改革和废除家禄。1877年2月，反动士族以西乡隆盛为首掀起叛乱，北上围攻熊本，这里是镇台（陆军的军团）所在地。九州各地和其他地方的反动士族纷纷来支援，叛军共4万多人。大久保与西乡多年共事，同心勤王，西乡在倒幕维新中功勋卓著。但当大久保听说西乡叛乱时，毫不含糊地表示：“实为屈直分明，正正堂堂，宣布罪状，击鼓而讨之，无可非议。”政府出动陆军58000多人，还派出海军军舰11艘。
3月，在熊本以北的天险田原坂，政府军与叛军拼死战斗了半个月。政府军死伤3000人，一天消耗步枪子弹25万—40万发、炮弹1000余发，终于夺取了田原坂。另一支政府军在熊本以南登陆，从背后攻击叛军。军舰也发炮射击，支援陆上的政府军。经过几次血战，4月中叛军全线撤退，熊本解围。政府军挥师南下，经过数月战斗，进抵鹿儿岛，并围困了在城山死守的西乡残部300余人。9月下旬，政府军攻克城山，西乡被流弹击中，剖腹自杀。
这次平叛之战史称“西南战争”。叛军战死近4000人，战伤约1万人；政府军阵亡6500多人，战伤9200余人。其激烈程度大大超过戊辰战争，政府军在戊辰战争中只牺牲3500人。这表明改革要付出的代价更大，因为改革比倒幕更深刻，过去被倒幕掩盖住的分歧，随着改革的进行而扩大、激化了，一场总决战不可避免。西乡可谓一代英豪，却落后时代而被淘汰。这次战争后，大久保托人为西乡写传记，并对别人说：“他既是我的畏友，又是我的信友。因此，从私情来说，也不想同他有隔阂。我以此尽力劝说西乡，不让他西归（指回鹿儿岛）。但他总是说不想干了，然后离去。于是演出了去年的惨剧，真是太遗憾了。”说着说着，大久保语声呜咽起来。
经过10年努力，到西南战争结束，大体上完成了体制方面的破旧改革，封建幕藩体制基本上被摧毁。破旧并不彻底，保留了浓厚的封建因素，但是，走向资本主义富强道路的各种障碍，或基本消除或部分消除。这是日本明治维新与中国洋务运动的最大不同之处，是“东洋道德，西洋艺术”与“中学为体，西学为用”的重大差异。
