有了刘裕做总理，安帝放心了。因为安帝本人自登基以来就不大管事，不是他不想管，实在是没有能力管，史载他天生痴呆，连话都说不周全，甚至也分不清寒暑冬夏，这么样的一个皇帝最好的作用就是摆设，方便被朝臣控制。前面有司马道子、司马元显、桓玄，现在则轮到了刘裕。
官升了N级的刘裕很快就开始忙活了起来，因为需要他处理的事情的确不少。政治上勾心斗角的事自有刘穆之去处理，但军事上则非要他出面不可。
而从军事上来看，刘裕的麻烦实在够大。
益州的谯纵，已经蹦达了一年有余；广州的卢循也不安分，时不时地劫掠政府官员；而在北方，更有后秦和南燕虎视眈眈地窥伺着东晋朝廷的一举一动，梦想着有朝一日能将国境延伸到富庶的江南。
先说谯纵。
早在桓振攻取江陵之时，益州刺史毛璩立功心切，点齐自己的三万士卒，顺江东下，准备讨伐。
毛璩将军队分为两部，一部以其弟毛瑾、毛瑗领军，沿外水（岷江）进发。一部则以参军谯纵、将领侯晖沿内水（涪江）进发。
如果不出意外的话，两部将在今重庆地区会师，然后沿长江东下，与刘毅所部夹击桓振。
毛璩的算盘打得很精，只是他算漏了一着，那就是在天府之国呆惯了的蜀人，并不稀罕外面的花花世界。
谯纵等人率部到达五城水口（今四川中江）之时，本就不想走的蜀人再也不想走了，侯晖和巴西郡人阳昧，密谋发动了兵变。侯晖等人不想当冤大头，于是以武力逼迫谯纵为盟主。谯纵向来性情和蔼，很本份，在军队里也很受欢迎，但要造反，还要挑头，谯纵却是怎么也不做不来。于是，他不干。但大家非要他干。
谯纵被逼急了，索性跳入河中，兵士们哪里肯依，把他救起来，推到车中坐下。谯纵又扑到地上，向大家叩头，坚决拒绝，侯晖下令用绳索把他绑到轿上，带着部队折回。侯晖的目的很明确，这个盟主你当定了。
在侯晖的威逼利诱下，谯纵无奈，勉强应承了下来，从此走上叛晋自立的道路。谯纵率军按原路返回，攻涪城，破成都，自称成都王。
得知谯纵据蜀自立的刘裕，由于自己在京城无瑕分身，派龙骧将军毛修之等人，共同出兵讨伐。毛修之抵达宕渠，部下司马荣期被参军杨承祖诛杀；杨承祖自称巴州刺史；毛修之不能再进，退回白帝城。
第一次伐蜀，以失败告终。
此后不久，襄城太守刘敬宣受刘裕之命再次伐蜀。此番连战连捷，直到遇到谯纵手下的猛人谯道福。
两军相遇于黄虎，谯道福集中全部兵力拒抗，以蜀中羸弱之兵硬是坚守了两个多月，刘敬宣无法前进，而粮秣已经吃完，瘟疫流行，死亡的有一半以上，只好撤退。
第二次伐蜀，再次以失败告终。
两次失利，让刘裕将谯纵恨得牙痒痒的，但是西蜀太远，他实在无法抽开身亲自指挥，加上兵力有限，于是只好将伐蜀之议暂时搁置了下来，因为他有更重要的事要办。
再说卢循。
孙恩自杀以后，卢循就成了五斗米道的首领。桓玄建楚之时，无法顾及卢循，打算用安抚的手段让东部恢复平静，于是任命其为永嘉太守。
桓玄被灭后，桓振继续做乱，东晋朝廷无法两头兼顾，提拔卢循当了广州刺史，他姐夫徐道覆做始兴相（韶关市长）。
在外面流窜惯了的卢循，做了地方官后仍然不安分，他卢循接过的是孙恩的指挥棒，深受孙恩的影响，他也希望凭自己的力量推翻高门士族的统治，攀到社会最高层。
从另一个层面来说，刘裕和卢循有着不少共性，两人都是庶族，两人都在努力。但可惜的是机缘捉弄，一山不容二虎，如果想成就大业，两个人必定要一决高下。
将广州做为根据地后，卢循就开始秘密策划北上，他派人到大庾岭一带伐木，积极建造战船，训练士卒。
明知卢循在准备，刘裕很急，但他仍然抽不出身来。
一边是舰船还没造好，一边是有更重要的仗要打，在这种两不交战的情况下，卢循和刘裕有过一场非常有意思的书信较量。
借五月初五端午佳节来临之际，卢循遣人送给刘裕益智粽，刘裕则回赠给他续命缕。意思非常明显，卢循想说若想赢我，你还要再聪明一点，刘裕则告诉他，我现在没时间收拾你，你可以再多活几天。
事有轻重缓急，刘裕实在顾不上谯纵和卢循，因为他眼下最大的威胁：来自北方。
